Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  230  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77212725--77212996
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1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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26
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2
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1.15
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2.0
20
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1.40
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0
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1.28
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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1.98
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1.96
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0
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75
8.2
75
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763
35
19
16
27
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77316664--77317282
151
4.1
150
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16
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1.94
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46
16
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2.0
287
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1.9
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8
275
20
17
27
34
1.95
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2.2
18
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2.0
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28
22
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1.99
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0
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28
1.9
28
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64
12
1
21
1.36
77352966--77353019
14
3.8
14
78
4
54
77
1
9
11
1.06
77352964--77353014
22
2.3
22
86
10
68
78
1
7
11
1.04
77354028--77354069
16
2.6
17
85
7
52
80
0
9
9
0.89
77355250--77355421
45
3.8
43
78
8
182
31
18
22
26
1.97
77356704--77356789
45
1.9
45
90
0
136
27
16
20
34
1.94
77358685--77358956
143
1.9
143
90
1
438
29
19
22
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77358836--77359106
45
5.6
44
69
18
173
30
17
23
28
1.97
77358887--77359161
54
5.4
54
68
19
205
31
16
23
29
1.96
77358828--77359154
99
3.3
99
95
0
555
30
17
22
29
1.97
77359028--77359337
143
2.2
143
86
1
442
29
17
23
29
1.97
77360700--77360738
15
2.7
15
81
18
55
35
0
0
64
0.94
77360663--77360800
21
6.7
19
68
15
64
26
4
2
65
1.25
77361067--77361136
7
9.4
7
80
10
50
17
0
31
51
1.45
77361077--77361130
15
3.7
15
82
2
65
18
0
27
53
1.45
77361067--77361123
22
2.5
23
81
16
66
17
0
28
54
1.43
77361734--77361783
6
8.2
6
91
4
73
20
0
44
36
1.52
77362781--77362836
26
2.4
22
78
21
69
17
33
23
25
1.96
77362790--77362848
26
2.3
26
100
0
118
22
32
25
20
1.98
77363058--77363095
19
2.0
20
89
5
60
36
2
5
55
1.37
77363815--77363873
29
2.0
29
100
0
118
57
16
0
25
1.39
77365389--77365437
20
2.5
18
84
15
62
24
28
0
46
1.53
77371592--77371635
22
2.0
22
82
8
54
63
0
2
34
1.07
77378119--77378151
7
4.7
7
100
0
66
12
0
0
87
0.53
77378156--77378185
11
2.6
11
94
5
51
36
3
0
60
1.14
77381413--77381459
3
15.3
3
86
4
58
59
0
6
34
1.23
77388514--77388782
50
5.4
50
83
0
331
21
30
21
26
1.99
77389394--77389450
25
2.3
24
82
8
69
36
0
17
45
1.49
77391694--77391729
16
2.3
16
90
4
56
33
0
16
50
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77395894--77395922
3
9.7
3
100
0
58
68
0
0
31
0.89
77401691--77402042
123
2.8
123
89
1
524
31
15
18
33
1.93
77404369--77405413
522
2.0
522
98
0
2013
27
19
25
26
1.99
77405688--77405731
20
2.2
20
100
0
88
36
9
9
45
1.68
77405820--77405868
16
3.2
16
73
26
61
20
0
36
42
1.52
77405854--77406070
23
9.5
23
79
11
250
25
2
23
49
1.62
77405893--77405926
16
2.1
16
88
0
50
26
0
23
50
1.50
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2.1
39
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0
126
25
1
23
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1.58
77405854--77405972
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1.9
62
94
0
211
25
1
24
48
1.60
77405916--77406092
23
7.0
28
72
21
124
25
3
21
49
1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235