genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  76  of  182  ( 21791 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23082423--23082481	27	2.2	27	84	0	73	16	28	23	30	1.97
23083982--23084026	22	2.0	22	87	8	65	35	0	0	64	0.94
23083964--23084026	20	3.0	22	81	9	69	33	0	0	66	0.92
23084355--23084387	15	2.1	16	88	5	50	48	6	3	42	1.43
23085732--23085792	31	2.0	31	90	0	95	44	22	14	18	1.86
23086223--23086288	31	2.1	31	85	0	87	27	7	18	46	1.75
23087441--23087483	18	2.3	19	80	8	52	65	2	4	27	1.25
23091288--23091382	41	2.3	41	100	0	190	27	21	28	23	1.99
23091550--23091725	41	4.3	41	86	1	246	30	17	26	25	1.97
23093385--23093501	41	2.9	41	84	5	155	23	26	22	28	1.99
23106096--23106148	21	2.3	24	75	12	58	47	13	11	28	1.77
23109474--23109506	16	2.0	17	88	5	50	24	0	0	75	0.80
23111328--23111372	15	2.8	16	83	10	56	24	2	2	71	1.09
23120897--23120929	17	1.9	17	100	0	66	30	27	30	12	1.92
23123152--23125338	972	2.2	970	95	0	3865	29	17	19	33	1.95
23124573--23126103	765	2.0	766	96	0	2796	29	19	18	31	1.96
23131841--23131865	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
23133871--23134040	72	2.4	72	89	4	265	54	14	5	25	1.62
23134465--23134512	18	2.7	18	90	0	78	39	14	12	33	1.84
23134629--23134880	43	5.9	43	79	2	238	29	30	17	21	1.97
23134629--23134905	86	3.2	85	77	3	270	31	30	17	20	1.96
23134783--23134913	42	3.1	43	86	3	140	32	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23138454--23138501	23	2.0	24	84	8	62	27	6	8	58	1.51
23139067--23139131	31	2.1	31	100	0	130	35	38	3	23	1.70
23139124--23139156	14	2.3	15	89	5	50	39	45	0	15	1.46
23139108--23139163	21	2.5	22	88	5	78	42	41	0	16	1.48
23139841--23139870	14	2.1	14	93	0	51	36	43	0	20	1.52
23139865--23139913	15	3.3	15	82	8	64	46	30	0	22	1.52
23140541--23140737	41	4.8	41	92	0	304	28	29	18	22	1.97
23140800--23140917	40	3.0	39	80	7	141	27	17	16	37	1.92
23141940--23141986	23	2.0	24	91	4	78	53	6	4	36	1.46
23142379--23142443	31	2.1	31	97	0	121	46	10	10	32	1.73
23143894--23143937	15	3.1	15	74	12	56	54	9	22	13	1.67
23147239--23147272	17	1.9	18	88	5	52	47	14	0	38	1.45
23152660--23154132	737	2.0	737	93	0	2545	34	10	20	34	1.88
23154540--23154566	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
23159939--23159965	12	2.2	12	100	0	54	0	25	14	59	1.36
23160021--23160064	22	2.0	22	100	0	88	54	13	18	13	1.71
23168286--23168386	52	1.9	52	95	0	184	45	5	7	40	1.58
23168596--23168628	13	2.5	13	100	0	66	15	18	24	42	1.88
23170376--23170419	12	3.7	12	93	0	70	31	13	0	54	1.39
23170372--23170420	15	3.3	15	88	0	62	30	12	0	57	1.36
23181770--23182094	113	2.9	113	93	0	542	26	20	26	26	1.99
23181994--23182152	73	2.2	73	89	0	237	25	21	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23182506--23182549	17	2.7	17	89	6	65	29	0	27	43	1.55
23182830--23182867	14	2.7	15	84	12	53	26	0	28	44	1.54
23182897--23182945	14	3.4	14	81	13	64	24	2	40	32	1.67
23182887--23182958	29	2.5	30	71	15	78	25	1	37	36	1.65
23183364--23183464	47	2.2	46	90	3	157	48	7	0	43	1.32
23186579--23186608	14	2.1	14	100	0	60	23	43	0	33	1.54
23187773--23187802	15	2.0	15	93	0	51	50	0	33	16	1.46
23188036--23188069	16	2.1	16	88	0	50	35	0	2	61	1.11
23188141--23188324	43	4.3	43	83	3	172	26	17	26	28	1.98
23188844--23188920	39	2.0	39	92	0	127	40	9	3	46	1.54
23196940--23196975	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
23197185--23197263	9	8.8	9	94	0	122	24	10	27	37	1.87
23197424--23197448	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
23199064--23199130	27	2.5	27	75	20	68	47	10	7	34	1.66
23199635--23199704	34	2.1	34	86	5	97	28	24	12	34	1.92
23207969--23207995	6	4.5	6	100	0	54	70	29	0	0	0.88
23212632--23212658	6	4.5	6	100	0	54	70	29	0	0	0.88
23223801--23223892	44	2.1	44	91	0	148	39	19	15	26	1.91
23223896--23223937	21	2.0	22	90	4	68	54	7	7	30	1.54
23233351--23233474	58	2.1	59	93	6	214	33	11	15	40	1.83
23235636--23235679	18	2.4	18	92	0	70	29	18	15	36	1.92
23238031--23238094	28	2.3	27	89	5	101	45	9	15	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23240543--23240718	41	4.3	41	95	0	316	23	28	19	27	1.98
23242163--23242187	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
23246519--23246569	5	10.0	5	75	12	50	35	0	1	62	1.06
23246519--23246569	16	3.3	16	76	15	54	35	0	1	62	1.06
23246778--23246813	12	3.0	12	87	0	54	30	16	13	38	1.88
23252231--23252274	21	2.1	21	83	8	54	75	2	20	2	1.03
23252240--23252277	19	2.0	20	85	15	53	71	0	23	5	1.07
23254102--23254173	11	6.2	12	70	23	57	61	0	1	37	1.05
23254155--23254210	10	5.7	10	73	12	53	60	3	3	32	1.31
23254141--23254221	29	2.8	29	82	1	99	60	2	3	33	1.27
23254557--23254626	3	23.3	3	74	11	63	60	4	5	30	1.39
23261964--23262009	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
23261940--23262056	55	2.1	54	81	7	128	44	0	4	50	1.27
23262169--23262261	44	2.1	44	90	6	143	36	26	4	32	1.76
23262617--23262654	16	2.2	18	86	9	53	68	0	2	28	1.03
23266299--23266396	49	2.0	49	97	0	187	32	11	20	35	1.88
23268563--23268635	19	3.8	20	77	18	75	54	4	2	38	1.34
23270566--23270607	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
23277292--23277408	23	5.1	23	79	9	132	29	13	11	44	1.80
23278497--23278523	14	1.9	14	100	0	54	44	14	0	40	1.46
23281653--23281811	57	2.7	60	81	12	193	42	1	1	54	1.19
23281892--23281979	44	2.0	46	84	8	119	36	23	6	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23282758--23282858	49	2.1	49	83	3	125	31	6	23	37	1.82
23289596--23289651	20	2.8	20	81	2	69	26	3	1	67	1.16
23289601--23289651	10	5.2	10	76	4	50	23	3	0	72	1.01
23289674--23289734	25	2.6	22	85	14	79	55	0	0	44	0.99
23289700--23289743	22	2.0	22	86	0	61	54	0	2	43	1.12
23291006--23291044	6	6.5	6	100	0	78	84	0	0	15	0.62
23291034--23291134	9	10.7	9	74	13	62	65	2	0	30	1.14
23291044--23291166	8	15.0	8	68	23	53	63	2	2	31	1.20
23291065--23291164	10	10.1	10	70	19	59	66	3	2	29	1.18
23291412--23291465	19	2.8	19	75	5	56	24	1	1	72	1.05
23292122--23292154	3	10.7	3	93	6	57	66	0	0	33	0.92
23292298--23292363	32	2.0	33	82	2	80	31	1	7	59	1.35
23292377--23292430	23	2.4	23	81	3	65	40	12	0	46	1.42
23299101--23299198	23	4.3	23	93	2	171	30	26	22	20	1.98
23299108--23299196	45	2.0	45	97	0	169	30	26	23	19	1.98
23303679--23303758	39	2.1	39	97	0	151	36	18	22	22	1.95
23306512--23306609	23	4.3	23	93	2	171	30	26	22	20	1.98
23306519--23306607	45	2.0	45	97	0	169	30	26	23	19	1.98
23309650--23309686	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
23312925--23313003	9	8.6	9	75	10	52	58	3	0	37	1.16
23312990--23313040	18	2.7	18	76	11	50	68	5	0	25	1.12
23313009--23313051	20	2.1	20	83	12	52	72	2	2	23	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23313774--23313800	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
23317285--23317309	13	1.9	13	100	0	50	32	8	24	36	1.84
23319336--23319375	17	2.5	15	84	11	53	32	0	5	62	1.17
23319361--23319481	44	3.0	42	78	14	148	33	4	5	57	1.42
23319422--23319463	18	2.4	18	80	4	50	33	0	2	64	1.07
23320428--23320481	22	2.5	21	84	6	63	66	3	1	27	1.19
23323213--23323246	15	2.3	15	94	0	59	73	2	0	23	0.97
23327858--23327961	41	2.5	41	93	0	172	23	30	20	25	1.98
23335581--23335664	41	2.0	42	90	2	134	22	28	19	29	1.98
23337826--23337865	8	4.6	8	85	14	53	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182