genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12835393--12835440	19	2.5	20	83	12	64	33	20	6	39	1.78
12838113--12838149	19	1.9	19	100	0	74	37	0	37	24	1.56
12842237--12842268	16	2.0	16	93	0	55	65	6	0	28	1.16
12849704--12850134	44	9.6	43	73	13	153	32	19	18	29	1.96
12849886--12849998	44	2.6	44	87	2	156	26	18	23	31	1.97
12849886--12850137	139	1.8	139	82	5	330	29	19	20	30	1.97
12850014--12850137	44	2.8	44	93	0	212	29	20	20	30	1.97
12849743--12850112	95	4.0	95	72	11	221	33	18	18	28	1.95
12861260--12861303	23	1.9	23	86	9	63	52	4	15	27	1.63
12863254--12863343	39	2.2	41	88	3	130	54	5	2	37	1.36
12877726--12877754	15	1.9	15	100	0	58	13	13	48	24	1.79
12879891--12879934	18	2.4	19	88	11	65	59	2	2	36	1.23
12880010--12880081	32	2.2	33	83	9	87	51	2	6	38	1.43
12880269--12880335	25	2.8	24	81	4	80	53	4	4	37	1.41
12880251--12880342	25	3.5	25	77	11	78	53	5	4	36	1.44
12880564--12880597	17	2.0	17	88	0	50	52	2	2	41	1.31
12880619--12880658	21	1.9	21	84	0	53	60	2	7	30	1.38
12880848--12880924	20	3.5	22	79	10	88	64	1	6	27	1.25
12880810--12880901	3	30.7	3	67	8	53	60	3	4	31	1.32
12880863--12880926	22	3.0	22	71	21	64	67	0	6	26	1.14
12881475--12881529	25	2.2	26	93	3	94	30	0	3	65	1.10
12882668--12882911	85	2.8	85	84	6	305	34	20	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12882774--12883081	152	2.0	153	94	0	546	31	18	19	29	1.96
12882987--12883214	76	3.0	76	80	7	248	31	20	17	31	1.95
12884145--12884321	92	1.9	92	91	0	291	23	27	17	31	1.97
12886054--12886099	24	1.9	24	86	0	65	52	4	6	36	1.47
12886522--12886629	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
12888115--12888167	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
12889352--12889441	25	3.5	25	78	9	83	53	3	3	40	1.34
12889588--12889647	24	2.5	24	77	0	66	43	5	13	38	1.66
12889803--12889846	19	2.3	19	88	0	61	68	0	4	27	1.09
12890264--12890391	68	1.9	69	95	1	231	25	38	10	25	1.88
12890456--12890512	26	2.1	27	93	3	98	33	0	3	63	1.12
12895259--12895381	43	2.9	42	82	9	149	30	14	22	31	1.94
12901032--12901063	16	2.0	16	100	0	64	56	18	18	6	1.62
12901128--12901205	27	2.9	27	100	0	156	38	21	25	14	1.91
12901251--12901332	37	2.2	39	86	8	116	47	31	0	20	1.51
12901819--12901967	7	20.3	7	69	11	57	21	2	38	37	1.65
12902763--12902794	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
12906063--12906095	12	2.6	13	90	9	59	54	0	6	39	1.25
12910666--12910721	28	2.0	28	100	0	112	46	14	25	14	1.82
12912392--12912458	25	2.7	25	82	11	84	31	8	4	55	1.51
12918847--12919097	137	1.8	137	80	1	306	35	25	9	29	1.88
12926457--12926492	15	2.4	15	90	0	54	19	36	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12926567--12927002	90	4.9	90	76	8	388	25	19	21	33	1.97
12926665--12926778	45	2.5	45	84	6	151	28	20	20	31	1.97
12926573--12926963	180	2.2	180	80	5	434	25	19	21	33	1.97
12931074--12931120	21	2.2	21	100	0	94	21	23	25	29	1.99
12939140--12939297	27	5.9	27	91	3	228	27	18	9	43	1.81
12939095--12939350	27	9.5	27	80	4	104	33	19	8	38	1.82
12939127--12939323	81	2.4	81	79	1	225	31	18	9	40	1.83
12939127--12939307	54	3.4	54	81	6	195	31	19	8	40	1.82
12939277--12939360	27	3.1	26	76	8	87	39	23	8	28	1.84
12945984--12946068	36	2.4	35	80	5	82	38	12	15	32	1.85
12946022--12946188	35	4.7	34	68	17	99	38	13	14	32	1.85
12946022--12946157	36	3.8	36	70	17	104	40	11	13	33	1.82
12946093--12946573	134	3.7	130	77	9	455	38	13	15	31	1.87
12945938--12946549	254	2.5	245	81	5	673	38	12	15	32	1.86
12946233--12946457	120	1.9	120	87	0	333	38	12	15	33	1.85
12953453--12953551	33	3.0	33	87	1	144	30	23	20	26	1.98
12979652--12979689	6	6.5	6	85	14	53	63	0	2	34	1.09
12991124--12991187	31	2.1	31	88	8	96	26	4	10	57	1.52
12991590--12991659	32	2.3	30	82	7	86	41	2	5	50	1.41
12991608--12991668	31	1.9	33	87	12	92	42	0	4	52	1.23
12991923--12991966	22	2.0	23	86	4	63	40	0	2	56	1.11
12993584--12993639	27	2.1	26	87	9	78	57	14	0	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12994103--12994146	22	2.0	22	81	0	52	22	31	29	15	1.95
12996796--12996833	16	2.4	17	83	16	55	31	13	0	55	1.38
13001624--13001951	43	7.7	43	71	10	253	29	21	23	26	1.99
13001638--13001951	85	3.7	85	88	0	441	29	21	23	25	1.99
13001638--13001951	169	1.9	169	86	0	448	29	21	23	25	1.99
13009858--13010060	27	7.5	27	76	8	189	41	15	8	34	1.78
13009874--13010060	81	2.3	81	83	8	245	42	16	7	34	1.76
13009859--13010093	54	4.4	53	81	7	213	42	15	8	33	1.78
13009875--13010096	81	2.7	80	82	8	220	41	17	7	33	1.77
13009995--13010115	27	4.5	27	72	8	84	42	16	9	30	1.81
13011605--13011634	15	2.0	15	93	0	51	26	10	26	36	1.88
13012340--13012414	22	3.4	22	67	20	66	24	16	40	20	1.91
13012330--13012415	44	2.0	44	97	0	163	26	15	38	19	1.91
13014074--13014284	27	7.8	27	82	10	159	40	17	9	33	1.80
13014067--13014231	54	3.1	54	81	8	192	41	18	6	33	1.77
13014073--13014258	81	2.3	80	84	5	232	40	17	8	33	1.79
13014075--13014298	54	4.1	55	77	10	178	40	16	10	32	1.82
13014075--13014284	81	2.6	81	81	7	223	40	17	9	32	1.80
13014210--13014298	27	3.3	27	96	0	160	38	14	15	31	1.88
13014658--13014714	22	2.6	22	82	0	69	21	24	21	33	1.97
13018124--13018156	11	3.1	11	91	8	59	57	0	15	27	1.38
13021143--13021175	11	3.1	11	91	8	59	57	0	15	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13022041--13022318	75	3.7	75	90	1	398	25	21	21	32	1.98
13022106--13022230	35	3.4	35	75	18	137	24	18	23	34	1.96
13022062--13022269	40	5.5	39	72	21	172	24	20	20	35	1.96
13022041--13022358	150	2.1	150	84	5	403	25	21	21	31	1.98
13025312--13025383	37	1.9	37	83	10	94	58	6	5	29	1.47
13026855--13027261	89	4.6	87	78	7	381	36	19	17	27	1.94
13027159--13027187	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
13039259--13039330	37	1.9	37	83	10	94	58	6	5	29	1.47
13039909--13039948	11	3.5	11	89	3	53	82	5	12	0	0.82
13045064--13045103	19	2.0	20	90	4	64	45	2	0	52	1.14
13045296--13045330	4	8.8	4	90	9	54	80	0	0	20	0.72
13047854--13047898	18	2.5	19	82	13	60	71	6	4	17	1.25
13048961--13049076	38	3.0	39	92	3	189	30	19	3	46	1.67
13049687--13049736	23	2.2	23	85	3	66	36	32	2	30	1.69
13052475--13052601	40	3.2	40	75	7	107	30	25	18	24	1.98
13052985--13053035	23	2.3	22	83	6	66	27	11	23	37	1.90
13053035--13053071	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
13054552--13054620	10	6.8	10	75	4	50	2	20	4	72	1.15
13054575--13054605	15	2.0	16	93	6	55	6	16	6	70	1.29
13054582--13054624	20	2.2	20	91	8	70	6	11	4	76	1.13
13054557--13054624	36	1.9	34	82	5	82	4	19	4	72	1.19
13054640--13054703	21	3.1	22	72	19	57	48	1	1	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13057378--13057436	29	2.0	29	100	0	118	23	16	16	42	1.89
13062169--13062211	9	4.7	9	91	2	50	53	2	0	44	1.13
13062170--13062211	18	2.3	19	87	4	59	54	2	0	42	1.13
13063657--13063690	9	3.7	9	92	4	50	73	8	2	14	1.19
13063663--13063692	10	3.1	10	95	4	53	73	10	0	16	1.09
13064037--13064062	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
13064061--13064131	3	23.7	3	94	0	115	63	0	4	32	1.14
13065138--13065170	14	2.3	15	94	5	59	3	12	9	75	1.14
13066111--13066165	9	6.2	9	75	10	51	50	0	0	49	1.00
13066111--13066188	36	2.1	38	86	6	108	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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