genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28115208--28115260	21	2.5	22	78	9	65	56	0	1	41	1.10
28117821--28117850	4	7.5	4	92	0	51	26	0	0	73	0.84
28117862--28117928	20	3.2	21	75	14	59	49	0	7	43	1.31
28117947--28117979	11	3.1	11	86	8	50	18	3	0	78	0.87
28118613--28118677	15	4.2	16	79	13	73	32	44	0	23	1.53
28118616--28118683	8	9.1	7	77	13	50	33	44	0	22	1.53
28118613--28118670	7	7.4	8	79	13	59	32	43	0	24	1.55
28118638--28118679	17	2.6	16	85	10	59	35	40	0	23	1.55
28118782--28118855	33	2.1	36	80	9	91	40	39	1	18	1.60
28118843--28119086	88	2.8	88	96	0	443	45	25	1	27	1.63
28119181--28119213	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
28119529--28119780	41	6.2	41	81	3	269	32	23	22	21	1.98
28122494--28122531	17	2.2	17	90	0	58	0	57	0	42	0.98
28125523--28125573	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
28130093--28130122	6	5.0	6	95	0	51	0	63	0	36	0.95
28133114--28133164	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
28133308--28133347	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
28133296--28133362	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
28133331--28133370	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
28135465--28135500	2	18.0	2	94	0	63	50	2	47	0	1.15
28148868--28148945	28	2.8	28	82	7	104	56	1	10	32	1.41
28149211--28149255	23	1.9	24	81	4	56	51	4	8	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28149938--28149993	20	2.8	19	81	7	58	67	7	21	3	1.30
28150851--28151543	174	4.0	171	89	5	1026	29	19	17	33	1.95
28151173--28151414	46	5.5	46	69	12	184	30	19	17	32	1.95
28151439--28151661	118	1.9	118	91	0	365	31	18	17	32	1.94
28151640--28151882	46	5.5	46	67	16	136	30	18	17	32	1.95
28151058--28152011	467	2.0	468	96	0	1739	29	19	18	32	1.95
28151265--28151836	293	2.0	292	92	0	964	30	19	17	32	1.95
28151557--28152197	175	3.7	175	93	1	1079	29	20	17	32	1.96
28151625--28152197	44	13.0	46	66	17	238	28	20	17	32	1.96
28153983--28154402	210	2.0	210	97	0	786	24	22	16	35	1.95
28158683--28158909	40	5.7	40	93	0	391	29	20	28	22	1.98
28167456--28167602	40	3.7	40	92	0	249	29	20	28	21	1.98
28175475--28175522	25	1.9	25	82	0	60	50	10	16	22	1.76
28176504--28176581	28	2.8	28	82	7	104	55	1	11	32	1.44
28176841--28176885	23	1.9	24	81	4	56	51	4	8	35	1.54
28178145--28178191	15	3.3	14	76	11	51	17	0	4	78	0.90
28189014--28189046	16	2.1	16	94	0	57	21	24	18	36	1.95
28192959--28192996	17	2.2	17	95	0	67	18	5	0	76	0.97
28194105--28194146	18	2.3	18	83	4	57	64	2	0	33	1.07
28199875--28199913	12	3.2	12	82	13	53	20	41	10	28	1.85
28200150--28200197	23	2.0	24	84	8	62	39	22	8	29	1.83
28200789--28200890	42	2.4	42	90	0	168	29	22	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28212275--28212366	19	4.8	19	83	0	130	38	9	16	35	1.82
28212275--28212367	38	2.4	38	89	0	150	38	9	16	35	1.81
28212577--28212621	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
28212847--28212887	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
28213376--28213502	64	2.0	64	98	0	245	21	10	10	58	1.60
28219641--28219692	27	1.9	28	84	7	72	53	13	13	19	1.72
28222160--28222767	304	2.0	304	99	0	1189	31	20	18	29	1.96
28226735--28226796	29	2.2	29	97	2	117	43	22	20	12	1.86
28227749--28227872	25	5.0	25	69	7	76	31	22	25	20	1.98
28227826--28227885	26	2.3	26	82	0	84	36	21	23	18	1.95
28237759--28237822	31	2.1	31	96	0	119	48	21	7	21	1.75
28242194--28242266	21	3.6	19	78	10	65	47	1	0	50	1.09
28245800--28245832	16	2.1	16	100	0	66	24	24	15	36	1.93
28251124--28251177	24	2.2	24	83	0	63	50	5	3	40	1.44
28251418--28251459	20	2.1	20	82	8	50	11	30	2	54	1.49
28254223--28254294	26	2.8	25	83	6	90	41	11	15	31	1.82
28268387--28268417	15	2.1	15	93	0	53	25	3	29	41	1.71
28268920--28269094	93	1.9	93	100	0	350	30	15	19	34	1.93
28274524--28274564	21	2.0	21	100	0	82	26	14	24	34	1.94
28280055--28280146	21	4.4	20	73	10	60	15	3	36	44	1.62
28281153--28281221	27	2.6	27	85	0	93	24	7	31	36	1.83
28297032--28297534	44	11.6	44	72	7	287	28	21	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28297117--28297535	131	3.2	132	84	5	469	28	22	25	24	1.99
28297198--28297583	129	3.0	129	84	5	406	28	20	24	26	1.99
28300725--28300784	29	2.1	29	84	3	77	50	16	3	30	1.62
28302451--28302498	12	3.9	12	97	2	87	43	31	0	25	1.55
28304033--28304077	6	7.0	6	92	7	63	77	0	0	22	0.76
28309095--28309136	19	2.2	19	100	0	84	71	9	9	9	1.32
28323701--28323725	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
28324788--28324953	33	5.0	33	85	0	224	27	19	21	31	1.97
28330006--28330050	21	2.0	23	83	8	58	44	13	4	37	1.64
28330499--28330886	131	2.9	132	91	1	609	26	25	20	28	1.99
28330890--28331238	89	3.9	89	85	1	439	26	23	22	27	1.99
28330941--28331147	45	4.7	44	69	15	131	27	25	21	26	1.99
28330882--28331263	178	2.1	177	83	2	487	26	24	22	27	2.00
28331261--28331660	177	2.3	178	85	3	529	26	22	18	32	1.97
28331272--28331665	44	8.9	43	71	12	239	26	22	18	32	1.97
28332962--28332987	9	2.9	9	100	0	52	7	0	11	80	0.89
28335492--28335564	35	2.3	31	84	13	87	36	10	17	34	1.85
28343775--28343813	16	2.5	15	84	8	51	61	0	10	28	1.28
28344408--28344453	23	2.0	22	87	4	65	36	17	6	39	1.76
28352661--28352685	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
28356006--28356191	93	2.0	93	92	0	309	19	19	22	38	1.94
28356666--28357059	87	4.5	86	77	9	325	34	13	11	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28356666--28357062	175	2.3	175	79	7	405	33	13	11	41	1.80
28356776--28357059	89	3.2	87	84	4	322	33	14	11	41	1.81
28356935--28357231	161	1.9	160	81	9	367	34	12	11	42	1.78
28357069--28357233	82	2.0	84	84	2	217	32	11	11	44	1.76
28358644--28358746	50	2.0	51	81	5	120	18	33	27	21	1.96
28362470--28362524	27	2.0	27	85	0	74	30	10	29	29	1.91
28362464--28362516	18	2.9	18	77	0	61	26	11	32	30	1.91
28374487--28374580	28	3.4	28	93	0	161	27	23	27	21	1.99
28374605--28374656	21	2.5	21	93	0	86	30	44	9	15	1.78
28374897--28375124	27	8.4	27	84	7	275	18	17	18	44	1.87
28376271--28376316	13	3.5	13	90	0	74	58	10	10	19	1.61
28387633--28387677	11	4.1	11	88	0	54	22	4	6	66	1.33
28388067--28388230	66	2.5	65	89	4	238	28	20	20	30	1.98
28388067--28388232	33	5.0	32	85	5	215	28	20	19	31	1.97
28393544--28394139	27	22.3	27	84	4	661	18	16	20	43	1.88
28400971--28401058	25	3.6	24	77	18	92	28	20	26	25	1.99
28415464--28415495	15	2.1	15	100	0	64	6	6	6	81	0.99
28415467--28415505	15	2.6	15	88	8	53	5	12	5	76	1.11
28415649--28415738	46	2.0	46	95	0	162	51	5	14	28	1.65
28416167--28416218	11	4.7	11	76	6	52	21	3	1	73	1.10
28422596--28422649	22	2.5	22	96	0	99	29	16	14	38	1.89
28422950--28423003	28	2.0	28	88	3	83	42	16	7	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28427705--28427768	20	3.3	20	74	8	71	25	10	3	60	1.44
28427817--28427870	19	2.7	20	77	13	58	42	7	18	31	1.78
28427883--28427945	20	3.2	19	73	6	54	52	11	20	15	1.73
28429682--28429719	3	12.7	3	100	0	76	34	31	0	34	1.58
28429718--28429800	3	27.7	3	83	0	103	30	1	6	62	1.27
28430159--28430236	29	2.8	27	84	7	102	32	6	2	58	1.37
28435107--28435152	21	2.2	21	88	7	67	71	0	15	13	1.14
28435139--28435173	17	2.1	17	94	0	61	74	0	25	0	0.82
28436542--28436864	44	7.5	43	69	10	160	31	22	19	26	1.98
28436589--28436918	41	7.8	41	68	12	148	30	22	20	26	1.98

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