genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1736400--1736453	18	3.0	18	81	15	67	68	1	1	27	1.10
1753346--1754467	181	6.3	181	92	2	1795	34	22	18	24	1.96
1753346--1754526	356	3.3	356	93	2	2006	34	22	18	24	1.96
1761871--1761920	25	2.0	25	84	7	66	26	32	12	30	1.92
1762096--1763207	40	27.8	40	95	0	1893	23	28	24	24	2.00
1767869--1768120	40	6.3	40	87	3	312	24	19	26	28	1.99
1770442--1770475	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
1770442--1770500	12	4.8	12	71	19	50	52	3	1	42	1.28
1770451--1770550	17	5.5	18	70	21	75	50	3	3	44	1.32
1770451--1770538	37	2.4	37	83	9	110	48	2	3	45	1.31
1770451--1770549	37	2.7	37	81	9	105	49	3	3	44	1.33
1772683--1772714	17	1.9	16	93	6	55	15	12	9	62	1.54
1774365--1774510	73	2.0	73	95	2	267	18	28	19	33	1.96
1776240--1776316	35	2.2	36	88	9	124	40	10	14	35	1.80
1776248--1776309	17	3.6	18	89	4	92	40	12	11	35	1.80
1776794--1776853	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
1776795--1776853	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
1776830--1776879	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
1782442--1782484	8	5.5	8	83	5	61	86	0	13	0	0.58
1782441--1782484	10	4.3	10	88	5	70	86	0	13	0	0.57
1782441--1782486	13	3.8	12	81	13	51	84	0	15	0	0.62
1782444--1782486	21	2.0	21	95	0	77	83	0	16	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1783177--1783566	119	3.3	118	94	0	663	34	16	18	30	1.93
1786476--1786758	119	2.4	119	94	0	485	34	18	18	28	1.95
1786682--1786951	83	3.2	83	92	1	441	31	20	20	27	1.97
1787344--1787430	17	5.0	17	86	5	129	39	11	12	36	1.80
1787344--1787428	18	4.8	18	88	4	129	38	10	12	37	1.79
1787335--1787430	35	2.7	35	95	1	165	38	10	13	37	1.79
1789052--1789102	22	2.3	22	82	3	57	25	0	15	58	1.37
1799247--1799418	86	2.0	85	98	1	335	26	26	8	38	1.84
1803938--1804013	38	2.0	38	94	0	134	32	19	18	28	1.96
1808000--1808039	20	2.0	20	100	0	80	35	0	25	40	1.56
1809478--1809783	44	6.7	44	78	10	278	31	21	16	29	1.96
1809478--1809689	87	2.4	88	85	6	272	30	21	17	30	1.96
1809604--1809783	50	3.7	50	80	4	183	31	20	16	31	1.95
1812299--1812422	62	2.0	62	95	3	223	25	25	14	34	1.94
1818325--1818778	227	2.0	227	100	0	908	24	19	20	36	1.95
1832783--1832834	21	2.5	20	82	14	61	67	1	9	21	1.29
1833009--1833440	73	6.0	73	89	4	612	64	3	6	26	1.34
1833009--1833440	220	2.0	211	88	4	632	64	3	6	26	1.34
1837269--1837332	27	2.4	27	86	5	85	20	31	21	26	1.98
1844577--1844618	5	8.4	5	100	0	84	19	0	0	80	0.70
1849696--1850131	105	4.3	100	83	11	502	54	15	0	28	1.48
1849696--1850130	205	2.2	199	81	10	512	54	15	0	28	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1850467--1850506	13	3.1	13	96	0	71	0	35	0	65	0.93
1852459--1852503	17	2.6	17	100	0	90	24	28	11	35	1.90
1859099--1859135	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
1863281--1863327	19	2.6	18	80	12	51	74	2	6	17	1.12
1865087--1865197	45	2.5	45	84	5	120	25	21	26	27	2.00
1865743--1865775	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
1871929--1872182	39	6.5	39	88	1	359	27	25	22	23	2.00
1876226--1876353	45	2.9	45	86	5	174	23	18	29	28	1.98
1876887--1876919	16	2.0	17	88	5	50	21	15	18	45	1.85
1879516--1879573	25	2.4	25	80	8	66	20	5	3	70	1.21
1890754--1890832	25	3.1	25	83	3	104	51	0	0	48	1.00
1890777--1890824	15	3.5	15	67	21	50	43	0	0	56	0.99
1891634--1891671	15	2.4	16	83	16	53	50	0	5	44	1.24
1891614--1891681	29	2.4	28	76	16	68	50	0	4	45	1.22
1892136--1892187	15	3.5	15	84	5	70	75	0	9	15	1.05
1892130--1892176	19	2.5	19	85	0	58	74	2	6	17	1.12
1892136--1892187	5	10.6	5	75	4	52	75	0	9	15	1.05
1893142--1893188	23	2.0	22	84	8	58	14	8	36	40	1.77
1894150--1894331	88	2.1	89	85	7	246	34	17	12	35	1.87
1894445--1894510	18	3.7	17	73	13	53	57	3	0	39	1.14
1894428--1894520	27	3.5	26	75	18	77	62	4	0	33	1.15
1894445--1894522	27	2.9	28	81	11	83	58	3	0	37	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1894843--1894971	28	4.6	27	75	12	118	31	1	3	63	1.19
1894842--1894949	46	2.3	46	82	1	126	28	1	3	65	1.20
1894936--1894990	19	2.9	19	78	13	60	34	0	1	63	1.05
1894906--1894980	28	2.6	28	78	14	82	36	1	0	62	1.04
1894844--1895002	9	17.4	9	69	17	78	30	1	3	65	1.16
1912978--1913002	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
1917655--1917696	16	2.8	16	86	13	54	61	9	4	23	1.45
1922814--1922874	30	2.0	30	90	0	95	60	11	3	24	1.46
1926202--1926240	20	2.0	19	85	5	51	20	2	12	64	1.40
1926953--1927127	47	3.7	47	80	3	176	26	14	26	32	1.95
1926982--1927181	47	4.2	46	81	3	132	25	16	27	30	1.97
1931051--1931089	19	2.0	19	85	5	51	15	10	0	74	1.07
1932023--1932048	6	4.3	6	100	0	52	34	19	0	46	1.50
1934534--1934592	7	7.6	7	92	7	64	71	0	0	28	0.87
1934532--1934587	9	6.7	9	91	8	75	71	0	0	28	0.86
1934534--1934592	18	3.7	16	87	12	86	71	0	0	28	0.87
1943916--1943958	22	2.0	22	81	9	52	69	0	20	9	1.15
1947019--1947080	21	3.1	20	77	6	63	19	25	17	37	1.94
1954569--1954605	13	2.8	13	95	0	65	48	5	13	32	1.65
1955096--1955198	48	2.1	48	80	8	109	40	0	4	53	1.29
1959359--1959390	5	6.2	5	96	3	55	78	0	0	21	0.76
1961410--1961482	30	2.5	30	88	2	112	32	23	13	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1962459--1962510	21	2.5	21	96	0	95	44	9	25	21	1.82
1964739--1964855	42	2.8	42	81	0	117	18	22	18	40	1.92
1964796--1964876	42	1.9	42	82	0	99	17	24	19	38	1.93
1965969--1966114	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
1966078--1966346	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
1966121--1966340	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
1966078--1966346	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
1969472--1969617	49	3.0	49	90	1	229	32	29	13	23	1.93
1970870--1971015	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
1970979--1971247	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
1971022--1971241	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
1970979--1971247	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
1977751--1978003	70	3.6	68	76	6	188	34	23	15	26	1.95
1977889--1978143	134	1.9	132	80	4	296	33	22	16	27	1.95
1978041--1978171	70	1.9	70	80	3	156	35	22	14	26	1.93
1978254--1978368	58	2.0	58	87	0	167	40	20	12	27	1.88
1981663--1981796	65	2.1	65	94	0	232	32	14	8	44	1.75
1981914--1982085	60	2.9	57	78	6	159	14	26	13	44	1.83
1986690--1986928	60	4.0	60	85	1	302	43	12	31	12	1.79
1986997--1987128	65	2.0	65	91	0	210	47	6	12	33	1.67
1990418--1990451	12	2.7	13	90	4	52	55	0	2	41	1.15
1993993--1994042	16	2.9	17	77	14	50	50	4	2	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1993949--1994119	91	1.9	89	95	2	306	40	9	7	41	1.67
1999042--1999080	20	2.0	21	85	10	55	66	2	2	28	1.18
2000290--2000314	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
2000443--2000493	11	4.8	11	72	18	54	31	0	1	66	1.03
2000434--2000493	31	2.0	31	90	3	95	30	0	3	66	1.07
2021460--2021520	24	2.5	24	76	7	70	42	4	34	18	1.71
2024764--2024818	25	2.2	25	83	0	65	21	18	25	34	1.96
2030042--2030203	42	3.7	42	74	13	132	32	25	12	29	1.92
2030109--2030202	49	1.9	48	84	2	125	32	26	12	27	1.93
2030201--2030355	53	3.0	51	81	11	183	30	25	14	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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