genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26869264--26869421	44	3.7	44	88	4	207	28	25	17	27	1.98
26871781--26871840	25	2.4	25	83	8	68	61	1	15	21	1.42
26876242--26876276	17	2.1	17	94	0	61	51	0	11	37	1.38
26876408--26876461	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
26880820--26880867	16	3.0	16	87	0	60	31	22	4	41	1.73
26880838--26880872	16	2.2	16	89	0	52	34	28	0	37	1.58
26884647--26884685	17	2.3	17	86	0	51	43	7	2	46	1.46
26885442--26885499	29	2.1	27	87	12	84	43	3	3	50	1.36
26885845--26885880	20	1.9	20	88	11	58	52	5	8	33	1.55
26888591--26888649	26	2.3	26	88	5	84	28	10	13	47	1.75
26888782--26888829	6	8.0	6	90	0	69	16	27	0	56	1.41
26888781--26888828	12	4.0	12	88	0	78	16	25	0	58	1.38
26888781--26888829	18	2.7	18	96	0	89	16	26	0	57	1.40
26892226--26892272	25	1.9	25	82	4	60	14	23	21	40	1.90
26892378--26892486	24	4.5	24	71	15	71	18	21	20	40	1.92
26899591--26899657	27	2.6	27	78	17	63	17	22	22	37	1.94
26899689--26899736	25	1.9	25	91	0	78	20	29	16	33	1.95
26899687--26899745	25	2.4	24	80	8	73	18	27	16	37	1.93
26905710--26905816	38	2.8	38	83	5	126	30	23	20	25	1.98
26916106--26916208	30	3.4	30	93	2	172	41	0	23	34	1.55
26916743--26916767	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26917785--26917824	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26918973--26919030	30	1.9	30	100	0	116	25	13	20	39	1.90
26920488--26920533	12	3.6	13	75	16	51	41	0	56	2	1.11
26920467--26920525	31	1.9	31	85	0	82	38	0	57	3	1.15
26920467--26920539	25	3.0	25	74	11	71	42	0	54	2	1.14
26924056--26924119	28	2.3	28	83	2	76	48	32	3	15	1.61
26924139--26924186	21	2.3	21	79	10	55	43	35	2	18	1.62
26929874--26929919	19	2.4	19	85	3	56	54	0	2	43	1.12
26929883--26929961	30	2.6	31	86	5	110	50	0	0	49	1.00
26929908--26929997	32	3.0	29	69	20	67	51	1	1	46	1.15
26931075--26931105	5	6.2	5	100	0	62	0	38	19	41	1.51
26932035--26932079	23	1.9	24	86	4	65	55	2	6	35	1.38
26932197--26932269	19	3.8	19	75	8	67	32	1	1	64	1.11
26932250--26932287	15	2.4	16	82	8	51	36	0	2	60	1.11
26932328--26932408	16	5.0	16	73	19	69	33	1	1	64	1.10
26932339--26932407	8	8.5	8	82	7	77	31	1	0	66	1.00
26932333--26932407	24	3.1	25	80	5	91	33	1	1	64	1.11
26932349--26932411	32	2.0	32	90	6	101	34	1	0	63	1.04
26935076--26935688	307	2.0	307	97	0	1154	35	22	17	24	1.95
26943548--26943817	51	5.3	51	94	0	468	34	15	21	28	1.94
26945254--26945303	21	2.5	20	84	9	66	42	6	6	46	1.53
26948832--26948866	15	2.3	15	95	0	61	65	11	0	22	1.24
26949106--26949143	18	2.1	19	90	5	60	42	0	13	44	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26949224--26949266	22	2.0	21	95	4	77	55	4	4	34	1.41
26949224--26949280	22	2.6	21	86	5	60	54	3	5	36	1.40
26949273--26949317	21	2.1	21	84	15	58	75	6	0	17	1.01
26949277--26949315	19	2.1	19	85	9	53	74	7	0	17	1.05
26951707--26951775	35	2.0	35	88	0	102	56	0	2	40	1.14
26951906--26951945	20	2.1	19	86	9	55	50	5	0	45	1.23
26952169--26952204	18	2.0	18	100	0	72	55	22	5	16	1.62
26952506--26952540	3	12.0	3	93	6	63	68	0	31	0	0.90
26953549--26953573	12	2.1	12	100	0	50	24	20	0	56	1.43
26957670--26957739	22	3.2	22	93	0	122	31	30	0	38	1.58
26957711--26957769	30	2.0	30	93	0	100	30	35	0	33	1.58
26957689--26957791	52	2.0	51	86	5	145	33	33	0	33	1.58
26957741--26957782	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
26957824--26957880	29	2.0	29	93	6	98	38	0	1	59	1.08
26957827--26957888	29	2.1	29	88	5	90	38	0	1	59	1.07
26960167--26960255	23	3.9	23	92	0	151	46	23	0	30	1.53
26960167--26960255	46	1.9	46	97	0	169	46	23	0	30	1.53
26962620--26962685	32	2.1	32	85	5	89	46	22	6	24	1.74
26971647--26971809	63	2.6	64	77	6	179	28	26	17	27	1.98
26985215--26985294	34	2.4	34	86	0	115	47	20	7	25	1.75
26994245--26994289	22	2.0	22	95	0	81	37	0	37	24	1.56
27000130--27000161	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27003515--27003539	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
27003537--27003565	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27010378--27010458	11	7.3	11	75	9	58	79	3	3	13	1.01
27010403--27010457	27	2.0	27	85	3	74	80	1	3	14	0.94
27010378--27010458	17	4.5	17	71	18	65	79	3	3	13	1.01
27020340--27020367	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
27020989--27021036	22	2.0	24	84	11	64	50	2	8	39	1.44
27021139--27021190	20	2.7	18	82	14	59	44	7	11	36	1.70
27021139--27021199	20	3.1	18	76	21	52	40	8	11	39	1.71
27023848--27024029	82	2.3	80	81	6	192	32	20	20	25	1.97
27023900--27024027	41	3.1	41	82	0	157	35	21	21	22	1.96
27025148--27025172	10	2.5	10	100	0	50	36	12	28	24	1.91
27025845--27025892	24	2.0	24	100	0	96	25	4	16	54	1.60
27035612--27035652	17	2.4	17	91	4	64	82	0	14	2	0.76
27035611--27035652	18	2.3	19	84	12	61	83	0	14	2	0.75
27036889--27037111	44	5.0	44	74	8	200	28	23	23	24	1.99
27036889--27037115	89	2.6	89	87	1	321	29	23	23	23	1.99
27036890--27037115	45	5.1	45	76	6	208	29	23	23	23	1.99
27037277--27037500	115	1.9	115	82	1	279	33	20	22	23	1.97
27038970--27038997	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
27038961--27039015	18	3.1	17	75	19	58	25	0	0	74	0.82
27039055--27039100	8	6.1	8	82	12	53	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27039486--27039527	13	3.2	13	80	9	50	38	9	7	45	1.64
27039856--27039930	34	2.3	32	80	14	98	48	8	6	37	1.59
27039864--27039929	34	1.9	35	90	3	107	46	9	6	37	1.60
27046172--27046279	43	2.5	43	87	0	144	23	18	24	34	1.96
27058107--27058171	30	2.2	30	88	5	96	18	21	38	21	1.93
27074109--27074185	25	3.1	24	80	12	93	19	29	18	32	1.95
27074116--27074202	25	3.5	25	79	13	90	22	26	19	31	1.98
27074109--27074218	50	2.2	49	85	4	141	22	26	20	30	1.98
27081177--27081974	134	6.0	134	81	3	829	35	14	17	32	1.90
27082215--27082254	17	2.4	17	86	0	53	27	35	12	25	1.92
27094082--27095191	222	5.0	222	97	0	2103	36	16	9	36	1.82
27095936--27095964	13	2.2	13	100	0	58	31	0	24	44	1.54
27105535--27105570	18	2.0	18	88	0	54	63	0	16	19	1.30
27111272--27111302	7	4.6	7	96	4	55	16	9	0	74	1.07
27115326--27115396	25	2.8	25	86	0	97	18	29	19	32	1.96
27121638--27121758	23	5.1	23	74	10	95	20	23	19	35	1.96
27121660--27121775	45	2.5	46	81	6	128	21	22	19	36	1.95
27121695--27121775	23	3.6	22	78	6	74	20	23	19	35	1.96
27122924--27122948	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
27123563--27123636	7	10.6	7	95	4	132	40	1	0	58	1.07
27123820--27123879	31	1.9	31	86	0	84	40	13	18	28	1.88
27123833--27123893	31	2.0	31	83	6	79	39	18	16	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27130011--27130053	18	2.5	17	85	7	52	46	4	0	48	1.22
27133412--27133465	20	2.7	20	80	8	65	40	1	14	42	1.57
27138692--27138730	19	2.1	19	85	9	53	17	7	2	71	1.21
27149958--27150212	128	2.0	128	98	0	492	22	19	16	41	1.90
27152016--27152068	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
27151959--27152150	100	1.9	100	98	0	375	40	1	3	55	1.22
27151955--27152013	26	2.3	27	80	14	70	44	0	1	54	1.10
27151985--27152150	18	9.6	17	69	23	73	39	1	3	56	1.25
27151958--27152173	100	2.2	100	91	3	350	41	0	3	54	1.23
27152340--27152392	16	3.3	16	86	0	79	24	32	3	39	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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