genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19544791--19544825	14	2.5	14	95	0	61	37	14	0	48	1.44
19548164--19548218	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
19548480--19548531	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
19551785--19551931	64	2.3	64	97	0	285	36	8	13	41	1.76
19552564--19552595	15	2.1	15	94	0	55	53	0	15	31	1.43
19552579--19553323	379	2.0	379	99	0	1481	24	16	17	41	1.89
19555621--19555664	21	2.1	21	100	0	88	9	15	31	43	1.79
19567266--19567312	14	3.3	14	82	8	51	53	0	0	46	1.00
19567261--19567687	120	3.5	119	78	14	481	50	4	1	43	1.33
19567402--19567459	23	3.0	19	76	23	59	56	0	0	43	0.99
19567397--19567450	13	4.2	13	77	18	60	55	0	0	44	0.99
19567376--19567701	44	7.8	43	65	24	132	51	3	1	42	1.29
19567408--19567460	23	2.3	23	96	0	97	56	0	0	43	0.99
19567508--19567553	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
19567397--19567562	15	11.5	15	63	23	54	51	3	1	43	1.27
19567442--19567611	37	4.7	35	67	20	100	48	6	1	43	1.39
19567431--19567669	107	2.3	107	87	7	330	50	5	1	43	1.34
19569003--19569036	17	2.0	17	100	0	68	41	17	0	41	1.50
19591686--19591726	19	2.0	20	86	13	57	70	0	21	7	1.11
19591678--19591761	44	1.9	44	80	7	100	69	3	22	4	1.23
19592427--19592473	24	2.0	24	84	16	62	34	0	14	51	1.43
19594488--19594684	42	4.7	42	76	6	157	46	16	19	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19594484--19594553	21	3.3	21	74	4	70	41	20	24	14	1.89
19595793--19596116	175	1.9	175	92	1	551	27	23	5	44	1.74
19599717--19599799	40	2.0	41	86	2	114	33	8	18	39	1.80
19603957--19604023	32	2.1	32	94	0	116	11	43	28	16	1.83
19608314--19608943	44	14.4	44	70	15	258	26	23	21	28	1.99
19608262--19608972	217	3.3	217	92	0	1172	26	23	21	28	1.99
19611322--19611419	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
19611329--19611417	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
19624964--19625020	27	2.0	30	83	10	75	68	3	7	21	1.29
19635324--19635373	26	1.9	26	91	0	82	44	4	0	52	1.20
19635323--19635379	26	2.2	26	84	3	80	47	3	0	49	1.18
19638702--19638747	9	5.2	9	94	2	76	43	23	10	21	1.84
19638910--19638943	13	2.6	13	95	0	59	20	0	38	41	1.53
19646426--19646485	30	2.0	31	83	9	79	41	1	36	20	1.62
19654546--19654869	112	2.9	110	87	4	454	25	21	22	30	1.99
19655588--19655780	90	2.1	90	91	0	305	26	5	14	53	1.63
19658505--19658561	22	2.6	22	81	10	64	24	10	0	64	1.24
19658523--19658561	21	1.9	21	89	5	62	23	10	0	66	1.22
19658596--19658629	18	1.9	17	94	5	59	11	11	5	70	1.32
19658655--19658754	5	18.4	5	72	15	65	31	18	0	51	1.46
19658655--19658736	32	2.5	33	92	4	130	31	19	0	48	1.49
19658658--19658754	28	3.3	28	85	8	106	31	18	0	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19658663--19658753	11	8.7	11	74	15	77	32	17	0	49	1.47
19659208--19659249	16	2.5	17	88	7	68	19	11	0	69	1.19
19659260--19659298	20	2.0	20	94	0	69	23	10	2	64	1.37
19659262--19659305	20	2.2	20	87	0	61	25	11	2	61	1.41
19659367--19659441	28	2.6	29	81	10	75	21	17	2	58	1.50
19659447--19659514	22	3.1	22	66	16	59	38	0	10	51	1.36
19662640--19662965	113	2.9	111	82	2	393	37	20	19	21	1.95
19662922--19663017	50	1.9	51	80	6	115	39	22	16	20	1.92
19667808--19667865	28	2.1	28	96	0	107	46	8	13	31	1.74
19669299--19669690	191	2.0	194	92	3	646	32	20	18	29	1.96
19688213--19688376	85	2.0	83	83	2	211	39	17	9	32	1.83
19688387--19688560	19	9.3	19	65	13	74	63	1	2	32	1.19
19688383--19688415	10	3.3	10	95	0	57	63	0	0	36	0.95
19688488--19688560	20	3.7	19	76	5	74	68	2	2	26	1.16
19688468--19688586	29	4.1	30	79	8	120	60	2	5	31	1.32
19688806--19688862	18	3.2	18	75	14	55	45	0	0	54	0.99
19688760--19688888	37	3.5	37	80	10	120	37	1	1	58	1.17
19688813--19688891	18	4.4	17	79	14	79	41	1	0	56	1.07
19695712--19695770	29	2.0	29	87	6	84	49	8	13	28	1.71
19699197--19699723	262	2.0	264	97	1	995	31	19	13	36	1.90
19707013--19707060	23	2.1	23	84	7	62	50	2	6	41	1.39
19708839--19708890	23	2.1	27	86	13	76	34	7	7	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19711070--19711163	29	3.2	29	96	3	179	54	0	9	36	1.33
19711884--19711936	21	2.5	21	90	0	79	33	35	5	24	1.79
19727444--19727487	19	2.3	19	88	0	61	36	2	4	56	1.32
19728633--19728725	48	1.9	48	100	0	186	22	25	15	36	1.93
19728826--19728898	32	2.3	32	97	0	137	52	19	1	27	1.54
19734561--19734619	30	2.0	30	93	0	100	28	3	10	57	1.48
19738375--19738408	5	6.6	5	96	3	59	82	0	0	17	0.67
19738896--19738920	12	2.1	12	100	0	50	20	8	8	64	1.46
19742509--19742555	24	2.1	21	84	11	58	44	4	6	44	1.49
19746037--19746113	29	2.7	29	95	0	136	48	12	11	27	1.76
19751259--19751374	56	2.1	56	100	0	232	24	11	17	47	1.80
19756950--19756988	15	2.6	15	95	0	69	69	12	0	17	1.19
19757189--19757232	19	2.4	18	80	3	52	72	4	2	20	1.13
19757189--19757268	37	2.2	37	83	0	97	66	3	3	26	1.26
19757146--19757303	27	5.6	28	71	13	101	62	2	3	32	1.25
19757198--19757364	19	8.8	19	71	12	103	63	2	4	28	1.29
19757177--19757366	56	3.3	55	69	11	143	62	3	4	29	1.31
19757177--19757341	10	17.4	10	63	19	59	63	3	4	28	1.30
19757205--19757288	37	2.2	37	83	6	98	63	2	5	28	1.31
19757223--19757316	29	3.3	27	73	15	75	60	2	5	31	1.31
19757242--19757367	48	2.7	47	75	20	129	61	3	4	30	1.33
19757404--19757441	12	3.1	12	82	17	51	15	0	2	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19757672--19757726	18	2.9	19	72	5	58	27	5	3	63	1.33
19757842--19758058	91	2.4	91	80	6	244	29	9	21	40	1.84
19759048--19759088	19	2.2	19	86	8	57	9	12	7	70	1.33
19761194--19761229	14	2.6	14	95	0	63	30	25	5	38	1.78
19761897--19761935	20	1.9	21	89	5	62	56	2	5	35	1.35
19764325--19764408	43	2.0	43	82	0	105	35	19	21	23	1.96
19768337--19768364	12	2.3	12	100	0	56	25	25	0	50	1.50
19769922--19769948	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
19771060--19771351	139	2.1	139	94	0	512	23	32	23	20	1.98
19775289--19775371	25	3.3	25	76	3	87	38	16	22	21	1.93
19775322--19775391	25	2.8	25	78	2	61	37	20	22	20	1.95
19775288--19775431	49	2.9	50	81	7	143	37	20	22	19	1.94
19775339--19775454	49	2.4	49	78	7	119	37	18	24	19	1.94
19775472--19775543	26	2.8	26	74	2	83	37	19	23	19	1.94
19775978--19776019	21	2.0	21	85	0	57	38	19	2	40	1.64
19788430--19788473	15	3.0	15	83	3	54	34	0	9	56	1.31
19788449--19788494	24	1.9	24	82	8	58	36	4	10	47	1.58
19795513--19795703	36	5.0	36	81	12	229	29	19	13	37	1.90
19795585--19795739	46	3.6	46	77	16	195	28	21	12	37	1.90
19795549--19795739	82	2.3	82	94	0	328	29	20	12	37	1.89
19795487--19795698	118	1.8	117	96	1	397	30	19	13	36	1.90
19802425--19802470	18	2.5	19	82	10	60	50	6	2	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19802421--19802472	18	2.6	21	73	20	56	51	5	1	40	1.37
19802763--19802801	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
19804985--19805062	25	3.2	25	75	1	77	16	25	20	37	1.93
19805052--19805112	24	2.6	24	82	10	72	18	24	24	32	1.97
19805070--19805128	25	2.5	23	86	8	82	18	27	22	32	1.97
19806374--19806521	76	1.9	76	87	5	219	21	11	20	45	1.82
19806717--19807032	79	4.0	79	87	2	384	37	24	18	20	1.94
19809592--19809627	5	7.2	5	100	0	72	80	0	19	0	0.71
19812669--19812751	43	1.9	43	85	0	112	14	15	13	56	1.67
19819628--19819681	25	2.2	25	83	3	65	66	1	0	31	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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