genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58020617--58020667	24	2.1	24	96	0	93	25	31	15	27	1.96
58030955--58031098	57	2.5	57	82	8	159	32	18	19	29	1.96
58032294--58032344	25	2.0	26	88	3	77	41	11	9	37	1.75
58034627--58034666	20	2.0	20	90	0	62	40	15	12	32	1.84
58044658--58044742	42	2.0	42	95	0	152	31	12	20	35	1.90
58045759--58045783	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
58045858--58045910	20	2.7	20	90	0	88	20	32	30	16	1.95
58047073--58047196	47	2.7	43	80	12	140	29	17	29	24	1.97
58053960--58054041	26	3.2	26	96	0	146	31	6	25	36	1.81
58055469--58055544	26	2.8	26	88	4	98	34	21	13	31	1.91
58055648--58055788	54	2.6	53	90	2	219	18	23	23	34	1.96
58055648--58055788	27	5.2	27	83	6	180	18	23	23	34	1.96
58055648--58055806	27	5.9	27	80	11	175	19	23	22	34	1.96
58057239--58057304	33	2.0	33	100	0	132	18	30	18	33	1.94
58060324--58060353	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
58061068--58061104	13	2.8	13	95	0	65	37	18	8	35	1.81
58069370--58069547	43	4.2	43	79	2	162	29	16	25	28	1.97
58069467--58069566	43	2.3	43	77	5	103	28	23	24	25	2.00
58069638--58069700	33	2.0	31	84	6	81	58	19	7	14	1.60
58069936--58069991	21	2.7	21	91	0	85	1	48	21	28	1.60
58075627--58075905	9	30.6	9	76	9	208	37	1	14	46	1.55
58075603--58075639	17	2.2	17	90	0	56	37	2	5	54	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58075645--58075726	43	1.9	43	92	0	137	40	0	13	46	1.43
58075688--58075905	71	3.1	70	86	4	251	36	1	14	46	1.56
58075693--58075905	44	4.8	44	81	5	216	37	1	14	46	1.56
58076010--58076065	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
58076309--58076442	64	2.1	64	95	0	241	45	3	11	39	1.58
58076994--58077019	11	2.4	11	100	0	52	65	0	7	26	1.20
58086846--58087018	46	3.7	46	77	11	192	23	20	26	29	1.99
58086843--58087013	93	1.8	93	89	2	272	23	21	26	28	1.99
58089841--58089876	17	2.2	17	90	5	56	72	2	0	25	0.98
58089985--58090038	16	3.8	16	68	31	50	50	3	9	37	1.52
58090150--58090339	78	2.4	79	87	2	256	37	34	1	26	1.64
58090458--58090526	15	4.7	14	74	15	50	46	27	0	26	1.53
58090576--58090613	16	2.6	14	91	8	58	47	31	0	21	1.51
58090450--58090628	80	2.2	83	84	8	224	44	28	2	24	1.66
58091460--58091600	41	3.4	41	85	1	194	31	22	16	29	1.96
58096549--58096602	23	2.4	23	82	11	67	68	5	1	24	1.21
58106835--58106922	41	2.1	41	82	0	104	38	21	19	20	1.93
58106858--58106992	41	3.3	41	77	0	135	38	23	19	18	1.93
58106958--58107112	38	4.1	38	82	0	186	35	30	21	12	1.91
58116900--58116938	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
58117165--58117238	23	3.3	23	86	3	114	18	21	27	32	1.97
58117166--58117231	22	3.0	22	90	2	105	18	22	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58119521--58119551	16	1.9	16	100	0	62	12	9	6	70	1.31
58121140--58121223	25	3.5	25	72	19	88	38	2	3	55	1.30
58121732--58121988	68	3.8	68	82	3	284	26	19	17	36	1.94
58121732--58121989	136	1.9	137	84	4	351	26	18	17	36	1.94
58124404--58124473	30	2.3	31	78	16	83	61	2	2	32	1.25
58124417--58124475	30	1.9	31	89	3	93	64	3	3	28	1.26
58131901--58131930	9	3.3	9	100	0	60	50	0	0	50	1.00
58133673--58133702	1	30.0	1	93	0	51	96	3	0	0	0.21
58142688--58142712	13	1.9	13	100	0	50	16	32	24	28	1.96
58153938--58154160	40	5.6	40	83	7	265	26	26	21	24	2.00
58153938--58154160	83	2.8	80	85	6	265	26	26	21	24	2.00
58160267--58160457	40	4.8	40	93	2	314	25	28	23	23	2.00
58166254--58166431	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
58166275--58166430	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58179459--58179603	44	3.3	44	75	5	134	33	15	22	28	1.94
58179713--58180093	132	2.9	133	84	3	493	23	25	20	29	1.99
58181353--58181422	22	2.9	23	80	15	79	15	0	7	77	0.98
58181352--58181423	16	4.5	16	69	17	51	16	0	6	76	0.99
58184854--58184906	24	2.2	24	86	6	72	11	22	13	52	1.71
58184871--58184916	24	1.9	24	86	0	65	13	30	8	47	1.72
58187159--58187253	21	4.3	21	72	17	61	58	1	3	36	1.21
58187170--58187256	46	1.9	44	86	9	122	57	1	3	37	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58187381--58187444	20	3.1	19	78	14	56	70	7	0	21	1.12
58190849--58190938	30	3.0	30	82	9	78	23	36	24	15	1.94
58190862--58190948	30	2.9	30	88	6	115	20	34	25	19	1.96
58199228--58199431	53	3.8	53	75	4	140	38	17	23	20	1.93
58214619--58214881	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
58222571--58222833	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
58229376--58229458	35	2.3	35	83	6	96	38	27	15	18	1.91
58232922--58232953	15	2.1	15	94	0	55	21	0	0	78	0.76
58233299--58233323	7	3.6	7	100	0	50	72	0	16	12	1.13
58234370--58234437	29	2.4	28	75	9	66	26	14	2	55	1.53
58236742--58236775	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
58242603--58242781	55	3.3	54	80	5	209	22	25	16	34	1.95
58242809--58242972	47	3.5	46	74	8	145	21	24	18	35	1.95
58252829--58252885	28	2.0	28	96	0	105	40	15	10	33	1.82
58253294--58253428	53	2.5	53	80	4	146	19	24	22	34	1.97
58253339--58253444	55	1.9	55	84	0	140	19	24	18	36	1.94
58253460--58253565	47	2.3	47	91	0	167	27	24	11	36	1.90
58259856--58259902	18	2.6	18	86	6	60	38	0	14	46	1.45
58265369--58265456	44	2.0	44	97	0	167	27	7	6	57	1.52
58265636--58265694	30	2.0	30	86	6	84	49	13	3	33	1.59
58267085--58267119	11	3.3	11	84	8	54	51	20	0	28	1.47
58267083--58267138	9	6.2	9	77	20	55	55	19	0	25	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58271440--58271492	10	4.8	11	76	15	56	54	18	0	26	1.44
58271440--58271492	23	2.4	22	87	6	72	54	18	0	26	1.44
58271440--58271511	9	8.4	9	71	26	59	55	19	0	25	1.43
58271659--58271699	19	2.1	20	86	4	57	46	12	9	31	1.74
58271659--58271767	50	2.1	52	83	6	134	41	12	13	32	1.83
58272535--58272570	15	2.5	14	86	8	54	66	2	0	30	1.06
58273003--58273048	21	2.2	21	84	7	58	58	0	2	39	1.10
58278454--58278585	33	3.9	34	75	11	108	42	15	9	31	1.80
58279059--58279123	32	2.0	32	96	0	121	44	1	15	38	1.56
58293545--58293632	44	2.0	44	97	0	167	20	22	19	37	1.94
58293793--58293899	52	2.1	52	96	0	196	27	18	19	34	1.95
58294209--58294312	52	2.0	52	98	0	199	32	20	23	24	1.98
58298091--58298260	40	4.3	40	92	0	243	26	27	21	24	1.99
58298091--58298313	40	5.6	39	86	3	241	26	27	21	25	1.99
58298245--58298322	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
58304101--58304400	150	2.0	150	98	0	582	36	25	13	25	1.92
58318649--58318691	22	2.0	22	86	9	61	72	4	13	9	1.26
58326075--58326171	40	2.4	40	83	6	108	26	21	25	25	2.00
58325941--58326261	153	2.1	154	79	6	348	31	21	21	25	1.98
58326497--58326536	21	1.9	21	84	0	53	47	25	0	27	1.52
58326751--58326788	2	19.0	2	84	10	51	47	0	5	47	1.24
58331815--58331981	9	17.6	9	77	10	145	46	19	1	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58331832--58331948	39	3.0	39	94	0	198	46	19	0	33	1.56
58331862--58331979	30	3.7	30	67	16	94	45	21	1	31	1.61
58331826--58331981	48	3.3	47	79	3	177	45	20	1	32	1.59
58331815--58331977	57	2.8	57	82	7	188	47	19	1	31	1.58
58331815--58331966	39	4.1	36	85	8	164	46	19	1	32	1.58
58346177--58346354	46	3.8	48	79	10	172	30	19	28	21	1.97
58353639--58353908	47	5.8	45	76	8	184	31	19	27	22	1.98
58355504--58355625	31	3.9	31	73	2	111	41	32	2	22	1.67
58370036--58370130	47	2.0	47	91	0	154	32	8	31	27	1.86
58377166--58377204	18	2.2	18	85	0	51	64	5	10	20	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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