genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  206  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70080780--70080839	6	10.2	6	87	3	77	13	6	0	80	0.91
70080763--70080827	23	2.9	21	82	8	67	13	6	1	78	1.01
70080776--70080859	23	3.6	22	78	13	71	16	5	0	77	0.96
70087642--70087896	55	4.8	54	80	9	278	36	17	25	21	1.95
70087649--70087849	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
70099929--70100024	35	2.8	34	85	1	120	29	22	19	28	1.98
70099929--70100030	34	2.9	35	85	1	125	29	22	19	28	1.98
70100122--70101139	509	2.0	509	99	0	2027	31	28	16	22	1.96
70108254--70108330	29	2.7	29	89	0	118	25	31	18	24	1.97
70108219--70108330	58	1.9	58	81	3	136	26	31	15	26	1.96
70109673--70109711	16	2.4	16	91	0	60	7	2	35	53	1.43
70112572--70112681	28	3.9	29	81	9	129	30	28	12	29	1.93
70112563--70112675	29	4.0	29	80	10	119	28	27	15	29	1.96
70116924--70117038	29	4.0	29	80	10	130	27	28	13	29	1.95
70116918--70117030	57	2.0	57	83	10	142	26	29	15	29	1.96
70117248--70117290	16	2.7	16	85	0	59	13	20	13	51	1.76
70118386--70118416	8	3.9	8	95	0	53	12	3	22	61	1.46
70119476--70119573	34	2.9	34	95	0	169	24	28	23	23	2.00
70125224--70125350	45	2.9	45	85	8	147	23	28	23	24	2.00
70125679--70126005	43	7.6	43	99	0	618	29	36	25	8	1.86
70126235--70126381	43	3.5	43	89	1	208	30	33	21	14	1.93
70126353--70126436	38	2.2	38	84	0	114	33	27	20	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70125882--70126589	355	2.0	355	96	0	1301	33	27	15	23	1.95
70130986--70131175	43	4.4	43	89	1	256	26	14	24	34	1.94
70130986--70131175	86	2.2	86	88	1	283	26	14	24	34	1.94
70140859--70141011	77	2.0	77	98	0	297	32	11	25	30	1.92
70141432--70141706	143	1.9	143	86	0	388	30	11	22	34	1.90
70141711--70141894	40	4.7	40	81	11	186	26	22	26	25	2.00
70141763--70141927	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
70149772--70150033	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
70159916--70160027	36	3.1	36	77	2	118	19	12	28	39	1.88
70163329--70163359	14	2.1	15	94	5	55	54	35	3	6	1.42
70165364--70165407	21	2.1	21	91	0	70	18	43	11	27	1.84
70169671--70169698	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
70171416--70171500	43	2.0	42	92	0	134	27	21	24	25	1.99
70172024--70172124	50	2.0	50	92	0	166	38	19	16	24	1.92
70191115--70191212	36	2.7	37	82	7	130	19	11	29	39	1.86
70201104--70201195	42	2.2	42	96	1	168	15	28	32	23	1.95
70203552--70203581	8	3.9	8	91	8	53	0	10	0	90	0.47
70203552--70203580	15	1.9	15	100	0	58	0	10	0	89	0.48
70205158--70205400	45	5.4	45	81	2	218	37	14	26	20	1.92
70210819--70210918	24	4.4	24	74	14	95	51	0	31	18	1.46
70210864--70210920	19	3.1	19	78	11	66	50	0	33	15	1.44
70210843--70210925	43	1.9	43	82	0	103	50	0	31	18	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70225132--70225160	13	2.2	13	100	0	58	72	6	6	13	1.26
70226935--70227052	42	2.8	43	89	3	186	33	13	22	29	1.93
70230201--70230291	42	2.2	42	84	4	112	23	21	19	35	1.96
70247615--70247692	26	3.0	26	85	5	88	41	21	14	23	1.89
70266426--70266475	24	2.1	24	96	0	91	14	24	38	24	1.92
70268824--70268893	27	2.6	27	86	0	95	24	14	30	31	1.94
70276716--70276852	54	2.5	55	78	5	152	26	16	28	29	1.96
70276716--70276855	27	5.1	27	79	4	138	26	16	28	28	1.97
70281985--70282194	40	5.3	40	84	2	230	23	22	26	27	2.00
70285564--70285976	47	8.7	47	95	1	727	29	30	7	32	1.86
70287115--70287156	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
70289199--70289510	40	7.8	40	91	0	498	25	29	21	23	1.99
70290726--70290804	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
70290923--70291286	47	7.7	47	95	0	622	29	28	8	33	1.86
70302356--70302401	20	2.3	20	84	0	65	34	4	30	30	1.77
70314637--70314865	40	5.7	40	91	2	379	25	22	26	24	2.00
70318657--70318725	34	2.1	33	88	2	102	50	8	11	28	1.68
70319028--70319106	41	1.9	41	97	0	149	30	8	20	40	1.83
70319718--70319796	40	2.0	40	94	0	140	25	24	24	26	2.00
70324524--70324748	40	5.7	40	82	6	233	25	27	21	25	1.99
70324680--70324757	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
70325244--70325472	115	2.0	115	97	0	431	29	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70330477--70330753	40	6.7	40	80	11	326	27	21	26	24	1.99
70330543--70330790	128	1.9	128	98	0	478	27	19	25	26	1.99
70335527--70335612	40	2.2	40	95	0	154	23	23	27	25	2.00
70335527--70335639	40	2.8	40	88	4	140	24	23	26	24	2.00
70340407--70340478	27	2.6	27	88	2	99	44	23	6	25	1.78
70340462--70340687	27	8.3	27	87	0	299	38	19	18	23	1.94
70341362--70341412	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
70344450--70344676	48	4.8	48	75	15	213	29	19	24	26	1.99
70360890--70360933	17	2.8	17	77	16	51	36	0	25	38	1.56
70370624--70372239	536	3.0	536	99	0	3205	33	9	24	33	1.87
70372280--70372306	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
70372789--70373019	27	8.6	27	78	9	220	26	15	28	29	1.96
70372786--70373019	82	2.9	82	82	5	246	26	15	28	29	1.96
70372871--70373027	53	2.9	52	87	5	208	25	15	28	30	1.96
70372947--70373030	27	3.1	27	70	10	91	28	16	26	28	1.97
70396900--70397017	44	2.8	42	78	6	112	31	29	16	22	1.96
70401605--70401638	17	2.1	17	88	5	52	73	17	0	8	1.08
70413095--70413212	59	2.0	59	98	0	227	39	23	15	21	1.91
70416708--70416925	40	5.5	40	87	2	289	22	21	27	27	1.99
70419120--70419153	10	3.4	10	91	0	59	2	0	35	61	1.11
70419712--70419756	20	2.2	20	100	0	90	26	0	20	53	1.46
70422697--70422766	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70422697--70422794	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
70425866--70426173	54	5.7	54	75	4	255	31	8	18	40	1.82
70425866--70426155	81	3.6	81	79	5	273	32	8	18	40	1.81
70425866--70426172	27	11.4	27	75	4	226	31	8	18	40	1.82
70426164--70426218	27	2.0	27	82	0	65	32	21	16	29	1.95
70430367--70430505	44	3.2	42	84	10	158	28	18	22	30	1.97
70430367--70430505	43	3.2	43	81	11	160	28	18	22	30	1.97
70438680--70438775	48	2.0	48	95	0	174	26	11	27	35	1.90
70442080--70442202	43	2.9	42	82	11	160	24	18	24	32	1.97
70443946--70444057	58	1.9	58	92	0	188	27	11	26	33	1.91
70444791--70444830	7	5.7	7	96	0	71	15	52	0	32	1.43
70444791--70444837	14	3.4	14	90	0	58	17	48	0	34	1.47
70444789--70444837	21	2.3	21	82	0	71	18	46	0	34	1.49
70445827--70445882	27	2.1	27	96	0	103	42	23	16	17	1.88
70454909--70455380	48	9.8	48	77	4	387	24	29	17	27	1.98
70454909--70455381	144	3.3	141	83	4	563	24	29	17	27	1.98
70465900--70466074	46	3.8	46	76	13	178	28	28	21	21	1.99
70465908--70466078	93	1.8	92	88	1	261	27	29	21	21	1.99
70468216--70468257	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
70470431--70470491	30	2.0	30	83	0	77	31	21	8	39	1.82
70471985--70472303	47	6.8	46	74	11	213	26	20	29	23	1.99
70474454--70474583	50	2.6	49	87	1	179	31	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70474496--70474581	28	3.3	28	69	24	87	31	27	15	25	1.95
70477944--70477972	12	2.4	12	100	0	58	17	6	34	41	1.76
70482001--70482222	96	2.3	95	86	8	290	28	20	27	23	1.99
70482001--70482223	49	4.7	48	73	17	189	28	20	28	23	1.99
70487088--70487506	48	8.8	46	70	8	232	26	27	16	28	1.97
70487189--70487556	144	2.6	143	86	1	493	26	27	16	28	1.97
70490847--70490908	7	8.9	7	100	0	124	14	56	0	29	1.39
70492011--70492121	41	2.7	41	84	4	136	23	15	25	36	1.94
70499443--70499754	41	7.7	41	83	6	366	23	16	26	32	1.96
70499444--70499748	81	3.8	81	86	2	416	23	17	26	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235