genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22628030--22628076	24	2.0	23	87	4	67	68	0	12	19	1.21
22638731--22638819	40	2.2	41	95	4	162	34	3	2	59	1.26
22638826--22638878	22	2.4	23	71	6	56	45	1	3	49	1.31
22655604--22655666	26	2.5	25	79	5	72	31	4	0	63	1.15
22663456--22663537	30	2.7	30	92	0	128	12	47	1	39	1.49
22667751--22667783	7	4.9	7	88	7	50	18	0	0	81	0.68
22667751--22667783	13	2.5	13	95	0	57	18	0	0	81	0.68
22669724--22669796	36	2.1	35	82	12	87	35	1	1	61	1.13
22670393--22670439	22	2.1	22	84	7	60	8	17	6	68	1.37
22675326--22675390	28	2.3	27	81	5	67	69	10	1	18	1.26
22679996--22680064	16	4.6	16	69	18	58	49	0	0	50	1.00
22680037--22680096	19	3.1	19	79	13	52	48	0	1	50	1.11
22683350--22683396	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
22687155--22687198	24	1.9	23	86	9	63	61	0	0	38	0.96
22695673--22695708	4	9.0	4	100	0	72	50	25	0	25	1.50
22697641--22698231	265	2.2	266	86	2	794	51	17	13	17	1.76
22697641--22698236	133	4.5	132	84	2	723	51	17	12	17	1.76
22701272--22701311	18	2.3	18	87	8	57	65	2	0	32	1.06
22709009--22709043	17	2.1	17	88	0	52	17	17	0	65	1.27
22711027--22711163	51	2.7	51	79	0	175	40	6	13	40	1.70
22711259--22711799	270	2.0	270	98	0	1055	22	21	23	31	1.98
22711916--22711959	21	2.1	21	86	0	61	40	11	22	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22723413--22723442	13	2.3	13	100	0	60	36	6	16	40	1.75
22724799--22725041	50	4.8	50	86	3	283	20	29	22	27	1.98
22732394--22732628	51	4.6	51	100	0	470	18	25	27	28	1.98
22732727--22732758	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
22732968--22733027	30	2.0	30	87	3	86	30	23	3	43	1.70
22753427--22753451	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22764346--22764377	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
22769558--22769582	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
22774890--22774935	22	2.1	22	84	4	58	56	0	0	43	0.99
22786433--22786461	15	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
22791011--22791680	223	3.0	224	90	2	1044	24	17	17	40	1.91
22815465--22815515	20	2.5	20	100	0	102	21	9	21	47	1.79
22821929--22821981	3	17.7	3	77	14	56	33	1	1	62	1.17
22821951--22821981	16	1.9	16	93	0	53	32	3	0	64	1.09
22822645--22822676	12	2.7	12	95	0	55	18	9	0	71	1.12
22825407--22825580	93	1.9	92	83	9	228	48	10	4	36	1.58
22825576--22825616	16	2.6	16	96	0	73	46	4	2	46	1.37
22825590--22825678	24	3.8	24	92	2	137	50	1	1	47	1.15
22827726--22827761	18	2.0	18	100	0	72	27	22	11	38	1.88
22831149--22831229	42	1.9	42	89	0	126	19	48	12	19	1.80
22836672--22836709	18	2.1	18	85	9	51	60	15	18	5	1.53
22839744--22839820	35	2.2	35	83	4	93	36	33	7	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22844718--22844764	17	2.7	17	80	9	51	55	10	4	29	1.53
22850980--22851039	33	1.9	30	83	10	75	60	0	0	40	0.97
22853762--22853810	24	2.0	26	88	8	75	71	4	0	24	1.03
22854579--22854617	6	6.2	6	82	11	51	66	0	0	33	0.92
22854579--22854617	13	3.1	12	85	10	51	66	0	0	33	0.92
22854580--22854617	20	1.9	19	89	5	58	65	0	0	34	0.93
22858956--22859020	31	2.1	31	88	0	94	40	9	13	36	1.77
22865869--22865916	15	3.4	15	81	16	50	60	0	0	39	0.97
22866712--22866745	17	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
22881794--22881862	31	2.3	30	76	2	75	37	13	14	34	1.85
22903749--22903782	14	2.4	14	95	0	59	38	14	0	47	1.45
22904906--22904974	31	2.2	31	84	5	86	47	7	1	43	1.39
22904961--22905000	15	2.5	17	88	12	66	62	0	0	37	0.95
22906016--22906083	29	2.3	29	79	2	73	50	10	2	36	1.52
22910559--22910587	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
22913508--22913541	14	2.5	13	86	9	50	64	0	0	35	0.94
22916712--22916748	18	1.9	19	89	10	58	35	2	18	43	1.65
22920377--22921109	366	2.0	366	100	0	1466	32	23	19	25	1.98
22922623--22922781	35	4.6	35	84	3	189	40	18	20	20	1.91
22922627--22922781	68	2.2	69	85	5	199	41	18	19	20	1.91
22923219--22923280	21	2.7	22	69	23	56	61	6	1	30	1.31
22931406--22931434	8	3.6	8	100	0	58	24	0	20	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22935565--22935607	8	5.2	8	81	13	52	39	0	0	60	0.97
22935566--22935607	17	2.5	17	81	14	52	40	0	0	59	0.97
22941713--22941738	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22942101--22942252	71	2.1	71	91	2	243	24	12	17	46	1.82
22944885--22944935	22	2.3	22	79	0	57	62	11	7	17	1.51
22953474--22953533	31	2.0	31	90	6	97	55	0	5	40	1.22
22960004--22960037	18	2.0	16	88	11	50	0	11	0	88	0.52
22972028--22972074	20	2.3	21	85	10	62	57	4	4	34	1.38
22974160--22974202	21	2.0	21	90	0	68	16	25	16	41	1.88
22981701--22981734	11	3.1	11	95	0	59	0	50	0	50	1.00
22983711--22983975	132	2.0	132	100	0	530	30	24	19	25	1.98
22984061--22984128	35	1.9	35	91	5	111	29	14	13	42	1.84
22984547--22984591	19	2.6	16	80	13	54	46	2	28	22	1.63
22984853--22984941	39	2.2	40	82	5	110	38	1	5	55	1.31
22989808--22989855	20	2.5	19	76	6	60	43	0	4	52	1.20
22990865--22990934	21	3.3	21	86	4	88	5	40	17	37	1.73
22990971--22991021	21	2.4	21	86	0	66	3	41	17	37	1.68
22990907--22991087	87	2.1	87	89	4	276	11	29	18	40	1.85
22996258--22996317	28	2.1	28	84	6	75	51	6	13	28	1.66
23004457--23004501	23	2.0	23	87	8	67	35	2	4	57	1.31
23007249--23007311	32	2.0	32	100	0	126	47	9	15	26	1.76
23007444--23007520	29	2.6	29	80	13	86	57	0	14	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23009066--23009127	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80
23009737--23009794	19	3.0	20	73	14	66	39	10	10	39	1.74
23010699--23010752	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
23019283--23019353	28	2.5	28	88	0	97	39	2	7	50	1.44
23019283--23019353	14	5.1	14	75	13	74	39	2	7	50	1.44
23020717--23020943	113	2.0	113	97	0	427	36	13	15	34	1.86
23028524--23028588	13	4.8	13	69	14	51	3	20	1	75	1.02
23029389--23029413	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
23030785--23030823	20	2.0	19	85	14	53	15	10	5	69	1.34
23038410--23038552	72	2.0	71	93	4	243	32	13	21	32	1.92
23046700--23046763	3	21.3	3	100	0	128	67	0	0	32	0.91
23046762--23046803	3	14.0	3	94	0	75	33	0	2	64	1.07
23048009--23048098	39	2.3	39	86	3	117	53	4	2	40	1.33
23051256--23051311	19	3.0	18	75	14	51	62	1	0	35	1.06
23052334--23052375	16	2.4	18	80	15	52	64	2	0	33	1.07
23052340--23052375	16	2.2	17	90	5	56	63	0	0	36	0.94
23052705--23052756	25	2.1	25	85	7	70	40	0	0	59	0.97
23052722--23052756	12	2.8	13	82	8	54	42	0	0	57	0.99
23053601--23053660	31	1.9	32	86	10	88	31	13	16	38	1.87
23069777--23069827	23	2.3	23	86	10	70	72	5	7	13	1.26
23069900--23069928	13	2.1	14	93	6	51	34	6	0	58	1.25
23074226--23074446	118	1.9	118	83	5	295	38	22	18	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23077245--23077298	22	2.5	22	75	6	56	29	12	11	46	1.77
23077480--23077515	18	2.0	18	88	0	54	61	0	0	38	0.96
23077646--23077687	20	2.2	20	82	4	50	45	7	7	40	1.59
23077660--23077718	21	2.9	20	82	5	73	35	11	8	44	1.72
23077660--23077718	20	2.9	21	82	9	70	35	11	8	44	1.72
23077818--23077906	43	2.1	43	95	0	160	46	10	12	31	1.75
23082017--23082079	29	2.3	28	91	8	103	41	7	0	50	1.31
23082072--23082107	18	2.0	18	88	0	54	80	8	2	8	0.99
23082128--23082213	27	3.2	27	80	6	93	32	24	29	13	1.94
23082139--23082215	27	2.9	27	84	1	102	32	22	32	12	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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