genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1479467--1479837	104	3.6	104	96	0	654	30	30	20	18	1.97
1493287--1493328	14	3.1	14	76	13	52	50	0	0	50	1.00
1493287--1493336	26	1.9	26	83	0	64	54	0	0	46	1.00
1493291--1493419	56	2.3	58	82	6	156	51	3	0	45	1.17
1493936--1493988	26	2.0	26	100	0	106	54	11	7	26	1.62
1496902--1496926	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1498043--1498082	21	1.9	21	100	0	80	55	10	5	30	1.54
1501159--1501270	44	2.5	44	79	5	118	41	14	18	25	1.89
1501116--1501374	45	5.7	46	72	7	138	41	17	19	21	1.91
1501252--1501416	45	3.6	45	81	4	152	42	18	21	17	1.89
1501295--1501416	46	2.7	46	82	6	149	43	18	21	17	1.88
1503213--1503242	15	2.0	15	93	0	51	16	50	0	33	1.46
1508120--1508178	22	2.7	21	80	17	75	42	18	23	15	1.88
1509687--1509758	3	24.3	3	80	18	80	62	2	0	34	1.10
1509866--1509902	18	1.9	18	89	10	56	40	5	0	54	1.24
1509886--1509947	28	2.3	26	78	10	70	51	3	0	45	1.17
1511392--1511418	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1512433--1512491	6	9.7	6	79	17	68	81	3	1	13	0.90
1512425--1512489	26	2.5	27	85	7	89	81	3	1	13	0.88
1516437--1516656	48	4.6	48	88	0	323	27	28	19	25	1.98
1518612--1518651	21	1.9	21	84	0	53	22	20	10	47	1.79
1552532--1552573	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1552536--1552572	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
1554037--1554075	13	3.1	13	92	3	62	71	0	0	28	0.86
1559615--1559650	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
1559602--1559642	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
1559747--1559804	23	2.5	23	94	0	98	50	41	1	6	1.39
1560306--1560352	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
1561155--1561186	13	2.5	13	100	0	64	15	6	0	78	0.95
1561361--1561388	11	2.5	11	100	0	56	42	10	10	35	1.74
1578526--1578659	43	3.1	42	78	3	135	38	19	17	23	1.93
1581896--1581946	19	3.2	15	73	21	50	54	1	0	43	1.11
1596674--1596772	30	3.3	30	66	13	78	45	6	12	36	1.66
1597649--1597712	33	2.0	32	85	14	87	46	12	1	39	1.51
1598757--1598835	32	2.5	31	83	2	95	29	13	15	41	1.85
1601440--1601464	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
1601832--1601857	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
1602235--1602287	24	2.2	24	100	0	106	24	18	28	28	1.98
1602992--1603117	54	2.3	55	81	6	141	43	1	6	48	1.38
1605356--1605857	126	4.0	126	91	1	767	28	16	16	37	1.91
1605360--1605857	251	2.0	251	91	0	800	28	16	17	37	1.91
1606224--1606284	29	2.2	28	82	11	72	54	8	0	37	1.31
1608864--1608906	18	2.4	18	92	7	70	44	0	0	55	0.99
1611793--1611860	18	3.7	19	80	5	77	47	14	7	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1611976--1612024	6	8.2	6	100	0	98	51	16	16	16	1.78
1612255--1612302	19	2.5	20	74	16	55	33	8	0	58	1.28
1613158--1613202	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
1613390--1613424	16	2.3	15	90	5	52	51	2	0	45	1.16
1620733--1620987	55	4.8	53	80	10	256	36	17	24	21	1.95
1620740--1620940	108	1.8	110	89	4	318	33	17	25	22	1.96
1621179--1621209	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
1623039--1623090	15	3.2	15	73	19	50	50	13	0	36	1.42
1623859--1623888	13	2.4	12	94	5	51	46	0	3	50	1.18
1629889--1630154	49	5.6	49	79	9	230	26	19	29	24	1.98
1629935--1630107	93	1.9	92	85	6	242	25	19	30	24	1.98
1630121--1630523	201	2.0	201	98	0	770	28	14	25	31	1.95
1634086--1634110	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
1652790--1652847	18	3.3	17	81	13	64	17	12	0	70	1.16
1659179--1659206	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
1659180--1659255	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
1660451--1660485	6	5.8	6	93	0	61	34	20	17	28	1.95
1662900--1662986	21	4.0	23	75	13	85	14	22	26	35	1.94
1671324--1671453	46	2.8	49	79	14	157	29	27	20	22	1.99
1671326--1671469	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
1671873--1671932	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
1675545--1675591	25	1.9	25	95	4	87	38	0	40	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1677008--1677114	27	4.0	27	87	1	144	15	25	21	37	1.93
1680446--1680489	15	2.8	15	89	6	61	25	0	0	75	0.81
1680669--1680801	71	1.9	72	98	1	259	26	9	17	47	1.77
1682798--1682851	25	2.2	25	86	0	72	40	0	11	48	1.39
1682804--1682851	25	1.9	25	91	0	78	37	0	12	50	1.41
1684818--1684857	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
1686314--1686345	12	2.8	12	95	4	57	75	0	6	18	1.01
1691571--1691610	19	2.1	19	90	0	62	25	37	15	22	1.93
1698325--1698375	24	2.1	25	88	3	77	56	9	0	33	1.32
1698448--1698487	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
1698537--1698578	20	2.0	21	86	4	59	57	9	0	33	1.31
1700871--1701104	54	4.3	54	94	0	387	38	17	15	28	1.91
1701167--1701198	14	2.2	15	94	5	57	71	6	9	12	1.29
1701094--1701360	89	3.0	89	95	1	466	39	19	15	25	1.90
1701256--1701287	14	2.2	15	94	5	57	71	6	9	12	1.29
1701000--1701665	306	2.2	305	92	1	1109	36	20	15	26	1.93
1701187--1701579	217	1.8	218	91	3	657	37	20	16	26	1.93
1701470--1701504	14	2.5	14	90	0	52	62	5	14	17	1.49
1701406--1701667	89	3.0	89	93	2	433	37	21	15	25	1.93
1701559--1701593	14	2.5	14	90	0	52	62	5	14	17	1.49
1702512--1702549	8	4.6	8	81	18	51	0	15	0	84	0.63
1702512--1702548	15	2.3	17	90	9	60	0	16	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1714264--1714314	24	2.1	25	85	3	68	56	7	0	35	1.28
1714387--1714426	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
1716306--1716366	24	2.5	24	74	15	63	36	0	16	47	1.47
1716340--1716386	15	2.9	16	78	12	60	40	0	8	51	1.33
1716340--1716401	15	3.7	16	76	22	56	38	0	11	50	1.39
1716340--1716388	11	4.5	11	76	23	50	40	0	10	48	1.37
1716361--1716389	11	2.5	12	88	11	51	41	0	10	48	1.37
1719221--1719277	30	1.9	30	85	0	78	38	12	3	45	1.59
1720010--1720069	27	2.2	26	80	8	66	48	0	6	45	1.29
1722775--1722819	11	3.9	11	77	11	54	35	2	4	57	1.31
1737114--1737163	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
1737504--1737553	15	3.4	15	75	25	61	28	0	12	60	1.32
1737496--1737555	29	2.1	29	100	0	120	31	0	10	58	1.31
1737502--1737549	14	3.4	14	74	25	55	31	0	10	58	1.32
1739006--1739043	19	2.0	19	94	0	67	21	26	23	28	1.99
1739401--1739438	18	2.1	18	95	0	67	39	15	18	26	1.91
1744445--1744608	42	3.9	42	84	4	197	28	24	16	30	1.96
1744445--1744608	85	1.9	84	86	3	231	28	24	16	30	1.96
1746636--1746683	19	2.5	20	86	6	64	50	4	8	37	1.52
1746646--1746684	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
1746803--1746834	16	2.1	15	94	5	55	78	0	21	0	0.76
1747548--1747572	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1747701--1747836	40	3.5	38	74	9	123	23	19	25	32	1.97
1749978--1750045	35	1.9	35	96	0	127	25	16	23	35	1.95
1750897--1750987	47	2.0	46	87	10	132	16	9	19	53	1.70
1755606--1755643	18	2.1	18	85	9	51	28	18	18	34	1.95
1759032--1759115	19	4.2	20	75	19	61	59	3	3	33	1.32
1759626--1759651	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
1759632--1759698	29	2.2	29	89	10	100	4	4	14	76	1.11
1760354--1760887	91	6.0	91	74	10	385	33	18	17	30	1.94
1760390--1760818	175	2.4	175	95	1	761	32	18	17	31	1.94
1760793--1761017	74	3.0	73	83	3	279	31	19	16	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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