genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26160007--26160093	38	2.3	38	91	2	147	48	6	8	36	1.60
26164536--26164640	1	105.0	1	100	0	210	100	0	0	0	0.00
26169930--26170008	40	2.0	40	97	2	151	22	20	7	49	1.74
26173112--26173378	94	2.9	92	81	8	285	27	17	30	23	1.97
26173115--26173378	46	5.7	46	76	9	214	28	17	30	23	1.97
26179431--26179698	46	5.7	46	80	9	246	27	18	30	23	1.98
26185112--26185234	38	3.2	38	85	6	169	22	26	24	26	2.00
26185112--26185271	38	4.2	38	81	6	162	23	25	23	27	2.00
26185103--26185285	76	2.4	78	80	6	203	23	23	24	28	1.99
26185096--26185282	38	4.8	38	80	5	135	24	24	22	28	1.99
26186345--26186554	48	4.5	48	72	8	184	27	22	20	30	1.98
26197207--26197236	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
26210650--26210729	31	2.9	26	73	20	81	46	1	18	33	1.58
26215764--26215825	31	2.0	31	90	6	99	45	3	22	29	1.68
26220835--26220944	40	2.7	41	81	8	125	40	20	11	27	1.87
26221024--26221069	21	2.2	21	92	3	76	23	30	2	43	1.66
26220993--26221100	55	1.9	56	86	1	155	24	31	3	40	1.72
26222090--26222146	26	2.1	27	81	9	64	54	5	31	8	1.53
26224083--26224111	13	2.1	14	93	6	51	41	6	6	44	1.58
26224296--26224330	17	2.1	17	89	5	54	82	2	2	11	0.88
26224620--26224686	35	1.9	35	96	0	125	46	11	5	35	1.65
26225076--26225114	15	2.6	15	91	0	60	30	12	7	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26230061--26230364	48	6.2	48	87	4	446	37	6	25	31	1.81
26230053--26230370	102	3.2	102	90	5	513	38	5	24	31	1.79
26230361--26230562	48	4.2	48	98	0	386	26	27	7	38	1.84
26230748--26230930	37	5.0	37	93	1	305	24	18	31	26	1.97
26230748--26230930	73	2.5	74	91	1	305	24	18	31	26	1.97
26233686--26233813	66	1.9	66	84	6	170	43	21	23	11	1.85
26234115--26234183	36	1.9	35	82	2	84	34	18	15	30	1.93
26237630--26238414	49	16.0	49	99	0	1561	55	10	4	30	1.52
26238421--26238453	6	5.3	6	96	3	57	81	0	0	18	0.68
26239424--26239463	18	2.3	17	86	4	53	32	5	10	52	1.56
26251709--26251886	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26251730--26251885	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26254723--26254924	46	4.4	45	72	11	160	31	16	29	22	1.96
26256066--26256106	21	1.9	21	85	14	57	12	41	26	19	1.87
26256402--26256435	17	2.1	16	89	10	52	47	2	5	44	1.42
26256469--26256569	31	3.3	31	77	13	127	42	0	2	53	1.22
26256444--26256572	61	2.1	61	89	0	204	42	2	3	51	1.33
26261955--26262225	48	5.7	48	71	12	166	27	17	29	25	1.98
26264231--26264261	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
26274840--26274880	5	8.2	5	100	0	82	80	0	19	0	0.71
26281426--26281462	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
26283507--26283537	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26285860--26286062	47	4.3	47	90	1	302	27	29	9	33	1.88
26287062--26287251	95	2.0	95	100	0	380	25	27	21	26	1.99
26297629--26297900	48	5.7	48	80	7	295	27	19	29	23	1.98
26297616--26297897	143	2.0	144	87	4	410	26	19	29	24	1.98
26298620--26298709	45	2.0	45	93	0	153	27	23	21	27	1.99
26303405--26303445	22	2.0	21	86	13	59	48	24	2	24	1.63
26305419--26305458	7	5.6	7	85	5	53	45	35	0	20	1.51
26305419--26305460	15	2.9	15	89	3	59	42	35	0	21	1.53
26320522--26320612	6	15.5	6	85	6	80	74	6	2	16	1.12
26320502--26320611	12	9.4	11	79	10	80	73	5	2	18	1.14
26320512--26320569	17	3.4	17	83	4	62	75	1	5	17	1.06
26320502--26320612	18	6.2	17	77	16	84	73	5	2	18	1.14
26325962--26325994	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
26327711--26327767	26	2.2	26	100	0	114	45	3	12	38	1.59
26329082--26329111	6	5.0	6	91	0	51	16	3	0	80	0.85
26329082--26329118	18	2.1	18	89	0	56	21	5	0	72	1.04
26337629--26337668	10	3.8	10	84	12	53	35	0	2	62	1.09
26337629--26337680	10	5.0	10	81	9	50	30	0	7	61	1.24
26342665--26342698	15	2.3	15	100	0	68	58	5	23	11	1.55
26351905--26351964	31	1.9	31	86	0	84	31	38	18	11	1.87
26359625--26359700	30	2.6	29	82	14	77	32	1	2	63	1.17
26359640--26359718	31	2.5	31	72	15	72	35	1	2	60	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26359695--26359734	13	3.0	13	89	10	55	45	0	2	52	1.14
26360075--26360099	13	1.9	13	100	0	50	56	24	0	20	1.43
26360156--26360214	32	1.9	31	86	13	86	69	1	11	16	1.26
26368543--26368626	26	3.2	26	94	0	141	34	4	23	36	1.76
26378237--26378371	35	3.7	37	78	10	143	32	12	21	33	1.91
26381092--26381117	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
26385788--26385841	20	2.6	21	82	11	67	37	0	5	57	1.22
26385831--26385869	11	3.5	11	96	0	69	28	5	0	66	1.12
26388022--26388188	46	3.6	46	89	1	237	42	14	23	19	1.88
26394339--26394396	28	2.1	28	96	0	107	34	10	12	43	1.76
26396375--26396464	45	2.0	46	84	2	119	30	17	8	43	1.80
26401763--26401792	15	2.1	14	93	6	51	43	33	0	23	1.54
26409104--26409643	176	3.1	174	89	2	805	27	20	19	33	1.96
26409350--26409641	88	3.3	88	68	16	233	27	20	20	31	1.97
26416437--26416788	40	8.8	40	90	1	508	26	27	20	25	1.99
26438517--26438553	10	3.9	10	86	13	60	43	0	13	43	1.44
26438518--26438554	18	2.1	18	100	0	74	45	0	10	43	1.39
26438619--26438670	27	1.9	27	84	0	68	42	0	9	48	1.36
26439551--26439577	11	2.5	11	100	0	54	25	18	0	55	1.43
26439738--26439815	38	2.1	38	95	0	138	21	11	23	43	1.85
26440746--26440955	16	12.7	16	68	25	84	46	19	0	33	1.56
26440757--26440781	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26440770--26440941	39	4.5	38	67	16	104	46	19	1	33	1.57
26440834--26441146	9	36.8	9	70	15	195	45	20	2	31	1.66
26440834--26441157	25	12.7	25	71	13	198	45	20	2	31	1.65
26440921--26441119	59	3.4	59	83	6	226	44	19	3	32	1.68
26443347--26443393	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
26453573--26453622	18	2.7	19	84	9	68	34	16	36	14	1.88
26454473--26454539	29	2.2	31	86	7	93	41	13	16	28	1.86
26454922--26455116	27	7.2	27	81	2	203	20	15	22	42	1.89
26454933--26455116	54	3.4	52	85	5	233	19	15	21	44	1.87
26454920--26455126	81	2.6	81	86	0	270	19	14	22	42	1.88
26463862--26463926	20	3.3	19	80	8	67	40	6	13	40	1.70
26464123--26464170	19	2.6	19	83	3	62	35	2	12	50	1.52
26468740--26468779	19	2.2	18	95	4	71	40	2	15	42	1.60
26475538--26475602	33	2.0	33	100	0	130	35	15	6	43	1.72
26478658--26478700	21	2.0	21	90	0	68	11	23	20	44	1.84
26504051--26504114	30	2.1	31	91	2	103	26	25	6	42	1.78
26509165--26509293	50	2.6	51	78	3	136	27	20	27	24	1.99
26519864--26519961	31	3.4	31	69	21	104	30	0	39	29	1.57
26519851--26519981	54	2.4	54	100	0	262	32	0	40	27	1.57
26520579--26521098	27	19.3	27	87	0	628	44	22	15	17	1.86
26529943--26530012	17	4.2	16	75	8	52	20	2	22	54	1.58
26534647--26534691	23	2.0	23	90	0	72	33	8	17	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26545730--26545854	61	2.1	59	80	5	135	49	6	2	41	1.41
26546371--26546438	27	2.6	25	83	9	73	19	35	2	42	1.66
26546791--26546828	19	2.0	19	89	0	58	28	5	31	34	1.80
26548080--26548110	16	1.9	16	93	0	53	48	12	9	29	1.73
26549100--26549148	24	2.0	24	100	0	98	16	24	8	51	1.71
26549174--26549241	25	2.7	25	84	11	77	61	11	11	14	1.56
26554855--26554922	27	2.6	25	83	9	73	19	35	2	42	1.66
26555275--26555312	19	2.0	19	89	0	58	28	5	31	34	1.80
26556564--26556594	16	1.9	16	93	0	53	48	12	9	29	1.73
26557584--26557632	24	2.0	24	100	0	98	16	24	8	51	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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