genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24777443--24777491	22	2.2	22	82	10	55	40	2	18	38	1.62
24779490--24779591	27	3.8	27	82	10	111	23	26	14	35	1.94
24779513--24779592	26	3.0	26	83	1	106	26	23	13	36	1.92
24781115--24781173	30	2.0	30	93	0	100	25	18	10	45	1.81
24783933--24784002	28	2.5	28	75	6	72	22	27	14	35	1.93
24783983--24784034	27	1.9	27	84	7	70	34	17	15	32	1.91
24791759--24791798	21	1.9	21	85	10	55	37	5	0	57	1.21
24792156--24792202	21	2.2	21	85	7	60	53	21	6	19	1.67
24792710--24792753	19	2.3	19	92	0	70	50	2	13	34	1.55
24795336--24795377	21	2.0	21	100	0	84	38	9	9	42	1.70
24797443--24797633	36	5.0	36	83	12	256	37	14	20	28	1.91
24797409--24797722	82	3.9	81	79	16	353	35	14	21	28	1.93
24797443--24797679	118	2.0	118	94	0	420	36	14	20	28	1.92
24797597--24797722	46	2.8	46	93	3	213	32	16	23	26	1.96
24801416--24801492	38	2.0	38	92	0	127	32	18	6	42	1.75
24809215--24809290	23	3.4	23	85	3	93	32	21	21	25	1.97
24809490--24809578	36	2.4	38	81	9	96	32	22	1	43	1.61
24810516--24810571	17	3.5	16	76	14	53	41	3	1	53	1.29
24810528--24810565	14	2.4	17	87	12	55	50	0	2	47	1.15
24822046--24822121	37	2.0	37	87	2	107	18	23	22	35	1.96
24823578--24823622	23	2.0	23	90	0	72	46	0	2	51	1.13
24827734--24828692	478	2.0	478	98	0	1841	35	12	22	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24831067--24831203	68	2.0	68	97	0	256	41	23	11	23	1.87
24835440--24835493	28	1.9	28	100	0	108	37	11	7	44	1.68
24836862--24836934	27	2.7	27	82	4	94	19	32	23	24	1.97
24838878--24839038	62	2.6	62	82	0	205	29	27	21	22	1.99
24840567--24840774	45	4.7	44	76	6	179	31	20	15	33	1.93
24840815--24841484	95	7.1	95	87	2	891	30	18	16	35	1.93
24840879--24841442	51	11.8	50	70	13	391	30	17	16	35	1.93
24840831--24841398	44	12.1	44	68	12	265	29	18	16	35	1.93
24840671--24841522	190	4.5	185	79	9	749	29	19	16	34	1.94
24852363--24852403	7	5.9	7	97	0	64	78	0	7	14	0.96
24852362--24852409	14	3.4	14	88	2	69	77	0	6	16	0.97
24854770--24854849	39	2.1	39	100	0	160	31	5	25	38	1.77
24857326--24857375	21	2.4	22	83	6	59	14	8	20	58	1.61
24860475--24860511	19	1.9	19	94	0	65	37	21	5	35	1.77
24860727--24860900	62	2.8	62	80	3	172	28	21	22	27	1.99
24863926--24864156	74	3.1	77	85	5	301	53	11	8	26	1.64
24866465--24866494	16	1.9	15	93	6	51	53	6	0	40	1.27
24866496--24866797	103	2.9	99	77	13	324	52	15	0	31	1.50
24866782--24867012	72	3.2	72	95	1	403	54	13	1	30	1.47
24866782--24866961	34	5.1	34	67	14	103	53	15	1	29	1.51
24867030--24867153	60	2.1	60	96	0	230	54	12	0	33	1.37
24867029--24867120	27	3.2	27	64	16	67	54	15	0	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24867313--24867348	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
24869679--24869721	20	2.2	20	91	0	68	58	4	4	32	1.39
24875011--24875108	25	4.0	25	78	6	92	19	29	21	29	1.97
24876627--24876663	18	2.1	18	94	0	65	32	37	13	16	1.87
24876646--24876835	50	3.8	50	88	0	263	22	31	21	25	1.98
24878281--24878313	17	1.9	17	93	0	57	15	15	39	30	1.88
24878338--24878380	22	2.0	22	95	0	77	9	27	18	44	1.80
24884350--24884430	25	3.2	25	83	0	99	37	22	22	18	1.95
24884367--24884441	25	3.0	25	84	0	96	33	20	28	18	1.96
24900909--24901072	43	3.8	43	77	7	181	22	19	29	28	1.98
24906637--24906686	22	2.2	23	89	10	77	30	18	2	50	1.58
24907078--24907204	64	2.0	64	87	0	182	31	25	22	20	1.98
24910265--24910304	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
24912444--24912477	18	1.9	18	88	5	52	50	0	5	44	1.26
24913218--24913264	16	2.9	16	81	15	60	34	4	4	57	1.38
24915116--24915245	63	2.0	65	88	2	192	25	16	6	50	1.70
24931264--24931467	56	3.8	56	85	5	260	27	19	29	24	1.98
24931264--24931517	56	4.8	51	80	8	244	27	19	27	24	1.98
24939007--24939046	19	2.1	19	85	0	53	32	2	5	60	1.32
24940060--24940138	25	3.2	25	87	0	95	17	20	17	44	1.87
24940223--24940295	27	2.8	25	82	8	92	17	26	21	34	1.96
24940223--24940295	25	2.9	27	82	11	84	17	26	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24940221--24940345	24	5.1	23	70	16	83	18	27	20	34	1.95
24944831--24944877	16	2.9	16	75	9	51	57	2	0	40	1.11
24947221--24947320	17	5.8	18	69	17	61	38	3	5	54	1.38
24960176--24960227	24	2.2	24	85	0	68	17	19	21	42	1.89
24960712--24960818	40	2.6	42	92	2	166	62	0	2	34	1.10
24960720--24960818	14	7.2	14	67	20	50	62	0	3	34	1.11
24960773--24960835	28	2.2	30	86	10	89	69	0	1	28	0.97
24960773--24960835	29	2.2	28	86	8	83	69	0	1	28	0.97
24965927--24965967	17	2.4	18	84	12	59	26	4	0	68	1.10
24966043--24966085	15	2.7	16	78	7	52	32	6	0	60	1.23
24966071--24966137	23	2.8	23	78	10	64	34	7	0	58	1.26
24967224--24967282	21	2.8	21	78	2	64	15	5	6	72	1.23
24967226--24967283	11	5.5	10	78	8	53	13	5	6	74	1.20
24970595--24970651	21	2.7	21	83	2	60	19	5	3	71	1.19
24979912--24980683	44	16.8	44	66	14	204	29	20	20	30	1.97
24980003--24980113	41	2.7	41	95	2	197	29	17	21	31	1.96
24980118--24980818	143	4.9	143	85	1	858	28	20	19	30	1.98
24992893--24993013	43	2.8	42	79	10	120	28	28	21	21	1.99
24993488--24993538	21	2.4	21	86	0	66	5	47	13	33	1.67
24993423--24993591	87	1.9	87	85	2	232	14	28	16	39	1.88
24998846--24999237	9	45.4	9	65	19	115	36	2	17	43	1.63
24998876--24999082	25	8.2	25	75	9	102	36	2	16	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24998879--24999156	16	16.6	16	65	19	79	35	2	16	44	1.63
24998885--24999013	67	1.9	66	88	1	195	35	3	17	43	1.65
24999015--24999228	25	8.6	25	77	8	116	37	2	17	42	1.62
24999931--25000003	21	3.3	21	68	17	58	60	4	4	31	1.34
25000415--25000439	10	2.5	10	100	0	50	44	20	8	28	1.79
25000389--25000484	45	2.1	44	85	11	124	43	17	6	32	1.74
25000425--25000464	19	2.1	18	90	9	62	47	20	5	27	1.70
25002499--25002583	7	12.0	7	74	7	73	45	38	0	15	1.46
25002500--25002595	14	6.8	14	77	11	79	46	36	0	16	1.47
25002509--25002593	22	4.0	22	70	6	75	47	35	0	17	1.48
25002500--25002564	29	2.2	28	81	7	76	46	40	0	13	1.44
25003116--25003378	114	2.3	113	90	2	411	23	21	19	35	1.96
25008552--25008576	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
25013351--25013382	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
25019431--25019465	6	5.7	6	89	3	52	17	2	2	77	1.02
25019431--25019485	12	4.5	12	78	17	51	12	3	5	78	1.06
25019431--25019486	25	2.2	24	84	6	67	12	3	5	78	1.05
25019453--25019509	21	2.7	21	76	10	62	10	3	10	75	1.16
25019890--25019934	24	1.9	24	86	4	65	13	0	26	60	1.34
25023507--25023545	6	6.5	6	91	8	62	35	0	0	64	0.94
25023490--25023545	18	3.2	18	82	12	71	37	0	0	62	0.95
25023658--25023688	13	2.4	13	94	0	53	22	29	3	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25024244--25024311	21	3.2	21	79	4	82	47	5	11	35	1.65
25026404--25026442	19	2.1	19	85	9	53	46	7	15	30	1.74
25028459--25028490	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
25029497--25029572	29	2.6	29	89	2	107	43	0	38	18	1.50
25029503--25029587	29	2.9	29	84	3	100	42	0	38	18	1.51
25034774--25034803	15	2.0	15	93	0	51	30	33	16	20	1.94
25039061--25039109	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
25049333--25049392	15	3.8	15	75	12	57	36	0	6	56	1.26
25052248--25052316	36	1.9	35	88	2	102	8	40	10	40	1.70
25052251--25052331	36	2.2	36	80	0	90	11	37	9	41	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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