genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27869914--27870023	55	2.0	55	96	0	202	28	20	20	30	1.98
27879723--27879789	28	2.4	28	82	7	75	50	8	1	38	1.43
27881364--27881566	42	4.8	42	95	1	345	32	22	22	22	1.98
27881366--27881661	42	7.1	41	88	3	227	30	21	20	27	1.98
27881721--27881754	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
27881978--27882048	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
27887499--27887663	18	9.5	18	66	30	69	33	0	20	45	1.52
27887499--27887663	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
27887513--27887809	19	15.6	19	67	22	78	31	0	20	47	1.53
27887544--27887925	26	15.2	26	88	6	531	32	0	20	46	1.56
27887544--27887926	51	7.7	46	87	6	277	32	1	20	46	1.58
27887809--27887852	18	2.4	18	84	0	70	34	4	18	43	1.70
27890505--27890580	7	10.9	7	74	5	64	46	35	1	17	1.56
27890621--27890670	17	3.0	17	94	2	84	50	16	0	34	1.45
27890692--27891042	113	3.1	111	80	7	411	26	23	19	30	1.98
27890827--27891224	188	2.1	188	94	0	688	26	23	18	31	1.97
27891015--27891440	114	3.7	114	79	4	464	26	23	19	30	1.98
27894403--27894522	41	2.9	41	74	7	98	40	17	15	26	1.90
27894616--27894668	24	2.2	24	86	3	72	26	24	0	49	1.51
27905522--27905560	18	2.0	20	85	9	55	66	7	5	20	1.36
27905630--27905789	86	1.9	86	98	1	313	56	13	5	24	1.58
27906913--27907017	38	2.7	39	83	12	119	60	0	5	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27907020--27907090	2	35.5	2	75	10	56	50	0	8	40	1.33
27906937--27907094	10	16.1	10	65	17	55	55	0	6	36	1.31
27907189--27907275	3	28.0	3	71	9	50	63	2	4	29	1.27
27907236--27907288	18	2.9	19	83	8	65	60	0	5	33	1.20
27908015--27908048	11	3.1	11	100	0	68	79	8	11	0	0.94
27910734--27910779	20	2.2	21	81	14	60	60	2	0	36	1.09
27913264--27913289	10	2.6	10	100	0	52	19	0	23	57	1.40
27914225--27914287	33	1.9	32	87	9	92	49	22	3	25	1.65
27914275--27914330	14	4.0	15	80	11	57	41	14	7	37	1.73
27918528--27920490	980	2.0	980	100	0	3926	31	15	22	30	1.95
27921438--27921463	10	2.6	10	100	0	52	88	11	0	0	0.52
27921861--27921948	11	8.6	11	78	18	93	40	0	0	59	0.98
27921859--27921937	39	2.1	38	92	2	131	39	0	0	60	0.97
27921884--27921940	28	2.0	29	86	10	82	42	0	0	57	0.98
27921862--27921974	11	11.2	10	73	20	78	40	0	0	59	0.97
27921864--27921974	9	12.1	9	74	17	70	40	0	0	59	0.97
27926358--27926416	28	2.1	28	100	0	118	20	22	10	47	1.79
27928075--27928141	33	2.0	34	97	2	127	28	26	14	29	1.96
27932032--27932092	23	2.5	25	84	15	83	31	21	24	22	1.98
27932032--27932126	26	3.9	23	78	13	84	32	20	25	22	1.97
27933162--27933201	19	2.2	18	86	13	55	42	10	2	45	1.51
27937439--27937519	42	1.9	42	94	0	144	48	16	6	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27937439--27937532	42	2.2	41	87	5	134	48	15	5	29	1.67
27937550--27937589	19	2.2	18	90	4	62	42	12	2	42	1.56
27942940--27942979	21	2.0	20	85	14	55	27	12	22	37	1.90
27953994--27954044	22	2.3	23	76	10	61	15	1	43	39	1.58
27969181--27969226	21	2.2	21	88	0	65	23	21	36	17	1.94
27969188--27969238	21	2.4	21	83	0	57	29	25	31	13	1.94
27973004--27973050	17	2.9	16	84	6	58	63	10	8	17	1.49
27977980--27978005	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
27984985--27985032	16	3.1	16	85	8	55	54	0	0	45	0.99
27995131--27995159	13	2.1	14	93	6	51	68	13	6	10	1.37
28009352--28009389	16	2.4	16	82	4	51	23	0	5	71	1.07
28011491--28012433	105	9.1	104	83	3	1006	23	16	21	37	1.93
28011530--28012433	315	2.9	313	83	1	1112	23	16	21	38	1.93
28015611--28015639	5	6.0	5	96	4	51	82	0	0	17	0.66
28025175--28025240	23	2.9	23	95	0	114	22	18	28	30	1.97
28025172--28025247	23	3.3	23	83	12	102	23	18	27	30	1.98
28025451--28025498	23	2.0	25	84	8	64	39	0	22	37	1.55
28025904--28025933	15	2.0	15	100	0	60	53	6	20	20	1.67
28031891--28032003	42	2.7	42	83	2	120	15	23	18	43	1.87
28031929--28031997	21	3.3	21	72	8	59	15	24	17	42	1.88
28035376--28035444	21	3.2	21	66	22	61	21	17	11	49	1.78
28037814--28037854	16	2.6	16	100	0	82	48	0	39	12	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28038158--28038244	27	3.2	27	78	0	102	37	16	25	20	1.93
28042786--28042883	25	4.0	25	73	13	71	27	20	24	27	1.99
28043601--28043668	34	2.0	34	100	0	136	20	17	17	44	1.87
28053612--28053658	21	2.2	21	96	0	85	25	10	25	38	1.88
28056000--28056162	45	3.7	43	75	4	146	43	12	16	27	1.84
28055956--28056111	45	3.5	44	76	3	125	42	14	16	26	1.86
28063235--28063269	4	8.8	4	93	0	61	25	0	22	51	1.48
28063391--28063447	26	2.2	26	81	9	62	24	5	12	57	1.55
28064985--28065024	20	2.0	20	95	0	71	25	22	2	50	1.62
28073553--28073690	9	13.6	10	68	18	56	56	1	4	37	1.28
28073561--28073628	21	3.2	21	67	8	57	57	1	2	38	1.23
28073606--28073696	10	9.6	9	75	15	69	60	1	4	34	1.24
28073944--28074049	9	11.1	9	74	13	79	33	2	1	62	1.21
28073945--28074042	18	5.2	18	78	12	108	32	3	1	63	1.17
28073945--28074042	27	3.8	27	73	20	93	32	3	1	63	1.17
28073984--28074034	21	2.4	21	90	3	75	33	1	0	64	1.05
28074692--28074732	21	1.9	21	85	5	55	58	2	0	39	1.11
28074695--28074767	28	2.6	27	85	8	85	63	1	1	34	1.12
28074732--28074761	11	2.7	11	89	0	51	56	0	3	40	1.16
28075425--28075471	6	7.8	6	87	0	67	65	0	4	29	1.11
28076384--28076427	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
28076518--28076545	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28076500--28076629	68	1.9	66	92	3	215	46	8	4	40	1.55
28076618--28076659	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
28076633--28076694	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
28076502--28076651	68	2.3	66	83	11	188	46	8	4	40	1.53
28082660--28082694	18	1.9	18	94	0	61	17	11	37	34	1.85
28089872--28089907	19	1.9	19	94	5	65	22	8	0	69	1.15
28090931--28090960	14	2.1	15	93	6	53	13	43	13	30	1.82
28094878--28094915	20	1.9	20	88	0	58	13	2	39	44	1.57
28095211--28095282	31	2.3	31	87	0	108	33	22	4	40	1.73
28096587--28096634	22	2.2	22	88	0	69	56	4	16	22	1.58
28110722--28110765	21	2.1	21	95	0	79	11	20	29	38	1.87
28110857--28111207	43	8.2	42	76	6	215	27	29	19	24	1.98
28111530--28111589	21	2.9	21	79	0	66	8	43	15	33	1.76
28111571--28111739	66	2.6	64	83	4	196	15	27	15	41	1.88
28111934--28111993	30	2.0	30	100	0	120	36	16	16	30	1.91
28114627--28114972	9	40.9	9	66	21	137	33	1	19	45	1.61
28114640--28114979	25	13.8	25	69	13	163	33	1	19	45	1.59
28114628--28114759	50	2.6	50	86	3	183	34	2	20	43	1.64
28114744--28114820	32	2.3	34	80	17	97	41	0	15	42	1.47
28114769--28114811	12	4.0	11	77	17	54	41	0	11	46	1.40
28114796--28114820	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
28114740--28114883	52	2.7	51	81	13	141	36	0	17	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28114871--28114950	16	4.9	16	78	6	61	30	1	21	47	1.59
28114959--28115003	23	1.9	24	90	4	74	40	0	17	42	1.50
28114972--28115165	32	6.2	32	69	21	117	35	0	15	48	1.46
28114999--28115137	21	6.0	21	67	19	73	33	0	16	50	1.46
28114642--28115094	220	2.1	219	93	2	775	33	1	18	46	1.57
28114999--28115158	49	3.3	49	76	13	195	33	0	16	50	1.46
28114969--28115191	96	2.3	97	88	6	330	34	0	15	49	1.45
28115046--28115117	36	2.0	36	89	5	110	37	0	12	50	1.41
28114960--28115135	12	15.1	12	69	21	65	35	0	15	48	1.46
28115197--28115241	19	2.3	19	85	11	56	53	2	0	44	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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