genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8709282--8709584	98	3.1	98	97	0	561	36	16	24	22	1.94
8724143--8724206	32	2.0	32	100	0	128	25	21	18	34	1.96
8724863--8725056	100	1.9	99	84	7	259	25	19	12	41	1.87
8730144--8730194	14	3.6	14	73	21	52	64	0	0	35	0.94
8730136--8730180	20	2.4	18	85	10	63	68	0	2	28	1.01
8730142--8730195	29	1.9	29	88	7	85	64	0	0	35	0.94
8730142--8730180	20	2.0	20	90	9	64	69	0	0	30	0.89
8730949--8731016	28	2.5	28	79	11	70	47	0	0	52	1.00
8730946--8731016	27	2.6	28	78	10	67	49	0	0	50	1.00
8742074--8742143	28	2.4	30	88	4	99	55	0	1	42	1.08
8742504--8742670	41	4.1	41	87	6	207	35	22	22	19	1.96
8742526--8742670	41	3.5	41	93	0	236	33	22	22	21	1.97
8742698--8742937	120	2.0	119	99	0	471	44	13	10	31	1.77
8747777--8747828	19	2.7	20	82	8	63	59	7	0	32	1.26
8749065--8749175	42	2.6	41	87	4	141	21	13	31	33	1.92
8749545--8749596	24	2.2	24	86	6	70	34	3	7	53	1.48
8752664--8752703	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
8754155--8754186	7	4.6	7	92	0	55	40	3	12	43	1.58
8754611--8754686	41	1.9	40	84	7	102	50	3	1	44	1.29
8759767--8759796	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
8761037--8761091	27	2.0	28	89	10	87	54	0	7	38	1.28
8761038--8761093	25	2.1	27	87	6	80	57	0	7	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8761132--8761229	45	2.2	44	80	10	110	57	3	10	29	1.47
8761247--8761451	26	7.7	26	75	4	160	59	3	5	30	1.39
8765095--8765156	28	2.2	28	91	0	97	32	6	30	30	1.83
8770200--8770261	28	2.2	28	91	0	97	32	6	30	30	1.83
8789289--8789401	25	4.6	25	75	9	81	32	19	23	23	1.97
8791800--8792293	132	3.7	132	76	7	376	27	18	19	34	1.95
8791962--8792272	131	2.4	133	78	4	315	27	18	19	34	1.96
8807024--8807583	132	4.2	132	87	3	761	29	19	24	26	1.98
8807026--8807583	263	2.1	263	87	3	782	29	19	24	26	1.98
8810412--8810920	131	3.9	130	78	5	434	26	20	19	32	1.97
8813846--8813963	58	2.0	58	100	0	236	26	10	11	51	1.70
8821202--8821275	31	2.4	31	77	6	78	35	4	8	52	1.50
8821363--8821501	60	2.3	60	85	3	174	41	15	17	25	1.89
8821391--8821536	60	2.5	60	83	1	168	37	17	20	23	1.94
8826397--8826446	6	8.2	6	77	4	55	48	12	18	22	1.80
8826438--8826536	45	2.2	45	89	3	146	40	19	18	22	1.91
8826876--8826981	53	2.0	53	100	0	212	41	22	0	35	1.54
8826888--8826969	25	3.2	25	66	27	71	40	24	0	35	1.56
8827863--8827925	33	1.9	32	87	9	92	53	6	0	39	1.26
8835419--8835481	33	1.9	32	84	9	83	55	4	0	39	1.21
8840231--8840293	33	1.9	32	84	9	83	55	4	0	39	1.21
8849944--8849971	12	2.3	12	100	0	56	7	7	42	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8855192--8855279	30	3.0	29	75	9	79	27	29	22	20	1.99
8857618--8857659	19	2.2	19	83	8	50	78	2	14	4	1.01
8865190--8865252	30	2.1	30	100	0	126	31	20	15	31	1.94
8866137--8866199	31	2.0	31	90	0	99	31	14	12	41	1.83
8866365--8866419	26	2.1	26	100	0	110	41	23	7	27	1.80
8871249--8871273	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
8879334--8879373	19	2.1	19	86	9	55	0	15	2	82	0.77
8883121--8883159	19	2.0	20	90	5	62	33	7	0	58	1.26
8887420--8887565	37	3.9	37	79	2	105	28	13	41	16	1.85
8887831--8888176	165	2.1	163	81	10	382	32	17	20	30	1.95
8888845--8888985	41	3.5	41	87	0	194	21	18	21	37	1.94
8891087--8891154	35	1.9	35	88	5	102	29	14	16	39	1.88
8899257--8899352	27	3.6	27	72	10	72	29	23	15	31	1.96
8901220--8901270	17	2.8	18	85	8	59	23	7	9	58	1.56
8901794--8902162	132	2.8	132	81	4	381	30	19	17	32	1.94
8904781--8904816	18	1.9	19	88	5	56	38	13	13	33	1.85
8905709--8905743	15	2.4	15	90	4	54	40	0	0	60	0.97
8913591--8913708	31	3.8	31	87	0	155	26	19	27	27	1.99
8913726--8913898	47	3.7	46	80	4	130	28	15	24	31	1.95
8913777--8913906	49	2.7	47	84	5	163	27	14	26	30	1.95
8914300--8914354	18	3.1	18	65	19	51	32	14	12	40	1.84
8914285--8914354	36	1.9	36	94	0	122	32	11	12	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8915431--8915457	13	2.1	13	100	0	54	37	29	0	33	1.58
8916866--8916925	30	2.0	30	90	6	95	58	11	3	26	1.49
8918556--8918780	74	3.0	73	87	5	310	32	20	12	35	1.90
8918788--8918812	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8918883--8918933	25	2.1	25	88	3	77	45	1	1	50	1.24
8921653--8921696	20	2.0	23	87	12	67	47	0	9	43	1.35
8921669--8921719	25	2.0	25	84	0	66	50	1	5	41	1.37
8946369--8946425	29	2.0	29	100	0	114	31	28	3	36	1.74
8953898--8954036	69	2.0	69	97	0	260	26	13	32	27	1.94
8967946--8968054	54	2.0	55	92	1	184	46	11	10	31	1.74
8972259--8972291	17	2.1	17	88	11	52	42	0	0	57	0.98
8972856--8972905	19	2.6	19	80	0	55	64	0	6	30	1.18
8973530--8973837	3	102.0	3	75	12	132	1	41	0	56	1.10
8976935--8977032	40	2.5	40	81	4	112	30	27	16	25	1.96
8977966--8978034	11	6.6	10	71	14	50	4	23	1	71	1.12
8982549--8982573	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
8996595--8996661	25	2.7	25	76	17	75	26	32	13	26	1.94
9005304--9005347	11	3.9	11	79	5	52	36	2	4	56	1.32
9006587--9006624	19	2.0	19	100	0	76	52	5	10	31	1.58
9006788--9006859	22	3.3	22	75	11	67	15	20	20	43	1.88
9006804--9006873	22	3.2	22	82	11	90	18	20	17	44	1.87
9018574--9018662	43	2.0	44	95	2	162	46	15	13	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9019541--9019570	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
9019652--9019682	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
9019974--9020107	3	44.7	3	75	8	112	60	2	8	29	1.38
9019979--9020018	20	2.0	21	85	5	55	57	2	12	27	1.48
9020032--9020121	12	6.9	13	82	14	89	62	1	5	31	1.25
9020254--9020278	9	2.8	9	100	0	50	56	8	36	0	1.29
9021219--9021287	33	2.1	33	88	0	102	15	17	50	15	1.78
9022059--9022304	87	2.8	88	85	6	315	20	21	21	36	1.96
9021963--9022217	130	2.0	131	87	3	372	20	21	21	35	1.96
9022014--9022477	130	3.6	129	81	6	458	20	21	22	35	1.96
9021968--9022428	217	2.1	215	86	4	631	20	22	21	35	1.96
9022016--9022475	43	10.7	43	69	14	241	20	21	22	35	1.96
9022548--9022675	64	2.0	64	93	0	220	38	13	17	31	1.88
9024334--9024359	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
9029066--9029120	24	2.3	25	81	9	71	63	0	5	30	1.17
9029090--9029119	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
9029205--9029235	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
9029748--9029803	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
9032558--9032626	33	2.1	33	91	0	111	14	17	52	15	1.75
9033279--9033304	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
9033794--9033837	13	3.4	13	84	12	63	47	9	9	34	1.67
9034851--9034889	19	2.1	19	95	0	69	43	15	2	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9036234--9036370	37	3.7	37	77	8	145	37	15	13	32	1.87
9040910--9040989	40	2.0	40	100	0	160	37	20	2	40	1.66
9041007--9041044	19	2.0	19	89	0	58	34	18	7	39	1.80
9048490--9048641	42	3.6	42	82	3	153	30	15	25	27	1.96
9050112--9050146	14	2.5	14	95	0	61	40	2	22	34	1.69
9050685--9050721	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
9050735--9050784	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
9053133--9053613	241	2.0	239	96	0	890	42	19	13	24	1.88
9056700--9056738	18	2.2	18	86	9	53	53	2	0	43	1.14
9056718--9056764	23	2.1	22	88	7	69	59	4	0	36	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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