genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25293142--25293192	26	2.0	26	100	0	102	31	27	0	41	1.56
25294290--25295041	88	8.5	88	86	2	944	28	26	23	21	1.99
25294359--25295402	88	11.9	87	84	5	685	28	25	23	21	1.99
25294929--25295620	44	15.9	44	69	7	266	28	22	24	24	1.99
25294800--25295410	174	3.5	173	85	4	687	28	24	24	22	2.00
25294888--25295410	261	2.0	260	86	2	737	28	24	24	23	2.00
25295173--25295625	217	2.1	218	93	0	773	28	21	24	25	1.99
25295390--25295638	87	2.9	87	93	1	428	28	20	25	25	1.99
25295086--25295638	304	1.8	304	95	1	1002	28	21	24	24	1.99
25297030--25297095	15	4.7	15	71	17	52	34	3	1	60	1.21
25297546--25297583	8	5.0	8	84	9	53	39	0	0	60	0.97
25297794--25297840	13	3.8	12	78	10	51	21	2	6	70	1.20
25300004--25300050	12	3.8	12	75	13	51	48	0	2	48	1.13
25302641--25302687	3	15.7	3	90	0	76	63	2	2	31	1.18
25303826--25303871	24	1.9	24	86	8	67	28	0	10	60	1.30
25305123--25305169	20	2.3	20	92	0	76	53	10	10	25	1.68
25308095--25308144	12	4.1	12	74	5	55	46	2	2	50	1.24
25308688--25308737	25	2.0	26	96	4	93	46	4	0	50	1.20
25315003--25315059	30	1.9	30	100	0	114	33	8	12	45	1.72
25315002--25315052	15	3.3	16	74	20	54	31	9	13	45	1.76
25315011--25315059	15	3.3	15	73	21	57	38	6	12	42	1.67
25315495--25315522	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25317995--25318037	22	2.0	22	85	0	59	11	13	25	48	1.77
25318109--25318228	42	2.8	43	87	3	161	31	21	20	25	1.98
25318148--25318293	42	3.5	41	79	12	136	30	19	21	28	1.98
25318215--25318310	42	2.3	43	83	5	115	33	22	15	28	1.95
25318714--25318749	12	3.0	12	91	0	54	2	36	16	44	1.63
25324029--25324218	9	22.4	9	74	12	143	30	2	21	45	1.65
25324030--25324306	25	11.0	25	72	11	108	32	2	18	46	1.64
25324056--25324139	34	2.5	34	94	0	141	28	5	21	44	1.76
25324018--25324218	16	12.5	16	71	15	105	30	2	20	46	1.64
25324124--25324218	41	2.3	41	85	7	122	31	1	18	48	1.56
25324151--25324258	41	2.6	41	85	2	126	34	1	15	48	1.56
25324240--25324309	24	2.8	25	78	8	70	34	1	12	51	1.49
25324537--25324589	23	2.2	23	83	6	61	50	5	3	39	1.44
25325219--25325245	7	3.9	7	100	0	54	14	29	25	29	1.95
25325668--25325791	41	3.1	41	86	4	164	32	3	41	22	1.70
25325726--25325805	40	2.0	40	85	4	108	35	5	43	16	1.69
25325759--25325810	24	2.2	24	86	6	70	36	3	40	19	1.70
25326343--25326395	22	2.5	22	90	3	81	39	22	3	33	1.72
25326348--25326440	29	3.2	29	74	8	82	38	29	3	29	1.73
25326969--25327556	114	5.1	115	64	19	368	29	18	19	31	1.96
25326868--25327777	229	4.0	229	93	2	1484	29	19	19	31	1.96
25327028--25327627	115	5.2	115	66	14	421	30	19	19	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25327518--25327595	39	2.0	39	82	0	93	35	14	17	32	1.90
25329279--25329389	37	3.0	37	78	13	115	41	2	3	52	1.33
25334256--25334628	183	2.0	183	81	5	423	32	27	10	30	1.90
25336350--25336416	27	2.5	26	76	7	71	19	13	2	64	1.41
25337747--25337813	27	2.5	26	76	7	71	19	13	2	64	1.41
25349263--25349462	43	4.7	41	77	7	186	34	25	18	22	1.96
25349237--25349459	42	5.3	42	74	8	184	35	24	17	23	1.95
25349237--25349462	85	2.7	85	87	0	310	34	24	16	23	1.95
25356862--25357099	85	2.8	85	89	1	354	34	26	18	21	1.96
25356862--25357096	42	5.6	43	78	9	234	34	25	18	21	1.96
25357073--25357125	26	2.0	26	96	0	97	24	33	22	18	1.97
25361093--25361138	23	2.0	23	100	0	92	30	21	8	39	1.84
25361605--25361644	20	2.0	20	95	0	71	32	32	10	25	1.89
25368857--25368901	22	2.0	22	83	8	56	37	0	0	62	0.96
25372277--25373770	746	2.0	746	99	0	2952	30	16	18	34	1.93
25385541--25385715	7	24.6	7	67	12	52	44	32	1	21	1.62
25385564--25385603	21	1.9	21	94	0	71	42	40	0	17	1.49
25385591--25385639	22	2.3	22	85	3	64	48	32	0	18	1.48
25385770--25385818	15	3.4	15	86	8	66	46	36	0	16	1.47
25385770--25385823	22	2.5	21	81	3	63	48	33	0	18	1.49
25385520--25385881	14	24.9	14	65	14	110	45	31	1	20	1.62
25386251--25386503	41	6.1	42	74	10	173	30	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25386263--25386497	123	1.9	122	81	6	278	30	27	20	21	1.98
25386292--25386503	82	2.6	78	76	10	201	30	28	19	21	1.98
25386570--25386654	39	2.2	40	85	6	111	27	20	17	35	1.95
25388727--25388806	40	2.0	40	87	2	115	21	23	23	31	1.98
25388728--25388839	41	2.8	40	82	6	120	20	24	25	30	1.99
25389278--25389310	7	4.7	7	100	0	66	15	0	54	30	1.41
25389285--25389318	14	2.4	14	90	0	50	20	0	50	29	1.49
25389278--25389318	21	2.0	21	90	0	64	19	0	51	29	1.47
25389408--25389446	21	1.9	21	89	5	62	20	0	41	38	1.53
25389407--25389440	14	2.4	14	90	9	52	17	0	44	38	1.49
25389380--25389542	81	2.0	82	82	9	199	28	0	27	44	1.55
25389487--25389555	28	2.5	28	83	4	77	20	0	40	39	1.52
25389396--25389562	81	2.1	79	79	10	169	28	0	29	42	1.56
25390173--25390217	21	2.2	20	88	11	65	80	0	6	13	0.91
25391731--25391793	33	1.9	33	93	0	108	20	0	14	65	1.27
25392691--25392723	16	2.1	16	100	0	66	51	0	18	30	1.46
25392787--25392914	9	13.8	9	72	22	70	47	14	0	38	1.44
25392822--25392854	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
25392841--25393298	31	14.5	31	79	8	510	47	12	1	37	1.53
25392820--25393324	9	53.2	9	68	23	89	47	13	1	37	1.54
25392854--25393296	65	6.9	65	87	4	586	47	12	2	38	1.52
25393277--25393324	16	2.8	17	87	12	71	43	22	0	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25396969--25397008	12	3.3	12	85	0	53	42	15	37	5	1.68
25397415--25397709	42	7.0	42	85	4	355	26	23	20	30	1.98
25397415--25397727	85	3.7	84	83	5	355	26	23	20	30	1.99
25400720--25400874	43	3.6	42	76	6	143	30	28	16	23	1.96
25403018--25403058	20	2.0	20	90	0	64	56	2	4	36	1.34
25404703--25404992	44	6.6	44	72	7	196	25	24	20	30	1.99
25404829--25404995	87	1.9	87	91	0	271	24	23	20	30	1.99
25404698--25404950	131	1.9	131	85	3	348	25	24	20	29	1.99
25404703--25404992	131	2.2	131	81	3	334	25	24	20	30	1.99
25405192--25405523	44	7.6	44	74	6	262	28	20	19	31	1.97
25405083--25405680	212	2.8	218	87	3	865	29	20	17	32	1.95
25417975--25418049	36	2.1	36	94	0	132	30	20	9	40	1.84
25442277--25442359	26	3.2	26	87	0	121	42	24	18	15	1.89
25442536--25442615	27	3.0	27	83	7	108	28	17	16	37	1.91
25442579--25442770	27	7.1	27	79	10	180	21	14	16	46	1.83
25442579--25442770	54	3.6	53	83	5	226	21	14	16	46	1.83
25442579--25442770	80	2.4	81	76	9	194	21	14	16	46	1.83
25448444--25448495	26	1.9	28	84	7	72	42	9	17	30	1.81
25455224--25455277	26	2.1	26	100	0	108	37	3	22	37	1.72
25455228--25455289	26	2.3	26	91	2	97	37	3	24	35	1.72
25455775--25455859	42	2.0	42	97	0	161	62	3	11	22	1.44
25463547--25463580	3	11.7	3	93	6	61	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25465337--25465405	36	1.9	36	85	5	95	59	5	7	27	1.47
25466449--25466613	83	2.0	83	98	0	321	33	19	14	32	1.92
25479491--25479537	19	2.4	20	82	10	53	48	23	8	19	1.75
25485872--25485925	24	2.2	24	80	12	56	31	1	18	48	1.59
25487262--25487318	25	2.3	25	87	6	80	22	28	35	14	1.93
25490638--25490718	6	12.7	6	75	17	65	80	6	3	9	1.01
25492398--25492462	15	4.4	16	78	18	61	73	0	7	18	1.06
25492398--25492462	30	2.2	30	84	13	82	73	0	7	18	1.06
25494319--25494357	17	2.3	17	100	0	78	30	25	12	30	1.93
25510340--25510373	16	2.1	16	88	0	50	41	20	2	35	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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