genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1235204--1235260	17	3.2	16	75	22	51	17	1	3	77	1.00
1236231--1236281	26	2.0	25	96	3	93	58	3	7	29	1.44
1236231--1236281	25	2.0	26	92	3	86	58	3	7	29	1.44
1239475--1239504	15	1.9	16	93	6	53	70	0	3	26	1.03
1240674--1240731	30	1.9	30	82	0	71	18	15	6	58	1.59
1240870--1240937	28	2.4	29	81	16	72	32	2	0	64	1.08
1240897--1241108	17	13.0	17	67	21	71	35	0	1	62	1.11
1240891--1240946	29	2.0	28	89	3	85	33	1	0	64	1.04
1240979--1241097	7	16.1	7	74	24	95	31	0	0	68	0.96
1240978--1241099	23	5.7	23	74	21	106	31	0	0	67	0.97
1240979--1241096	59	1.9	64	83	14	160	31	0	0	67	0.96
1253171--1253777	45	13.5	44	64	17	192	31	14	26	27	1.95
1253143--1253815	90	7.5	90	90	1	956	30	14	27	27	1.95
1255215--1255271	29	2.0	29	89	0	87	31	0	0	68	0.90
1255304--1255477	7	23.1	7	71	24	99	32	1	0	66	1.04
1255304--1255479	80	2.2	80	85	9	236	32	1	0	65	1.04
1255303--1255484	15	12.6	15	70	26	112	32	1	1	64	1.08
1255745--1255801	29	2.0	29	89	0	87	31	0	0	68	0.90
1255834--1256007	7	23.1	7	71	24	99	32	1	0	66	1.04
1255834--1256009	80	2.2	80	85	9	236	32	1	0	65	1.04
1255833--1256014	15	12.6	15	70	26	112	32	1	1	64	1.08
1255181--1256241	530	2.0	530	98	0	2054	35	3	2	57	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1260461--1260528	22	3.1	22	72	17	61	57	8	2	30	1.44
1260756--1260821	24	2.5	27	73	19	66	54	6	3	36	1.41
1260906--1260966	31	1.9	32	83	9	81	62	6	0	31	1.21
1260910--1260966	15	3.7	15	74	4	51	64	7	0	28	1.19
1261173--1261229	19	3.1	19	78	14	57	64	0	3	31	1.10
1263451--1263505	27	2.0	27	92	0	92	12	12	20	54	1.70
1265685--1266090	202	2.0	202	100	0	812	58	6	10	24	1.55
1266056--1266115	26	2.4	25	80	2	75	65	8	5	21	1.40
1268054--1268288	88	2.7	88	83	10	284	33	19	17	29	1.95
1268205--1268348	77	1.9	75	89	2	225	29	24	19	27	1.98
1268228--1268416	77	2.5	75	82	7	217	28	23	17	30	1.97
1268429--1268666	73	3.2	73	88	2	341	35	21	16	26	1.95
1268102--1268751	237	2.7	234	80	7	776	34	20	16	28	1.95
1268577--1268746	89	1.9	90	91	1	279	37	20	16	25	1.93
1268991--1269918	75	11.9	75	71	16	547	34	22	14	27	1.94
1268992--1269610	233	2.6	230	83	6	699	35	22	14	27	1.93
1269226--1269845	160	3.9	154	79	9	646	34	22	15	27	1.94
1269007--1270007	550	1.8	549	97	0	1903	34	22	15	27	1.94
1269185--1269918	317	2.4	307	81	9	858	34	23	15	27	1.94
1269550--1270063	233	2.2	232	88	4	741	33	24	16	26	1.96
1275853--1275879	14	1.9	14	100	0	54	22	33	14	29	1.94
1279750--1279843	17	5.1	18	73	22	79	48	10	10	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1279981--1280172	95	2.0	95	98	0	375	34	21	14	29	1.93
1280495--1280526	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
1281035--1281076	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
1288283--1288330	22	2.2	21	82	10	53	25	0	6	68	1.12
1288283--1288330	21	2.2	22	85	10	64	25	0	6	68	1.12
1288448--1288508	29	2.1	30	87	9	90	40	0	3	55	1.16
1289675--1289742	33	2.1	33	91	0	109	42	4	0	52	1.21
1289692--1289742	16	3.1	16	70	25	52	45	1	0	52	1.12
1289701--1289758	25	2.2	29	79	17	72	37	3	0	58	1.15
1289685--1289736	16	3.2	16	70	24	54	42	3	0	53	1.19
1292639--1292708	27	2.5	28	93	2	115	27	12	30	30	1.93
1292639--1292721	27	3.0	27	85	5	78	30	12	26	31	1.92
1293221--1293310	7	12.7	7	97	2	171	14	0	41	44	1.45
1301529--1301707	28	6.4	28	94	1	279	26	11	27	34	1.91
1305386--1305512	61	2.1	62	80	4	141	36	8	9	45	1.67
1305668--1305723	18	3.2	18	79	2	60	75	0	1	23	0.90
1311177--1311260	42	2.0	42	100	0	168	40	9	9	40	1.70
1311720--1311758	20	2.0	20	89	0	60	35	17	17	28	1.94
1314032--1314211	49	3.7	49	75	9	181	25	18	32	24	1.97
1314029--1314211	50	3.8	49	75	10	164	24	18	32	24	1.97
1334277--1334421	71	2.0	71	97	0	272	24	18	26	29	1.98
1341126--1341229	51	2.0	51	88	0	154	38	16	9	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1342183--1342259	29	2.7	28	80	11	93	32	20	12	33	1.91
1344914--1344978	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
1345084--1345173	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
1345084--1345198	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
1345637--1345675	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
1346260--1346293	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
1351998--1352036	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
1352637--1352673	11	3.5	11	82	14	51	40	10	0	48	1.38
1352626--1352677	20	2.7	19	85	5	68	42	9	0	48	1.36
1352649--1352680	15	2.1	16	94	5	57	37	9	0	53	1.34
1354514--1354593	39	2.1	39	90	4	126	32	22	17	27	1.96
1355110--1355541	215	2.0	215	98	0	837	33	26	11	29	1.91
1356239--1356265	12	2.2	12	100	0	54	48	0	7	44	1.31
1358838--1358977	24	5.8	24	79	11	128	26	21	21	30	1.98
1358846--1358936	21	3.9	24	80	13	109	25	18	21	34	1.96
1358871--1358977	25	4.6	23	80	12	103	26	20	22	30	1.98
1366852--1367074	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
1366852--1367074	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
1366852--1367107	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
1370359--1370544	40	4.7	40	95	0	320	27	26	22	23	1.99
1373032--1373066	18	1.9	18	94	0	61	25	28	2	42	1.69
1378108--1378136	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1396370--1396423	22	2.5	22	93	0	99	22	31	24	22	1.98
1399323--1399352	5	6.0	5	96	0	51	40	16	20	23	1.91
1399572--1399620	18	2.7	18	93	0	80	20	20	16	42	1.89
1406057--1406119	32	2.0	32	100	0	126	30	22	3	44	1.68
1414841--1414914	37	2.0	37	89	0	112	40	13	18	27	1.88
1424370--1424927	279	2.0	279	100	0	1116	31	7	21	40	1.80
1425764--1425811	23	2.0	24	88	11	73	8	10	50	31	1.66
1425764--1425818	20	2.5	23	80	14	62	9	14	49	27	1.73
1427004--1427037	15	2.3	15	94	0	59	35	0	8	55	1.31
1427381--1427516	67	2.0	67	89	0	209	33	25	18	22	1.96
1433956--1434282	163	2.0	163	89	2	496	40	18	9	31	1.83
1439712--1439889	27	6.6	27	82	3	196	27	14	28	29	1.95
1439713--1439868	82	1.9	81	86	3	224	27	14	28	29	1.95
1439709--1439889	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	29	1.96
1440933--1441132	100	2.0	100	97	0	373	33	21	21	24	1.97
1447874--1448049	27	6.5	26	84	2	163	27	15	27	30	1.96
1447872--1448049	54	3.3	54	79	7	191	27	15	27	29	1.96
1447873--1448028	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
1447869--1448049	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
1449693--1449792	50	2.0	50	100	0	200	18	18	30	34	1.94
1455402--1455532	42	3.1	42	64	23	112	38	15	16	29	1.89
1455382--1455548	84	2.0	84	97	0	316	39	14	15	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1455901--1455943	23	2.0	23	86	9	63	48	6	16	27	1.71
1455907--1455956	23	2.2	23	82	13	59	52	10	14	24	1.71
1455972--1456001	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
1456406--1456456	13	3.8	13	80	12	59	21	0	3	74	0.98
1456502--1456540	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
1457271--1457340	37	1.9	35	82	5	86	48	0	7	44	1.30
1469134--1469188	24	2.3	24	84	6	67	29	3	29	38	1.74
1473982--1474012	15	2.1	15	100	0	62	12	6	38	41	1.69
1474174--1474234	29	2.1	29	87	0	86	34	9	34	21	1.86
1476311--1476351	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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