genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619--2756	69	2.0	69	98	0	267	21	18	18	41	1.91
7954--7979	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
12823--12855	5	6.6	5	100	0	66	81	0	18	0	0.68
13605--13747	35	4.1	35	100	0	286	19	25	16	38	1.92
18255--18332	38	2.1	38	97	0	147	60	5	7	26	1.45
22427--22561	3	45.0	3	100	0	270	66	0	33	0	0.92
22559--22612	28	1.9	28	85	7	74	29	1	7	61	1.34
22993--23060	23	2.9	24	82	4	77	35	25	16	23	1.95
26863--26982	54	2.2	54	83	2	161	20	27	28	23	1.99
26884--26994	54	2.1	54	82	3	134	25	29	24	20	1.99
37229--37271	22	2.0	22	90	0	68	18	6	20	53	1.67
57584--57619	14	2.6	15	87	12	51	44	11	2	41	1.54
57761--57813	15	3.5	15	77	10	54	16	1	1	79	0.92
58540--58651	56	2.0	56	98	0	215	19	7	20	52	1.69
70102--70173	37	2.0	35	84	10	92	55	2	2	38	1.29
74675--74739	24	2.7	24	87	0	85	38	23	16	21	1.93
74860--74960	53	1.9	52	86	6	141	24	32	22	19	1.97
75234--75343	55	2.0	55	94	0	193	35	9	15	40	1.79
77819--77877	29	2.0	29	83	9	75	42	5	10	42	1.60
106170--106233	25	2.5	26	92	2	112	59	0	1	39	1.07
110155--110475	96	3.3	96	100	0	642	40	23	14	21	1.89
112380--112409	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115576--115707	36	3.1	45	73	19	147	34	13	21	30	1.92
117954--118000	21	2.3	21	82	10	53	36	0	10	53	1.36
117979--118050	35	2.1	35	86	5	101	43	0	2	54	1.15
120121--120612	164	3.0	164	85	1	635	36	18	23	21	1.95
124701--124916	50	4.3	50	83	2	159	23	28	20	28	1.99
124737--124979	50	4.7	51	85	5	285	23	27	21	27	1.99
130637--130717	21	3.9	21	88	0	126	43	17	25	13	1.86
130634--130717	42	2.0	42	97	0	159	44	16	25	14	1.85
136802--136826	12	2.1	12	100	0	50	32	32	8	28	1.86
137376--137493	44	2.7	44	74	11	116	24	23	23	27	2.00
137631--138146	88	5.9	88	87	2	548	25	23	22	28	1.99
137798--138145	88	4.0	88	91	2	556	27	24	21	27	1.99
137743--138146	176	2.3	175	88	3	609	25	23	22	28	1.99
139388--139437	15	3.5	14	75	19	50	10	18	0	72	1.12
140296--140325	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
143533--143737	103	2.0	103	99	0	401	27	22	21	27	1.99
144938--144966	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
145378--145442	26	2.6	25	73	22	64	49	3	10	36	1.53
146423--146921	133	3.8	133	96	0	881	30	20	18	30	1.96
146833--147073	43	5.2	42	66	23	135	29	23	18	29	1.97
146832--147097	95	2.8	95	93	0	442	28	23	19	29	1.98
147330--148150	88	9.4	88	91	1	1045	25	23	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147401--148151	350	2.2	349	88	3	1104	25	24	22	28	1.99
149212--149258	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
152387--152435	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87
155552--155591	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
155551--155598	21	2.3	21	85	0	69	25	14	29	31	1.95
162505--162541	16	2.3	16	90	0	56	37	32	10	18	1.86
162697--162780	41	2.0	41	93	0	141	25	28	11	34	1.91
169461--169500	21	1.9	21	89	0	62	0	12	0	87	0.54
169461--169497	5	7.6	5	93	6	51	0	13	0	86	0.57
173585--173720	67	2.0	67	81	9	152	24	38	25	11	1.89
174252--174285	17	2.0	17	100	0	68	41	23	17	17	1.90
178813--178907	49	1.9	49	95	0	172	37	16	17	27	1.92
179043--179082	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
182732--182779	24	2.0	24	87	0	69	14	14	31	39	1.86
187929--187980	27	1.9	27	100	0	104	42	3	15	38	1.65
189458--189513	16	3.5	16	87	0	85	39	7	25	28	1.82
189495--189586	45	2.1	44	87	6	132	35	3	22	38	1.71
189695--189723	15	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
189678--189812	55	2.3	58	77	12	145	52	2	0	43	1.21
189801--189922	36	3.2	36	67	26	106	52	3	1	42	1.27
189771--189961	79	2.4	79	98	1	364	54	3	1	40	1.25
189902--189954	23	2.3	22	78	12	54	64	3	0	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195134--195449	46	7.6	45	87	8	321	29	21	13	35	1.92
195269--195408	36	3.9	36	97	0	253	32	20	10	37	1.85
198380--198488	42	2.6	42	79	13	134	26	27	20	25	1.99
207254--207365	20	5.8	18	68	13	62	58	0	3	36	1.21
207559--207622	21	3.1	21	72	17	55	25	12	1	60	1.40
207588--207630	21	2.0	21	82	8	52	30	13	0	55	1.39
207638--207696	10	6.4	9	81	11	52	25	1	1	71	1.05
207638--207696	18	3.2	17	81	13	64	25	1	1	71	1.05
207637--207696	8	6.9	8	78	15	50	25	1	1	71	1.04
207650--207696	18	2.6	18	87	12	69	25	0	2	72	0.96
212371--212406	18	2.0	18	94	0	63	11	19	27	41	1.85
212673--212753	41	2.0	41	97	0	153	41	29	8	19	1.81
226049--226078	13	2.3	13	100	0	60	60	13	6	20	1.55
229949--230065	20	5.9	20	68	6	85	41	19	27	11	1.85
232875--232914	21	1.9	21	84	0	53	50	7	20	22	1.73
255542--255632	30	3.0	30	87	4	112	29	15	18	36	1.92
257023--257610	294	2.0	294	100	0	1176	36	8	17	38	1.79
268790--268928	40	3.5	40	95	1	242	17	32	19	30	1.95
268790--268929	20	6.9	20	66	11	79	17	32	19	30	1.95
268790--268951	81	2.0	80	87	3	236	18	30	19	31	1.96
270070--270097	12	2.3	12	100	0	56	25	53	14	7	1.66
271424--271462	14	2.8	14	84	0	51	46	7	5	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272612--272671	29	2.1	29	90	0	93	25	8	26	40	1.84
277741--277967	114	2.0	113	94	3	404	55	8	21	14	1.66
280295--280360	3	22.0	3	100	0	132	0	33	0	66	0.92
290549--290838	40	7.3	40	93	1	422	24	21	27	26	1.99
290496--290838	80	4.3	80	88	2	424	25	20	27	26	1.99
290496--290840	120	2.9	118	86	3	424	24	20	27	26	1.99
299943--300125	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
299979--300160	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
301818--301972	85	1.8	84	90	1	247	21	18	27	32	1.97
301809--301964	42	3.7	42	80	9	158	23	15	27	33	1.95
304652--304861	103	2.0	104	88	4	309	37	11	10	40	1.76
305229--305266	18	2.1	19	90	5	60	60	0	23	15	1.35
323922--324084	30	5.4	29	80	10	134	38	12	26	22	1.90
323894--324113	90	2.5	90	82	8	252	38	13	25	23	1.91
327086--327164	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
327283--327849	47	12.1	47	95	0	947	28	30	9	31	1.88
335389--335578	30	6.4	30	78	6	129	36	13	26	23	1.92
335446--335638	30	6.4	30	77	5	158	39	13	25	21	1.90
335443--335638	60	3.3	59	75	8	189	39	13	25	21	1.90
335422--335610	90	2.1	89	88	2	272	37	13	26	22	1.91
335440--335668	90	2.6	89	82	6	266	38	13	25	22	1.90
337612--337667	27	2.1	27	100	0	112	19	17	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347938--347989	27	1.9	27	92	0	86	32	15	15	36	1.89
358630--358678	19	2.6	19	100	0	98	28	26	26	18	1.98
359477--359570	38	2.5	38	92	3	154	32	29	20	17	1.95
359498--359580	22	4.0	22	70	17	79	36	27	19	16	1.93
363339--364103	382	2.0	379	85	1	1028	31	20	15	32	1.94
371667--371696	15	2.0	15	100	0	60	40	6	33	20	1.78
372934--372994	10	6.0	10	75	17	63	19	4	1	73	1.10
377648--378257	47	12.9	47	96	0	1067	30	8	31	29	1.87
378376--378454	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
387938--388004	33	2.0	33	97	0	125	34	8	38	17	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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