genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  91  of  182  ( 21791 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27475978--27476460	249	1.9	248	82	4	598	25	24	25	24	2.00
27475799--27476626	425	2.0	424	82	4	1028	26	24	25	23	2.00
27476618--27476871	128	2.0	126	97	1	481	31	19	24	24	1.98
27478578--27478627	24	2.1	24	81	7	57	26	10	4	60	1.47
27491034--27491067	7	5.1	7	92	7	54	14	23	0	61	1.33
27492397--27492590	96	2.0	97	95	1	354	38	30	9	21	1.86
27494706--27494738	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
27495598--27495779	46	4.4	37	87	11	184	27	19	15	36	1.93
27495650--27496062	46	8.6	46	84	9	520	28	21	14	35	1.93
27495650--27496062	98	4.3	98	94	1	667	28	21	14	35	1.93
27499826--27499858	17	1.9	17	93	0	57	24	24	6	45	1.75
27506475--27506510	6	6.2	6	93	6	65	16	0	0	83	0.65
27506475--27506509	17	2.1	17	100	0	70	17	0	0	82	0.66
27543687--27543736	6	8.2	6	84	10	57	18	22	0	60	1.37
27543807--27543854	19	2.6	19	90	3	71	14	16	0	68	1.21
27556992--27557202	97	2.2	96	85	3	273	41	2	17	38	1.64
27557788--27557830	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
27558485--27558510	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
27560485--27560510	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
27564651--27564697	23	2.0	23	91	0	76	14	25	10	48	1.76
27571274--27571298	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
27571399--27571462	21	3.0	21	79	2	74	20	28	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27574302--27574370	16	4.2	16	92	3	120	23	0	39	37	1.55
27574302--27574370	33	2.1	32	94	2	120	23	0	39	37	1.55
27574351--27574441	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
27574606--27574640	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27574613--27574787	51	3.1	51	66	25	134	49	5	0	44	1.30
27574726--27574760	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27580837--27580875	20	2.0	20	90	10	62	28	12	33	25	1.93
27582820--27582861	22	1.9	22	90	0	66	38	0	16	45	1.48
27586288--27586518	63	3.7	63	82	5	272	44	15	4	35	1.67
27588106--27588171	26	2.5	27	75	5	71	13	40	3	42	1.60
27590852--27590887	17	2.1	17	89	5	54	19	2	11	66	1.35
27594478--27594553	35	2.2	34	84	9	93	43	2	5	48	1.39
27594561--27594612	24	2.2	24	100	0	104	32	3	3	59	1.33
27594722--27594807	43	2.0	43	82	13	104	40	26	2	30	1.68
27614480--27614559	40	2.0	40	82	0	97	15	38	20	26	1.91
27619031--27619070	21	1.9	21	94	0	71	22	32	7	37	1.82
27619867--27620806	470	2.0	470	100	0	1880	31	10	18	40	1.84
27620982--27621125	66	2.2	66	87	3	200	42	19	23	14	1.88
27621401--27621497	44	2.2	44	85	7	126	31	27	14	25	1.95
27623522--27623568	23	2.0	23	83	0	58	59	4	2	34	1.29
27623622--27623677	17	3.5	16	79	20	64	67	1	0	30	1.01
27623727--27623767	19	2.1	20	95	4	75	68	9	0	21	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27625632--27625689	30	1.9	30	89	0	89	39	0	41	18	1.51
27625982--27626012	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27628475--27628499	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
27628572--27628606	17	2.0	17	88	5	52	48	2	0	48	1.16
27637003--27637035	15	2.2	15	94	0	57	48	3	12	36	1.56
27666574--27666677	26	4.0	26	100	0	208	26	15	26	30	1.96
27667728--27667935	26	8.0	26	100	0	416	26	15	26	30	1.96
27671018--27671055	18	2.1	18	90	0	58	39	13	26	21	1.89
27676269--27676330	26	2.4	26	86	5	81	30	9	14	45	1.77
27716975--27717028	26	2.0	27	82	10	67	37	5	22	35	1.77
27719720--27719746	12	2.2	12	100	0	54	14	22	33	29	1.94
27720966--27721042	25	3.1	25	84	0	109	29	20	16	32	1.95
27732420--27732468	25	2.0	25	84	15	66	44	14	6	34	1.70
27745304--27745565	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
27754032--27754069	14	2.9	14	81	18	55	50	0	0	50	1.00
27754192--27754216	8	3.1	8	100	0	50	24	12	0	64	1.27
27756004--27756037	17	1.9	18	88	5	52	79	2	11	5	1.02
27756926--27757192	50	5.3	50	68	3	205	23	27	20	28	1.99
27756921--27757187	100	2.7	100	86	0	381	23	26	20	28	1.99
27757380--27757700	88	3.6	88	90	0	464	24	26	20	28	1.99
27762460--27762516	27	2.1	27	83	6	71	64	8	8	17	1.46
27769639--27769697	24	2.4	24	74	20	59	52	3	3	40	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27770592--27770629	16	2.3	16	83	16	51	81	2	7	7	0.96
27771600--27771658	24	2.4	24	74	20	59	52	3	3	40	1.35
27772553--27772590	16	2.3	16	83	16	51	81	2	7	7	0.96
27774997--27775072	28	2.8	28	80	15	79	26	3	0	69	1.05
27775017--27775052	16	2.3	16	95	4	65	27	0	0	72	0.85
27775000--27775084	26	3.1	27	80	14	79	25	3	0	70	1.03
27775123--27775175	8	6.5	8	79	12	54	24	3	0	71	1.02
27775224--27775269	10	4.6	10	80	0	56	23	0	6	69	1.11
27775222--27775281	21	2.9	21	76	11	61	28	0	5	66	1.12
27798772--27798806	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27798869--27798920	14	3.6	14	75	14	52	53	0	1	44	1.11
27798766--27798986	117	1.9	120	91	5	369	50	4	1	42	1.34
27801608--27801698	46	2.0	46	93	0	155	41	19	12	26	1.86
27802671--27802720	17	2.9	17	81	3	64	56	8	0	36	1.29
27807826--27808095	43	6.3	43	88	3	400	31	30	17	20	1.95
27807826--27808095	87	3.1	85	89	3	398	31	30	17	20	1.95
27813375--27813461	42	2.1	42	95	0	156	20	26	16	36	1.93
27822075--27822124	22	2.3	22	96	0	91	28	40	20	12	1.87
27828257--27828295	16	2.6	16	84	8	55	41	2	33	23	1.68
27828544--27828642	47	2.1	48	94	1	173	46	1	7	45	1.37
27829068--27829096	15	1.9	15	100	0	58	34	51	0	13	1.42
27829365--27829405	22	1.9	21	85	5	55	36	39	0	24	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27828946--27829651	318	2.2	317	90	4	1100	42	26	2	28	1.68
27829636--27829702	7	9.7	7	80	3	82	46	37	1	14	1.55
27829658--27829712	21	2.6	21	88	2	74	49	34	0	16	1.46
27829696--27829775	37	2.2	37	97	0	151	37	35	0	27	1.57
27829756--27829804	7	6.9	7	76	4	53	32	46	0	20	1.51
27829766--27829806	15	2.8	15	88	3	57	36	46	0	17	1.48
27829827--27829864	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
27830988--27831456	41	11.4	40	82	5	501	34	26	18	20	1.95
27830988--27831434	208	2.2	205	85	5	580	34	27	19	19	1.96
27835083--27835116	8	4.2	8	100	0	68	76	0	0	23	0.79
27837393--27837430	17	2.2	17	95	0	67	18	21	39	21	1.93
27839210--27839278	29	2.4	29	77	0	84	46	14	20	18	1.84
27840598--27840867	42	6.4	42	82	6	305	30	21	21	26	1.98
27840598--27840867	127	2.1	128	82	6	325	30	21	21	26	1.98
27840598--27840868	85	3.2	84	84	7	318	30	21	21	26	1.98
27841302--27841340	12	3.2	12	88	0	60	5	38	15	41	1.69
27841326--27841394	21	3.3	21	85	0	84	2	40	20	36	1.67
27850987--27851039	7	7.0	7	91	8	70	30	0	16	52	1.44
27850994--27851361	9	40.8	9	76	8	322	32	3	17	46	1.65
27851033--27851338	64	4.8	63	78	5	240	32	3	17	47	1.64
27851096--27851337	73	3.3	73	92	1	396	32	2	16	49	1.57
27851523--27851560	16	2.4	16	86	4	51	52	5	2	39	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27851557--27851584	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
27851553--27851602	17	3.2	17	81	18	72	52	6	6	36	1.51
27852889--27853268	191	2.0	191	90	0	598	44	12	23	18	1.85
27853839--27853879	14	2.9	14	88	3	55	34	51	0	14	1.43
27853931--27853974	21	2.1	21	83	8	54	38	36	0	25	1.56
27854108--27854227	21	5.6	22	66	21	76	43	34	0	21	1.59
27854640--27855236	114	5.2	114	85	4	810	25	20	19	34	1.96
27856629--27856876	124	2.0	124	91	0	406	27	22	15	35	1.94
27865061--27865097	19	1.9	19	94	0	65	13	32	0	54	1.40
27866829--27866855	12	2.2	12	100	0	54	25	7	0	66	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182