genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29879140--29879177	20	2.0	20	89	5	60	57	21	2	18	1.52
29881467--29881528	30	2.1	30	84	0	79	66	1	0	32	1.02
29881771--29881810	12	3.1	14	76	23	52	47	0	0	52	1.00
29882961--29883018	30	1.9	30	96	0	107	17	34	31	17	1.93
29885207--29885402	97	2.0	98	91	3	315	30	9	22	37	1.86
29890248--29890364	40	2.9	40	96	0	207	32	16	29	21	1.95
29890312--29890671	111	3.2	111	98	0	684	25	18	29	26	1.98
29890641--29890703	32	2.0	32	93	0	108	22	20	30	26	1.98
29890419--29890926	254	2.0	255	98	0	982	25	19	28	26	1.98
29890530--29890814	143	2.0	143	98	0	552	24	19	29	27	1.98
29890673--29891265	111	5.3	112	95	1	1003	25	18	28	27	1.98
29890673--29891265	223	2.7	223	94	0	1015	25	18	28	27	1.98
29892940--29893308	84	4.4	84	97	0	666	32	20	18	28	1.96
29894510--29894538	11	2.7	11	94	5	51	37	10	24	27	1.88
29895896--29896171	40	6.7	40	73	23	227	44	10	1	43	1.47
29895870--29896292	133	3.2	133	99	0	830	44	10	1	43	1.46
29895870--29896223	93	3.8	89	83	12	346	45	10	1	42	1.46
29895879--29896223	17	18.5	17	70	23	191	45	11	1	42	1.47
29895975--29896264	93	3.1	92	83	12	351	44	11	1	42	1.48
29896162--29896292	40	3.4	40	86	9	184	44	9	1	45	1.45
29896550--29896630	19	4.5	19	73	20	84	46	18	0	34	1.49
29896565--29896733	18	9.6	18	67	25	94	45	19	0	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29896546--29896702	25	6.1	26	89	5	239	46	19	0	33	1.50
29896546--29896702	53	3.0	51	92	3	253	46	19	0	33	1.50
29896694--29896747	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
29896556--29896747	18	11.0	18	66	30	82	44	20	0	34	1.52
29902182--29902252	21	3.4	21	86	0	97	30	18	47	2	1.63
29902566--29902735	42	4.1	41	83	3	187	30	20	20	28	1.97
29904705--29904799	46	2.1	46	93	0	163	43	23	1	32	1.61
29915049--29915186	68	2.0	71	87	8	203	41	4	4	50	1.42
29918337--29918370	14	2.5	13	86	9	50	85	8	5	0	0.75
29919316--29920492	297	4.0	296	90	2	1803	34	17	21	26	1.96
29919310--29920488	588	2.0	592	91	1	1920	34	17	21	25	1.96
29925428--29925575	30	5.0	29	77	8	127	27	24	3	45	1.69
29925434--29925575	60	2.4	58	83	7	160	26	25	3	45	1.70
29925977--29926022	14	3.1	15	84	9	58	82	0	8	8	0.84
29930226--29930264	4	10.0	4	83	5	53	25	25	2	46	1.66
29938581--29939253	77	8.9	76	83	3	698	26	17	21	34	1.95
29938580--29939246	229	2.9	229	84	4	780	26	17	21	34	1.96
29939752--29939882	29	4.5	29	75	4	120	31	20	0	47	1.56
29939758--29939888	58	2.2	59	86	5	185	28	22	1	47	1.61
29940295--29940348	5	11.2	5	75	15	51	75	0	24	0	0.80
29940295--29940351	22	2.7	21	84	10	71	77	0	22	0	0.77
29940295--29940342	16	2.8	18	87	9	66	77	0	22	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29945864--29945958	43	2.2	43	86	3	138	28	29	18	23	1.98
29945864--29945971	43	2.5	43	84	3	119	29	27	19	23	1.98
29946327--29946457	66	2.0	65	82	8	158	14	25	16	43	1.86
29946517--29946541	13	1.9	13	100	0	50	16	28	24	32	1.96
29951820--29951844	7	3.6	7	100	0	50	40	16	12	32	1.84
29951893--29952032	9	16.0	9	77	12	132	32	0	20	47	1.50
29951893--29952009	36	3.3	36	85	7	159	33	0	19	47	1.50
29951924--29952034	43	2.6	43	88	7	163	30	0	20	48	1.50
29951960--29952032	34	2.1	34	87	9	105	28	0	21	49	1.50
29952052--29952118	35	1.9	35	93	0	116	37	5	11	44	1.66
29952119--29952145	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
29953232--29953277	23	2.1	22	84	8	58	45	8	19	26	1.79
29953318--29953348	12	2.6	12	94	0	53	19	45	0	35	1.51
29961833--29961952	41	2.9	41	79	0	141	18	25	16	40	1.91
29962100--29962162	31	2.1	31	90	3	101	41	20	12	25	1.88
29965186--29965221	18	2.1	18	89	5	56	58	0	0	41	0.98
29968017--29968056	19	2.1	19	90	0	62	57	10	0	32	1.32
29969138--29969193	29	1.9	29	82	7	69	39	3	3	53	1.36
29969627--29969720	19	4.8	19	90	5	152	37	10	15	36	1.83
29969627--29969727	40	2.7	38	88	8	152	37	9	16	35	1.82
29969659--29969743	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
29969709--29969753	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29970266--29970317	25	2.1	25	85	7	70	32	3	5	57	1.40
29970383--29970443	33	1.9	30	83	9	77	27	1	4	65	1.22
29970883--29970924	19	2.2	20	86	4	59	33	7	9	50	1.62
29971163--29972045	98	9.0	98	99	0	1721	27	9	25	37	1.87
29977642--29977696	22	2.5	22	82	5	67	40	1	7	50	1.40
29977674--29977751	23	3.2	25	78	9	81	43	0	2	53	1.14
29985237--29985361	40	3.2	40	77	11	116	19	16	24	40	1.90
29988142--29988181	14	2.8	14	80	3	53	62	0	0	37	0.95
29991912--29991956	22	2.1	21	95	4	81	35	13	35	13	1.84
29992272--29992309	19	2.0	19	100	0	76	26	5	10	57	1.53
29996002--29996045	11	3.7	13	77	22	51	31	4	18	45	1.69
29996008--29996052	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
30000609--30000653	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
30001553--30001585	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
30008074--30008122	24	2.0	24	96	0	89	46	8	24	20	1.77
30017319--30017358	20	2.0	20	85	4	55	22	2	17	57	1.52
30020772--30020829	30	1.9	31	89	3	91	68	8	12	10	1.38
30020804--30020841	20	2.0	20	89	5	60	73	10	7	7	1.24
30023147--30023191	22	2.0	22	95	0	81	22	4	24	48	1.68
30026242--30026281	19	2.1	19	90	0	62	30	0	7	62	1.23
30027437--30027472	15	2.5	14	91	8	63	69	8	5	16	1.33
30036111--30036140	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30045364--30045410	20	2.3	20	96	0	85	34	21	21	23	1.97
30050741--30050782	18	2.3	18	80	8	50	28	0	9	61	1.27
30051055--30051166	40	2.8	40	77	8	129	39	19	20	20	1.93
30052777--30052825	9	5.4	9	90	0	71	24	8	24	42	1.81
30057672--30057699	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
30057672--30057707	18	1.9	18	88	5	54	13	0	5	80	0.88
30058074--30058116	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
30062167--30062363	29	6.8	29	78	0	214	18	26	15	40	1.90
30066095--30066734	107	6.0	107	97	0	1154	30	18	18	32	1.95
30078177--30078314	44	3.1	43	78	5	116	30	16	24	28	1.97
30078266--30078524	52	5.0	52	100	0	518	28	18	25	27	1.98
30078587--30078749	88	1.9	87	79	8	188	26	17	25	30	1.97
30078175--30078777	52	13.0	45	80	8	274	28	17	25	29	1.97
30078474--30078777	132	2.3	132	91	0	491	27	16	25	30	1.97
30080511--30080713	106	1.9	106	95	2	372	32	15	4	48	1.65
30085316--30085408	19	5.1	19	70	12	77	30	9	13	46	1.76
30085297--30085443	54	2.7	54	96	0	267	32	10	14	42	1.79
30088275--30088324	21	2.3	23	86	13	70	30	4	14	52	1.59
30088275--30088324	23	2.3	21	86	13	66	30	4	14	52	1.59
30088947--30089039	46	2.0	46	93	0	159	23	22	20	33	1.97
30089572--30089639	33	2.1	33	86	5	93	45	2	14	36	1.60
30093704--30093744	10	4.0	10	83	3	55	2	21	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30093712--30093772	26	2.2	28	85	5	81	4	16	1	77	1.03
30093712--30093773	16	3.9	15	77	12	52	4	17	1	75	1.05
30093727--30093769	22	1.9	23	90	4	70	4	16	2	76	1.05
30093712--30093780	26	2.6	25	79	20	63	5	17	1	75	1.07
30098924--30098954	15	2.1	15	94	5	55	19	16	3	61	1.48
30102166--30102263	46	2.1	46	83	7	119	43	12	13	30	1.80
30103643--30103672	6	5.0	6	100	0	60	16	16	0	66	1.25
30103634--30103690	27	2.1	27	83	6	71	19	17	0	63	1.32
30105835--30105871	12	3.0	12	88	4	56	24	0	8	67	1.17
30112954--30112998	23	1.9	24	82	13	58	11	24	2	62	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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