genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7152601--7152919	158	2.0	158	98	0	611	33	17	19	30	1.94
7155319--7155372	28	1.9	28	84	0	72	3	22	0	74	0.98
7155326--7155372	14	3.3	14	93	3	76	4	17	0	78	0.90
7160202--7160234	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
7162997--7163241	49	4.9	49	82	2	292	26	17	26	29	1.98
7172230--7172264	15	2.3	15	90	5	52	40	2	2	54	1.30
7172451--7172538	43	2.0	43	95	0	158	29	15	18	36	1.92
7174375--7174414	20	2.0	20	100	0	80	55	15	10	20	1.68
7178569--7178617	9	5.8	9	79	11	59	36	0	2	61	1.08
7178623--7178656	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
7179481--7179528	21	2.3	21	96	0	87	47	4	12	35	1.60
7181316--7181373	29	2.0	29	100	0	116	27	0	24	48	1.51
7187047--7187146	27	3.8	26	76	10	87	41	20	10	29	1.84
7187047--7187135	27	3.3	27	84	1	108	41	17	10	30	1.83
7187141--7187352	27	7.9	27	82	2	228	30	22	6	40	1.78
7187311--7187362	27	1.9	27	84	0	68	40	21	1	36	1.64
7187149--7187351	81	2.5	81	86	1	282	30	22	6	40	1.79
7187344--7187534	27	7.0	27	73	8	136	39	16	10	33	1.83
7187203--7187380	54	3.3	54	81	0	131	32	19	7	41	1.79
7187575--7187648	24	2.9	24	81	13	85	29	22	24	22	1.99
7187584--7187648	24	2.5	26	87	7	89	30	20	27	21	1.98
7188451--7188548	26	3.8	26	89	1	153	27	23	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7188451--7188548	52	1.9	51	93	2	169	27	23	22	26	1.99
7188693--7188784	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
7188808--7188888	31	2.6	31	88	0	126	33	17	23	25	1.96
7191002--7191223	68	3.4	66	73	10	186	23	28	15	31	1.96
7194299--7194395	41	2.4	41	92	3	160	25	26	18	28	1.98
7200546--7200570	12	2.1	12	100	0	50	8	24	40	28	1.83
7213591--7214497	40	22.7	40	99	0	1769	20	27	20	32	1.97
7221197--7221234	15	2.4	16	86	4	51	23	2	28	44	1.67
7224588--7224625	20	1.9	20	94	0	67	44	7	7	39	1.63
7225208--7225504	74	4.0	74	99	0	585	19	6	13	59	1.56
7230853--7230944	46	2.0	46	93	0	157	26	17	31	25	1.97
7238895--7238932	20	1.9	20	89	10	60	42	10	10	36	1.74
7240931--7241096	47	3.6	46	75	16	134	26	19	30	23	1.98
7243429--7243604	46	3.8	46	79	12	198	21	19	29	29	1.98
7243428--7243597	93	1.8	93	93	0	295	21	20	29	28	1.98
7250315--7250357	17	2.5	17	92	0	68	23	34	16	25	1.95
7251436--7251594	43	3.7	43	77	9	155	33	26	16	23	1.96
7256167--7256225	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
7267088--7267140	26	2.0	26	96	0	97	35	30	7	26	1.84
7286931--7287032	50	2.0	50	88	3	152	51	18	10	18	1.74
7295058--7295100	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
7304937--7304989	11	5.0	11	84	6	74	32	18	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7304929--7304989	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
7304929--7304987	5	11.4	5	75	7	55	35	18	10	35	1.85
7304929--7304995	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
7312820--7312851	11	3.0	11	95	4	57	28	18	15	37	1.92
7312812--7312851	21	1.9	21	90	10	64	32	17	12	37	1.87
7312812--7312857	10	4.6	10	87	12	60	34	17	10	36	1.85
7332643--7332701	18	3.4	18	75	11	70	49	8	13	28	1.71
7340796--7341695	451	2.0	451	94	1	1563	34	14	20	30	1.93
7351443--7351478	12	3.1	12	92	4	56	50	36	0	13	1.43
7353080--7353295	46	4.6	46	80	7	213	27	17	30	24	1.97
7356791--7356918	43	3.0	43	83	4	170	32	27	12	27	1.93
7358134--7358176	20	2.2	20	87	8	61	32	25	0	41	1.56
7362400--7362442	23	1.9	23	85	4	61	62	18	11	6	1.50
7368149--7368190	21	2.0	21	100	0	84	19	23	28	28	1.98
7368287--7368462	46	3.8	46	76	7	185	21	21	28	28	1.98
7368283--7368455	93	1.9	93	91	0	283	21	21	29	27	1.98
7372790--7372900	27	4.2	26	86	5	132	36	22	23	17	1.94
7374303--7374378	24	3.2	24	94	0	125	23	40	2	32	1.69
7375648--7375703	21	2.8	21	81	5	53	33	0	21	44	1.52
7376008--7376107	41	2.4	42	84	3	121	23	19	26	32	1.97
7378391--7378473	23	3.7	22	80	9	87	25	25	16	32	1.96
7378645--7378701	20	2.8	19	85	15	71	42	5	17	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7378645--7378688	20	2.2	20	95	0	79	40	4	18	36	1.71
7380165--7380236	36	2.1	34	84	10	92	20	18	8	52	1.70
7395324--7395386	33	1.9	33	96	0	117	39	7	25	26	1.83
7395550--7395916	183	2.0	183	97	0	698	29	14	20	34	1.93
7399814--7399874	30	2.0	30	83	0	77	32	24	1	40	1.65
7406124--7406195	37	1.9	37	94	0	126	25	25	12	37	1.91
7410569--7410639	33	2.1	36	89	7	112	32	9	2	54	1.48
7413125--7413305	45	4.0	45	82	0	193	22	15	27	34	1.94
7413555--7413650	48	2.0	48	97	0	183	36	18	15	29	1.92
7415539--7415844	27	11.3	27	84	5	359	29	23	7	38	1.83
7415836--7415972	27	5.1	27	76	8	84	35	19	13	30	1.91
7415876--7416027	54	2.8	54	79	4	155	39	18	10	31	1.85
7415884--7416092	81	2.5	82	76	4	206	38	16	11	33	1.85
7415884--7416054	27	6.3	27	79	6	130	39	17	10	32	1.84
7415929--7416085	56	2.9	54	75	11	149	40	16	10	32	1.82
7415884--7416089	27	7.6	27	78	9	105	38	16	11	33	1.85
7416143--7416219	27	2.9	28	81	11	90	33	18	23	24	1.96
7417017--7417087	25	2.8	26	80	6	74	25	22	23	28	2.00
7417235--7417326	42	2.2	42	98	0	175	31	13	20	34	1.91
7423799--7424186	50	7.7	50	75	6	309	25	17	26	30	1.97
7423798--7423983	101	1.8	101	85	0	264	24	17	26	31	1.97
7423792--7424183	151	2.6	151	90	0	606	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7423945--7424134	101	1.9	101	84	0	254	25	20	25	29	1.99
7424386--7424417	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
7428280--7428463	27	6.8	27	87	0	251	30	20	7	42	1.78
7428442--7428642	27	7.4	27	78	8	115	37	21	9	31	1.86
7428280--7428462	54	3.4	54	89	0	285	30	19	7	42	1.78
7428280--7428490	81	2.6	80	82	3	269	31	19	7	41	1.80
7428442--7428608	54	3.1	54	83	2	165	38	23	8	29	1.85
7428334--7428519	81	2.3	81	79	3	196	32	21	8	37	1.83
7428444--7428633	81	2.3	80	77	7	195	38	22	9	30	1.85
7428483--7428624	54	2.6	54	84	2	151	40	21	8	29	1.82
7428483--7428661	54	3.3	54	81	3	148	40	21	8	29	1.82
7428654--7428787	27	5.0	27	88	0	196	34	19	21	24	1.96
7428990--7429059	25	2.8	25	89	2	106	30	24	20	25	1.99
7428990--7429084	25	3.8	25	82	8	97	30	23	21	25	1.99
7432367--7432477	27	4.1	26	80	9	91	37	24	8	29	1.84
7431474--7432413	81	11.6	81	98	0	1729	29	19	8	42	1.80
7432381--7432574	54	3.6	54	79	5	194	39	21	8	30	1.84
7432381--7432574	81	2.4	81	82	1	219	39	21	8	30	1.84
7432416--7432560	27	5.4	27	86	3	202	39	24	8	27	1.85
7432433--7432640	81	2.6	82	80	5	201	40	22	9	27	1.85
7432602--7432763	27	6.0	26	80	4	171	36	19	19	24	1.95
7432593--7432764	54	3.2	53	83	2	211	37	19	19	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7432966--7433035	25	2.8	25	84	0	95	27	24	22	25	2.00
7432966--7433048	25	3.4	25	77	11	66	30	21	22	25	1.99
7435464--7435674	27	7.8	27	86	6	275	30	23	7	38	1.83
7435451--7435738	54	5.3	54	80	5	251	34	23	7	34	1.83
7435419--7435792	27	13.9	27	80	5	166	35	22	8	34	1.83
7435464--7435674	81	2.6	82	88	4	320	30	23	7	38	1.83
7435419--7435712	81	3.6	81	76	5	216	33	22	7	36	1.83
7435784--7435942	27	5.9	27	86	0	210	35	17	21	25	1.95
7435773--7435942	81	2.1	81	87	3	254	37	17	20	25	1.94
7436147--7436216	25	2.8	24	91	4	104	25	25	24	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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