genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20769233--20769279	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
20769365--20769405	17	2.3	18	91	8	66	12	12	0	75	1.05
20769357--20769404	25	2.0	24	83	4	60	14	12	0	72	1.11
20770244--20770291	6	8.3	6	90	4	73	0	16	0	83	0.65
20770310--20770380	20	3.7	19	79	7	72	11	0	8	80	0.91
20770245--20770340	28	3.2	28	68	13	66	5	10	3	81	0.96
20770304--20770376	9	8.3	9	82	15	75	10	0	8	80	0.89
20771070--20771106	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
20772347--20772398	19	2.7	20	82	5	63	46	11	17	25	1.81
20772723--20772757	3	11.7	3	87	0	52	62	0	5	31	1.18
20774042--20774072	12	2.5	12	94	5	53	35	9	0	54	1.33
20775951--20775984	17	2.0	17	94	0	59	50	17	2	29	1.61
20777309--20777481	45	4.0	44	74	16	157	28	28	17	24	1.98
20780031--20780068	20	1.9	20	89	10	60	60	0	5	34	1.19
20797051--20797226	39	4.5	39	87	1	246	28	6	22	42	1.78
20805519--20805558	15	2.7	15	88	11	64	60	0	0	40	0.97
20806033--20806057	10	2.5	10	100	0	50	80	12	0	8	0.92
20806377--20806431	24	2.3	24	96	0	101	38	20	10	30	1.87
20806451--20806481	13	2.4	13	100	0	62	45	16	6	32	1.72
20811640--20811666	6	4.5	6	100	0	54	62	18	0	18	1.32
20816886--20817006	62	1.9	63	86	8	176	23	20	29	25	1.99
20823049--20823218	90	1.9	90	96	0	313	28	16	7	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20835530--20835571	13	3.5	13	75	18	54	33	0	16	50	1.46
20835530--20835573	23	1.9	23	95	0	79	34	0	18	47	1.49
20843156--20843391	33	6.7	33	69	19	124	20	18	27	33	1.96
20843179--20843390	76	2.8	75	87	2	318	21	16	27	33	1.95
20845326--20845353	14	2.0	14	100	0	56	21	21	35	21	1.96
20845416--20845514	41	2.6	38	74	6	92	28	29	20	22	1.98
20845763--20845837	19	4.0	19	70	20	68	36	26	1	36	1.65
20846732--20846767	5	7.2	5	100	0	72	61	0	0	38	0.96
20855484--20855753	105	2.6	105	96	1	488	31	16	24	27	1.96
20861652--20861734	21	4.1	21	87	6	109	42	8	10	38	1.70
20862192--20862222	15	2.1	14	94	5	53	38	0	0	61	0.96
20862249--20862311	31	2.1	31	85	5	85	42	4	1	50	1.32
20866467--20866514	21	2.3	22	82	10	64	75	4	20	0	0.97
20866470--20866515	16	2.9	16	81	12	51	73	2	23	0	0.94
20867785--20867969	44	4.2	44	65	8	115	30	20	23	26	1.98
20867779--20868552	257	3.0	257	93	0	1289	31	19	24	24	1.98
20867734--20868554	132	6.3	132	86	4	1166	31	19	24	24	1.98
20867734--20868554	389	2.1	385	87	4	1186	31	19	24	24	1.98
20868567--20868848	44	6.5	44	72	10	211	27	19	23	29	1.98
20868910--20868995	44	2.0	44	83	4	111	37	20	17	24	1.94
20868551--20868977	217	2.0	217	88	2	635	29	19	22	28	1.98
20869336--20869394	19	3.0	21	85	14	90	38	10	15	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20869582--20869620	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
20869840--20869879	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
20869824--20869878	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
20869826--20869877	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
20877093--20877140	24	2.0	24	95	0	87	27	16	27	29	1.97
20877094--20877150	24	2.4	24	88	5	80	26	15	28	29	1.96
20879051--20879092	17	2.5	17	88	0	66	54	7	7	30	1.54
20879098--20879122	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
20888310--20888450	72	2.0	72	84	2	185	36	19	16	26	1.93
20890880--20890928	3	15.3	3	87	8	62	30	8	0	61	1.25
20891370--20891407	20	1.9	20	84	10	51	31	15	2	50	1.58
20893033--20893130	9	10.8	8	70	21	52	39	1	3	56	1.22
20893020--20893114	45	2.2	43	84	7	120	44	1	3	51	1.24
20893049--20893130	27	3.0	28	77	13	75	41	0	3	54	1.18
20893052--20893146	20	4.6	20	79	15	97	38	0	4	56	1.19
20902478--20902515	11	3.4	11	88	3	58	36	2	2	57	1.26
20902469--20902531	22	3.0	21	77	9	74	36	1	1	60	1.16
20902465--20902538	22	3.4	22	71	15	73	37	1	1	59	1.14
20902497--20902556	22	2.7	22	80	12	61	40	1	3	55	1.27
20902469--20902552	44	1.9	43	83	13	109	36	1	3	58	1.23
20914765--20914813	22	2.2	21	82	13	55	22	4	12	61	1.48
20918364--20918391	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20921316--20921365	26	1.9	26	84	8	66	32	16	4	48	1.64
20922044--20922071	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20926185--20926253	25	2.8	25	79	0	75	21	28	21	27	1.99
20929356--20929472	44	2.7	43	82	13	150	23	18	28	29	1.98
20929358--20929472	43	2.7	43	81	14	146	24	18	27	29	1.98
20933310--20933368	23	2.6	23	83	0	73	32	20	27	20	1.97
20933310--20933378	23	3.0	23	78	4	59	33	20	26	20	1.97
20944067--20944102	16	2.2	16	90	9	56	16	22	5	55	1.62
20944245--20944276	17	1.9	17	93	6	57	65	0	0	34	0.93
20948650--20948716	34	1.9	35	90	3	109	47	10	7	34	1.66
20951382--20951447	19	3.6	18	78	11	71	34	0	1	63	1.04
20951372--20951465	16	5.4	17	71	17	50	40	1	1	57	1.13
20951451--20951490	20	2.0	20	90	0	62	42	7	0	50	1.30
20962249--20962453	98	2.0	100	89	3	315	41	14	16	27	1.87
20964902--20964933	14	2.3	14	94	0	55	43	0	9	46	1.35
20965039--20965079	22	1.9	21	90	5	64	51	0	4	43	1.23
20966649--20967963	50	26.3	49	67	10	553	22	20	24	32	1.98
20966669--20968015	100	13.5	100	85	2	1392	22	20	24	32	1.98
20969356--20969391	16	2.3	15	90	9	54	0	2	8	88	0.59
20970411--20970452	8	5.0	8	78	21	50	11	0	11	76	1.03
20970414--20970452	19	2.1	19	95	4	71	10	0	10	79	0.94
20974578--20974607	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20974713--20974753	22	1.9	21	90	5	64	51	0	4	43	1.23
20983646--20983702	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
20985506--20985675	42	4.0	42	91	0	277	24	21	22	32	1.98
20986012--20986081	21	3.3	21	87	0	95	5	42	17	34	1.73
20987728--20988157	9	48.7	9	65	21	139	31	2	19	46	1.61
20987728--20987798	23	3.0	23	91	2	115	39	1	16	42	1.57
20987773--20987934	34	4.4	35	74	17	123	32	0	20	46	1.55
20987810--20987962	77	2.0	77	92	0	252	31	1	19	47	1.61
20987941--20988008	30	2.3	30	87	7	95	33	0	17	48	1.48
20987839--20988011	77	2.2	76	83	11	203	31	1	20	46	1.61
20988939--20988997	13	4.5	13	86	0	73	45	3	10	40	1.54
20989041--20989069	12	2.3	13	94	5	51	62	0	3	34	1.12
20989397--20989425	15	1.9	15	100	0	58	48	20	10	20	1.79
20990787--20990835	23	2.2	22	82	10	55	42	26	6	24	1.78
20991237--20991277	14	2.9	14	88	0	64	43	36	0	19	1.51
20991235--20991311	7	11.0	7	77	5	57	46	37	0	15	1.46
20991669--20992017	188	1.8	190	85	3	499	28	22	19	30	1.98
20991835--20992346	114	4.5	112	85	4	623	26	24	17	31	1.97
20991835--20992346	228	2.2	226	86	4	724	26	24	17	31	1.97
21002495--21002553	30	2.0	30	96	0	109	57	8	3	30	1.45
21002586--21002627	22	1.9	22	90	0	66	54	9	14	21	1.68
21013529--21013585	15	3.5	15	69	17	51	47	1	1	49	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21013655--21013704	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
21015159--21015207	15	3.2	15	81	13	55	63	10	0	26	1.26
21020614--21020664	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
21023242--21023317	36	2.1	36	92	0	125	39	28	13	18	1.88
21024635--21024760	62	2.0	62	90	0	198	36	11	29	23	1.89
21026611--21026660	20	2.6	19	82	17	59	62	4	4	30	1.32
21028624--21028654	16	1.9	16	93	0	53	38	6	19	35	1.77
21030884--21030925	18	2.4	18	92	4	68	21	16	26	35	1.94
21030845--21030958	59	1.9	60	87	1	167	15	24	27	32	1.96
21030904--21031135	42	5.6	42	83	2	245	15	26	25	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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