genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7129590--7129643	8	6.8	8	73	23	51	53	0	1	44	1.11
7134383--7134416	10	3.3	10	88	8	50	26	2	0	70	1.01
7139502--7139553	12	4.5	11	76	4	50	19	7	1	71	1.20
7146483--7146541	21	3.0	20	73	21	61	49	3	3	44	1.36
7146494--7146525	17	1.9	17	93	6	57	56	0	6	37	1.25
7147911--7147972	31	2.0	31	96	0	115	25	27	6	40	1.80
7157263--7157402	31	4.5	31	90	4	221	23	29	20	27	1.99
7157915--7157963	24	2.0	24	96	0	89	20	10	22	46	1.80
7164591--7164633	16	2.7	16	82	7	52	62	20	0	16	1.32
7164622--7164665	20	2.2	20	88	8	63	59	29	2	9	1.41
7167029--7167122	45	2.1	45	95	0	170	38	17	20	24	1.93
7169351--7169444	46	2.0	46	100	0	188	53	17	6	23	1.66
7172685--7172709	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
7172707--7172731	4	6.2	4	100	0	50	24	48	0	28	1.52
7172872--7173108	118	2.0	117	88	5	354	42	8	21	28	1.82
7177348--7177377	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
7182097--7182148	27	1.9	27	96	0	95	48	1	28	21	1.61
7182729--7182767	13	3.2	12	82	10	53	64	0	0	35	0.94
7182732--7182784	12	4.1	13	76	13	56	56	1	0	41	1.10
7184381--7184641	131	2.0	131	92	1	434	37	18	17	26	1.93
7185360--7185702	172	2.0	171	94	0	596	36	22	7	33	1.83
7189486--7189591	34	3.1	34	82	5	135	40	0	15	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7189685--7190203	125	4.2	125	86	2	686	38	16	15	28	1.90
7195033--7195075	18	2.4	18	88	0	59	39	11	27	20	1.88
7195589--7195614	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
7200575--7200680	41	2.8	37	74	7	95	32	23	17	26	1.97
7200837--7200882	24	1.9	24	83	16	60	47	17	0	34	1.48
7201621--7201675	25	2.4	21	77	14	56	49	1	1	47	1.23
7208505--7209172	47	15.3	47	67	21	234	31	8	29	29	1.88
7208600--7208663	32	2.0	32	93	0	110	31	12	28	28	1.93
7208553--7208712	79	2.0	80	93	2	277	31	10	29	29	1.89
7208632--7208759	49	2.7	47	92	2	211	32	8	28	30	1.87
7208728--7208791	32	2.0	32	93	0	110	31	12	28	28	1.93
7208681--7208840	79	2.0	80	92	2	268	31	8	28	30	1.87
7208760--7208887	49	2.7	47	92	2	211	32	8	28	30	1.87
7208490--7209118	175	3.7	173	75	19	525	32	8	29	30	1.87
7208856--7208919	32	2.0	32	93	0	110	31	12	28	28	1.93
7208809--7208968	79	2.0	80	92	2	268	31	8	28	30	1.87
7208888--7209015	49	2.7	47	92	2	211	32	8	28	30	1.87
7208984--7209047	32	2.0	32	93	0	110	31	12	28	28	1.93
7208937--7209096	79	2.0	80	90	2	250	31	9	29	29	1.88
7208506--7209121	128	4.8	128	97	0	1119	31	8	29	30	1.87
7209293--7209368	37	2.1	37	85	5	100	22	15	32	28	1.95
7212448--7212521	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7212813--7213080	40	6.7	39	82	4	236	28	20	26	24	1.99
7212813--7213091	80	3.5	79	79	8	280	28	20	26	24	1.99
7216490--7216694	47	4.3	47	87	2	293	32	8	30	29	1.86
7216475--7216694	96	2.3	96	88	3	318	32	7	30	29	1.85
7216815--7216890	37	2.1	37	89	0	116	22	18	32	26	1.97
7221923--7221978	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
7223601--7223705	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
7232048--7232234	6	30.3	6	70	17	116	48	14	17	19	1.81
7232108--7232168	25	2.4	25	86	5	88	45	13	18	22	1.83
7232057--7232137	37	2.2	37	90	0	126	51	13	17	17	1.76
7232069--7232230	62	2.6	62	92	0	270	48	14	17	19	1.82
7232173--7232234	25	2.5	25	91	0	106	46	14	19	19	1.83
7232739--7232938	27	7.1	27	78	11	170	36	6	26	31	1.82
7232761--7232827	34	2.0	34	93	0	116	34	7	29	28	1.85
7232888--7233057	27	6.3	27	77	8	148	27	8	24	40	1.83
7232888--7233061	54	3.2	53	76	9	174	27	9	23	39	1.85
7232907--7233057	81	1.9	81	80	5	180	27	7	24	40	1.83
7233052--7233121	27	2.6	27	83	0	86	28	25	15	30	1.96
7234122--7234308	6	30.3	6	70	17	116	48	14	17	19	1.81
7234182--7234242	25	2.4	25	86	5	88	45	13	18	22	1.83
7234131--7234211	37	2.2	37	90	0	126	51	13	17	17	1.76
7234143--7234304	62	2.6	62	92	0	270	48	14	17	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7234247--7234308	25	2.5	25	91	0	106	46	14	19	19	1.83
7234813--7235012	27	7.1	27	78	11	170	36	6	26	31	1.82
7234835--7234901	34	2.0	34	93	0	116	34	7	29	28	1.85
7234962--7235131	27	6.3	27	77	8	148	27	8	24	40	1.83
7234962--7235135	54	3.2	53	76	9	174	27	9	23	39	1.85
7234981--7235131	81	1.9	81	80	5	180	27	7	24	40	1.83
7235130--7235184	27	2.0	27	89	0	83	25	27	14	32	1.95
7236220--7236375	6	25.3	6	70	14	95	50	14	17	17	1.79
7236243--7236375	31	4.3	31	75	7	135	49	15	17	18	1.80
7236265--7236347	37	2.2	37	89	0	121	50	15	16	16	1.78
7236296--7236375	25	3.2	25	77	5	83	48	16	17	17	1.81
7236494--7236553	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
7236521--7236658	67	2.0	67	87	5	195	29	22	28	18	1.98
7236592--7236643	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
7236880--7237045	27	6.2	26	82	5	152	39	5	22	31	1.77
7236880--7237045	54	3.1	54	83	0	215	39	5	22	31	1.77
7236882--7237038	81	1.9	81	88	0	233	41	5	19	33	1.75
7237024--7237141	54	2.2	54	78	6	130	30	9	20	39	1.84
7237022--7237137	27	4.3	26	76	6	97	30	7	21	40	1.81
7237096--7237183	27	3.3	27	82	3	88	25	17	20	37	1.93
7237122--7237201	27	3.0	27	81	0	88	26	22	18	32	1.97
7237932--7238154	71	3.1	71	90	2	331	26	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7240737--7240797	32	1.9	32	96	0	113	26	3	0	70	1.02
7241127--7241180	20	2.8	19	81	8	74	35	0	3	61	1.14
7245683--7245716	11	3.2	11	83	8	52	73	0	26	0	0.83
7253262--7253363	32	3.1	32	78	10	107	61	25	4	7	1.43
7253303--7253346	12	3.8	12	76	11	56	65	20	6	6	1.39
7253311--7253374	22	2.9	22	82	11	85	59	29	4	6	1.42
7253272--7253363	34	2.8	31	79	12	94	61	26	5	6	1.42
7254918--7254953	18	2.0	18	88	0	54	41	16	16	25	1.89
7256354--7256382	14	2.0	15	93	6	51	79	6	13	0	0.93
7260206--7260275	35	2.0	35	100	0	140	25	17	2	54	1.57
7277464--7277500	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
7279121--7279146	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
7279492--7279554	23	2.7	23	82	0	72	20	17	19	42	1.89
7279519--7279594	21	3.7	20	77	7	64	14	19	25	40	1.89
7281126--7281238	57	2.0	58	87	1	165	27	19	7	45	1.78
7284679--7284850	46	3.7	45	77	13	179	29	29	19	22	1.98
7284686--7284858	93	1.9	93	91	2	285	27	28	20	22	1.99
7287832--7287923	48	1.9	48	97	0	175	35	21	8	33	1.84
7293299--7293355	30	1.9	30	96	0	105	21	26	26	26	1.99
7295309--7295347	18	2.2	18	90	9	62	79	0	12	7	0.93
7307116--7307161	19	2.3	20	77	3	58	2	52	0	45	1.13
7314826--7314866	6	7.0	6	78	15	50	17	2	0	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7314824--7314866	13	3.4	12	84	9	50	18	2	0	79	0.85
7320671--7320699	15	1.9	15	100	0	58	13	24	6	55	1.63
7321593--7321649	30	1.9	30	89	7	89	22	33	26	17	1.96
7325968--7326084	40	2.9	40	87	0	126	31	22	22	23	1.98
7325992--7326088	40	2.4	40	92	0	158	25	23	23	26	2.00
7326146--7326289	40	3.6	40	83	0	162	29	20	20	29	1.98
7325982--7326370	195	2.0	195	88	2	575	30	19	20	29	1.97
7326672--7326830	14	11.2	14	77	11	85	23	0	27	49	1.55
7326735--7326830	7	13.6	7	90	2	129	19	0	29	51	1.48
7326768--7326931	7	23.1	7	76	9	73	20	0	34	43	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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