genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28696837--28696888	25	2.1	25	100	0	104	28	19	23	28	1.98
28698675--28698704	15	2.0	15	93	0	51	70	13	0	16	1.18
28704820--28704850	9	3.4	9	95	0	53	80	6	3	9	0.99
28704856--28704895	6	6.8	6	85	5	55	77	0	22	0	0.77
28704856--28704896	11	3.6	11	90	6	64	75	0	24	0	0.80
28704855--28704895	12	3.5	12	93	6	75	75	0	24	0	0.80
28704863--28704898	18	2.0	18	94	0	63	75	0	25	0	0.81
28707081--28707707	45	13.9	45	86	0	831	30	15	22	31	1.95
28707719--28708057	132	2.6	132	89	3	520	28	20	25	25	1.99
28708083--28708223	50	2.8	50	78	0	156	36	19	17	26	1.94
28708235--28708377	44	3.2	43	75	10	128	30	16	26	25	1.97
28708261--28708403	45	3.2	45	76	9	139	29	19	25	25	1.99
28708610--28708639	15	2.0	15	93	0	51	70	13	0	16	1.18
28708740--28708775	18	1.9	19	88	5	56	44	38	0	16	1.48
28710834--28711015	60	3.0	60	99	0	355	37	16	17	28	1.92
28716084--28716138	17	3.3	17	70	12	51	43	1	7	47	1.41
28718010--28718115	53	2.0	53	96	0	194	34	16	11	36	1.85
28718523--28718562	21	1.9	21	85	10	55	12	7	5	75	1.18
28720974--28721028	17	3.3	17	70	12	51	43	1	7	47	1.41
28723360--28723399	21	1.9	21	85	10	55	12	7	5	75	1.18
28725811--28725865	17	3.3	17	70	12	51	43	1	7	47	1.41
28728197--28728236	21	1.9	21	85	10	55	12	7	5	75	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28732424--28732591	87	1.9	87	90	2	266	42	15	26	15	1.86
28732916--28733018	43	2.4	43	95	0	179	29	18	29	23	1.98
28734771--28734825	17	3.3	17	70	12	51	43	1	7	47	1.41
28734589--28735111	260	2.0	260	99	0	1028	36	10	15	37	1.82
28735031--28735085	17	3.3	17	70	12	51	43	1	7	47	1.41
28735105--28735249	77	1.9	76	98	1	281	29	20	15	34	1.94
28737311--28737409	43	2.3	44	91	1	164	27	16	25	31	1.96
28745930--28746090	40	4.1	39	79	12	159	26	22	27	24	2.00
28746296--28747262	47	20.6	47	98	0	1862	32	8	29	29	1.87
28747381--28747459	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28749921--28750011	40	2.3	40	90	3	139	26	13	21	38	1.90
28759938--28760077	40	3.5	40	74	5	106	40	22	17	20	1.91
28760084--28760366	98	3.0	95	85	6	403	26	24	20	28	1.99
28760187--28760362	91	1.9	91	92	0	298	27	23	19	28	1.99
28760520--28760597	41	1.9	41	86	5	113	20	20	28	30	1.98
28760626--28760687	8	7.1	8	76	16	61	37	0	4	58	1.20
28760634--28760701	19	3.6	20	79	16	83	38	0	5	55	1.24
28760630--28760723	38	2.4	38	79	13	93	40	1	6	52	1.34
28763066--28763096	16	1.9	16	93	0	53	35	25	6	32	1.82
28770622--28770672	21	2.4	21	90	0	75	35	17	43	3	1.68
28770556--28770753	87	2.3	87	85	3	256	37	18	31	11	1.87
28770729--28770778	21	2.4	21	89	0	82	30	14	46	10	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28771113--28771534	43	9.8	42	86	1	423	25	22	28	22	1.99
28771113--28771556	129	3.4	129	80	4	468	26	22	28	22	1.99
28783553--28783695	73	2.0	73	88	0	214	41	8	10	39	1.70
28799494--28799529	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
28805955--28806005	5	10.0	5	79	12	59	19	5	0	74	1.02
28806167--28806226	22	2.8	21	79	5	66	28	48	6	16	1.71
28811559--28811614	29	1.9	29	82	7	69	51	14	5	28	1.64
28816807--28816977	27	6.4	27	85	6	224	18	18	20	42	1.90
28816807--28816953	53	2.7	54	93	2	251	19	19	19	42	1.89
28816807--28816977	80	2.1	80	88	4	247	18	18	20	42	1.90
28816807--28816977	53	3.2	52	89	5	245	18	18	20	42	1.90
28827836--28827906	28	2.5	28	90	0	115	35	12	25	26	1.92
28829942--28830020	37	2.1	37	86	4	106	26	29	17	26	1.98
28830139--28830621	49	9.9	49	95	1	848	29	27	8	33	1.86
28833504--28833630	23	5.5	22	75	14	94	25	14	17	41	1.88
28833502--28833639	71	2.0	71	89	1	215	26	13	18	42	1.87
28833528--28833672	71	2.1	70	80	1	155	26	12	20	41	1.87
28834217--28834401	41	4.5	41	71	9	117	25	18	27	28	1.98
28838201--28838368	87	1.9	87	90	2	266	42	15	26	15	1.86
28838693--28838795	43	2.4	43	95	0	179	29	18	29	23	1.98
28841701--28841788	39	2.3	39	95	0	158	35	26	4	34	1.77
28842464--28842542	28	2.8	29	76	3	88	35	26	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28864035--28864185	43	3.5	43	76	16	134	24	18	27	29	1.98
28864076--28864184	42	2.6	42	81	12	125	25	18	25	30	1.98
28867408--28867459	18	2.8	18	85	5	59	38	21	19	21	1.94
28867628--28867680	18	2.9	18	85	2	70	41	47	1	9	1.47
28868204--28868255	20	2.8	18	78	21	63	44	0	3	51	1.19
28868163--28868297	69	2.0	68	83	4	173	42	3	4	49	1.40
28868475--28868548	36	2.0	37	97	2	141	37	13	13	35	1.84
28873679--28873897	26	8.4	26	82	2	201	19	10	25	43	1.84
28875241--28875272	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
28890259--28890370	11	9.8	11	68	24	56	41	2	1	53	1.25
28890306--28890364	20	2.9	20	80	16	68	42	1	1	54	1.20
28897939--28898035	17	5.7	17	68	22	60	39	2	5	53	1.35
28898009--28898125	62	1.9	59	89	5	180	42	5	3	48	1.42
28901556--28901604	13	3.6	14	78	15	59	71	0	2	26	0.97
28904192--28904271	38	2.1	39	92	2	135	50	26	2	21	1.61
28904473--28904503	9	3.4	9	95	0	53	25	9	22	41	1.84
28905210--28905266	21	2.7	21	81	8	62	31	22	21	24	1.98
28911485--28911767	106	2.7	107	81	1	345	38	20	9	31	1.85
28924231--28924276	21	2.2	21	92	0	74	23	19	4	52	1.64
28930840--28930877	16	2.2	18	86	9	53	50	2	21	26	1.62
28932985--28933021	5	7.4	5	87	0	56	72	0	2	24	0.97
28950564--28950758	44	4.5	44	80	5	191	30	21	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28950525--28950758	129	1.8	129	85	1	335	31	21	17	29	1.96
28951627--28951656	16	1.9	16	93	6	53	26	6	16	50	1.70
28955768--28955795	14	2.0	14	100	0	56	21	7	14	57	1.61
28962964--28963009	6	7.7	6	95	0	83	67	15	2	15	1.33
28962982--28963075	45	2.1	46	84	9	122	71	6	11	10	1.31
28963993--28964032	12	3.1	13	85	7	55	62	0	22	15	1.32
28963993--28964027	6	5.7	6	86	6	52	65	0	20	14	1.26
28965239--28965454	86	2.5	86	84	5	294	29	22	23	24	1.99
28965637--28965746	44	2.5	44	82	4	123	27	15	22	34	1.94
28966041--28966071	16	1.9	16	93	0	53	67	12	0	19	1.22
28972012--28972063	11	4.8	11	73	4	52	59	1	0	38	1.08
28972005--28972093	32	2.9	31	81	8	103	56	3	0	40	1.16
28975051--28975138	46	1.9	46	90	0	140	21	6	12	59	1.57
28976329--28976371	21	2.0	21	86	8	61	34	6	18	39	1.78
28977562--28977625	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
28977842--28978366	41	12.8	41	97	1	973	27	22	21	29	1.99
28980223--28980266	20	2.3	20	84	7	56	45	6	22	25	1.77
28984116--28984154	19	2.1	19	85	9	53	5	17	5	71	1.23
28986175--28986282	30	3.6	30	76	5	112	39	1	8	50	1.43
28994456--28994492	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28996161--28996197	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
28996892--28996951	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29000978--29001023	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
29007792--29007844	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
29016419--29016461	19	2.3	19	83	0	50	46	2	9	41	1.48
29028340--29028636	27	11.2	27	80	8	308	43	20	19	16	1.89
29030701--29030798	47	2.0	48	81	14	114	36	7	4	52	1.48
29036890--29037658	88	8.8	88	89	0	1117	27	24	24	23	2.00
29039095--29039119	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
29039249--29039346	47	2.0	48	81	14	114	36	7	4	52	1.48
29052675--29052878	90	2.3	90	81	5	252	29	20	15	34	1.93
29054930--29054956	14	1.9	14	100	0	54	14	18	22	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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