genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56012541--56012571	16	1.9	16	93	0	53	45	0	12	41	1.42
56012885--56012966	24	3.4	23	73	9	65	15	25	19	39	1.91
56013030--56013127	26	3.8	26	82	2	110	19	24	21	34	1.96
56013106--56013172	24	2.8	24	78	15	75	22	28	14	34	1.94
56013067--56013186	26	4.8	25	76	12	113	23	25	16	35	1.95
56013093--56013234	73	1.9	73	84	5	189	21	25	18	34	1.96
56015936--56016069	50	2.8	49	82	8	152	23	26	20	28	1.99
56017693--56017783	28	3.2	28	87	1	119	31	20	24	23	1.98
56017889--56017953	28	2.3	28	89	5	96	33	7	26	32	1.85
56025566--56025656	28	3.2	28	85	4	121	32	21	23	21	1.98
56025762--56025826	28	2.3	28	91	0	103	30	7	27	33	1.85
56028432--56028508	17	4.7	17	71	20	74	54	1	2	41	1.22
56030279--56030378	39	2.6	39	84	4	114	49	21	3	27	1.64
56038462--56038583	23	5.3	23	76	5	113	34	18	20	26	1.96
56038462--56038583	46	2.7	46	87	2	165	34	18	20	26	1.96
56039849--56039891	21	2.0	21	100	0	86	41	13	9	34	1.77
56065613--56065661	20	2.5	20	93	0	80	46	0	20	32	1.51
56066133--56066447	47	6.8	47	72	12	172	27	20	28	23	1.99
56066233--56066343	46	2.5	44	81	12	127	28	19	27	23	1.98
56066133--56066305	93	1.9	92	82	8	217	28	19	28	22	1.98
56066844--56066928	41	2.1	41	100	0	170	20	9	18	51	1.73
56073104--56073128	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56073836--56074050	46	4.6	46	74	11	161	27	20	28	23	1.99
56076046--56076092	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
56077293--56077404	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
56077293--56077404	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
56078473--56078642	43	4.0	43	81	9	195	28	14	24	32	1.94
56082472--56082565	42	2.2	42	82	0	107	31	15	25	26	1.96
56086569--56086622	24	2.2	26	83	12	78	62	0	7	29	1.22
56088262--56088295	17	2.0	17	100	0	68	23	23	29	23	1.99
56102572--56102615	18	2.4	18	78	14	54	40	15	13	29	1.86
56106612--56106644	18	1.9	17	88	11	50	33	18	36	12	1.88
56106879--56106990	27	4.2	26	82	7	116	17	24	22	35	1.95
56106879--56106990	54	2.1	54	83	3	136	17	24	22	35	1.95
56110371--56110495	41	3.0	42	79	3	144	29	24	17	28	1.97
56113311--56113427	43	2.7	43	88	2	155	25	23	26	23	2.00
56113996--56114028	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
56114994--56115043	17	2.9	17	85	8	66	54	12	0	34	1.38
56117914--56117945	4	8.2	4	93	6	57	75	0	0	25	0.81
56123386--56123434	15	3.3	15	100	0	98	18	38	8	34	1.80
56127560--56127643	36	2.3	36	81	4	98	15	30	8	45	1.76
56130549--56130766	40	5.5	40	85	2	262	25	27	23	23	2.00
56137013--56137115	53	1.9	53	84	7	138	11	20	11	56	1.66
56141787--56141838	26	2.0	26	100	0	104	38	11	11	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56144800--56144967	46	3.6	45	83	6	194	21	25	21	31	1.98
56151524--56151604	40	2.0	40	95	0	144	23	19	19	37	1.95
56151789--56151977	94	2.0	94	100	0	378	20	19	14	45	1.85
56153296--56153341	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
56161000--56161061	26	2.4	26	84	10	74	74	0	12	12	1.08
56161003--56161069	30	2.2	30	86	0	98	76	1	10	11	1.10
56163366--56163396	15	2.1	15	93	0	53	38	22	0	38	1.54
56163588--56163679	25	3.7	26	79	7	109	32	19	25	22	1.97
56174147--56174191	23	2.0	23	82	8	56	17	28	20	33	1.95
56184859--56184914	21	2.7	21	97	0	103	17	5	53	23	1.64
56186552--56186656	42	2.4	46	83	12	123	33	25	13	27	1.93
56191751--56191911	48	3.4	47	80	10	159	31	18	26	23	1.98
56191751--56192104	49	7.5	47	71	12	162	29	18	26	25	1.98
56196924--56196970	10	4.6	10	80	12	51	59	2	2	36	1.21
56198653--56198914	27	9.6	27	95	3	326	30	29	14	25	1.95
56198653--56198914	55	4.8	55	98	0	497	30	29	14	25	1.95
56200890--56200949	30	2.0	30	90	0	93	30	28	15	26	1.96
56210127--56210259	67	2.0	67	98	0	257	21	32	18	27	1.97
56211275--56211452	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
56211296--56211451	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
56215096--56215186	31	3.0	31	87	6	132	23	16	16	43	1.87
56220784--56220808	8	3.1	8	100	0	50	48	0	12	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56222305--56222369	31	2.1	31	94	0	112	36	16	9	36	1.81
56226474--56226501	12	2.3	12	100	0	56	35	35	28	0	1.58
56236019--56236068	22	2.3	22	96	0	91	26	22	14	38	1.91
56245132--56245243	27	4.2	26	82	8	100	35	23	23	17	1.95
56245132--56245243	54	2.1	54	81	3	127	35	23	23	17	1.95
56248850--56248921	36	2.0	36	97	0	135	33	15	13	37	1.87
56249207--56249270	26	2.5	28	78	19	68	37	15	3	43	1.63
56252633--56252692	26	2.3	26	85	0	84	36	30	13	20	1.90
56253915--56254114	50	4.0	50	92	1	321	39	22	11	27	1.87
56255345--56255376	13	2.4	14	94	5	57	43	25	6	25	1.77
56256474--56256514	22	2.0	21	90	9	66	56	9	0	34	1.32
56282024--56282104	17	4.6	17	70	20	60	56	3	3	35	1.35
56282325--56282387	30	2.1	30	88	5	92	41	0	38	20	1.53
56283754--56283817	31	2.1	31	84	0	83	23	18	15	42	1.89
56284026--56284108	25	3.4	25	90	5	125	30	20	20	28	1.98
56284156--56284222	20	3.3	20	91	4	109	34	17	10	37	1.85
56284156--56284211	11	5.5	11	75	16	66	33	17	10	37	1.85
56291804--56291867	31	2.1	31	87	0	92	25	25	14	35	1.93
56292075--56292157	25	3.4	25	90	5	125	30	20	20	28	1.98
56292205--56292251	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
56295389--56295524	43	3.2	42	85	3	164	29	27	18	24	1.98
56295539--56295592	28	2.0	28	85	3	74	64	3	3	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56295686--56295733	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
56297476--56297564	44	2.0	44	97	0	169	46	12	13	28	1.79
56301218--56301280	32	2.0	32	100	0	126	47	14	3	34	1.60
56301336--56301381	22	2.1	22	83	0	56	45	28	0	26	1.54
56301400--56301444	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
56301561--56301592	14	2.3	14	94	0	55	56	21	0	21	1.43
56301615--56301662	25	1.9	25	83	8	62	39	39	0	20	1.53
56301643--56301711	28	2.4	29	79	11	79	44	30	0	24	1.54
56302980--56303117	27	5.1	27	87	8	176	36	21	24	17	1.95
56305064--56305188	40	3.1	40	83	2	144	23	18	20	37	1.94
56311436--56311613	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
56311437--56311592	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
56311433--56311613	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
56322787--56322829	19	2.4	18	85	11	61	23	0	4	72	1.04
56323496--56323528	17	1.9	17	100	0	66	15	12	30	42	1.83
56323573--56323612	21	1.9	21	94	0	71	20	15	32	32	1.93
56323578--56323622	21	2.1	21	87	0	63	17	15	31	35	1.92
56330374--56330555	40	4.6	40	82	6	217	25	23	25	25	2.00
56330374--56330555	80	2.3	80	86	3	242	25	23	25	25	2.00
56339228--56339308	24	3.4	24	92	0	135	17	23	17	41	1.89
56341763--56341788	13	2.0	13	100	0	52	15	23	0	61	1.33
56344150--56344345	39	5.0	39	90	0	302	25	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56346608--56346642	17	2.1	17	88	0	52	5	22	0	71	1.07
56346616--56346654	18	2.1	18	85	9	51	2	23	0	74	0.94
56350095--56350198	39	2.7	39	90	0	172	26	28	21	23	1.99
56358726--56358769	19	2.3	19	88	7	63	0	31	0	68	0.90
56358700--56358755	15	3.7	15	83	11	69	1	32	1	64	1.14
56358725--56358781	19	3.2	18	75	24	59	1	35	0	63	1.05
56358998--56359040	3	14.3	3	85	0	59	32	0	4	62	1.15
56358999--56359058	12	5.1	12	75	4	50	26	3	5	65	1.29
56363182--56363274	40	2.3	40	83	7	125	22	30	21	25	1.99
56363135--56363414	141	2.0	141	97	0	533	26	28	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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