genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485575--1485741	9	17.6	9	76	10	154	46	21	0	31	1.56
1485592--1485708	39	3.0	39	98	0	225	46	22	0	31	1.52
1485586--1485741	48	3.3	47	80	3	186	45	22	0	31	1.57
1485575--1485739	57	2.9	57	83	7	192	46	21	0	30	1.56
1485575--1485726	39	4.1	37	90	6	202	46	21	0	30	1.56
1491287--1491330	21	2.1	21	100	0	88	22	20	56	0	1.42
1492625--1492672	8	5.6	8	76	13	51	66	0	0	33	0.92
1492669--1492741	16	4.6	16	67	24	55	52	4	0	43	1.20
1492648--1492742	48	2.0	48	97	0	181	53	3	0	43	1.16
1495916--1495949	13	2.7	13	95	4	61	29	50	14	5	1.67
1496692--1496826	49	2.8	48	83	5	166	26	29	17	26	1.97
1496696--1496862	49	3.6	47	80	10	157	25	29	17	27	1.97
1496784--1497000	45	4.7	45	76	8	145	23	28	19	28	1.98
1498490--1498530	21	2.0	21	85	9	57	75	4	0	19	0.98
1499605--1499682	30	2.6	30	85	0	111	24	32	28	15	1.95
1503719--1503786	33	2.1	33	100	0	136	39	17	16	26	1.90
1505728--1505783	6	9.5	6	84	1	51	75	8	1	14	1.13
1505728--1505783	18	3.2	18	79	2	60	75	8	1	14	1.13
1510994--1511022	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
1514098--1514123	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
1517296--1517345	13	3.8	13	91	0	73	20	36	34	10	1.86
1525769--1525941	46	3.7	46	77	13	201	30	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1525774--1525942	93	1.8	93	94	0	302	29	27	20	21	1.98
1529151--1529371	46	4.8	46	85	5	293	27	29	21	21	1.99
1529205--1529373	93	1.8	93	94	0	302	27	29	21	21	1.98
1543473--1543560	6	14.3	6	77	14	74	79	2	5	12	1.00
1543481--1543548	23	3.2	22	84	12	88	82	1	4	11	0.88
1543486--1543560	26	2.8	26	88	10	98	80	1	5	13	0.95
1545250--1545308	23	2.6	22	80	15	59	71	1	3	23	1.11
1545450--1545478	8	3.6	8	100	0	58	0	10	65	24	1.23
1548443--1548508	31	2.1	31	91	0	105	56	21	6	16	1.62
1549203--1549234	13	2.4	14	94	5	57	53	9	0	37	1.34
1552764--1552834	8	9.9	7	75	15	65	1	15	0	83	0.73
1552762--1552836	9	8.4	9	73	16	59	1	14	0	84	0.70
1552781--1552833	6	8.8	6	77	8	54	1	15	0	83	0.74
1552763--1552835	13	5.5	13	76	17	71	1	15	0	83	0.71
1552762--1552835	22	3.4	21	76	12	78	1	14	0	83	0.71
1557976--1558008	17	1.9	17	100	0	66	36	12	12	39	1.80
1557977--1558014	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
1558135--1558174	21	2.0	21	85	5	55	10	2	15	72	1.21
1560482--1560584	40	2.6	39	86	4	127	27	24	15	33	1.95
1561631--1561710	38	2.2	36	88	8	117	45	26	2	26	1.66
1561904--1561945	14	2.9	14	82	3	57	26	0	23	50	1.50
1561882--1561930	21	2.3	21	79	6	64	24	0	22	53	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1562751--1562838	47	1.9	45	84	9	115	51	13	3	31	1.58
1563331--1563372	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
1563325--1563379	26	2.1	27	86	3	76	61	3	1	32	1.24
1563418--1563467	25	2.0	26	88	11	77	66	2	0	32	1.03
1564992--1565417	45	9.5	45	68	14	270	26	26	15	31	1.96
1564991--1565459	90	5.2	90	91	0	690	26	26	15	31	1.96
1564969--1565497	45	11.8	45	65	15	229	26	26	15	31	1.96
1576828--1577038	116	1.9	111	81	5	251	50	11	5	32	1.62
1577469--1577510	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
1577474--1577583	31	3.5	31	66	18	75	62	4	2	30	1.29
1577463--1577517	26	2.1	27	86	3	76	61	3	1	32	1.24
1577565--1577614	25	2.0	26	88	11	77	66	2	0	32	1.03
1579149--1579306	41	3.8	40	81	8	174	23	20	21	34	1.96
1581713--1581768	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
1581873--1581915	20	2.1	21	83	12	54	37	0	2	60	1.10
1582087--1582120	17	2.0	17	88	11	52	26	8	0	64	1.22
1582102--1582178	14	5.3	14	73	11	57	32	3	0	63	1.12
1582141--1582182	14	3.0	14	86	6	59	28	2	0	69	1.01
1582104--1582197	28	3.2	29	71	18	88	35	3	0	61	1.12
1582605--1582634	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
1598556--1598734	89	2.0	89	96	0	331	36	15	18	29	1.91
1602315--1602545	43	5.4	42	76	10	173	28	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1602334--1602540	87	2.4	86	84	2	254	28	28	15	26	1.96
1602544--1602577	16	2.2	16	89	5	52	70	0	0	29	0.87
1602561--1602617	29	1.9	31	82	10	75	63	3	3	29	1.28
1602686--1602733	6	7.7	6	78	17	53	75	4	0	20	0.97
1602686--1602733	19	2.5	19	78	15	55	75	4	0	20	0.97
1603496--1603524	15	1.9	15	100	0	58	48	13	10	27	1.75
1608034--1608120	8	10.9	8	76	14	74	33	1	3	62	1.20
1608034--1608094	14	4.1	15	83	8	81	32	0	1	65	1.02
1608035--1608095	22	2.7	22	77	10	61	32	0	1	65	1.02
1608037--1608094	7	8.0	7	84	7	71	32	0	1	65	1.03
1608034--1608095	15	4.1	15	81	12	74	32	0	1	66	1.02
1608406--1608536	37	3.6	36	91	4	208	22	15	50	11	1.76
1608632--1608671	15	2.8	14	81	7	53	50	27	2	20	1.61
1608794--1608925	48	2.8	46	78	11	149	21	0	29	49	1.50
1608930--1609066	41	3.4	41	90	3	206	19	21	21	36	1.95
1609112--1609138	12	2.2	12	100	0	54	48	29	14	7	1.71
1614782--1614823	14	3.2	13	83	10	50	19	4	9	66	1.38
1625143--1625313	93	1.8	93	92	0	288	27	30	21	21	1.98
1625134--1625309	46	3.8	46	77	10	178	28	30	20	20	1.98
1625185--1625328	46	3.1	44	70	21	107	29	29	20	21	1.98
1627695--1627783	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
1627695--1627774	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1627706--1627783	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
1630722--1630893	93	1.8	93	93	0	299	27	30	21	20	1.98
1630714--1630889	46	3.8	46	81	4	219	28	30	21	20	1.98
1635500--1635625	43	3.0	43	74	14	118	26	21	23	28	1.99
1635500--1635667	85	2.0	86	81	8	200	27	19	24	28	1.99
1635810--1635850	20	2.0	20	100	0	82	34	9	19	36	1.85
1639110--1639202	6	15.3	6	78	7	82	12	5	4	77	1.09
1639122--1639189	23	2.9	22	86	8	82	13	4	2	79	1.00
1639114--1639197	25	3.1	26	81	13	98	11	5	4	77	1.10
1651481--1651580	40	2.4	44	83	8	127	29	28	17	26	1.97
1657749--1657778	11	2.7	11	89	0	51	16	6	0	76	0.99
1661855--1661880	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
1661962--1661991	15	2.0	15	93	0	51	13	0	3	83	0.77
1664905--1664933	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
1672201--1672336	39	3.5	39	88	0	209	13	24	25	37	1.91
1679544--1679644	39	2.6	39	83	0	130	14	25	20	38	1.91
1679544--1679646	20	5.4	18	68	17	64	15	25	21	37	1.92
1684510--1684554	22	2.0	22	91	0	72	68	2	2	26	1.12
1686890--1686918	14	2.1	14	100	0	58	13	27	6	51	1.66
1699147--1699202	28	2.0	28	89	6	87	30	10	25	33	1.90
1710546--1710580	18	1.9	18	94	0	61	20	14	40	25	1.90
1712959--1713059	28	3.4	27	73	21	87	27	19	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1716218--1716260	18	2.4	18	100	0	86	18	0	18	62	1.32
1717084--1717197	60	1.9	61	81	1	140	30	17	23	28	1.97
1719166--1719355	105	1.8	106	86	6	280	32	21	15	31	1.94
1720141--1720179	20	2.0	19	95	5	69	76	0	0	23	0.78
1720146--1720180	14	2.4	15	90	9	63	74	0	0	25	0.82
1721498--1721594	43	2.3	43	87	3	133	27	16	21	34	1.95
1721498--1721643	43	3.4	43	78	7	118	28	16	23	32	1.96
1726206--1726284	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
1726403--1727475	47	22.8	47	98	0	1993	31	30	6	31	1.84
1736419--1736453	8	4.1	8	86	13	52	74	0	0	25	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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