genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
526721--526757	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
528920--529343	46	9.2	46	94	0	688	38	14	23	22	1.92
529892--529953	31	2.0	31	96	0	115	33	19	11	35	1.87
534188--534712	51	10.9	51	71	11	281	27	20	17	34	1.95
534193--535288	44	23.8	45	73	10	639	29	20	16	34	1.94
534193--535243	89	11.4	96	75	10	531	29	20	15	33	1.94
534392--534751	191	1.9	189	86	3	517	28	22	16	32	1.96
534668--535241	221	2.6	221	82	6	647	31	20	14	33	1.92
535054--535338	139	2.1	138	84	1	363	28	21	16	34	1.95
536180--536209	15	1.9	16	93	6	53	3	10	0	86	0.67
536176--536210	17	2.1	17	88	0	52	2	11	0	85	0.69
544636--544676	12	3.5	12	86	3	57	68	0	14	17	1.22
546792--546820	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
548481--548578	42	2.3	42	75	6	101	18	24	15	41	1.89
551766--551809	20	2.1	21	88	12	65	59	6	2	31	1.36
553427--553486	31	1.9	31	86	0	84	25	6	13	55	1.62
562798--563450	328	2.0	321	93	2	1126	36	17	16	28	1.92
571565--571612	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
571656--571714	20	3.0	20	87	0	82	33	10	20	35	1.86
571763--571883	24	5.0	24	90	7	183	28	20	22	28	1.99
571763--571892	49	2.6	48	86	9	183	30	19	22	27	1.98
572077--572140	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
573916--574000	6	13.5	6	78	14	82	76	3	4	15	1.09
575531--575583	19	3.1	16	81	13	52	73	3	1	20	1.08
583836--583930	47	2.0	48	83	6	122	27	4	6	62	1.38
583977--584026	25	2.0	25	88	7	75	24	4	14	58	1.53
593637--593676	21	1.9	21	84	0	53	75	0	5	20	0.99
609615--609688	38	1.9	38	94	0	130	35	13	18	32	1.90
622844--622909	32	2.1	32	97	0	123	30	33	16	19	1.94
626293--626468	31	5.7	31	89	0	246	30	23	15	29	1.96
626536--626570	17	2.1	17	100	0	70	22	25	28	22	1.99
626692--626775	25	3.4	25	86	6	118	26	23	21	28	1.99
627553--627628	27	2.8	27	86	4	109	21	23	23	31	1.98
627693--627800	27	3.9	27	75	13	85	31	6	18	43	1.75
627756--627909	27	5.7	27	81	4	168	29	8	20	41	1.81
640898--640941	19	2.2	19	84	8	52	25	4	11	59	1.51
644074--644133	23	2.6	22	79	7	66	45	0	3	51	1.17
650782--650823	21	2.0	21	85	0	57	38	0	19	42	1.51
651183--651251	25	2.8	25	81	0	75	20	24	18	36	1.95
651219--651328	50	2.2	50	82	8	125	27	24	18	30	1.98
659213--659253	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
666802--666836	18	1.9	18	88	0	52	45	0	5	48	1.26
668042--668113	35	2.1	35	97	0	135	43	5	22	29	1.76
673683--673759	25	3.1	25	88	0	91	20	24	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673712--673781	25	2.8	25	84	0	86	20	30	20	30	1.97
673765--673837	25	3.0	25	74	6	69	27	28	15	28	1.96
687811--687843	18	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
688579--688753	88	2.0	88	91	0	287	38	10	21	29	1.86
690378--690474	49	2.0	49	87	0	140	47	7	14	30	1.71
691974--692039	34	1.9	34	84	6	89	40	39	3	16	1.64
693108--693143	14	2.6	14	86	0	54	61	11	8	19	1.54
693795--693827	17	2.0	17	88	5	50	63	6	0	30	1.18
693784--693838	22	2.5	20	81	16	65	67	3	0	29	1.08
693790--693842	24	2.3	22	83	6	61	69	3	0	26	1.05
698937--698991	29	1.9	28	85	3	74	58	10	9	21	1.60
701075--701218	60	2.4	59	79	8	166	31	8	1	58	1.36
708069--708098	10	2.9	10	95	5	51	86	0	13	0	0.57
708910--709075	88	1.9	88	87	0	242	31	21	24	22	1.98
708903--709100	88	2.2	88	80	2	236	32	21	21	24	1.98
709252--709281	14	2.1	14	93	0	51	26	13	40	20	1.89
710027--710067	20	2.0	20	90	0	64	14	7	7	70	1.31
710293--710318	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
713922--713976	6	9.2	6	95	0	92	18	18	18	45	1.86
714096--714130	18	1.9	18	88	0	52	28	11	17	42	1.83
735232--735257	12	2.2	12	100	0	52	38	26	0	34	1.57
735246--735385	45	3.1	44	77	7	131	37	14	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735585--735836	44	5.8	44	80	5	246	32	17	19	31	1.94
735585--735741	83	1.9	83	80	5	183	33	16	16	33	1.92
736412--736446	17	2.1	17	89	10	54	82	11	0	5	0.82
743849--744005	42	3.7	42	77	1	127	15	24	16	43	1.86
749904--750063	63	2.7	58	77	14	162	39	15	3	42	1.62
751393--751451	29	2.1	28	80	3	64	50	1	0	47	1.11
752274--752333	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
758290--758319	11	2.7	11	100	0	60	36	10	23	30	1.87
759584--759664	29	2.7	30	81	5	92	44	4	6	44	1.50
763406--763582	88	2.0	87	93	1	300	38	9	9	42	1.68
766802--766885	18	4.6	18	69	7	53	42	1	0	55	1.07
774916--774940	8	3.1	8	100	0	50	12	12	24	52	1.72
775896--775947	26	2.0	26	84	0	68	57	3	9	28	1.48
776107--776152	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
777784--777869	45	1.9	45	95	0	154	26	30	13	29	1.95
777963--778473	205	2.5	205	87	1	713	29	21	18	31	1.97
789599--789642	9	4.7	9	81	10	52	61	0	2	36	1.09
789599--789640	20	2.1	20	90	0	66	61	0	2	35	1.09
789701--789746	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
797762--797843	43	1.9	43	84	0	110	52	10	9	26	1.68
798107--798621	258	2.0	257	82	3	633	41	15	15	27	1.87
800598--800631	17	2.0	17	100	0	68	35	5	23	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802619--802653	16	2.1	16	89	10	52	62	0	0	37	0.95
803638--803685	17	2.8	17	69	12	53	68	6	0	25	1.12
805137--805184	16	3.1	16	74	17	55	60	0	20	18	1.36
807428--807495	31	2.3	30	82	10	86	22	22	19	36	1.95
809654--809700	24	2.0	23	84	16	60	34	0	4	61	1.15
809941--810008	29	2.4	29	87	7	95	30	8	5	54	1.55
813898--813931	17	1.9	18	88	5	52	67	2	11	17	1.34
815368--815403	18	1.9	19	94	5	65	61	2	5	30	1.33
815375--815413	18	2.2	18	86	9	53	64	2	2	30	1.21
815488--815528	21	1.9	22	85	14	59	46	0	4	48	1.23
822372--822488	59	2.0	59	81	3	137	37	7	5	49	1.54
822537--822672	58	2.3	58	92	0	218	38	7	19	34	1.79
828261--828464	109	1.9	109	89	0	318	23	16	18	42	1.88
831935--831959	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
832394--832423	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
834524--834567	21	2.2	20	84	12	54	50	2	9	38	1.47
834639--834761	61	2.0	61	98	0	237	33	9	28	28	1.89
840112--840457	132	2.6	132	81	5	371	28	20	18	33	1.96
841214--841539	163	2.0	163	96	0	607	22	22	23	31	1.98
850353--850390	8	4.8	8	83	9	51	73	2	0	23	0.95
851407--851449	22	2.0	22	86	9	61	34	0	4	60	1.17
851498--851536	21	1.9	20	89	5	60	23	2	10	64	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852828--852941	28	3.9	27	72	19	79	25	27	21	26	1.99
852805--852949	61	2.3	60	85	8	177	26	26	20	26	1.99
852970--853025	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
857678--857733	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
867524--868519	73	13.0	73	77	11	837	26	17	23	32	1.97
867431--868401	232	4.2	231	88	4	1243	25	17	22	33	1.96
868442--868763	87	3.6	87	77	10	315	27	15	20	36	1.93
868677--868714	15	2.7	14	80	11	51	26	7	2	63	1.35
869908--869965	22	2.6	22	97	0	107	31	6	5	56	1.47
872261--872875	44	14.0	44	85	1	793	27	14	30	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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