genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7326841--7326923	43	1.9	43	82	4	105	25	1	32	40	1.63
7327303--7327380	40	2.0	40	86	0	111	43	17	20	17	1.88
7327551--7327604	18	3.0	18	91	0	90	11	33	0	55	1.35
7329913--7329943	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
7331867--7331980	43	2.7	43	84	2	149	23	14	28	32	1.95
7332003--7332041	15	2.9	14	88	11	55	5	17	33	43	1.72
7339958--7339992	16	2.2	16	94	0	61	42	14	2	40	1.60
7341352--7341385	17	1.9	17	88	5	50	58	2	0	38	1.13
7342088--7342129	12	3.6	12	77	6	50	11	14	4	69	1.34
7342831--7343164	168	2.0	168	95	1	607	28	15	17	38	1.90
7343415--7343463	15	3.3	15	79	0	62	38	18	18	24	1.93
7343397--7343466	30	2.3	30	87	0	95	41	18	15	24	1.89
7348338--7348565	113	2.0	113	100	0	456	24	21	25	29	1.99
7351921--7351945	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
7354549--7354591	21	2.0	21	81	0	50	46	9	9	34	1.68
7354898--7354969	25	2.8	25	79	8	74	55	5	4	34	1.42
7354924--7354977	26	2.1	25	82	3	63	57	1	7	33	1.37
7357487--7357521	6	5.8	6	89	0	52	51	25	2	20	1.61
7357487--7357521	18	1.9	18	94	0	61	51	25	2	20	1.61
7359336--7359379	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
7360349--7360381	15	2.1	16	88	5	50	42	9	0	48	1.35
7360415--7360462	5	9.6	5	82	13	55	58	2	0	39	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7360415--7360473	21	2.6	23	78	21	70	57	1	0	40	1.09
7360418--7360473	11	5.3	11	75	25	50	57	1	0	41	1.09
7360843--7361022	89	2.0	89	98	0	351	40	17	12	30	1.86
7362759--7362791	3	11.0	3	93	0	57	63	0	33	3	1.10
7364453--7364499	24	1.9	24	83	12	60	55	4	0	40	1.19
7366748--7366818	30	2.4	27	80	19	88	77	2	16	2	1.01
7366736--7366814	26	3.1	25	80	8	79	75	3	15	5	1.11
7366770--7366827	30	1.9	30	92	0	98	77	1	20	0	0.86
7367483--7367535	16	3.4	16	72	27	60	37	0	24	37	1.56
7367478--7367547	30	2.3	30	100	0	140	37	0	25	37	1.57
7369879--7369936	26	2.2	26	84	0	71	17	25	20	36	1.94
7369890--7370017	25	5.2	25	70	10	84	21	24	20	34	1.97
7370035--7370093	25	2.4	25	75	13	61	28	22	10	38	1.86
7381502--7381570	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
7381557--7381587	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
7381902--7381934	14	2.4	14	85	15	50	72	15	12	0	1.12
7385359--7385396	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
7387294--7387613	46	7.0	46	97	0	561	38	15	23	22	1.92
7391803--7391833	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
7391913--7391943	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
7411712--7411750	18	2.2	18	86	9	53	43	0	0	56	0.99
7411819--7411906	39	2.3	39	84	7	108	56	4	1	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7424405--7424446	19	2.1	19	86	8	57	35	2	4	57	1.33
7429103--7429157	2	27.5	2	92	0	92	0	49	3	47	1.19
7434051--7434094	2	22.0	2	95	0	79	52	0	47	0	1.00
7437277--7437312	17	2.0	17	89	10	54	58	0	0	41	0.98
7437322--7437358	20	1.9	18	89	10	56	59	0	0	40	0.97
7437274--7437428	47	3.2	47	70	17	120	56	2	1	38	1.24
7437410--7437442	15	2.1	16	88	5	50	69	3	0	27	1.03
7437944--7437996	18	3.0	18	78	10	56	37	0	1	60	1.08
7441594--7441642	25	2.0	25	84	8	64	38	0	2	59	1.09
7447566--7447617	24	2.2	24	100	0	104	48	23	11	17	1.79
7457222--7457299	39	2.0	39	97	0	147	56	6	15	21	1.61
7457415--7457473	28	2.1	27	81	9	66	55	13	8	22	1.64
7458063--7458087	11	2.3	11	100	0	50	36	8	24	32	1.84
7463269--7463295	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
7469868--7469999	18	7.4	18	75	10	110	33	17	15	34	1.91
7469868--7469999	36	3.7	37	76	8	132	33	17	15	34	1.91
7470185--7470216	6	5.3	6	92	0	55	53	12	15	18	1.73
7470128--7470261	63	2.2	59	86	7	180	41	19	20	18	1.91
7472870--7472936	14	4.7	14	85	3	89	37	16	7	38	1.77
7473751--7473813	33	1.9	33	93	0	108	39	14	6	39	1.71
7479663--7479695	15	2.1	16	88	5	50	66	0	12	21	1.23
7479759--7479812	28	1.9	28	88	7	83	72	0	3	24	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7487041--7487074	3	11.3	3	100	0	68	32	0	35	32	1.58
7487705--7487739	5	7.0	5	93	0	52	34	0	0	65	0.93
7497366--7497438	30	2.4	30	84	4	85	49	9	5	35	1.59
7499299--7499347	11	4.5	11	78	0	53	59	10	6	24	1.53
7499767--7499824	22	2.7	21	87	10	82	51	0	0	48	1.00
7506844--7506895	23	2.5	20	76	20	52	53	0	3	42	1.19
7506842--7506895	20	2.5	22	77	17	60	53	0	3	42	1.18
7508891--7509073	43	4.3	43	92	0	303	22	29	20	27	1.99
7509333--7509373	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
7509299--7509372	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
7510941--7510965	12	2.1	12	100	0	50	60	0	16	24	1.36
7511991--7513766	887	2.0	887	99	0	3543	40	16	16	26	1.90
7515326--7515409	7	12.0	7	69	9	55	40	40	0	19	1.51
7515288--7515344	21	2.6	22	73	15	55	40	36	0	22	1.55
7515327--7515387	22	2.9	21	73	7	61	40	44	0	14	1.46
7515436--7515529	46	2.0	46	89	0	143	40	23	5	30	1.77
7515461--7515539	14	5.4	14	71	11	50	44	25	2	27	1.67
7515702--7515984	41	6.9	41	89	4	401	20	25	20	33	1.97
7520188--7520217	11	2.7	11	100	0	60	76	0	0	23	0.78
7524653--7524687	18	1.9	18	88	0	52	40	8	0	51	1.33
7525769--7525827	20	3.0	20	78	14	68	44	8	8	38	1.65
7526075--7526113	15	2.5	15	87	4	51	2	17	2	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7530939--7530983	22	2.0	22	100	0	90	31	26	4	37	1.76
7530943--7530988	22	2.2	21	88	7	67	36	28	2	32	1.69
7533502--7533555	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
7533564--7533676	24	4.6	24	70	18	65	59	3	8	28	1.44
7533764--7533809	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
7533731--7533797	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
7533756--7533836	15	5.6	14	76	13	58	66	0	7	25	1.17
7534391--7534437	5	9.4	5	100	0	94	80	0	0	19	0.70
7535027--7535163	44	3.1	44	69	8	116	24	23	17	35	1.96
7534933--7535271	88	3.8	88	83	1	394	23	22	19	34	1.96
7535071--7535220	44	3.4	44	68	17	112	27	23	18	31	1.97
7542111--7542164	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
7542173--7542285	24	4.6	24	70	18	65	59	3	8	28	1.44
7542373--7542418	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
7542340--7542406	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
7542365--7542445	15	5.6	14	76	13	58	66	0	7	25	1.17
7546959--7547000	9	4.8	9	88	5	68	11	9	0	78	0.96
7546959--7547000	17	2.4	18	88	4	68	11	9	0	78	0.96
7547016--7547089	36	2.0	36	85	12	98	22	5	2	68	1.23
7547043--7547090	18	2.7	17	81	9	60	29	4	0	66	1.10
7547355--7547399	22	2.0	23	83	12	58	46	0	2	51	1.13
7547355--7547399	23	2.0	22	83	12	56	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7547496--7547635	75	1.8	75	96	3	262	52	1	2	42	1.24
7547474--7547651	77	2.3	77	86	7	256	53	1	2	42	1.23
7547474--7547674	75	2.6	77	83	8	225	52	1	2	42	1.26
7547667--7547774	10	11.6	9	75	10	67	51	2	0	44	1.22
7547667--7547728	29	2.2	29	88	5	92	54	3	0	41	1.16
7547744--7547832	34	2.7	34	78	16	98	53	1	1	43	1.15
7547797--7547838	14	3.3	13	78	15	52	59	2	0	38	1.10
7547980--7548171	96	2.0	95	98	1	375	25	23	19	31	1.98
7550311--7550360	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
7550331--7550389	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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