genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7550436--7550468	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
7551975--7552077	30	3.4	30	91	0	161	29	25	21	24	1.99
7555072--7555118	16	2.8	18	75	15	55	40	0	0	59	0.97
7555226--7555273	24	2.1	24	85	14	66	60	2	0	37	1.09
7555239--7555296	23	2.5	23	78	10	64	56	5	0	37	1.21
7555392--7555455	26	2.4	28	79	12	71	45	3	3	48	1.34
7555392--7555457	27	2.5	26	80	9	71	43	3	3	50	1.33
7556006--7556057	18	2.9	18	74	5	52	67	1	3	26	1.18
7556099--7556131	9	3.8	9	92	8	59	84	0	6	9	0.76
7556099--7556131	17	1.9	17	100	0	66	84	0	6	9	0.76
7556304--7556376	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
7557177--7557201	8	3.1	8	100	0	50	0	16	24	60	1.36
7571456--7571586	55	2.4	55	98	1	255	38	19	19	22	1.94
7582392--7582443	21	2.4	21	84	15	63	48	3	1	46	1.31
7583316--7583378	30	2.1	30	87	0	90	57	14	4	23	1.56
7583697--7584198	251	2.0	251	98	0	959	31	20	12	35	1.90
7584728--7584767	9	4.4	9	84	9	55	0	15	0	85	0.61
7584729--7584766	17	2.3	16	95	4	67	0	15	0	84	0.63
7588139--7588196	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
7596279--7596438	52	3.1	52	78	9	164	26	15	26	31	1.95
7596282--7596459	52	3.5	52	77	13	126	26	15	26	30	1.96
7596387--7596479	46	2.0	48	81	8	111	25	15	27	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7601536--7601574	5	7.4	5	94	5	60	23	0	0	76	0.78
7603279--7603367	30	3.0	30	77	8	83	30	4	4	60	1.36
7603332--7603357	12	2.2	12	100	0	52	34	0	7	57	1.27
7615340--7615526	87	2.1	87	97	0	347	28	16	24	30	1.96
7617428--7617516	30	3.0	30	77	8	83	30	4	4	60	1.36
7617481--7617506	12	2.2	12	100	0	52	34	0	7	57	1.27
7619344--7619450	45	2.4	45	87	0	151	41	18	18	21	1.91
7619428--7619452	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
7620502--7620536	18	1.9	18	88	0	52	40	17	25	17	1.90
7620520--7620626	45	2.4	45	88	3	162	41	19	18	20	1.91
7620604--7620628	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
7620839--7620919	40	2.0	40	82	0	99	39	16	8	35	1.79
7627583--7627627	15	3.2	14	82	17	58	53	2	0	44	1.13
7633901--7634008	26	4.2	26	92	0	180	35	24	8	32	1.85
7636238--7636474	43	5.5	43	85	4	255	32	25	16	26	1.96
7636245--7636474	85	2.7	84	84	4	266	30	26	16	26	1.97
7636492--7636539	22	2.2	22	85	10	64	39	2	0	58	1.10
7637983--7638013	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
7640518--7640552	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
7641106--7641239	72	1.9	72	87	3	198	49	4	34	11	1.60
7641800--7641893	7	13.3	7	73	13	50	41	37	1	20	1.59
7641847--7641918	28	2.6	28	82	8	76	41	33	2	22	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7641943--7641996	14	3.9	14	82	0	63	44	31	1	22	1.63
7642434--7642598	40	4.1	40	84	3	206	26	22	21	29	1.99
7642434--7642598	80	2.1	80	87	2	233	26	22	21	29	1.99
7649624--7649662	15	2.6	16	84	8	55	53	0	7	38	1.30
7651972--7652078	43	2.5	43	87	3	144	32	26	15	25	1.96
7653569--7653632	21	3.0	21	95	0	110	14	23	18	43	1.86
7663351--7663383	11	3.0	11	100	0	66	63	0	9	27	1.24
7664928--7664962	18	1.9	18	94	0	61	48	14	11	25	1.77
7665910--7665986	22	3.5	22	77	10	77	44	20	20	14	1.86
7666514--7666562	19	2.5	20	80	3	55	22	16	0	61	1.34
7666672--7666706	14	2.5	14	95	0	61	40	5	22	31	1.78
7667008--7667042	16	2.4	14	90	9	52	60	0	0	40	0.97
7667663--7667701	14	2.8	14	88	0	51	30	15	10	43	1.80
7668962--7669010	25	2.0	25	83	0	62	38	10	10	40	1.73
7670215--7670311	40	2.5	39	78	8	110	30	29	23	15	1.95
7670517--7670587	28	2.6	27	74	14	65	46	23	0	29	1.53
7671327--7671357	16	1.9	16	93	0	53	16	9	0	74	1.07
7675047--7675111	33	2.0	33	93	0	112	64	0	3	32	1.09
7675336--7675660	174	1.9	174	87	2	483	30	12	9	47	1.74
7676915--7677050	3	45.3	3	100	0	272	66	0	0	33	0.92
7677353--7677397	16	2.7	17	86	3	65	46	42	0	11	1.39
7677998--7678176	89	2.0	90	95	1	324	32	11	19	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7678614--7678685	6	12.0	6	76	16	69	29	5	0	65	1.15
7678614--7678685	9	8.0	9	75	17	69	29	5	0	65	1.15
7678614--7678685	21	3.3	21	85	11	99	29	5	0	65	1.15
7678842--7678955	3	38.0	3	72	15	67	28	5	4	61	1.37
7682360--7682441	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
7684271--7684312	19	2.2	19	87	8	59	26	21	7	45	1.77
7692398--7692970	96	6.2	95	76	10	544	33	16	20	29	1.95
7692342--7692922	45	12.8	45	71	12	328	32	17	20	29	1.95
7692400--7692964	277	2.0	278	91	0	907	33	16	20	29	1.95
7693233--7693277	16	2.8	16	89	3	72	46	46	0	6	1.29
7694403--7694471	6	11.5	6	78	17	72	28	4	0	66	1.10
7694403--7694471	15	4.9	14	73	21	63	28	4	0	66	1.10
7694403--7694471	9	7.7	9	77	18	72	28	4	0	66	1.10
7694403--7694471	21	3.3	21	88	8	104	28	4	0	66	1.10
7694457--7694555	50	1.9	52	80	15	118	22	8	4	65	1.36
7694628--7694738	3	37.0	3	73	15	70	29	4	4	61	1.36
7696569--7696818	125	2.0	123	96	3	466	56	4	7	32	1.48
7696810--7696871	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
7696895--7696936	21	2.0	22	90	4	68	73	2	2	21	1.06
7697256--7697320	14	4.6	14	75	9	53	63	0	3	33	1.10
7699004--7699559	206	2.7	206	91	0	898	27	22	18	31	1.97
7704528--7704588	30	2.0	30	96	0	113	22	26	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7705769--7705833	34	1.9	34	87	0	94	16	32	7	43	1.77
7711269--7711320	21	2.5	19	80	17	52	65	0	7	26	1.20
7711344--7711385	21	2.0	22	90	4	68	73	2	2	21	1.06
7711705--7711769	14	4.6	14	75	9	53	63	0	3	33	1.10
7717539--7717575	19	1.9	19	100	0	74	24	5	16	54	1.63
7720380--7720475	27	3.6	27	78	5	97	32	27	13	27	1.94
7721889--7721928	20	2.0	20	95	0	71	50	17	5	27	1.67
7722139--7722178	19	2.1	19	85	0	53	35	5	17	42	1.71
7722414--7722460	20	2.3	20	81	0	58	61	2	4	31	1.27
7731258--7731297	20	2.0	20	85	5	53	42	0	7	50	1.30
7736163--7736292	67	1.9	67	90	0	206	47	6	13	31	1.70
7742731--7742791	23	2.7	23	100	0	122	37	14	13	34	1.85
7743091--7743166	30	2.5	30	76	0	80	19	10	9	60	1.56
7743248--7743598	4	82.2	4	67	22	121	24	1	19	53	1.55
7743341--7743480	5	28.2	5	73	19	100	22	1	19	57	1.49
7743322--7743457	70	2.0	69	88	7	204	22	0	19	58	1.44
7743320--7743475	37	4.3	36	79	14	162	22	1	18	57	1.47
7743941--7743999	25	2.4	24	83	13	75	28	0	1	69	0.98
7747339--7747374	17	2.1	18	89	5	56	63	0	5	30	1.17
7747593--7747672	33	2.4	33	85	0	106	26	12	47	13	1.79
7747594--7747685	33	2.8	31	76	18	87	28	11	44	15	1.81
7750274--7750323	9	5.0	10	76	13	50	0	32	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7750274--7750315	20	2.1	20	86	8	59	0	30	0	69	0.89
7750272--7750318	18	2.6	18	86	10	60	0	31	0	68	0.90
7752440--7752578	42	3.3	42	77	0	152	44	17	20	16	1.87
7752440--7752586	21	7.0	21	69	0	78	44	17	21	17	1.87
7752663--7752710	24	2.0	24	91	0	78	18	29	8	43	1.79
7752753--7752992	129	1.9	129	100	0	480	45	12	5	36	1.66
7760056--7760113	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
7760325--7760356	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
7760451--7760692	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
7760451--7760700	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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