genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18826971--18827907	451	2.1	439	88	6	1381	30	9	7	53	1.60
18827094--18828000	451	2.0	443	81	8	1052	32	9	7	51	1.61
18827905--18828642	154	4.9	152	77	10	703	53	5	8	31	1.56
18828339--18828630	153	1.9	151	84	8	396	54	4	8	32	1.52
18827905--18828626	295	2.4	301	83	7	914	53	5	8	31	1.55
18829743--18829767	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
18833196--18833221	12	2.2	12	100	0	52	30	34	0	34	1.58
18834302--18834476	72	2.4	73	85	8	259	55	12	6	25	1.60
18837263--18837379	26	4.5	26	90	1	173	47	18	32	1	1.59
18854214--18854265	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
18858352--18858386	18	2.0	18	88	5	54	48	11	11	28	1.74
18860656--18860718	29	2.2	29	82	5	74	49	0	9	41	1.35
18862256--18862646	141	2.8	139	81	7	441	27	11	8	52	1.67
18862823--18862928	41	2.6	38	77	20	108	66	6	0	25	1.21
18871449--18871515	28	2.5	26	83	9	89	62	1	0	35	1.04
18872103--18872145	19	2.2	20	83	4	52	34	0	2	62	1.08
18872085--18872151	31	2.2	31	81	2	82	35	1	1	61	1.15
18872698--18872816	61	1.9	62	94	1	213	38	18	7	35	1.79
18873264--18873331	23	3.0	23	82	4	84	39	20	20	19	1.92
18875558--18875619	30	2.0	31	87	3	90	72	3	14	9	1.23
18875568--18875619	25	2.0	26	85	10	72	73	1	17	7	1.16
18875568--18875636	25	2.7	25	80	15	70	72	1	20	5	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18875563--18875635	31	2.4	31	84	6	87	72	2	19	5	1.16
18876304--18876372	26	2.5	27	79	13	79	31	0	20	47	1.50
18881862--18881887	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
18886262--18886396	41	3.3	41	84	2	173	17	18	25	38	1.92
18887246--18887277	10	3.2	10	95	0	55	18	6	28	46	1.73
18911443--18911499	11	5.3	11	79	12	64	22	1	3	71	1.10
18921383--18921433	23	2.1	25	82	13	63	13	11	3	70	1.29
18928049--18928627	124	4.7	124	96	0	991	31	14	20	33	1.93
18929781--18929828	10	4.6	10	76	7	51	58	0	0	41	0.98
18929775--18929817	21	2.1	21	95	4	79	67	0	0	32	0.91
18929768--18929830	31	2.1	29	88	5	90	65	0	0	34	0.93
18929865--18929968	22	4.4	23	72	18	88	39	0	32	27	1.57
18929832--18929949	51	2.3	51	92	1	193	40	0	29	29	1.57
18933522--18933855	172	1.9	172	92	0	560	19	16	11	52	1.74
18942569--18942603	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
18943899--18943962	27	2.4	27	83	0	83	26	31	34	7	1.85
18944026--18944133	3	36.7	3	73	10	80	59	1	38	0	1.08
18944006--18944068	11	5.8	11	83	12	78	65	0	34	0	0.93
18944029--18944125	14	7.1	14	70	17	69	59	2	38	0	1.09
18944025--18944133	31	3.6	30	71	14	91	58	1	39	0	1.09
18944096--18944151	17	3.3	17	78	14	62	62	0	37	0	0.95
18944374--18944424	16	3.3	16	71	20	54	25	7	11	54	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18944364--18944472	30	3.4	31	76	20	116	24	6	7	61	1.46
18944394--18944476	38	2.2	38	93	0	139	25	6	6	62	1.41
18944602--18944686	17	5.1	17	65	12	50	65	5	9	18	1.41
18944623--18945289	156	4.4	157	88	7	925	53	7	8	29	1.60
18944623--18945290	313	2.2	295	87	7	932	53	7	8	29	1.60
18945268--18945303	17	2.1	17	89	0	54	63	11	11	13	1.51
18947576--18947622	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
18948849--18948880	15	2.0	17	88	11	50	40	12	15	31	1.85
18955618--18955710	44	2.1	45	84	9	120	35	26	4	33	1.76
18955699--18955747	16	3.1	16	87	0	80	24	32	4	38	1.74
18958412--18958585	10	17.9	9	66	17	55	35	1	6	56	1.35
18958547--18958589	20	2.2	20	91	0	68	32	0	6	60	1.23
18959781--18959839	29	2.0	29	96	0	109	44	10	18	27	1.82
18962465--18962489	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
18967430--18967476	20	2.3	20	85	3	58	46	6	0	46	1.28
18968228--18968261	2	17.0	2	87	0	50	44	2	2	50	1.32
18972818--18972862	22	2.0	22	82	4	54	40	6	15	37	1.74
18973178--18973208	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
18973206--18973265	28	2.1	29	81	3	68	38	10	3	48	1.53
18977679--18977723	22	2.0	22	82	4	54	40	6	15	37	1.74
18978039--18978069	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
18978067--18978126	28	2.1	29	81	3	68	38	10	3	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18981068--18981129	26	2.3	27	75	2	72	56	8	12	22	1.62
18986096--18986161	22	3.0	22	69	10	62	27	34	13	24	1.93
18987533--18987577	22	1.9	25	82	13	60	37	2	0	60	1.09
18989250--18989288	21	1.9	20	84	5	51	43	20	0	35	1.52
18989914--18989960	8	5.3	9	82	12	62	42	0	6	51	1.27
18993406--18993479	36	2.1	36	100	0	148	43	16	20	20	1.88
19011929--19011958	9	3.2	9	95	4	51	76	0	3	20	0.92
19012011--19012100	9	9.7	9	66	20	51	67	2	3	26	1.17
19011994--19012042	18	2.6	18	87	6	62	71	2	4	22	1.13
19011994--19012156	29	5.7	29	68	15	99	64	2	4	28	1.27
19012011--19012081	20	3.7	19	73	14	65	67	2	2	26	1.18
19011994--19012100	19	5.7	19	76	7	85	67	1	3	27	1.18
19011982--19012110	19	6.9	18	68	19	59	65	3	3	27	1.22
19012000--19012118	57	2.1	58	84	4	152	65	2	3	28	1.21
19012356--19012404	22	2.2	22	78	7	55	26	4	6	63	1.36
19012389--19012438	19	2.6	19	74	0	64	36	6	0	58	1.23
19012436--19012498	26	2.4	27	78	2	74	47	0	1	50	1.10
19012437--19012496	27	2.3	25	77	5	66	46	0	1	51	1.10
19012505--19012538	10	3.3	10	87	4	50	23	0	0	76	0.79
19012595--19012763	90	1.8	93	87	7	256	34	9	20	35	1.85
19013330--19013370	18	2.2	19	83	12	50	58	2	2	36	1.24
19015613--19015727	30	3.9	30	84	1	142	33	21	7	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19016064--19016126	3	22.0	3	80	6	69	69	0	30	0	0.88
19016093--19016136	12	3.5	13	81	12	56	79	0	20	0	0.73
19016102--19016136	11	2.9	12	87	12	54	82	0	17	0	0.66
19016103--19016136	17	1.9	18	94	5	61	82	0	17	0	0.67
19016102--19016136	6	5.8	6	90	10	54	82	0	17	0	0.66
19016174--19016221	18	2.7	18	83	0	69	18	45	27	8	1.78
19016496--19016591	7	13.1	7	75	12	79	77	2	19	1	0.94
19016496--19016591	21	4.4	21	74	18	88	77	2	19	1	0.94
19016518--19016561	16	2.6	17	89	7	72	79	4	13	2	0.98
19016496--19016594	20	4.9	20	73	13	69	76	2	20	1	0.94
19017065--19017157	39	2.4	37	91	5	141	31	10	10	47	1.73
19017074--19017155	22	4.1	21	72	16	66	35	9	9	45	1.70
19017065--19017370	17	16.8	18	65	21	106	33	12	9	43	1.75
19017252--19017300	24	2.0	25	88	4	73	48	10	4	36	1.56
19017275--19017384	37	3.0	37	78	9	116	35	14	10	40	1.80
19017420--19017454	16	2.2	16	90	10	54	37	2	11	48	1.54
19017397--19017476	38	2.1	38	80	0	88	42	6	10	41	1.63
19017420--19017455	17	2.2	16	90	5	54	38	2	11	47	1.54
19017441--19017496	21	2.7	20	91	5	85	44	10	12	32	1.77
19023218--19023261	12	3.5	12	82	11	52	84	6	6	2	0.86
19024644--19024795	44	3.3	48	81	9	131	29	17	19	32	1.95
19024572--19025403	45	18.0	44	67	15	178	28	20	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19024864--19025403	45	11.7	45	71	10	187	28	20	17	32	1.96
19024853--19025443	96	6.4	96	74	10	287	28	20	17	32	1.96
19024965--19025405	89	4.8	89	75	10	325	28	21	18	32	1.96
19026298--19026348	17	2.9	17	85	2	66	0	19	1	78	0.85
19030895--19030948	18	3.0	18	75	5	56	40	3	18	37	1.69
19034143--19034189	18	2.6	18	82	0	58	55	2	4	38	1.31
19034218--19034266	12	3.9	12	84	15	64	77	2	6	14	1.05
19034487--19034582	50	1.9	50	82	2	120	53	5	7	34	1.51
19042308--19042364	27	2.1	27	80	6	62	24	26	17	31	1.97
19045922--19046206	109	2.6	109	95	0	500	33	19	14	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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