genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16610782--16610865	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
16612353--16612405	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
16612804--16612837	15	2.3	15	89	0	50	5	11	2	79	1.02
16619176--16619262	39	2.2	39	85	0	111	26	49	3	20	1.65
16622928--16622996	30	2.3	30	94	0	129	15	20	43	20	1.88
16623375--16623404	15	2.0	15	100	0	60	20	13	33	33	1.91
16623562--16623592	6	5.2	6	92	0	53	35	19	16	29	1.93
16631298--16631467	40	4.3	40	87	0	216	25	28	21	24	1.99
16638957--16639005	6	8.0	6	79	4	53	36	14	14	34	1.86
16647322--16647370	6	8.0	6	79	4	53	36	14	14	34	1.86
16660419--16660485	27	2.4	28	80	5	73	70	2	4	22	1.19
16660891--16660934	18	2.4	18	96	0	79	65	9	25	0	1.21
16663307--16663347	15	2.7	15	82	14	57	68	0	4	26	1.10
16664478--16664588	51	2.1	52	85	8	145	18	20	21	38	1.93
16664706--16664769	18	3.6	18	93	0	101	42	12	12	32	1.80
16664706--16664783	36	2.2	36	83	0	93	41	12	12	33	1.82
16664944--16664997	28	1.9	28	88	0	81	38	3	18	38	1.69
16671326--16671433	26	4.2	26	93	0	189	32	7	23	37	1.82
16673033--16673137	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
16674286--16674345	18	3.3	18	83	0	75	41	13	11	33	1.80
16679185--16679230	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
16679192--16679236	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16683260--16683302	17	2.4	18	81	14	54	46	13	0	39	1.44
16687176--16687250	23	3.2	23	63	29	59	34	8	29	28	1.85
16687177--16687254	25	3.2	25	62	17	65	33	7	29	29	1.85
16687146--16687312	47	3.5	47	97	0	307	32	10	30	25	1.90
16687306--16687395	39	2.3	40	86	1	119	23	21	27	27	1.99
16716884--16717061	27	6.6	26	79	7	142	26	15	27	30	1.96
16716884--16717061	54	3.3	54	76	10	166	26	15	27	30	1.96
16716912--16717061	55	2.8	54	83	4	167	27	15	28	28	1.96
16716885--16717040	82	1.9	81	84	6	208	26	16	27	30	1.96
16716881--16717061	82	2.2	81	80	4	204	26	16	27	30	1.96
16716966--16717072	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
16720336--16720366	13	2.4	13	100	0	62	19	38	29	12	1.89
16730627--16730668	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
16739715--16739760	18	2.6	17	81	18	58	78	2	4	15	1.01
16739722--16739766	6	7.2	6	92	7	72	80	2	2	15	0.92
16741469--16741513	15	3.1	15	87	12	67	75	0	6	17	1.01
16743592--16743777	40	4.7	40	87	5	227	25	26	22	25	2.00
16751702--16751789	40	2.2	40	83	6	106	29	37	21	11	1.88
16751937--16751996	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
16755878--16755937	30	2.0	30	83	0	75	28	23	10	38	1.87
16758978--16759019	21	2.0	22	85	4	59	28	2	14	54	1.52
16761488--16761512	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16784772--16784919	80	1.9	80	92	0	251	22	27	19	31	1.98
16784772--16784919	40	3.7	40	88	0	224	22	27	19	31	1.98
16794881--16795032	38	3.9	38	82	3	142	30	24	23	22	1.99
16801056--16801136	41	2.0	40	97	0	144	22	18	34	23	1.95
16801872--16801899	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
16803050--16803074	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
16804538--16804592	16	3.5	15	80	11	65	85	0	10	3	0.72
16804538--16804589	14	3.7	14	82	12	54	84	0	11	3	0.74
16805470--16805646	44	4.0	44	74	8	171	32	17	22	27	1.96
16805467--16805634	88	1.9	87	82	3	212	32	16	22	28	1.96
16805633--16806226	119	5.0	119	92	0	954	33	17	18	30	1.94
16806150--16806331	85	2.2	83	90	3	292	32	19	19	27	1.96
16810163--16810247	42	2.0	42	97	0	161	49	21	1	28	1.57
16810871--16810952	41	2.0	41	95	0	146	34	19	4	41	1.73
16812892--16813081	38	4.9	38	86	2	227	32	25	21	20	1.97
16821271--16821326	29	2.0	28	86	10	78	19	41	21	17	1.91
16822615--16822755	43	3.0	47	74	13	146	29	29	17	23	1.97
16822668--16822783	43	2.7	42	82	4	153	30	31	17	20	1.95
16825305--16825621	155	2.0	155	91	0	508	32	14	33	18	1.92
16830586--16830953	46	7.7	49	77	12	267	24	30	18	26	1.98
16830589--16830953	94	3.9	94	75	15	335	24	30	18	26	1.98
16833559--16834046	245	2.0	245	86	1	692	26	18	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16835926--16836010	29	3.0	29	86	5	111	24	14	31	29	1.94
16840998--16841224	49	4.5	49	90	3	301	28	29	13	28	1.94
16841045--16841224	49	3.6	49	95	2	306	28	30	13	27	1.94
16842883--16843026	27	5.3	27	79	6	130	29	22	7	39	1.82
16842897--16843026	54	2.4	54	79	12	149	31	23	6	39	1.79
16843030--16843207	27	6.6	27	80	7	157	41	21	8	28	1.83
16843057--16843206	81	1.9	81	80	10	182	41	21	8	29	1.81
16843172--16843266	27	3.4	28	75	12	88	44	16	6	32	1.73
16843310--16843383	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
16843323--16843387	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
16844197--16844263	25	2.7	25	88	4	91	28	23	22	25	1.99
16844222--16844273	25	2.1	25	89	3	79	34	21	17	26	1.95
16844222--16844279	24	2.4	25	78	16	68	32	20	20	25	1.97
16847494--16847546	25	2.1	25	96	0	97	43	9	15	32	1.78
16848735--16848810	25	3.0	26	71	11	77	25	27	19	27	1.99
16871891--16871993	49	2.1	49	94	0	179	30	25	20	24	1.99
16885255--16885350	48	2.0	49	89	2	149	22	20	30	26	1.99
16885491--16885528	20	1.9	20	100	0	76	21	34	28	15	1.94
16885491--16885542	20	2.6	20	87	0	59	21	32	28	17	1.96
16888395--16888443	24	2.0	24	96	0	89	40	18	8	32	1.80
16891084--16891146	29	2.2	29	83	13	78	61	1	6	30	1.30
16892280--16892486	69	3.0	69	99	0	405	41	10	10	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16908126--16908227	43	2.4	43	90	8	163	37	22	11	28	1.89
16910365--16910491	49	2.6	48	83	3	157	29	19	27	23	1.98
16910224--16910536	141	2.2	145	80	8	351	27	17	28	27	1.97
16912476--16912514	20	1.9	21	94	5	71	30	15	7	46	1.74
16914289--16914384	47	2.0	47	95	0	174	37	5	31	26	1.78
16927670--16927799	48	2.7	48	92	0	206	19	15	27	37	1.92
16929413--16929456	22	2.0	23	86	4	63	29	4	20	45	1.71
16934233--16934361	48	2.7	48	91	0	204	19	16	28	35	1.93
16938799--16938842	22	2.0	23	86	4	63	29	4	20	45	1.71
16940525--16940579	26	2.1	26	93	0	92	43	27	12	16	1.84
16947759--16947890	47	2.8	48	83	1	176	32	25	16	25	1.96
16947766--16947890	48	2.6	47	83	1	169	32	26	16	24	1.96
16957822--16957872	26	2.0	26	96	0	93	19	15	29	35	1.93
16961986--16962131	43	3.3	43	82	5	159	30	29	24	15	1.95
16967278--16967396	39	3.1	39	93	0	193	26	21	21	30	1.98
16974591--16974720	64	2.0	64	96	0	242	32	3	17	46	1.64
16980556--16980591	11	3.2	11	92	4	54	61	8	2	27	1.39
16984967--16985229	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
16985006--16985264	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
16992920--16993142	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
16992996--16993177	79	2.3	80	83	1	224	25	20	28	25	1.99
16997401--16997531	43	3.1	41	71	13	113	31	25	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16997485--16997703	48	4.6	48	80	4	237	26	30	19	23	1.98
16997485--16997705	96	2.3	95	83	8	277	26	30	19	23	1.98
17003350--17003574	40	5.6	40	79	2	209	26	22	25	25	2.00
17003350--17003610	80	3.3	79	77	4	233	26	22	25	25	2.00
17005693--17005831	54	2.6	54	100	0	278	25	11	32	30	1.91
17011496--17011720	40	5.6	40	79	7	224	25	22	26	25	2.00
17025495--17025527	17	1.9	18	88	11	52	36	3	6	54	1.41
17038024--17038082	29	2.1	29	87	3	84	47	10	3	38	1.54
17039291--17039409	36	3.4	35	84	10	140	32	1	16	48	1.56
17041283--17041374	47	2.0	47	100	0	184	46	5	17	30	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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