genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15978781--15978906	10	13.2	10	76	12	106	65	0	1	32	1.08
15978808--15978897	19	4.8	18	75	16	76	68	1	2	27	1.08
15978781--15978884	48	2.1	48	87	5	147	63	0	0	34	1.07
15978781--15978899	38	3.1	39	78	8	118	64	0	1	32	1.09
15978770--15978953	57	3.3	55	78	15	171	63	2	3	31	1.23
15978805--15978915	38	3.0	37	76	13	111	65	0	1	31	1.09
15979531--15979590	30	2.0	30	83	6	77	36	6	26	30	1.82
15980011--15980142	47	2.8	48	79	13	166	23	18	27	30	1.98
15981454--15981543	43	2.1	43	91	0	144	24	31	17	26	1.97
15981771--15981817	24	2.0	24	95	0	85	51	19	4	25	1.65
15983590--15983621	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
15986145--15986925	47	16.6	47	100	0	1562	25	19	27	27	1.99
15994432--15994554	47	2.6	47	100	0	246	23	20	27	28	1.99
15997960--15998113	7	21.4	7	69	16	57	45	33	0	20	1.56
15997960--15998113	72	2.2	73	80	7	172	45	33	0	20	1.56
15998006--15998055	22	2.3	21	77	16	57	50	30	0	20	1.49
15997966--15998113	14	10.4	14	70	14	79	45	32	0	21	1.57
15998270--15998582	41	7.6	41	92	0	493	26	30	21	22	1.99
15998554--15998646	41	2.3	41	94	0	159	20	22	24	32	1.98
16000053--16000119	30	2.2	30	100	0	134	32	5	5	55	1.49
16006903--16007081	50	3.6	50	79	5	159	33	13	12	40	1.83
16010557--16010593	13	2.8	13	100	0	74	32	5	37	24	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16010924--16011093	46	3.7	44	75	13	137	28	20	28	22	1.98
16016964--16017018	27	2.0	27	100	0	110	23	7	32	36	1.82
16018719--16018841	46	2.7	44	81	7	131	26	21	30	21	1.98
16021790--16021939	75	2.0	75	98	0	291	31	16	15	37	1.89
16027732--16027783	23	2.3	23	83	9	63	21	11	3	63	1.43
16034164--16034222	28	2.1	28	84	6	75	40	3	0	55	1.16
16035310--16035504	98	2.0	96	91	5	313	28	7	16	46	1.75
16037665--16038426	1	762.0	1	99	0	1515	0	0	0	99	0.01
16075305--16075344	10	3.9	11	81	15	50	32	30	10	27	1.89
16076798--16076849	14	3.6	15	79	7	63	1	17	3	76	1.02
16076804--16076918	6	18.5	6	71	9	79	4	18	5	72	1.21
16076856--16076977	12	10.6	12	69	15	51	7	18	4	69	1.30
16076812--16076964	12	12.7	12	71	15	84	5	18	4	70	1.25
16076893--16076986	46	2.0	46	97	0	179	8	18	4	69	1.31
16077984--16078060	28	2.8	25	75	21	66	7	12	6	72	1.26
16083554--16083601	24	2.0	24	95	4	80	25	37	8	27	1.84
16085114--16085226	49	2.3	50	80	7	133	26	16	31	24	1.96
16097317--16097523	100	2.1	101	97	1	398	29	13	28	28	1.94
16097418--16097856	228	1.9	227	99	0	860	28	16	29	25	1.97
16099855--16099937	30	2.7	30	80	9	80	13	20	1	65	1.34
16099999--16100055	5	11.0	5	78	17	55	3	17	3	75	1.09
16099997--16100066	16	4.4	16	74	13	56	2	18	4	74	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16102679--16102775	30	3.2	29	71	8	79	30	14	24	29	1.95
16102838--16102928	46	2.0	46	95	0	164	25	19	38	16	1.92
16106981--16107058	21	3.4	23	74	8	70	26	2	30	39	1.70
16107017--16107083	21	3.1	21	82	4	80	29	2	32	34	1.73
16111332--16111387	17	3.2	17	74	18	51	8	12	3	75	1.17
16113603--16113636	12	2.8	12	95	4	59	11	8	0	79	0.94
16119549--16119604	27	2.2	25	83	6	67	10	32	1	55	1.45
16125209--16125309	52	1.9	52	95	0	184	26	18	21	32	1.97
16131455--16131579	27	4.6	27	91	3	187	26	14	28	30	1.95
16131455--16131579	55	2.3	55	90	0	196	26	14	28	30	1.95
16145768--16145951	70	2.7	69	85	2	244	34	22	16	26	1.95
16145985--16146160	58	3.1	56	78	8	176	38	18	13	29	1.89
16147815--16147846	16	2.0	16	93	0	55	40	6	9	43	1.62
16148068--16148314	51	4.9	49	78	8	230	25	16	27	31	1.96
16148065--16148314	102	2.5	100	80	7	290	25	16	27	31	1.96
16148532--16148563	16	2.0	16	100	0	64	62	0	12	25	1.30
16154926--16154950	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
16155490--16155526	19	1.9	19	88	0	56	64	2	0	32	1.07
16163180--16163217	15	2.5	16	83	12	53	52	2	0	44	1.14
16163368--16163458	7	12.9	7	92	2	155	54	0	15	29	1.41
16163359--16163501	14	10.1	14	84	4	81	45	0	24	29	1.58
16163454--16163501	7	6.9	7	83	9	62	31	2	35	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16163813--16163943	10	13.7	9	68	18	61	29	1	2	66	1.13
16163814--16163882	19	3.7	19	72	14	63	27	1	1	69	1.05
16163811--16163896	29	3.0	27	75	11	82	26	1	2	69	1.07
16163813--16163944	48	2.7	48	76	10	135	30	1	2	65	1.13
16165042--16165094	16	3.3	16	81	5	63	60	13	5	20	1.53
16174690--16175246	166	3.4	165	86	2	740	31	22	20	25	1.98
16175605--16175650	23	2.0	24	87	8	69	23	8	28	39	1.84
16175802--16175861	22	2.8	22	78	12	70	18	6	43	31	1.76
16175973--16176035	28	2.2	28	80	5	74	28	3	25	42	1.70
16175973--16176067	14	6.9	14	72	13	54	25	2	27	45	1.65
16176102--16176154	21	2.5	21	72	6	54	26	0	20	52	1.46
16176543--16176794	83	3.1	83	77	9	248	28	15	21	34	1.94
16178570--16178715	19	7.2	20	74	15	95	44	2	2	50	1.27
16178727--16178872	12	12.2	12	73	19	69	48	14	0	36	1.44
16178802--16178838	12	3.1	12	100	0	74	51	8	0	40	1.32
16178858--16179149	9	34.7	9	71	14	169	46	20	1	31	1.61
16178886--16179053	16	10.6	16	65	17	55	45	21	1	31	1.59
16178851--16179095	59	4.3	58	76	10	215	46	20	2	31	1.62
16178835--16178977	25	5.8	25	74	11	109	43	20	2	33	1.64
16178964--16179120	25	6.3	25	82	2	172	47	19	1	31	1.58
16178941--16179120	50	3.6	50	79	5	186	47	20	1	31	1.58
16184619--16184660	21	2.0	21	95	0	75	30	14	45	9	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16184568--16184744	87	2.0	87	87	0	255	39	14	31	14	1.86
16185134--16185363	43	5.3	43	83	6	261	26	19	26	26	1.99
16185120--16185363	86	2.8	86	82	5	296	28	19	25	26	1.99
16185672--16185708	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
16185922--16185981	30	2.0	31	86	3	86	20	36	0	43	1.52
16188527--16188575	6	8.2	6	93	0	71	18	12	18	51	1.76
16189065--16189101	15	2.5	15	86	4	58	67	2	2	27	1.17
16192136--16192223	42	2.1	43	85	6	117	28	19	25	27	1.99
16192170--16192353	43	4.3	43	81	6	189	28	28	17	25	1.98
16192722--16192863	66	2.2	66	87	5	198	14	27	17	40	1.89
16192756--16192886	66	2.0	66	87	3	192	15	25	18	41	1.89
16209038--16209339	9	35.9	9	71	13	214	31	1	20	46	1.61
16209041--16209339	25	11.9	26	73	13	175	31	1	20	46	1.61
16209043--16209325	16	17.0	16	72	12	134	31	1	20	46	1.59
16209043--16209342	118	2.6	118	95	1	534	31	1	20	46	1.61
16209043--16209221	34	4.9	34	72	16	115	30	1	20	47	1.60
16209627--16209730	9	11.8	9	73	15	92	29	1	21	47	1.62
16209632--16209681	16	3.0	16	85	5	64	30	0	20	50	1.49
16209685--16209723	20	2.0	19	95	5	69	30	0	15	53	1.42
16209777--16210095	121	2.6	121	96	0	593	45	6	8	39	1.61
16210115--16210974	17	50.1	17	66	22	211	41	1	11	45	1.48
16210250--16210340	13	6.9	13	67	20	64	42	0	9	47	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16210403--16210493	13	6.9	13	67	20	64	42	0	9	47	1.37
16210556--16210646	13	6.9	13	67	20	64	42	0	9	47	1.37
16210709--16210799	13	6.9	13	67	20	64	42	0	9	47	1.37
16210862--16210952	13	6.9	13	67	20	64	42	0	9	47	1.37
16211015--16211066	13	3.9	13	76	14	61	44	0	7	48	1.31
16210119--16211082	153	6.3	153	99	0	1910	41	1	11	45	1.48
16211094--16211133	21	1.9	21	84	0	53	37	17	5	40	1.72
16212261--16212292	12	2.7	12	95	0	55	68	15	9	6	1.36
16213267--16214160	448	2.0	450	91	0	1432	34	18	15	31	1.92
16214474--16214511	7	5.4	7	87	0	58	31	47	2	18	1.62

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