genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349150--2349299	27	5.6	27	82	6	162	42	20	8	29	1.81
2349150--2349299	81	1.9	81	87	5	223	42	20	8	29	1.81
2349150--2349360	27	7.7	27	80	5	147	40	19	9	30	1.82
2350292--2350361	25	2.8	25	93	0	113	25	27	22	24	2.00
2350291--2350374	25	3.4	24	83	8	98	28	23	22	25	1.99
2350292--2350386	50	1.9	50	80	8	113	27	25	23	24	2.00
2368864--2368903	19	2.0	20	90	4	64	70	12	2	15	1.28
2378233--2378309	29	2.7	29	89	4	111	25	28	18	27	1.98
2379813--2379851	16	2.4	17	91	4	62	10	5	35	48	1.59
2382058--2382090	16	2.0	17	88	5	50	18	6	42	33	1.75
2389350--2389472	48	2.6	48	92	0	201	30	20	26	23	1.99
2389400--2389622	49	4.7	49	71	12	151	26	21	27	24	1.99
2393493--2393644	48	3.2	48	85	5	177	29	19	25	25	1.99
2393535--2393658	48	2.6	48	87	2	142	29	20	25	24	1.99
2393632--2393749	44	2.6	47	82	5	134	22	18	28	29	1.98
2398936--2399081	39	3.7	39	82	3	177	30	16	34	19	1.94
2398975--2399076	20	5.2	19	69	13	73	28	14	37	19	1.91
2398966--2399028	20	3.2	19	78	13	74	25	11	42	20	1.85
2398929--2399095	39	4.3	39	82	1	174	31	16	33	17	1.93
2404871--2405202	54	6.5	53	84	7	372	25	17	27	29	1.98
2404863--2405202	104	3.3	101	81	8	368	25	17	27	29	1.98
2407800--2407882	35	2.4	34	80	4	103	26	24	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420567--2420701	55	2.5	55	76	0	135	28	31	25	14	1.95
2440782--2440904	48	2.6	45	79	13	142	29	18	27	24	1.98
2440782--2440935	46	3.3	45	80	7	148	28	16	28	25	1.97
2460565--2460689	46	2.6	48	82	7	150	28	19	29	22	1.98
2462329--2462358	7	4.3	7	100	0	60	26	13	30	30	1.94
2468336--2468554	46	4.7	46	78	9	187	26	20	27	25	1.99
2486519--2486568	24	2.0	25	88	3	75	64	0	2	34	1.05
2486614--2486702	19	4.7	19	75	18	71	60	2	2	34	1.21
2486616--2486726	25	4.7	24	74	16	81	60	2	1	35	1.22
2486638--2486728	33	2.6	36	85	13	118	61	2	1	35	1.15
2486635--2486723	18	4.7	18	71	23	60	61	2	1	34	1.15
2486673--2486727	26	2.3	22	85	14	74	61	1	0	36	1.06
2486638--2486742	35	2.9	36	77	13	101	60	1	2	34	1.22
2486687--2486749	27	2.3	26	81	5	72	60	1	3	34	1.22
2486758--2486806	10	5.0	10	78	14	57	65	0	2	32	1.04
2488262--2488820	210	2.7	210	85	3	686	29	21	17	30	1.96
2506561--2506783	3	71.3	3	66	24	72	60	1	4	34	1.24
2506612--2506801	7	28.1	7	68	20	102	60	1	2	35	1.18
2506612--2506807	13	15.1	13	68	21	76	61	1	2	35	1.17
2506630--2506708	31	2.5	33	83	6	101	63	2	1	32	1.16
2506568--2506808	18	13.3	18	70	19	98	60	1	3	34	1.21
2525317--2525424	54	2.0	54	88	0	162	38	12	22	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525590--2525668	28	2.7	27	83	11	95	34	15	24	26	1.94
2537745--2537800	18	3.3	18	63	27	50	21	19	33	25	1.97
2538580--2538701	61	2.0	61	98	0	235	32	16	20	30	1.95
2554076--2554143	30	2.3	30	100	0	136	44	2	32	20	1.67
2556844--2557070	40	5.7	40	86	2	303	24	20	29	25	1.99
2557246--2557296	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
2562513--2562735	122	1.8	119	84	6	306	42	9	18	30	1.82
2565428--2565895	234	2.0	234	98	0	900	36	19	15	28	1.92
2575555--2575580	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
2577163--2577320	38	4.1	38	79	9	169	32	23	21	22	1.98
2577126--2577291	76	2.2	78	82	4	203	36	23	19	21	1.95
2590515--2590739	40	5.6	40	81	7	233	25	24	27	23	2.00
2590515--2590739	80	2.8	80	84	3	283	25	24	27	23	2.00
2590515--2590739	120	1.9	121	83	6	296	25	24	27	23	2.00
2592358--2592535	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
2592358--2592535	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
2600364--2600541	27	6.6	27	76	6	137	30	28	15	26	1.96
2601720--2601896	87	2.0	88	97	2	338	22	16	23	37	1.94
2603193--2603218	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
2603608--2603646	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
2603850--2604020	66	2.6	66	100	0	342	37	25	7	29	1.83
2605988--2606080	23	4.0	23	76	8	91	16	15	23	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2607959--2608051	48	1.9	48	82	4	116	44	26	12	16	1.84
2608003--2608047	21	2.1	21	83	4	54	42	24	11	22	1.86
2608012--2608068	21	2.6	22	81	10	64	45	28	8	17	1.78
2611479--2611504	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
2613071--2613110	15	2.9	13	89	10	62	57	2	15	25	1.50
2615264--2615399	68	2.0	68	98	0	263	32	11	11	44	1.76
2615279--2615384	33	3.2	33	62	24	76	33	9	10	46	1.70
2621517--2621596	25	3.2	25	77	8	74	26	20	25	28	1.99
2626681--2626734	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
2626681--2626754	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
2626681--2626745	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
2630854--2630921	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
2630743--2631070	174	1.9	174	98	0	629	31	24	14	30	1.94
2631030--2631101	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
2633162--2633214	15	3.5	16	83	16	69	16	47	0	35	1.48
2633179--2633220	19	2.2	19	86	0	57	14	47	0	38	1.44
2654847--2654872	9	2.9	9	100	0	52	11	30	0	57	1.34
2656644--2656680	4	9.0	4	88	5	56	70	2	2	24	1.14
2656635--2656679	17	2.6	17	82	6	56	73	2	4	20	1.11
2662217--2662249	14	2.4	14	90	5	50	3	12	6	78	1.04
2662582--2662611	8	3.8	8	95	0	51	70	13	0	16	1.18
2665185--2665224	20	2.0	20	100	0	80	30	10	20	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2666754--2666879	51	2.5	50	82	1	162	37	14	13	34	1.85
2670897--2671080	51	3.6	50	78	7	185	31	26	16	25	1.97
2685452--2685535	27	3.1	26	74	6	60	9	27	0	63	1.25
2686210--2686260	25	2.0	25	100	0	102	43	23	17	15	1.88
2687688--2687807	51	2.4	50	82	1	141	36	15	13	34	1.87
2687833--2687880	25	1.9	25	95	0	87	50	10	8	31	1.66
2688514--2688589	38	2.0	38	94	0	134	52	13	18	15	1.74
2690096--2690140	20	2.2	21	80	11	58	33	26	31	8	1.87
2690172--2690210	20	2.0	20	89	0	60	43	20	28	7	1.79
2709226--2709424	29	6.8	29	80	3	193	39	11	26	22	1.88
2720192--2720227	18	2.0	18	88	0	54	16	27	0	55	1.42
2722729--2722804	9	8.4	9	86	0	107	26	9	26	38	1.86
2726557--2726634	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
2726587--2726949	175	2.1	174	96	0	681	29	15	25	30	1.95
2732400--2732445	23	2.0	24	86	4	67	60	8	6	23	1.49
2732628--2732674	20	2.3	20	81	3	58	23	8	2	65	1.31
2734195--2734339	62	2.3	62	83	3	175	36	13	8	42	1.74
2739177--2739253	38	2.0	38	100	0	154	35	7	18	38	1.79
2740899--2740943	21	2.1	21	100	0	90	46	15	4	33	1.66
2746069--2746110	18	2.4	17	84	7	57	28	7	7	57	1.52
2747803--2747857	27	2.0	28	86	6	78	23	10	14	50	1.74
2749809--2749848	18	2.3	17	86	4	53	17	5	2	75	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2759139--2759183	13	3.6	12	85	8	63	82	0	2	15	0.77
2759139--2759183	12	3.7	12	82	11	56	82	0	2	15	0.77
2759139--2759188	26	1.9	26	92	8	84	74	0	6	20	1.03
2759226--2759295	30	2.4	29	81	9	88	74	2	12	10	1.18
2759259--2759298	21	1.9	21	84	0	53	80	2	10	7	1.00
2760186--2760244	21	2.8	21	87	5	75	71	0	22	6	1.09
2760197--2760244	15	3.3	14	82	5	60	77	0	18	4	0.93
2772406--2772449	19	2.3	18	81	11	52	38	4	25	31	1.76
2774729--2774793	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
2775333--2775379	20	2.4	19	89	6	76	74	10	14	0	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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