genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14228071--14228186	30	3.9	29	81	7	117	31	21	3	43	1.69
14228434--14228483	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
14228437--14228479	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
14228539--14228584	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
14228542--14228570	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
14228539--14228584	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
14228539--14228597	25	2.3	24	85	8	73	67	0	32	0	0.91
14228677--14228717	21	2.0	21	86	9	59	82	12	4	0	0.81
14228680--14228831	17	8.6	17	68	19	71	76	13	9	1	1.08
14228763--14228836	18	4.1	18	75	11	62	81	12	5	1	0.93
14228763--14228826	20	3.2	20	73	8	58	81	12	4	1	0.92
14228680--14228825	16	8.4	16	68	20	71	76	13	8	1	1.07
14228690--14228825	37	3.8	36	76	13	109	75	13	9	1	1.10
14228682--14228865	92	2.0	94	95	3	338	75	12	11	1	1.11
14228801--14228836	13	2.6	13	91	8	54	83	8	5	2	0.89
14228725--14228826	39	2.6	39	77	14	104	76	11	10	0	1.07
14228827--14228942	59	2.0	58	96	3	216	58	13	25	1	1.45
14228828--14228944	57	2.0	58	95	3	155	58	15	24	1	1.47
14229025--14229092	15	4.6	14	84	12	82	80	0	19	0	0.70
14229025--14229101	23	3.4	22	87	5	100	80	0	19	0	0.71
14229025--14229092	7	9.1	7	81	12	82	80	0	19	0	0.70
14229027--14229101	16	4.9	15	84	11	89	81	0	18	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14229038--14229103	8	8.4	8	91	6	84	81	0	18	0	0.68
14229643--14229916	17	14.9	18	72	10	62	32	12	10	44	1.76
14229643--14229716	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
14229731--14229821	17	5.2	18	76	6	80	30	17	9	41	1.82
14229761--14229838	17	4.6	18	72	22	69	33	12	7	46	1.71
14229743--14229837	34	2.8	34	87	4	120	30	15	8	45	1.76
14229766--14229819	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
14229643--14230093	18	25.1	18	69	17	140	33	11	10	44	1.75
14229816--14229883	23	3.0	22	89	4	91	45	7	7	39	1.60
14233409--14233441	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
14236378--14236452	19	3.8	19	84	6	105	36	10	16	37	1.83
14236431--14236475	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
14236659--14236703	23	2.0	23	86	0	63	20	0	17	62	1.33
14236917--14236948	6	5.2	6	96	3	55	18	0	0	81	0.70
14241574--14241665	43	2.1	43	85	0	121	29	25	20	25	1.99
14241587--14241757	43	3.9	43	78	13	188	29	22	19	28	1.98
14242156--14242203	21	2.3	21	88	0	78	2	41	18	37	1.63
14243075--14243181	37	3.1	36	76	18	127	40	2	11	45	1.54
14243255--14243422	20	8.6	20	71	13	118	41	4	6	47	1.50
14243221--14243411	57	3.3	57	88	1	265	41	4	6	47	1.50
14245595--14245768	6	29.0	6	100	0	348	50	16	0	33	1.46
14247016--14247086	7	10.1	7	77	6	63	45	36	1	16	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14247254--14247294	13	3.1	14	82	6	50	46	24	7	21	1.77
14247629--14248045	228	1.8	229	83	5	558	28	20	23	27	1.99
14248742--14248790	21	2.3	22	79	13	57	28	6	4	61	1.38
14248752--14248792	21	1.9	21	90	5	64	29	4	2	63	1.28
14249485--14249535	9	5.8	9	90	4	77	37	29	9	23	1.87
14249485--14249535	17	2.9	18	82	5	77	37	29	9	23	1.87
14250468--14250505	20	1.9	20	94	0	67	31	7	13	47	1.71
14250454--14250518	34	1.9	33	87	9	96	33	6	13	46	1.69
14252014--14252054	21	2.0	21	100	0	82	34	26	19	19	1.96
14252030--14252094	32	2.0	32	96	0	121	46	24	16	12	1.82
14255083--14255128	23	2.0	23	86	0	65	32	0	23	43	1.54
14256202--14256352	41	3.7	41	82	1	178	23	27	19	28	1.99
14256205--14256371	41	4.1	40	75	10	117	24	26	19	28	1.99
14278094--14278123	12	2.5	12	94	0	51	56	0	26	16	1.40
14278169--14278263	47	2.0	46	86	6	129	38	9	14	35	1.79
14279284--14279328	22	2.0	22	83	8	56	53	2	6	37	1.40
14297171--14297208	16	2.2	18	90	9	62	26	0	0	73	0.83
14297344--14297647	168	1.8	161	85	7	423	43	9	12	33	1.76
14299563--14299596	14	2.3	15	95	5	61	35	0	0	64	0.94
14299881--14299917	13	3.0	13	88	7	51	45	0	0	54	1.00
14306523--14306578	3	18.7	3	92	0	94	32	1	35	30	1.68
14320951--14321040	44	2.0	45	95	2	164	44	11	16	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14320956--14321052	44	2.2	45	90	1	151	48	10	15	25	1.77
14321405--14321442	17	2.3	17	90	4	60	52	0	0	47	1.00
14332252--14332276	13	1.9	13	100	0	50	32	8	0	60	1.26
14335391--14335505	57	1.9	59	89	10	182	27	24	25	22	2.00
14335651--14335782	67	2.0	67	95	0	237	21	18	32	27	1.97
14337309--14337343	11	3.2	11	92	8	54	0	25	0	74	0.82
14339160--14339231	20	3.8	20	70	14	62	56	5	0	37	1.22
14339812--14339865	19	2.8	20	78	18	60	24	0	5	70	1.08
14339891--14339923	10	3.3	10	84	16	50	33	0	3	63	1.10
14339943--14340049	18	5.6	19	72	11	78	33	0	2	63	1.09
14340072--14340113	10	4.1	11	79	14	54	26	0	2	71	0.98
14340016--14340113	20	4.9	20	68	17	69	29	2	3	65	1.19
14344418--14344509	19	4.8	19	90	0	148	38	16	8	36	1.79
14344418--14344509	38	2.4	38	96	0	166	38	16	8	36	1.79
14345067--14345442	44	8.6	45	73	11	190	27	23	20	28	1.99
14345110--14345395	129	2.2	132	81	6	323	27	24	19	28	1.99
14352117--14352257	71	2.0	71	98	0	273	44	12	11	31	1.78
14352745--14352796	14	3.6	14	75	10	50	50	1	9	38	1.46
14352743--14352801	16	3.8	16	75	8	59	50	1	8	38	1.43
14352789--14352855	32	2.1	31	83	2	80	53	4	8	32	1.52
14354547--14354874	50	6.6	50	73	0	242	24	25	22	28	1.99
14354513--14354874	100	3.6	100	88	0	544	24	25	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14354960--14355066	50	2.1	49	77	5	115	26	24	22	27	2.00
14361704--14361733	12	2.5	12	94	0	51	53	0	3	43	1.17
14361813--14361841	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
14363140--14363591	107	4.2	107	94	2	748	34	15	18	32	1.92
14363140--14363591	217	2.1	213	92	2	746	34	15	18	32	1.92
14363967--14363991	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
14364015--14364057	17	2.4	18	80	11	52	20	4	0	74	1.00
14364320--14364649	103	3.2	103	87	5	452	32	17	15	35	1.91
14366980--14367322	87	3.9	86	80	4	296	24	21	14	39	1.91
14367227--14367519	108	2.7	107	83	6	333	25	21	15	37	1.92
14367584--14367743	86	1.9	86	84	2	214	28	21	12	38	1.89
14369116--14369332	66	3.2	68	77	5	219	28	27	10	34	1.89
14376193--14376237	22	2.0	23	91	8	74	35	2	0	62	1.08
14376432--14376480	16	2.9	16	77	11	53	34	2	2	61	1.19
14377245--14377285	13	2.7	15	82	17	50	56	19	0	24	1.42
14386403--14386456	5	11.4	5	78	11	60	59	1	0	38	1.08
14402718--14403012	151	2.0	151	97	0	554	34	14	18	32	1.91
14404796--14404854	31	1.9	31	83	13	77	67	0	15	16	1.23
14406072--14406120	24	2.0	26	84	15	68	73	0	16	10	1.09
14416784--14416834	26	1.9	28	84	11	72	50	3	3	41	1.39
14424944--14425118	74	2.4	74	89	0	260	22	20	22	34	1.97
14424944--14425169	74	3.1	74	84	1	222	22	21	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14430453--14430618	51	3.3	51	95	0	287	30	14	25	29	1.95
14436423--14436474	26	2.0	26	82	17	65	42	0	3	53	1.19
14441223--14441280	7	8.3	7	78	5	55	63	0	8	27	1.23
14441221--14441274	14	4.0	13	90	7	81	59	0	11	29	1.32
14441236--14441280	21	2.1	22	87	4	65	64	0	8	26	1.23
14441222--14441290	20	3.3	20	76	9	59	59	1	11	27	1.41
14441378--14441420	15	2.9	15	82	0	59	32	11	23	32	1.90
14441837--14441870	9	3.6	9	88	11	50	47	0	0	52	1.00
14443272--14443308	16	2.2	17	95	4	67	86	0	13	0	0.57
14443272--14443308	11	3.3	11	92	3	56	86	0	13	0	0.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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