genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24527805--24527884	28	2.9	28	81	7	117	53	0	15	31	1.42
24527829--24527922	39	2.4	39	87	8	131	50	0	17	32	1.46
24527893--24527946	17	3.1	17	75	24	58	57	0	12	29	1.36
24527987--24528025	16	2.5	15	84	12	51	64	0	10	25	1.25
24527996--24528056	20	3.1	20	79	6	63	65	0	11	22	1.24
24527996--24528056	21	3.1	18	76	17	59	65	0	11	22	1.24
24528040--24528067	12	2.3	12	100	0	56	60	0	10	28	1.30
24528048--24528090	17	2.4	18	88	3	61	60	0	18	20	1.36
24528048--24528101	6	9.5	6	82	9	51	62	0	16	20	1.32
24528048--24528102	23	2.4	23	84	0	74	63	0	16	20	1.31
24529383--24529445	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
24535553--24535615	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
24537256--24537309	25	2.2	25	86	0	72	29	18	20	31	1.96
24537290--24537378	24	3.6	25	84	4	119	39	15	22	22	1.92
24540671--24540964	90	3.3	90	90	0	464	51	15	6	26	1.68
24540596--24541030	180	2.4	178	77	6	502	54	14	5	25	1.61
24545674--24545731	27	2.2	26	84	3	71	31	8	3	56	1.46
24549903--24550042	46	3.0	46	95	0	253	33	8	28	29	1.87
24554379--24554432	21	2.6	21	87	0	72	33	24	25	16	1.96
24561384--24561411	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
24563686--24563967	141	2.0	141	90	1	440	42	14	19	23	1.87
24568104--24568133	15	1.9	16	93	6	53	66	20	6	6	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24568160--24568218	27	2.2	26	85	8	82	28	20	32	18	1.96
24568168--24568224	27	2.1	27	93	0	96	31	22	28	17	1.97
24578198--24578466	99	2.7	99	99	0	529	42	10	6	41	1.65
24578442--24578504	19	3.3	19	68	0	63	41	9	3	46	1.52
24578539--24578573	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
24578584--24578719	30	4.5	30	66	15	91	46	4	15	33	1.66
24578584--24578794	91	2.3	91	99	0	413	46	4	15	33	1.67
24579019--24579111	27	3.4	27	89	2	118	16	32	21	30	1.95
24579152--24579216	28	2.4	27	86	2	85	47	1	13	36	1.53
24582340--24583448	228	4.9	227	85	1	1171	29	23	25	21	1.99
24582340--24583448	456	2.4	456	83	1	1335	29	23	25	21	1.99
24583937--24583972	11	3.3	11	84	0	54	50	0	5	44	1.25
24583931--24583972	22	2.0	22	90	4	68	54	0	4	40	1.21
24591577--24591667	23	4.0	23	88	2	130	21	19	25	32	1.97
24596109--24596155	23	2.0	24	91	4	78	29	17	23	29	1.97
24598727--24598755	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
24598843--24598933	23	4.0	23	88	2	130	21	19	25	32	1.97
24601589--24601642	5	11.4	5	77	18	62	55	0	0	44	0.99
24601589--24601637	19	2.5	20	90	6	82	55	0	0	44	0.99
24601588--24601642	24	2.3	23	84	9	76	54	0	0	45	0.99
24619306--24619367	30	2.1	30	93	0	106	40	11	3	45	1.56
24627171--24627235	32	2.1	32	94	2	114	47	10	10	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24643751--24643793	22	1.9	23	90	4	70	27	4	0	67	1.10
24651863--24652220	130	2.8	130	82	5	429	34	15	11	38	1.84
24653330--24653358	12	2.4	12	100	0	58	6	17	41	34	1.76
24654417--24654464	21	2.3	21	82	7	62	18	25	2	54	1.55
24656916--24656958	10	4.1	10	82	11	59	79	0	20	0	0.74
24656920--24656969	22	2.3	22	92	0	82	74	0	26	0	0.83
24657737--24657767	16	1.9	16	93	0	53	41	0	19	38	1.51
24662067--24662097	15	2.0	16	93	6	55	51	0	6	41	1.27
24662203--24662238	13	2.8	13	86	0	54	58	0	5	36	1.22
24663035--24663071	14	2.6	14	91	0	56	64	5	5	24	1.36
24663544--24663873	134	2.4	134	80	5	335	23	16	12	48	1.79
24668309--24668406	25	3.9	26	90	2	114	32	19	26	21	1.97
24668309--24668406	50	2.0	50	85	4	135	32	19	26	21	1.97
24668682--24668714	16	2.0	17	88	5	50	33	24	0	42	1.55
24679153--24679202	13	3.8	13	81	0	55	24	26	28	22	1.99
24679150--24679228	26	3.0	26	83	0	95	29	25	24	21	1.99
24698444--24698474	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
24698442--24698484	18	2.3	18	92	4	68	32	13	18	34	1.90
24698528--24698573	9	5.1	9	89	0	74	43	13	10	32	1.78
24698787--24698846	30	2.0	31	83	9	79	21	35	0	43	1.53
24698927--24698972	18	2.6	17	80	19	51	21	32	0	45	1.52
24704053--24704101	14	3.4	15	77	8	57	30	8	16	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24704070--24704136	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
24704115--24704202	33	2.7	32	75	15	90	26	9	19	45	1.80
24707362--24707934	114	5.0	114	87	2	767	24	22	26	26	2.00
24707362--24707921	229	2.5	228	86	3	786	24	22	26	26	2.00
24708149--24708214	21	3.1	21	70	10	62	18	1	37	42	1.59
24708191--24708248	15	3.8	15	75	11	55	20	0	39	39	1.53
24708146--24708234	15	6.1	15	70	17	62	19	1	41	38	1.59
24708472--24708765	109	2.7	109	99	0	579	31	15	13	39	1.86
24709332--24709382	26	1.9	27	92	4	86	45	19	23	11	1.83
24711211--24711235	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
24711955--24712203	85	2.8	85	84	4	282	18	18	28	34	1.95
24711955--24712200	43	5.6	42	81	7	267	18	18	28	34	1.95
24719070--24719534	114	4.1	115	72	9	342	33	15	20	30	1.94
24719166--24719552	114	3.4	113	73	10	367	33	15	20	30	1.94
24719063--24719552	227	2.1	227	86	3	689	34	15	20	29	1.94
24719469--24719608	74	1.9	75	85	4	194	32	17	21	29	1.96
24719334--24719723	188	2.1	188	92	0	636	32	15	21	30	1.94
24719469--24719627	74	2.1	75	81	4	187	35	16	20	27	1.94
24720150--24720182	7	4.7	7	92	0	57	15	0	51	33	1.43
24720143--24720182	21	1.9	21	94	0	71	17	0	47	35	1.48
24720154--24720193	14	3.1	13	85	10	55	17	0	50	32	1.47
24720292--24720374	7	11.9	7	79	5	60	21	2	45	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24720292--24720371	21	3.8	21	77	6	81	22	2	43	31	1.66
24720600--24720626	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
24720663--24720703	18	2.3	18	91	4	66	82	0	4	12	0.81
24721194--24721585	198	2.0	198	88	1	588	29	16	20	34	1.94
24722085--24722109	10	2.5	10	100	0	50	48	12	8	32	1.69
24722907--24722979	7	10.3	7	82	2	92	4	13	12	69	1.32
24722905--24722979	21	3.5	21	83	1	105	5	13	12	69	1.35
24723380--24723885	102	5.0	102	99	0	1003	39	6	5	49	1.51
24723968--24724019	13	4.0	13	92	0	77	46	9	1	42	1.47
24723987--24724122	53	2.6	53	85	0	200	38	11	5	45	1.62
24724267--24724464	9	22.8	9	70	11	126	44	21	3	31	1.67
24724298--24724437	25	5.4	25	75	6	111	45	19	3	31	1.67
24724371--24724475	25	4.2	25	76	11	106	45	19	2	32	1.65
24731511--24731548	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
24740311--24740359	23	2.2	22	85	10	64	44	0	18	36	1.50
24740315--24740362	21	2.3	19	77	19	51	47	0	16	35	1.47
24743041--24743082	17	2.4	18	80	11	52	23	2	7	66	1.28
24749107--24749175	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
24749107--24749175	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
24749391--24749445	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
24749411--24749445	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24750797--24750854	24	2.3	25	85	8	82	50	15	8	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24753624--24753683	21	2.9	21	82	9	86	70	1	0	28	0.97
24753651--24753696	21	2.1	21	84	4	56	73	0	6	19	1.04
24755241--24755493	24	11.0	23	67	16	87	34	6	3	54	1.45
24755539--24755583	23	2.0	23	90	0	72	31	6	4	57	1.44
24756614--24756719	52	2.0	52	98	0	203	29	14	7	49	1.70
24757431--24757455	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
24763972--24764005	17	2.0	17	94	0	59	14	0	50	35	1.44
24768423--24768510	44	2.0	44	97	0	167	40	18	21	19	1.91
24775222--24775266	17	2.6	17	96	3	81	20	44	20	15	1.87
24775957--24775990	15	2.3	15	90	10	52	82	2	2	11	0.89

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