genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21763087--21763120	16	2.0	18	88	11	54	38	2	0	58	1.13
21790443--21790482	16	2.4	18	88	12	59	80	0	2	17	0.83
21791634--21791681	20	2.5	19	76	6	51	16	14	6	62	1.51
21793009--21793046	13	2.9	13	92	0	67	39	26	10	23	1.87
21797186--21797273	40	2.2	40	86	6	117	54	5	3	36	1.41
21798546--21798592	18	2.8	16	78	12	58	19	21	10	48	1.78
21800513--21800567	27	2.0	27	82	3	65	63	1	1	32	1.15
21815097--21815140	21	2.1	21	86	0	61	59	0	9	31	1.29
21820439--21820517	25	3.2	25	78	7	79	22	24	21	31	1.98
21820457--21820528	25	2.9	25	79	8	74	23	23	20	31	1.98
21820472--21820543	25	2.9	25	77	8	74	26	23	19	30	1.98
21821157--21821962	2	403.0	2	100	0	1612	0	0	50	50	1.00
21824098--21824129	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
21826985--21827022	19	2.0	19	100	0	76	26	31	5	36	1.79
21830394--21830443	25	2.0	25	96	0	91	12	18	8	62	1.53
21830701--21830747	16	3.0	16	78	3	51	44	6	8	40	1.60
21844571--21844637	32	2.1	32	94	0	116	28	14	29	26	1.96
21846547--21846634	31	2.8	31	78	10	81	29	29	17	23	1.97
21848270--21848324	27	2.0	27	100	0	110	49	21	3	25	1.66
21848713--21848809	19	5.1	18	74	12	86	29	26	25	17	1.97
21848713--21848809	39	2.5	38	86	8	126	29	26	25	17	1.97
21853335--21853397	13	4.8	13	76	7	65	34	3	22	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21853335--21853397	26	2.4	25	82	7	81	34	3	22	39	1.70
21855615--21855650	17	2.2	17	90	5	56	58	0	0	41	0.98
21855634--21855677	14	3.1	14	80	9	54	50	0	0	50	1.00
21866910--21867038	64	2.0	65	89	1	197	31	18	13	36	1.90
21867349--21867446	45	2.2	45	81	3	108	32	17	22	27	1.96
21867103--21867491	176	2.2	176	90	1	609	29	19	22	29	1.98
21867260--21868188	244	3.8	245	71	17	825	28	19	23	28	1.98
21867494--21867913	176	2.4	178	89	2	677	29	19	22	28	1.98
21867103--21867976	420	2.1	420	89	1	1315	29	19	22	28	1.98
21867847--21868043	67	2.9	67	92	0	331	27	20	24	26	1.99
21869677--21869728	14	3.4	14	75	17	50	26	0	7	65	1.20
21869680--21869728	16	3.1	16	80	14	57	28	0	6	65	1.16
21869689--21869722	15	2.3	14	90	10	50	26	0	2	70	1.01
21869863--21869928	25	2.5	25	82	7	69	27	12	7	53	1.65
21870038--21870062	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
21875645--21875767	40	3.1	40	76	6	133	17	16	8	58	1.61
21875653--21875829	81	2.2	79	79	10	189	19	16	7	56	1.63
21875649--21876225	20	29.0	20	65	20	112	19	17	7	55	1.65
21875791--21875946	84	1.9	84	81	5	192	20	18	6	54	1.65
21875976--21876072	19	5.1	19	71	16	58	21	15	6	56	1.61
21876064--21876128	19	3.4	19	77	12	69	13	18	10	56	1.65
21875662--21876257	40	15.0	39	68	12	204	19	17	7	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21876086--21876232	76	1.9	75	93	1	249	18	19	8	53	1.70
21876414--21876458	20	2.2	21	88	4	65	13	15	6	64	1.47
21889708--21889770	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
21899427--21899482	18	3.3	18	70	14	64	39	0	3	57	1.16
21899425--21899490	33	2.0	33	100	0	132	39	0	3	57	1.14
21909338--21909834	46	10.8	46	94	2	845	26	29	22	20	1.98
21919217--21919345	3	42.3	3	73	14	95	62	1	5	31	1.27
21919451--21919526	29	2.6	30	82	12	79	63	0	6	30	1.20
21919473--21919526	14	3.6	16	79	18	55	62	0	7	29	1.22
21919463--21919524	23	2.6	24	80	12	65	62	0	6	30	1.20
21919473--21919542	15	4.7	15	77	18	67	64	0	7	28	1.20
21919476--21919594	29	4.1	29	71	21	88	63	3	7	26	1.37
21923728--21923951	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
21923870--21924021	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
21929370--21929482	37	3.1	37	97	0	208	23	21	16	38	1.93
21929446--21929714	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
21929489--21929708	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
21929446--21929714	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
21932837--21932982	49	3.0	49	90	1	229	32	29	13	23	1.93
21934253--21934344	37	2.5	37	98	0	175	26	18	18	36	1.94
21934325--21934789	52	8.9	52	73	17	394	28	22	14	34	1.93
21934347--21934485	46	2.9	48	76	14	142	28	23	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21934307--21934485	98	1.8	98	91	0	295	27	22	13	36	1.92
21934470--21934502	17	1.9	17	93	0	57	21	21	18	39	1.93
21934324--21934652	167	2.0	167	98	0	631	28	21	14	35	1.93
21934418--21934554	69	2.0	69	91	0	220	27	21	14	36	1.93
21934372--21934585	121	1.8	115	89	6	338	28	21	14	35	1.93
21934372--21934600	115	2.0	111	86	10	318	27	21	15	34	1.94
21934525--21934795	46	5.7	46	81	10	328	28	22	14	34	1.93
21934487--21934795	98	3.2	98	95	0	537	28	22	14	34	1.94
21937920--21938110	49	3.9	49	90	3	278	31	30	13	23	1.93
21937920--21938110	96	2.0	99	88	3	289	31	30	13	23	1.93
21940362--21940403	22	1.9	22	100	0	84	57	19	11	11	1.65
21940363--21940429	22	3.1	22	83	10	77	58	20	10	10	1.61
21940387--21940429	20	2.1	21	86	4	61	60	23	9	6	1.51
21941718--21941799	41	2.0	41	100	0	164	48	12	9	29	1.72
21948075--21948114	19	2.2	18	86	4	53	55	0	5	40	1.22
21948039--21948232	95	2.0	97	82	9	240	44	3	2	49	1.31
21950580--21950618	4	9.8	4	100	0	78	48	25	0	25	1.51
21952399--21952437	4	9.8	4	100	0	78	48	25	0	25	1.51
21953078--21953109	15	2.1	16	88	11	50	68	0	0	31	0.90
21954177--21954211	6	5.8	6	93	0	61	48	31	2	17	1.61
21958206--21958239	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
21958204--21958334	41	3.2	41	84	7	185	38	2	0	58	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21958223--21958324	11	9.9	11	71	21	69	42	1	0	55	1.11
21958311--21958370	21	2.8	22	85	10	79	43	1	1	53	1.20
21960439--21960503	34	1.9	33	84	9	87	33	6	12	47	1.66
21961362--21961395	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
21961360--21961486	41	3.1	41	82	8	161	40	1	0	58	1.08
21961379--21961538	11	15.4	11	69	20	85	41	1	0	56	1.10
21961429--21961508	30	2.7	30	86	7	110	50	1	0	48	1.08
21961443--21961476	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
21961472--21961507	18	2.0	18	100	0	72	50	0	0	50	1.00
21961444--21961503	17	3.8	17	70	20	58	50	0	0	50	1.00
21962964--21962997	12	3.1	11	88	12	52	44	2	0	52	1.16
21964007--21964095	36	2.5	36	78	5	92	67	7	2	22	1.28
21964046--21964115	22	3.2	22	83	0	86	68	5	7	18	1.33
21964046--21964121	11	7.1	11	79	4	75	68	6	6	18	1.34
21970343--21970372	14	2.1	14	93	0	51	43	3	13	40	1.60
21972010--21972051	21	2.0	21	85	0	57	42	11	19	26	1.85
21972880--21972944	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
21973504--21973571	31	2.2	31	83	0	82	41	5	16	36	1.72
21973782--21973826	25	1.9	24	86	13	67	60	2	2	35	1.22
21985289--21985330	21	2.0	21	90	0	66	45	11	16	26	1.82
21985811--21985858	9	5.3	9	82	0	60	33	2	12	52	1.51
21987067--21987134	31	2.2	31	83	0	82	41	5	16	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21992976--21993000	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22000718--22000777	26	2.3	26	88	2	86	61	1	0	36	1.06
22001728--22001759	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
22007801--22007844	3	14.7	3	80	0	52	29	0	34	36	1.58
22008411--22008435	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
22008423--22008811	183	2.1	183	95	0	688	24	16	14	44	1.85
22009880--22009918	4	9.8	4	94	0	69	48	28	0	23	1.51
22016886--22016924	12	3.2	12	85	0	51	41	5	2	51	1.38
22026092--22026130	19	2.1	19	100	0	78	38	20	15	25	1.92
22036005--22036048	20	2.2	20	83	0	52	45	20	6	27	1.76

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