genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76970598--76970633	18	2.0	18	94	0	63	22	25	11	41	1.86
76976916--76976954	20	2.0	20	89	0	60	71	0	0	28	0.86
76977684--76977724	22	1.9	21	85	5	55	75	0	9	14	1.04
76981051--76981130	39	2.1	39	100	0	160	32	17	17	32	1.93
76983721--76983849	24	4.9	24	75	18	132	58	9	10	22	1.59
76986761--76986801	20	2.0	20	95	0	73	34	4	12	48	1.62
76992604--76992896	138	2.1	138	98	0	568	34	21	4	39	1.74
76995038--76995106	29	2.4	29	97	0	129	30	13	15	40	1.86
76999337--76999384	20	2.5	19	83	6	60	77	2	18	2	0.97
77014937--77014961	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
77015440--77015490	23	2.2	23	89	0	75	27	9	19	43	1.82
77016339--77016594	128	2.0	128	85	1	343	25	22	16	36	1.94
77017297--77017326	15	2.0	15	93	0	51	6	23	20	50	1.71
77019769--77019803	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
77019662--77019945	120	2.4	120	90	2	446	44	1	4	48	1.34
77019889--77019923	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
77019889--77019943	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
77020159--77020210	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
77041094--77041128	13	2.5	15	90	9	56	65	0	0	34	0.93
77042618--77042661	3	14.7	3	90	0	70	34	2	34	29	1.70
77042660--77042685	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
77045958--77046099	48	3.0	48	81	2	142	31	17	23	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77049107--77049183	3	24.7	3	76	17	59	33	3	2	59	1.29
77049213--77049252	16	2.5	16	91	0	62	42	15	0	42	1.46
77049285--77049316	16	1.9	17	93	6	57	43	6	0	50	1.27
77049287--77049332	24	1.9	24	82	8	58	43	8	0	47	1.34
77053842--77054060	117	1.9	117	80	10	259	26	5	26	42	1.77
77055247--77055335	37	2.4	37	94	0	160	43	14	7	33	1.74
77055527--77055592	33	2.0	33	100	0	132	42	15	6	36	1.71
77056910--77056935	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
77056950--77056989	11	3.5	11	96	3	71	50	2	0	47	1.14
77056961--77057061	34	2.8	37	82	11	104	37	0	0	60	1.10
77059139--77059346	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
77059261--77059321	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
77059179--77059321	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
77059373--77059801	59	7.2	57	66	20	225	42	2	5	49	1.39
77059362--77059899	120	4.5	120	94	0	925	42	2	5	49	1.39
77059496--77059542	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
77059603--77059637	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
77060441--77060485	19	2.4	18	85	14	56	53	2	8	35	1.45
77060933--77061238	95	3.2	96	82	6	345	37	3	17	40	1.68
77062598--77062640	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
77063281--77063305	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
77063281--77063326	14	3.3	14	85	11	51	56	13	0	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77064490--77064537	11	4.4	11	89	0	69	37	2	35	25	1.68
77064490--77064553	22	2.9	22	81	6	76	42	1	31	25	1.64
77064909--77064956	25	1.9	25	83	8	62	58	10	10	20	1.60
77076146--77076254	54	2.0	55	92	1	184	51	13	1	33	1.52
77077690--77077714	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
77078477--77078522	22	2.1	22	95	0	83	23	23	15	36	1.93
77085780--77085820	21	1.9	22	90	5	66	21	7	12	58	1.58
77085729--77085860	69	1.9	67	83	3	165	32	9	12	45	1.74
77096929--77096968	17	2.4	17	95	4	73	80	7	7	5	1.03
77096921--77096969	25	2.0	25	87	0	71	79	6	10	4	1.03
77096918--77096991	22	3.2	22	80	14	71	81	5	9	4	0.98
77098396--77098780	45	8.6	45	81	7	426	26	17	24	30	1.97
77098396--77098733	90	3.8	90	90	2	502	26	16	25	31	1.96
77098716--77098847	44	3.0	45	77	6	151	28	23	23	24	1.99
77098917--77099170	100	2.6	98	82	2	296	33	18	20	27	1.96
77099015--77099175	50	3.2	50	70	3	144	32	19	19	28	1.96
77098891--77099170	96	2.8	100	80	4	325	31	18	21	28	1.97
77099177--77099811	128	5.0	128	93	1	986	32	21	20	25	1.97
77099177--77099811	255	2.5	256	90	2	972	32	21	20	25	1.97
77099265--77099805	44	12.7	41	68	14	166	32	21	20	24	1.98
77103697--77103741	18	2.3	20	81	7	58	53	13	0	33	1.40
77111209--77111302	19	4.8	19	89	5	152	38	9	14	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77111209--77111309	40	2.7	38	86	8	152	38	8	14	37	1.78
77111865--77111916	25	2.1	25	89	7	79	34	3	5	55	1.42
77111982--77112041	30	1.9	31	87	12	88	26	0	5	68	1.10
77112476--77112515	19	2.0	20	85	4	55	32	5	10	52	1.56
77112756--77112952	98	2.0	98	96	0	367	27	10	24	37	1.88
77117827--77118739	132	6.9	132	92	1	1262	28	18	24	29	1.98
77118172--77118628	44	10.4	44	64	15	147	28	17	24	29	1.97
77118970--77119090	19	6.4	19	85	9	158	40	8	14	36	1.77
77118970--77119090	40	3.2	38	84	10	167	40	8	14	36	1.77
77118971--77119082	59	1.9	59	94	0	197	40	8	14	36	1.77
77119949--77120143	98	2.0	98	95	0	354	28	10	24	36	1.89
77126025--77126175	73	2.0	76	82	3	182	29	10	2	56	1.46
77126399--77126430	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
77126945--77126989	20	2.2	20	96	0	81	35	2	13	48	1.54
77132178--77132248	35	2.0	35	100	0	142	63	14	11	11	1.53
77137786--77137971	101	1.8	101	98	0	363	33	23	17	25	1.96
77141522--77141557	18	2.0	18	100	0	72	38	27	11	22	1.88
77142418--77142473	25	2.2	27	81	18	75	44	23	0	32	1.53
77157586--77157626	20	2.0	20	86	9	57	17	12	2	68	1.31
77162482--77162511	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
77168133--77168164	15	2.1	15	100	0	64	18	12	0	68	1.20
77172784--77172813	15	1.9	16	93	6	53	43	3	6	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77173173--77173198	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
77173187--77173278	40	2.3	38	80	12	96	31	19	23	25	1.98
77173267--77173438	73	2.4	72	84	2	211	26	21	25	26	1.99
77173366--77173560	98	2.0	98	91	0	318	28	18	26	26	1.98
77173464--77173762	114	2.6	114	94	0	517	27	19	26	26	1.99
77173664--77173837	73	2.4	73	91	0	267	27	18	27	25	1.98
77173550--77174004	187	2.4	187	91	1	716	27	19	26	26	1.99
77173737--77173951	114	1.9	114	91	0	349	25	20	26	26	1.99
77173851--77174004	72	2.1	73	87	1	220	27	20	24	26	1.99
77174179--77174205	14	1.9	14	100	0	54	25	0	37	37	1.57
77174217--77174247	15	2.1	15	93	0	53	25	0	41	32	1.56
77174504--77174550	14	3.3	14	82	14	60	23	0	40	36	1.55
77174548--77174893	121	2.7	126	84	7	436	36	14	13	35	1.85
77178717--77178800	43	2.0	43	85	0	114	26	16	28	28	1.97
77178719--77178826	43	2.5	43	80	0	108	28	17	25	27	1.98
77182998--77183022	7	3.6	7	100	0	50	48	28	0	24	1.52
77189606--77189661	19	2.8	19	89	5	85	41	10	12	35	1.78
77189861--77189899	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
77190116--77190158	3	14.3	3	85	9	61	32	0	0	67	0.91
77190100--77190157	15	3.7	15	76	13	55	31	0	1	67	1.01
77192075--77192112	9	4.2	9	89	0	58	47	10	10	31	1.72
77192117--77192175	29	2.0	29	93	0	100	37	8	1	52	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77192995--77194080	237	4.6	238	98	0	2122	34	10	9	45	1.70
77192995--77194080	475	2.3	474	99	0	2109	34	10	9	45	1.70
77196844--77196882	18	2.2	18	85	0	51	61	10	7	20	1.52
77197048--77197130	40	2.0	42	86	9	118	62	4	1	31	1.23
77198713--77199060	44	7.8	44	74	9	265	30	21	17	30	1.97
77202087--77202116	10	3.1	10	90	9	53	0	10	0	90	0.47
77202091--77202116	9	2.9	9	100	0	52	0	7	0	92	0.39
77207401--77207453	3	17.7	3	100	0	106	33	0	32	33	1.58
77207772--77207806	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
77212451--77212493	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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