genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71857682--71857867	67	2.8	67	80	9	177	31	16	29	22	1.95
71857706--71857889	67	2.8	64	77	8	194	29	16	29	23	1.96
71860311--71860367	30	1.9	30	92	0	96	40	5	24	29	1.77
71863830--71863896	35	1.9	35	100	0	134	31	11	17	38	1.87
71869692--71869778	22	4.0	22	88	8	115	39	18	24	18	1.92
71878868--71878902	18	1.9	18	88	0	52	54	0	34	11	1.37
71879307--71879331	12	2.1	12	100	0	50	80	0	20	0	0.72
71881647--71881729	41	2.0	41	97	0	157	33	14	13	38	1.85
71881865--71881910	23	2.0	24	82	4	58	41	8	0	50	1.33
71882203--71882249	22	2.1	22	84	7	60	19	0	10	70	1.16
71882612--71882656	19	2.4	19	81	11	65	66	0	4	28	1.11
71884435--71884476	21	2.0	21	86	9	59	28	9	16	45	1.79
71885871--71885961	43	2.1	43	89	4	139	24	15	18	41	1.89
71888275--71888312	12	3.1	13	85	11	53	44	0	0	55	0.99
71888279--71888313	18	1.9	18	94	0	61	42	0	0	57	0.99
71889840--71889896	25	2.3	25	80	16	66	63	0	8	28	1.24
71889840--71889903	24	2.7	23	79	13	67	60	0	10	28	1.30
71891189--71891318	3	43.3	3	100	0	260	33	0	0	66	0.92
71892251--71892290	21	1.9	21	84	0	53	72	5	2	20	1.15
71892422--71892480	18	3.2	17	81	15	57	52	6	0	40	1.28
71897065--71897111	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
71899043--71899089	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71901881--71901907	6	4.5	6	100	0	54	55	14	29	0	1.40
71901909--71901937	8	3.6	8	100	0	58	79	20	0	0	0.74
71901908--71901947	8	4.7	9	90	6	57	82	17	0	0	0.67
71903091--71903217	66	1.9	66	95	0	227	33	20	11	35	1.88
71903281--71904401	43	25.7	43	75	9	631	35	22	22	20	1.96
71903543--71904314	132	5.9	132	87	3	1128	35	22	21	19	1.96
71903543--71904314	261	2.9	263	85	5	1121	35	22	21	19	1.96
71903269--71904400	436	2.6	435	85	4	1363	35	22	21	20	1.96
71903419--71904269	393	2.2	393	86	3	1210	35	22	22	19	1.96
71903500--71904354	88	9.8	88	74	8	429	35	22	21	20	1.96
71903543--71904417	132	6.7	130	84	6	825	35	22	21	20	1.96
71903451--71904414	87	11.0	86	73	9	508	35	22	21	20	1.96
71904427--71904614	68	2.8	68	90	1	297	28	23	22	25	1.99
71905722--71905778	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
71905860--71905889	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
71911840--71911883	21	2.1	21	100	0	88	22	11	9	56	1.62
71913780--71913809	14	2.2	13	94	5	51	40	20	6	33	1.78
71917890--71917963	28	2.6	28	87	4	105	31	32	13	22	1.93
71917948--71918162	40	5.4	40	89	0	313	34	26	16	23	1.95
71917948--71918162	80	2.7	80	92	0	358	34	26	16	23	1.95
71919609--71919645	7	5.4	7	90	3	58	27	24	0	48	1.51
71928009--71928065	28	2.0	28	96	0	105	40	3	24	31	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71937243--71937340	46	2.1	46	92	0	160	30	11	24	33	1.90
71937371--71937454	39	2.2	39	82	4	98	32	19	5	42	1.75
71937386--71937465	39	2.1	39	95	0	142	25	22	5	47	1.71
71937395--71937457	17	3.4	17	70	19	54	26	19	6	47	1.73
71937493--71937562	21	3.2	21	73	15	79	32	28	2	35	1.72
71937475--71937561	44	2.0	44	93	0	147	33	29	3	33	1.74
71937485--71937562	20	3.7	21	72	14	70	33	28	3	34	1.75
71940927--71940965	6	6.3	6	84	3	51	76	2	5	15	1.06
71952250--71952392	62	2.3	62	86	1	207	23	27	25	24	2.00
71952945--71952974	13	2.3	13	94	0	51	70	0	26	3	1.03
71952920--71952974	26	2.1	25	80	12	58	70	1	20	7	1.20
71962053--71962111	31	1.9	31	100	0	118	30	18	23	27	1.98
71972278--71972368	33	2.8	33	94	0	164	29	42	9	17	1.82
71974335--71974376	21	2.0	21	100	0	84	19	14	19	47	1.82
71977551--71977607	12	4.8	12	72	12	55	19	17	14	49	1.80
71977632--71977752	45	2.7	45	100	0	242	36	10	5	47	1.63
71977907--71977951	23	2.0	23	82	8	56	40	11	15	33	1.83
71979009--71979042	8	4.1	8	92	7	59	85	0	0	14	0.60
71979010--71979041	9	3.7	9	95	4	57	90	0	0	9	0.45
71979010--71979042	17	1.9	17	100	0	66	87	0	0	12	0.53
71991203--71991322	41	3.0	41	85	3	127	35	22	23	19	1.96
71991226--71991322	41	2.4	41	91	5	153	36	22	22	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71991939--71991987	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
71992266--71992326	7	8.6	7	80	3	59	22	1	26	49	1.59
71992317--71992397	21	3.8	21	73	11	67	17	2	40	39	1.63
71992351--71992382	14	2.3	14	94	0	55	12	3	46	37	1.57
71992539--71992605	14	4.7	14	87	3	98	38	5	16	38	1.73
71993129--71993203	21	3.5	22	75	14	66	60	2	1	36	1.20
71993151--71993208	22	2.7	21	82	15	73	65	1	1	31	1.13
71993206--71993327	40	3.1	40	81	9	153	45	17	18	18	1.86
71993219--71993327	38	2.8	40	85	5	168	42	18	20	19	1.90
71993541--71993624	35	2.4	34	78	9	98	32	35	4	27	1.78
71997015--71997146	69	1.9	67	84	6	176	43	12	11	31	1.78
72005369--72005435	23	2.9	23	80	8	66	28	0	4	67	1.10
72011363--72011435	37	2.0	36	89	5	110	30	26	15	28	1.96
72013391--72013469	40	2.0	40	89	0	122	18	13	30	36	1.90
72015282--72015313	15	2.1	15	100	0	64	21	12	6	59	1.55
72018315--72018353	10	3.9	10	80	12	53	69	2	10	17	1.28
72020299--72020359	4	15.8	4	75	21	51	73	0	1	24	0.92
72020308--72020369	28	2.2	28	88	5	90	75	0	1	22	0.88
72020299--72020369	11	6.3	11	82	12	74	74	0	2	22	0.94
72025430--72025657	46	5.0	46	94	1	359	39	14	23	22	1.91
72032310--72032359	4	12.5	4	100	0	100	26	0	24	50	1.50
72038246--72038280	18	2.0	17	88	5	52	42	0	2	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72038442--72038536	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
72038517--72038566	16	3.1	16	94	0	82	34	36	0	30	1.58
72040849--72040934	20	4.4	19	75	8	66	47	1	4	46	1.30
72042872--72042896	12	2.1	12	100	0	50	48	20	16	16	1.82
72043543--72043583	19	2.2	20	86	8	59	46	0	26	26	1.53
72048113--72048182	35	2.0	35	100	0	140	37	11	22	28	1.89
72050550--72050598	19	2.6	19	78	12	57	57	12	2	28	1.46
72054237--72054282	23	2.0	23	82	0	56	30	8	17	43	1.79
72062362--72062409	23	2.1	23	84	0	60	37	22	22	16	1.94
72067152--72067199	25	2.0	24	83	4	60	56	14	10	18	1.66
72070949--72071004	28	2.0	28	93	3	96	39	21	23	16	1.92
72086614--72086703	45	2.0	45	89	4	137	38	4	21	35	1.73
72086843--72086881	21	1.9	20	85	15	53	58	5	2	33	1.33
72089447--72089860	223	1.9	224	85	3	584	32	15	16	35	1.91
72089943--72090138	54	3.7	54	82	7	249	34	19	20	25	1.96
72089940--72090139	105	1.9	104	89	1	310	34	19	20	26	1.96
72090325--72090423	11	9.3	11	78	7	89	20	18	0	61	1.34
72090325--72090423	5	18.6	5	73	15	74	20	18	0	61	1.34
72090340--72090418	16	4.8	16	78	9	88	21	18	0	59	1.38
72090416--72090458	20	2.2	20	87	4	61	27	9	0	62	1.25
72090477--72090504	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
72090413--72090556	49	3.0	47	74	17	143	27	9	0	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72090620--72090745	53	2.3	54	89	5	184	26	23	19	30	1.98
72093729--72093764	16	2.2	17	90	5	56	11	8	0	80	0.90
72093752--72093813	5	11.6	5	80	13	70	19	20	0	59	1.38
72093772--72093813	12	3.8	11	90	9	68	19	23	0	57	1.41
72093752--72093813	21	2.9	21	81	13	72	19	20	0	59	1.38
72093806--72093846	19	2.2	19	91	8	66	29	4	0	65	1.13
72093806--72093888	21	4.0	20	72	20	64	31	6	0	62	1.19
72094410--72094655	51	4.8	51	82	2	280	32	17	22	27	1.96
72094836--72094920	11	7.8	11	74	6	66	21	18	0	60	1.37
72094837--72094915	16	4.8	16	81	9	88	21	18	0	59	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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