genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23620257--23620312	20	2.8	19	83	5	76	21	1	1	75	0.99
23625784--23625880	5	19.4	5	71	16	51	6	18	0	75	1.01
23625800--23625881	6	12.8	6	72	21	53	6	17	0	76	0.97
23625800--23625884	13	6.5	13	73	17	61	5	17	0	76	0.98
23625774--23625852	28	2.6	30	76	9	90	8	18	0	72	1.10
23625774--23625863	28	3.1	28	70	12	74	7	18	0	73	1.07
23626692--23626716	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
23627705--23627730	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
23627896--23627940	22	2.0	23	82	4	56	51	0	26	22	1.49
23627905--23627947	21	2.0	21	86	13	61	55	0	18	25	1.42
23628020--23628055	12	3.0	12	91	0	63	50	0	11	38	1.38
23628020--23628055	6	6.0	6	90	0	54	50	0	11	38	1.38
23629286--23629464	9	19.0	9	68	17	62	60	3	2	33	1.27
23629324--23629358	16	2.1	18	89	10	56	62	2	0	34	1.10
23629320--23629453	46	2.9	44	74	15	101	58	2	2	35	1.28
23629289--23629425	56	2.5	55	73	13	129	60	3	0	35	1.19
23630012--23630096	10	8.5	10	75	18	63	27	2	4	65	1.24
23630022--23630096	19	3.7	19	77	11	71	26	1	5	66	1.21
23630912--23630955	21	2.2	20	83	4	52	70	0	0	29	0.88
23631773--23632054	141	2.0	140	99	0	555	39	13	9	38	1.77
23634930--23634955	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
23635831--23635860	7	4.3	7	100	0	60	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23637494--23637531	9	4.2	9	93	0	58	36	26	10	26	1.89
23639829--23639973	38	3.8	38	85	0	200	29	15	17	37	1.91
23641895--23642027	17	7.9	17	75	5	135	43	27	9	19	1.82
23642875--23642926	25	2.1	25	96	0	95	26	25	1	46	1.63
23650230--23650277	19	2.5	19	89	0	78	35	31	6	27	1.82
23650230--23650284	19	2.9	19	86	0	74	40	30	5	23	1.77
23652218--23652284	31	2.2	31	88	0	98	44	7	11	35	1.70
23652225--23652291	31	2.2	31	94	0	116	41	4	13	40	1.64
23653448--23653496	16	3.1	16	90	0	80	38	4	34	22	1.73
23653539--23653624	44	1.9	45	85	2	120	27	6	29	36	1.83
23663682--23663878	98	2.0	98	96	0	367	37	23	10	28	1.88
23664152--23664184	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
23665807--23665856	25	2.0	25	100	0	100	24	8	12	56	1.62
23666996--23667095	9	11.1	9	78	4	94	38	41	6	15	1.71
23667006--23667099	36	2.6	36	88	6	129	38	40	5	15	1.71
23668850--23668891	14	2.8	15	85	7	50	50	9	7	33	1.62
23669206--23669236	15	2.1	15	93	0	53	51	0	0	48	1.00
23670291--23670339	24	2.1	23	85	11	64	38	6	0	55	1.25
23677089--23677135	22	2.1	22	96	0	85	31	10	31	25	1.90
23682184--23682217	17	2.0	17	94	0	59	32	0	5	61	1.20
23694583--23694623	21	2.0	21	85	0	55	21	29	19	29	1.98
23707133--23707180	24	2.0	24	83	4	60	45	0	10	43	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23707129--23707183	24	2.3	23	79	11	58	49	0	9	41	1.34
23714800--23714834	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
23721278--23721350	20	3.8	20	76	22	66	20	5	0	73	1.02
23722351--23722391	16	2.5	17	88	7	59	73	2	0	24	0.96
23726395--23726466	22	3.3	22	78	0	81	19	26	13	40	1.89
23732597--23732637	20	2.0	21	85	4	57	58	0	0	41	0.98
23732706--23732760	19	3.0	19	81	5	51	50	0	3	45	1.19
23742576--23742657	37	2.2	37	91	0	128	40	15	8	35	1.78
23742700--23742775	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
23747377--23747411	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23747576--23747666	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
23747647--23747715	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
23747647--23747715	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
23752172--23752208	9	4.1	9	86	13	58	43	13	10	32	1.79
23752221--23752336	58	2.0	58	89	0	178	28	24	0	46	1.58
23752221--23752321	30	3.4	29	70	21	75	27	23	0	47	1.58
23752239--23752331	30	3.2	29	69	17	75	30	23	0	46	1.53
23752630--23752661	17	1.9	17	93	6	57	28	18	0	53	1.45
23752601--23752725	63	2.0	63	88	1	189	21	29	0	48	1.50
23753355--23753380	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
23755236--23755487	96	2.6	96	97	0	468	31	17	10	40	1.83
23755509--23755541	13	2.8	12	90	9	50	39	0	3	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23756257--23756300	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
23757854--23757885	15	2.1	15	100	0	64	75	12	6	6	1.19
23762980--23763038	22	2.7	22	84	7	68	45	16	20	16	1.85
23764379--23764426	21	2.3	21	81	0	60	70	2	27	0	0.98
23764441--23764473	16	2.0	16	94	5	57	75	6	0	18	1.00
23764444--23764492	17	2.8	17	84	9	55	73	4	2	20	1.10
23767823--23767952	64	2.0	64	83	0	161	36	23	20	20	1.95
23771327--23771491	43	3.9	42	74	10	138	32	22	17	27	1.96
23771327--23771439	43	2.7	43	84	4	140	31	24	17	25	1.97
23774533--23774954	210	2.0	209	97	0	799	39	12	21	25	1.89
23798013--23798082	35	2.0	35	100	0	140	25	17	5	51	1.67
23799774--23799798	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
23802703--23803401	237	2.9	237	98	0	1337	46	8	10	34	1.69
23805037--23805091	29	1.9	29	92	3	94	54	0	7	38	1.28
23805096--23805134	9	4.3	9	93	0	69	30	10	12	46	1.75
23805175--23805219	9	5.0	9	97	0	81	33	13	11	42	1.79
23813499--23813573	39	1.9	39	83	0	96	34	18	24	22	1.96
23813542--23814179	113	5.6	113	96	0	1069	21	22	23	31	1.98
23813542--23814179	227	2.8	225	93	0	1069	21	22	23	31	1.98
23814169--23814194	9	2.9	9	100	0	52	0	0	42	57	0.98
23814626--23814651	7	3.7	7	100	0	52	15	0	53	30	1.42
23814701--23814946	87	3.0	82	74	17	208	29	1	24	44	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23814768--23814802	14	2.5	13	86	13	52	17	0	45	37	1.48
23814790--23814986	88	2.2	89	89	8	305	25	2	27	44	1.65
23814743--23815186	237	1.9	237	97	1	838	28	1	25	44	1.62
23815007--23815045	21	1.9	21	89	5	62	20	0	41	38	1.53
23815006--23815039	14	2.4	14	90	9	52	17	0	44	38	1.49
23815005--23815183	87	2.1	84	88	7	236	26	1	27	45	1.61
23815221--23815259	18	2.2	18	90	4	62	35	7	20	35	1.81
23815568--23815612	21	2.2	20	88	11	65	80	0	6	13	0.91
23817291--23817404	56	2.0	56	83	8	142	46	11	1	40	1.50
23817319--23817370	22	2.4	21	83	6	68	44	13	0	42	1.44
23817391--23817672	9	31.6	9	66	20	67	43	14	2	39	1.58
23817338--23817673	81	4.1	81	99	0	654	43	13	2	40	1.57
23817272--23817673	162	2.4	162	93	4	657	44	13	2	40	1.57
23817639--23817671	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
23817693--23817776	9	9.8	9	65	10	50	41	16	2	39	1.62
23817274--23817776	162	3.1	160	86	6	471	43	13	2	40	1.58
23817778--23817834	25	2.3	25	84	0	69	43	14	5	36	1.67
23823275--23823425	66	2.3	65	85	5	205	41	19	24	13	1.88
23823276--23823445	66	2.6	66	83	3	182	42	18	26	12	1.86
23823416--23823528	21	5.4	21	82	0	91	35	17	41	5	1.72
23823436--23823528	42	2.2	42	84	0	114	33	17	44	5	1.71
23823879--23824039	43	3.7	43	83	0	196	22	18	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23826112--23826257	73	2.0	73	98	0	283	30	15	15	39	1.88
23833900--23833988	44	2.0	43	89	2	133	37	8	3	50	1.51
23842240--23842300	15	4.1	15	78	0	59	55	3	11	29	1.51
23844193--23844231	15	2.7	15	84	4	53	82	0	2	15	0.79
23845985--23846014	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
23850614--23850653	15	2.5	17	80	19	50	15	30	2	52	1.55
23851317--23851342	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
23853792--23853874	27	3.1	27	78	3	87	32	28	12	26	1.92
23853855--23854254	67	6.0	67	82	4	414	24	23	16	35	1.95
23853872--23854254	200	1.9	200	80	5	452	24	24	16	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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