genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17326661--17326734	19	3.9	19	70	8	62	63	2	4	29	1.26
17327090--17327118	11	2.6	11	100	0	58	27	0	0	72	0.85
17327097--17327170	34	2.2	35	78	11	82	35	2	1	60	1.19
17327106--17327179	34	2.2	32	83	9	94	39	2	1	56	1.22
17328114--17328158	22	2.0	24	82	8	58	53	2	8	35	1.45
17329948--17329993	24	1.9	24	90	0	74	36	26	4	32	1.76
17329953--17330005	24	2.2	24	89	0	79	35	26	3	33	1.75
17332116--17332151	17	2.1	18	94	5	65	19	47	22	11	1.80
17334096--17334291	43	4.6	43	72	7	159	25	19	17	37	1.93
17337180--17337372	96	2.0	97	90	1	307	31	18	14	35	1.91
17340820--17340954	68	2.0	68	92	0	225	41	8	21	28	1.82
17340879--17340938	30	2.1	28	84	12	77	43	6	25	25	1.78
17341370--17341591	46	4.8	46	83	3	284	20	20	30	28	1.98
17341366--17341537	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	27	1.98
17346353--17346923	47	12.1	47	92	1	810	25	29	11	34	1.90
17348374--17348493	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
17349783--17349839	24	2.4	24	88	5	80	26	19	7	47	1.74
17359372--17359401	15	1.9	16	93	6	53	76	0	6	16	0.99
17360772--17360890	52	2.2	52	83	4	139	31	8	0	58	1.33
17360772--17360898	26	4.8	26	75	6	94	32	9	0	57	1.36
17369841--17369886	16	2.9	17	71	15	53	54	4	0	41	1.20
17372724--17372855	50	2.8	49	82	10	157	25	15	31	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17376811--17377028	40	5.5	40	81	4	246	25	26	23	24	2.00
17395219--17395248	12	2.5	12	94	0	51	40	10	33	16	1.82
17396835--17396920	44	2.0	44	100	0	172	32	23	16	27	1.96
17399071--17399292	46	4.8	46	83	5	286	21	20	29	28	1.98
17399066--17399237	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	28	1.98
17403309--17403478	46	3.7	46	72	16	170	28	28	21	22	1.99
17403312--17403482	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	22	1.99
17403629--17404086	228	2.0	229	97	0	873	36	19	7	35	1.81
17405062--17405217	75	2.1	76	96	1	287	32	20	7	39	1.79
17405084--17405238	75	2.1	74	82	4	186	32	23	5	38	1.78
17411352--17411381	5	5.8	5	92	7	51	16	0	0	83	0.65
17411368--17411414	18	2.6	18	86	0	58	6	12	2	78	1.02
17411367--17411414	6	8.0	6	83	0	51	6	12	2	79	1.01
17414638--17414735	49	2.0	50	92	6	164	54	11	6	28	1.60
17424424--17424480	30	1.9	29	85	3	78	40	7	26	26	1.81
17425405--17425471	34	2.0	34	93	0	116	23	19	35	20	1.95
17426888--17426927	19	2.1	19	86	9	55	37	2	5	55	1.35
17430249--17430358	43	2.6	42	80	5	123	29	18	25	27	1.98
17430248--17430377	42	3.1	42	77	12	124	28	17	26	27	1.98
17433576--17433665	29	3.1	28	79	7	92	31	13	25	30	1.94
17435157--17435329	43	4.1	42	80	8	197	32	25	14	27	1.95
17449706--17449772	30	2.2	30	94	0	116	22	28	32	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17450177--17450263	33	2.6	34	89	7	133	24	26	28	20	1.99
17456902--17456943	21	2.0	21	90	0	66	30	16	33	19	1.94
17457440--17457481	17	2.3	19	84	12	61	14	21	38	26	1.91
17469250--17469737	47	10.4	47	91	0	744	32	9	30	26	1.89
17469306--17469380	22	3.3	22	68	17	71	30	10	32	26	1.90
17471351--17471481	65	2.0	65	98	0	253	30	21	22	25	1.99
17471575--17471712	69	2.0	69	98	0	267	28	18	24	28	1.98
17477834--17477925	43	2.1	43	89	0	139	21	19	20	38	1.94
17479890--17480538	82	7.9	81	88	6	718	23	19	25	31	1.98
17479891--17480547	42	15.9	42	83	10	786	22	19	25	31	1.98
17479891--17480538	206	3.1	206	89	6	976	23	19	25	31	1.98
17480603--17481395	100	7.9	100	93	0	1255	24	23	21	29	1.99
17481698--17481755	24	2.4	24	88	0	89	31	25	10	32	1.89
17482227--17482408	97	1.9	93	87	6	267	46	8	16	28	1.76
17483214--17483275	9	7.0	9	75	3	63	1	4	12	80	0.94
17483213--17483277	26	2.5	26	80	10	69	1	4	13	80	0.95
17486013--17486057	19	2.3	20	88	7	67	37	8	22	31	1.85
17488005--17488046	22	1.9	22	95	0	75	9	21	28	40	1.84
17488112--17488339	43	5.3	43	86	0	276	32	32	16	19	1.94
17489138--17489164	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
17489173--17489233	28	2.2	28	85	5	79	32	24	9	32	1.88
17492682--17492721	14	2.9	14	84	0	62	40	47	0	12	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17492896--17492960	14	4.6	14	79	5	69	35	38	0	26	1.57
17492896--17492974	28	2.8	29	82	3	81	37	39	0	22	1.55
17493047--17493084	14	2.7	14	91	0	67	44	28	0	26	1.54
17493412--17493567	41	3.8	41	83	4	206	32	28	19	19	1.96
17495477--17495552	38	2.0	37	89	2	116	15	17	19	47	1.83
17496652--17496726	24	3.2	23	69	14	71	40	6	9	44	1.63
17496854--17496992	58	2.4	57	80	7	136	42	0	4	52	1.26
17497101--17497193	45	2.1	44	88	6	134	37	24	3	34	1.72
17497175--17497214	16	2.5	16	91	0	62	25	27	10	37	1.88
17497646--17497698	27	2.0	27	85	7	72	54	3	1	39	1.29
17503236--17503275	21	1.9	21	100	0	80	25	17	10	47	1.78
17510502--17510571	35	2.0	35	97	0	131	22	12	17	47	1.81
17510503--17510589	35	2.5	35	86	1	93	24	13	17	44	1.85
17514291--17514324	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
17514736--17514777	19	2.2	19	95	0	75	11	47	19	21	1.81
17515862--17515886	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
17517876--17517977	10	9.8	10	70	18	57	32	3	2	60	1.30
17517880--17517987	53	2.0	53	98	0	207	31	5	4	58	1.42
17526301--17526348	24	2.0	24	83	0	60	43	10	16	29	1.81
17529580--17529604	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
17529557--17529599	21	2.1	21	86	4	61	58	0	0	41	0.98
17529566--17529606	20	2.0	21	85	4	57	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17529585--17529619	18	1.9	18	88	11	54	68	0	0	31	0.90
17529701--17529968	129	2.1	129	95	0	482	41	10	6	41	1.65
17532573--17532598	10	2.6	10	100	0	52	50	19	0	30	1.48
17532627--17532657	16	1.9	16	100	0	62	58	12	6	22	1.58
17532779--17532822	20	2.2	20	88	4	63	63	9	22	4	1.42
17533162--17533205	18	2.4	19	96	3	81	56	11	20	11	1.64
17537094--17537127	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
17541733--17541766	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
17550592--17550633	9	4.5	10	80	14	54	71	11	9	7	1.31
17550816--17550982	43	3.9	43	83	2	201	32	27	16	23	1.96
17564685--17564717	16	2.1	16	94	0	57	36	0	3	60	1.12
17566056--17566118	21	2.7	23	85	11	76	73	1	11	14	1.18
17566070--17566113	15	2.9	15	80	6	52	75	2	11	11	1.15
17575261--17575308	10	4.9	10	76	2	53	66	0	8	25	1.19
17585152--17585336	82	2.3	82	85	0	244	22	18	28	30	1.97
17585151--17585333	41	4.5	41	80	2	215	22	18	27	31	1.97
17585478--17585603	58	2.2	58	95	1	227	29	3	15	51	1.59
17585506--17585597	29	3.2	29	65	11	80	27	3	19	50	1.63
17585536--17586471	161	5.8	161	99	0	1815	24	1	25	48	1.58
17586565--17586598	14	2.4	14	85	0	50	14	8	23	52	1.69
17587011--17587043	12	2.6	13	90	4	50	57	0	0	42	0.98
17587123--17587518	213	1.9	214	92	0	668	41	15	15	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17587276--17587845	253	2.2	253	91	1	919	37	15	18	28	1.92
17589773--17589841	34	2.1	33	83	8	86	40	1	2	55	1.24
17589926--17590099	43	4.1	42	78	9	124	28	13	28	29	1.94
17589940--17590291	42	8.3	43	81	6	342	26	15	27	29	1.96
17589948--17590291	86	4.0	85	81	7	367	26	15	27	30	1.96
17591724--17591761	5	7.6	5	93	0	67	36	0	21	42	1.53
17592792--17592849	30	1.9	30	92	0	98	12	31	32	24	1.91
17593464--17593621	37	4.7	32	69	16	113	49	2	4	43	1.36
17593570--17593624	15	3.6	16	72	16	53	52	0	3	43	1.18
17593567--17593637	24	3.0	23	73	17	65	50	1	2	45	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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