genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8047989--8048205	3	72.3	3	100	0	434	0	33	0	66	0.92
8049665--8049720	25	2.2	25	87	0	76	55	8	3	32	1.48
8049675--8049726	25	2.2	25	86	6	72	55	9	1	32	1.43
8053074--8053117	23	1.9	23	90	0	70	56	11	0	31	1.35
8054209--8054248	20	2.0	20	95	0	71	12	30	20	37	1.89
8063483--8063514	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
8064394--8064460	31	2.2	29	89	5	98	43	2	1	52	1.25
8065576--8065606	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
8068160--8068203	21	2.1	21	91	0	70	20	29	20	29	1.98
8074916--8074978	28	2.3	28	78	8	76	41	3	3	52	1.33
8076012--8076041	14	2.1	14	93	0	51	13	23	6	56	1.60
8076517--8076556	6	6.7	6	85	0	53	85	10	5	0	0.75
8076523--8076562	12	3.3	12	92	0	62	80	10	10	0	0.92
8076518--8076567	17	2.9	17	82	5	55	82	8	10	0	0.86
8078822--8078846	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8079838--8080584	374	2.0	374	98	0	1458	22	27	25	23	2.00
8088057--8088092	18	2.0	18	94	0	63	22	0	36	41	1.54
8093323--8093381	29	2.0	29	100	0	118	42	0	10	47	1.37
8094958--8095022	21	3.1	21	86	0	85	35	26	23	15	1.94
8103742--8103950	107	2.0	107	97	1	393	28	26	14	30	1.95
8105770--8105852	21	3.9	21	77	3	67	37	25	21	15	1.93
8105768--8105842	21	3.5	22	81	7	82	38	25	21	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8108169--8108206	20	1.9	20	89	10	60	47	13	15	23	1.81
8110728--8110768	12	3.4	12	93	0	55	65	9	2	21	1.34
8110738--8110772	3	11.7	3	87	0	52	65	5	0	28	1.15
8110796--8110846	17	3.3	17	71	25	58	72	0	5	21	1.05
8110801--8110864	25	2.5	25	84	5	83	71	3	4	20	1.17
8110954--8111009	3	18.7	3	100	0	112	33	0	32	33	1.58
8111938--8111978	13	3.2	13	79	6	57	17	19	51	12	1.76
8113309--8113393	10	7.9	10	69	19	55	4	22	1	71	1.11
8113365--8113402	20	1.9	20	89	10	60	10	15	0	73	1.09
8122244--8122273	14	2.1	14	100	0	60	10	26	13	50	1.73
8124914--8124945	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
8124969--8125102	49	2.7	49	87	1	196	24	16	28	30	1.96
8124913--8125102	50	3.8	50	81	2	202	24	14	27	33	1.94
8125303--8125332	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
8130211--8130274	32	2.0	32	100	0	128	15	25	15	43	1.86
8130946--8130986	9	4.6	9	93	0	64	24	9	24	41	1.85
8131745--8131788	23	1.9	23	95	0	79	13	31	27	27	1.94
8133072--8133133	16	4.0	15	74	13	54	20	9	11	58	1.61
8133090--8133140	16	3.2	16	97	0	93	21	11	13	52	1.72
8134453--8134486	14	2.4	14	90	5	50	67	0	17	14	1.23
8141422--8141454	12	2.8	12	100	0	66	30	24	0	45	1.53
8149854--8149890	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8153172--8153208	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
8156017--8156286	47	5.7	47	85	3	373	32	8	30	28	1.87
8156017--8156286	94	2.9	94	90	4	418	32	8	30	28	1.87
8156019--8156282	141	1.9	140	91	3	431	32	9	30	28	1.88
8156405--8156483	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
8158266--8158306	21	1.9	22	85	5	57	39	17	2	41	1.62
8158550--8158580	16	1.9	16	93	0	53	16	9	0	74	1.07
8166020--8166052	9	3.8	9	88	4	50	90	0	9	0	0.44
8166020--8166053	14	2.5	13	90	9	59	91	0	8	0	0.43
8167830--8167856	12	2.2	12	100	0	54	59	25	0	14	1.36
8169572--8169619	2	24.0	2	95	0	87	52	0	47	0	1.00
8172759--8172871	58	1.9	58	85	3	156	24	11	18	45	1.83
8172761--8172886	58	2.2	58	82	2	146	24	11	15	47	1.79
8174001--8174052	24	2.2	24	82	6	61	44	5	1	48	1.38
8174038--8174142	31	3.4	30	77	7	113	54	2	2	40	1.30
8174009--8174160	61	2.5	61	90	0	232	50	3	1	44	1.32
8174038--8174142	16	6.9	15	66	26	51	54	2	2	40	1.30
8176403--8176453	19	2.7	19	78	6	50	25	1	11	60	1.41
8181133--8181178	24	1.9	24	90	0	74	45	0	0	54	0.99
8181749--8181782	14	2.4	14	90	9	52	61	0	2	35	1.11
8182138--8182180	22	2.0	21	86	13	61	60	2	0	37	1.10
8187449--8187481	15	2.2	15	94	0	57	63	0	6	30	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8188651--8188736	43	2.0	43	86	0	118	54	0	24	20	1.45
8188709--8188775	7	9.9	7	71	12	50	49	0	23	26	1.51
8188721--8188783	29	2.3	27	86	5	81	49	0	23	26	1.51
8190436--8190469	16	2.1	16	88	0	50	52	0	0	47	1.00
8190442--8190480	19	2.1	19	85	9	53	46	0	0	53	1.00
8190725--8190755	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8195104--8195169	10	6.4	10	81	13	80	33	27	0	39	1.57
8195105--8195169	32	2.0	32	91	5	105	33	26	0	40	1.56
8195104--8195159	22	2.6	22	81	15	73	33	28	0	37	1.58
8195318--8195416	49	2.0	49	88	1	146	34	6	3	56	1.39
8202071--8202390	46	7.0	46	96	0	543	38	14	23	22	1.92
8204455--8204843	126	3.1	125	83	1	465	29	17	16	35	1.92
8205603--8205640	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
8208017--8208059	12	3.6	12	78	12	52	41	0	0	58	0.98
8208044--8208110	26	2.6	26	100	0	134	41	17	0	40	1.50
8208586--8208639	27	2.0	27	92	0	90	38	12	24	24	1.90
8219225--8219272	21	2.2	23	85	7	64	27	2	8	62	1.35
8222740--8222861	38	3.4	37	76	9	110	45	1	0	51	1.16
8228326--8228531	113	1.8	113	92	2	351	22	16	17	42	1.88
8238359--8238416	18	3.4	18	69	26	63	37	6	1	53	1.38
8238355--8238419	32	2.0	32	100	0	130	41	6	3	49	1.43
8243173--8243197	9	2.8	9	100	0	50	36	36	12	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8246774--8246925	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
8246842--8247110	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
8246885--8247104	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8246842--8247110	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
8250236--8250381	49	3.0	49	90	1	229	32	29	13	23	1.93
8251634--8251779	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
8251743--8252011	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
8251786--8252005	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8251743--8252011	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
8254428--8254477	21	2.4	20	81	15	57	18	8	2	72	1.19
8254512--8254602	3	30.0	3	84	6	112	31	7	0	60	1.25
8254818--8254864	14	3.7	14	73	26	59	70	0	0	29	0.88
8254818--8254863	23	2.0	23	100	0	92	69	0	0	30	0.89
8257793--8257902	51	2.2	51	91	0	175	33	11	21	32	1.90
8261397--8261508	51	2.2	51	91	0	179	37	13	24	25	1.91
8262348--8262560	46	4.6	46	90	2	306	41	12	23	22	1.88
8262395--8262466	21	3.2	21	65	14	54	41	9	23	25	1.84
8265206--8265249	17	2.6	16	86	10	61	2	20	0	77	0.88
8268971--8269365	200	2.0	201	96	0	729	26	20	13	38	1.90
8271917--8271960	23	1.9	23	100	0	88	40	2	0	56	1.11
8273883--8273918	10	3.6	10	88	0	54	13	50	0	36	1.43
8276627--8276734	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8284026--8284133	44	2.4	44	86	6	137	28	24	13	33	1.94
8286040--8286105	33	2.0	33	94	5	116	43	13	6	36	1.69
8286856--8286893	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
8289763--8289792	15	2.0	15	100	0	60	33	6	13	46	1.69
8290363--8290392	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
8295023--8295103	39	2.1	39	90	4	128	40	6	27	25	1.79
8295585--8295651	24	2.8	24	75	11	64	38	5	4	50	1.47
8296260--8296562	134	2.3	134	99	0	597	26	19	19	34	1.95
8308246--8309031	44	18.1	44	88	2	1131	28	15	32	23	1.95
8308246--8309031	216	3.6	216	87	2	1087	28	15	32	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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