genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  17  of  182  ( 21791 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5944806--5944847	19	2.2	19	91	0	66	40	0	45	14	1.45
5944812--5944859	15	3.1	17	83	16	61	37	0	45	16	1.48
5944812--5944857	12	3.8	12	81	16	51	39	0	45	15	1.46
5957076--5957243	89	1.9	88	86	3	239	29	26	16	27	1.96
5957154--5957346	51	3.8	51	85	0	224	29	28	15	27	1.96
5963921--5963998	26	3.0	26	88	0	120	17	19	24	38	1.93
5964098--5964156	27	2.2	27	87	6	84	25	20	20	33	1.97
5971791--5971882	26	3.6	26	83	4	107	18	19	21	40	1.92
5978553--5978619	27	2.5	27	82	2	82	20	26	22	29	1.99
5996858--5996902	22	2.0	23	83	12	58	42	26	0	31	1.56
6007287--6007410	29	4.3	29	83	0	158	37	12	25	25	1.90
6007396--6007516	59	2.1	58	83	7	147	40	14	21	23	1.90
6007396--6007516	29	4.1	29	78	10	120	40	14	21	23	1.90
6012996--6013051	24	2.3	25	93	3	96	26	21	21	30	1.98
6017567--6017770	40	5.1	40	86	0	239	21	27	16	33	1.95
6017643--6017708	20	3.3	20	64	8	53	22	36	15	25	1.93
6020666--6020703	19	2.0	19	90	10	60	39	0	39	21	1.53
6024203--6024304	49	2.1	50	90	1	161	33	2	30	33	1.73
6033541--6033569	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
6038186--6038254	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
6038186--6038254	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
6038235--6038325	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6038490--6038524	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6038610--6038644	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6038473--6038735	120	2.2	120	99	0	517	48	5	1	44	1.36
6038820--6038958	47	3.0	46	71	16	144	46	4	2	46	1.34
6038798--6038920	44	2.7	43	71	17	106	48	2	2	46	1.28
6038922--6038955	16	2.1	16	89	10	52	50	5	0	44	1.26
6039196--6039326	66	2.0	66	93	0	226	35	20	10	32	1.87
6042873--6043482	306	2.0	306	97	0	1141	35	11	17	36	1.86
6045760--6045787	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
6047243--6047301	8	7.2	8	73	16	50	72	5	3	18	1.17
6047238--6047283	21	2.2	21	88	7	67	73	6	4	15	1.19
6047243--6047298	24	2.3	25	84	3	78	73	5	3	17	1.17
6048180--6048218	20	2.0	20	85	10	53	69	0	5	25	1.09
6055373--6055400	14	2.0	14	100	0	56	28	7	0	64	1.20
6058727--6059084	41	8.6	40	78	7	356	22	17	25	34	1.95
6058767--6059096	84	3.9	84	95	0	561	21	17	25	35	1.95
6069890--6069930	22	1.9	22	85	5	57	48	9	9	31	1.69
6070837--6070870	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
6079049--6079090	16	2.7	15	85	7	57	47	2	0	50	1.14
6079647--6079706	24	2.4	25	81	8	70	40	3	0	56	1.16
6081545--6081601	28	2.0	28	96	0	105	29	5	14	50	1.64
6083755--6083927	51	3.4	49	77	4	168	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6084066--6084102	19	1.9	19	94	0	65	54	0	21	24	1.45
6085222--6085533	28	11.3	28	97	1	571	26	14	28	30	1.95
6085222--6085533	83	3.8	83	96	2	576	26	14	28	30	1.95
6097487--6097758	50	5.3	50	87	2	328	22	29	22	25	1.99
6097487--6097765	100	2.8	100	86	4	373	21	29	22	26	1.99
6097487--6097765	150	1.8	151	84	6	384	21	29	22	26	1.99
6109928--6109972	18	2.5	18	85	7	56	17	33	6	42	1.76
6112468--6112505	18	2.1	18	95	0	67	23	10	23	42	1.85
6116015--6116192	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
6116016--6116171	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
6116012--6116192	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
6121303--6121483	40	4.6	40	78	12	176	24	21	27	26	1.99
6129269--6129376	40	2.7	39	86	2	135	25	22	24	28	1.99
6129193--6129373	80	2.3	81	83	11	214	24	21	25	28	1.99
6131380--6131409	16	1.9	15	93	6	51	26	20	16	36	1.93
6133277--6133337	28	2.2	28	85	5	79	9	26	22	40	1.85
6133297--6133370	28	2.5	30	84	8	98	14	25	18	40	1.89
6138411--6138450	21	1.9	21	89	0	62	35	10	12	42	1.76
6140975--6141018	23	2.0	23	86	8	65	36	4	4	54	1.41
6141011--6141052	22	2.0	22	85	4	59	28	4	14	52	1.62
6144853--6144908	24	2.3	24	87	0	76	21	17	14	46	1.84
6146611--6146657	20	2.3	20	92	0	76	25	21	0	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6146966--6148391	713	2.0	713	100	0	2852	34	20	14	30	1.92
6150572--6150611	20	2.0	20	100	0	80	40	25	15	20	1.90
6153944--6154043	41	2.4	41	75	6	112	19	31	16	34	1.93
6155985--6156084	50	2.0	50	100	0	200	40	12	22	26	1.88
6172689--6172860	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
6172636--6172858	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
6172716--6172893	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
6182915--6183023	54	2.0	53	98	1	209	34	23	20	20	1.96
6184209--6184241	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
6186809--6186863	5	10.8	5	78	18	60	20	5	0	74	1.01
6191721--6191756	17	2.1	17	100	0	72	38	0	11	50	1.38
6192402--6192459	30	1.9	30	96	0	107	22	20	32	24	1.98
6198320--6198427	43	2.5	44	81	4	139	28	16	24	30	1.96
6200264--6200301	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
6202782--6202881	52	1.9	52	93	0	173	31	13	26	30	1.93
6209274--6210197	40	23.1	39	86	5	1251	25	20	26	26	1.99
6209327--6210178	80	10.7	80	97	1	1525	25	20	26	27	1.99
6223515--6223567	28	1.9	27	88	3	79	41	1	16	39	1.60
6233352--6233416	31	2.1	31	91	0	103	29	7	7	55	1.56
6241144--6241307	40	4.1	40	88	3	224	21	25	29	23	1.99
6243313--6243578	47	5.7	47	74	9	147	23	28	19	28	1.98
6243408--6243581	46	3.8	45	80	7	170	23	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6248423--6248560	68	2.0	68	92	0	231	32	21	14	31	1.93
6272213--6272364	40	3.8	40	87	2	198	25	27	21	25	1.99
6274261--6274414	76	2.0	76	96	0	281	25	22	18	32	1.97
6275461--6275638	27	6.6	27	82	5	171	28	28	15	26	1.96
6275482--6275637	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
6282944--6283121	27	6.6	27	82	5	171	28	28	15	26	1.96
6282965--6283120	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
6286165--6286348	40	4.6	40	80	6	212	25	22	26	26	2.00
6286165--6286384	80	2.8	79	82	5	241	24	22	26	26	2.00
6293885--6293939	25	2.2	25	100	0	110	29	21	7	41	1.80
6314238--6314306	27	2.6	27	90	0	102	27	14	28	28	1.95
6317395--6317793	200	2.0	199	97	0	744	30	20	8	40	1.81
6324796--6325043	123	2.0	123	100	0	496	35	18	24	22	1.96
6327685--6327719	18	1.9	18	100	0	70	45	14	17	22	1.84
6338864--6338937	24	3.1	24	76	3	78	32	29	13	24	1.93
6350989--6351023	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
6351629--6351713	25	3.4	25	83	4	109	27	23	21	28	1.99
6351629--6351713	26	3.3	26	83	8	113	27	23	21	28	1.99
6351763--6351819	20	2.8	20	100	0	114	35	19	10	35	1.86
6351763--6351818	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
6357799--6357859	28	2.1	29	87	3	88	29	11	26	32	1.91
6359903--6359930	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6362099--6362255	40	3.9	40	88	0	233	24	28	21	26	1.99
6362103--6362255	80	1.9	80	93	0	261	24	27	20	27	1.99
6377894--6378061	43	3.9	43	91	0	264	32	34	21	11	1.90
6377907--6378082	86	2.1	84	89	4	264	32	33	22	11	1.90
6378058--6378137	38	2.1	38	90	0	124	33	23	21	21	1.97
6389230--6389312	27	3.0	27	85	1	112	38	18	24	19	1.93
6389419--6389477	26	2.2	26	88	8	84	32	6	25	35	1.82
6394874--6394944	37	1.9	37	94	0	124	16	38	8	36	1.80
6397287--6397349	25	2.4	27	84	7	85	28	9	25	36	1.87
6400228--6400276	22	2.3	22	96	3	91	30	28	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182