genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22036014--22036063	20	2.5	19	80	6	55	40	22	4	34	1.72
22036212--22036272	23	2.5	25	79	15	74	31	22	22	22	1.99
22036213--22036306	26	3.8	24	73	13	84	34	19	23	23	1.97
22037979--22038069	47	2.0	45	89	6	139	38	1	6	53	1.34
22038472--22038544	25	2.9	25	85	0	101	5	20	23	50	1.69
22040707--22041092	190	2.0	190	99	0	763	29	10	19	39	1.85
22041229--22041276	18	2.7	18	93	0	78	35	10	12	41	1.77
22041697--22041869	72	2.4	72	82	5	233	26	6	12	54	1.62
22048432--22048507	28	2.7	28	73	17	75	61	1	9	27	1.34
22048882--22048908	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
22051158--22051188	6	5.2	6	92	0	53	32	3	12	51	1.56
22055299--22055403	52	2.0	52	92	0	174	48	10	1	39	1.49
22055526--22055591	14	4.7	14	71	14	55	54	4	18	22	1.61
22055509--22055576	28	2.5	28	82	2	84	54	2	19	23	1.57
22060166--22060989	412	2.0	412	99	0	1630	48	10	10	29	1.72
22075932--22076036	52	2.0	52	92	0	174	48	10	1	39	1.49
22076159--22076224	14	4.7	14	71	14	55	54	4	18	22	1.61
22076142--22076209	28	2.5	28	82	2	84	54	2	19	23	1.57
22082160--22082185	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
22083398--22083446	23	2.3	20	86	13	64	73	10	8	8	1.25
22085424--22085496	33	2.2	33	83	9	87	58	0	0	41	0.98
22094322--22094447	62	2.0	62	96	0	234	35	3	19	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22098031--22098088	28	2.1	28	83	6	73	34	1	0	63	1.04
22097986--22098106	39	3.0	38	85	11	145	38	1	0	59	1.13
22098056--22098080	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
22100143--22100188	24	1.9	24	90	0	74	73	0	0	26	0.83
22100146--22100188	8	5.4	8	88	0	50	79	0	0	20	0.74
22100542--22100590	18	2.6	19	83	9	73	59	0	16	24	1.37
22100842--22100874	13	2.4	14	90	5	50	39	0	3	57	1.14
22104593--22104652	7	8.4	7	92	3	102	13	0	38	48	1.42
22104593--22104652	22	2.8	21	94	2	102	13	0	38	48	1.42
22105606--22105677	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
22105635--22105677	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
22105928--22105959	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
22106054--22106238	50	3.7	50	99	0	361	26	23	32	16	1.96
22109704--22109733	15	1.9	16	93	6	53	76	0	23	0	0.78
22117627--22117667	6	6.8	6	94	0	73	48	14	0	36	1.44
22128582--22128635	27	2.1	26	82	6	65	62	3	11	22	1.43
22128904--22128949	15	3.1	15	70	17	51	60	2	4	32	1.28
22131234--22131289	29	1.9	29	88	0	85	42	1	3	51	1.29
22131338--22131362	13	1.9	13	100	0	50	40	32	4	24	1.73
22131989--22132138	72	2.1	71	81	6	169	34	14	24	27	1.94
22132909--22132984	29	2.5	30	89	8	118	43	5	22	28	1.75
22136433--22136479	2	24.0	2	95	4	87	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22150622--22150646	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
22150807--22150849	9	4.8	9	94	0	68	39	27	9	23	1.85
22158105--22158144	16	2.5	16	87	0	53	45	25	2	27	1.66
22158472--22158513	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22158481--22158522	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22158612--22158646	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22158585--22158748	54	3.2	54	71	13	155	51	1	1	44	1.22
22158629--22158979	47	7.7	46	67	20	173	48	3	2	45	1.35
22158663--22159033	91	4.1	91	96	0	661	47	3	3	45	1.37
22158695--22159033	47	7.4	47	68	18	230	48	3	2	44	1.36
22159238--22159416	87	2.0	88	93	5	308	15	34	16	33	1.90
22161748--22161775	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
22164394--22164521	64	2.0	64	90	3	204	35	20	9	34	1.85
22165374--22165407	17	2.0	17	88	11	52	58	0	5	35	1.22
22171523--22171569	5	9.4	5	100	0	94	40	0	0	59	0.97
22175893--22175965	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
22175953--22175996	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
22176096--22176147	23	2.3	23	93	0	86	32	25	21	21	1.98
22176134--22176162	15	1.9	15	100	0	58	34	31	20	13	1.92
22176278--22177025	375	2.0	375	98	0	1451	33	20	7	38	1.81
22177176--22177205	9	3.2	9	95	4	51	10	23	10	56	1.62
22178452--22178523	35	2.1	35	89	0	108	34	9	18	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22180328--22180376	19	2.4	21	90	6	75	55	0	8	36	1.30
22189566--22189598	16	2.1	16	88	5	50	57	0	15	27	1.38
22190994--22191021	7	4.0	7	100	0	56	14	42	14	28	1.84
22191420--22191453	17	2.0	17	88	0	50	5	26	2	64	1.30
22202800--22202843	16	2.8	16	83	13	56	34	0	0	65	0.93
22202799--22202851	16	3.5	15	75	12	54	32	0	0	67	0.91
22206655--22206703	21	2.3	21	82	6	64	32	0	0	67	0.91
22208601--22208643	22	1.9	23	85	4	61	55	9	9	25	1.61
22209568--22209623	29	1.9	29	92	0	94	41	10	10	37	1.75
22218725--22218830	36	3.0	34	72	13	88	27	23	19	29	1.98
22225181--22225265	25	3.2	27	83	11	104	40	4	0	55	1.21
22225660--22225695	16	2.2	17	90	5	56	36	0	0	63	0.94
22227596--22227652	29	2.0	29	86	6	80	28	29	19	22	1.98
22232307--22232364	28	2.1	27	84	9	73	58	0	6	34	1.25
22239786--22239842	20	2.8	19	82	15	62	54	5	3	36	1.40
22240299--22240345	3	16.0	3	78	12	53	61	0	0	38	0.96
22243572--22243598	13	2.1	13	100	0	54	14	25	29	29	1.95
22245106--22245131	4	6.5	4	100	0	52	50	26	0	23	1.50
22246522--22246547	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
22246738--22246784	24	1.9	24	87	12	69	36	2	6	55	1.37
22255306--22255369	30	2.2	30	85	2	85	46	9	14	29	1.75
22260793--22260866	38	2.0	37	82	12	89	45	1	1	51	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22260804--22260865	18	3.3	19	77	22	60	48	0	0	51	1.00
22261439--22261484	20	2.3	20	85	10	60	41	15	10	32	1.82
22267840--22267867	9	3.1	9	100	0	56	32	21	35	10	1.88
22269579--22269633	17	3.2	18	78	14	53	65	1	1	30	1.13
22269802--22269846	23	2.0	23	86	0	63	48	0	0	51	1.00
22270038--22270098	32	1.9	32	93	0	104	21	22	19	36	1.95
22272298--22272331	15	2.3	15	89	0	50	38	0	8	52	1.33
22275692--22275745	19	2.8	19	88	0	81	38	9	16	35	1.81
22276292--22276343	25	2.1	25	85	7	70	32	3	5	57	1.40
22276903--22276942	19	2.0	20	85	4	55	32	5	10	52	1.56
22277183--22277377	98	2.0	98	94	0	345	28	10	24	37	1.88
22278237--22278280	22	2.0	23	90	4	72	4	15	22	56	1.57
22278575--22278630	11	5.2	11	82	2	69	48	1	0	50	1.11
22286398--22286457	31	1.9	31	93	0	102	31	6	13	48	1.68
22290389--22290426	19	2.0	20	94	5	69	18	7	26	47	1.76
22294278--22294346	35	2.0	35	94	0	120	36	11	23	28	1.90
22296202--22296234	13	2.6	13	90	4	50	72	0	18	9	1.10
22302827--22302862	17	2.1	17	94	0	63	33	25	11	30	1.90
22302753--22303008	91	2.8	91	99	0	503	39	23	10	26	1.87
22302918--22302953	17	2.1	17	94	0	63	33	25	11	30	1.90
22309080--22309106	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
22309119--22309185	33	2.0	33	100	0	134	59	5	5	28	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22318360--22318422	27	2.4	27	94	2	110	42	9	1	46	1.46
22318495--22318567	27	2.7	27	73	14	69	26	24	31	17	1.97
22318655--22318696	11	3.9	11	87	6	68	69	0	30	0	0.89
22318655--22318694	21	1.9	21	94	0	71	70	0	30	0	0.88
22318829--22318867	3	13.0	3	94	0	69	2	0	30	66	1.05
22319679--22319723	18	2.5	18	77	0	54	31	6	44	17	1.75
22323514--22323557	11	3.9	11	79	5	52	59	4	0	36	1.18
22324385--22324411	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
22328342--22328528	40	4.7	41	74	12	142	0	31	1	67	1.00
22328373--22328440	23	2.8	24	75	6	75	0	26	0	73	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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