genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23866633--23866681	25	2.0	25	92	8	82	26	26	14	32	1.94
23876977--23877001	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
23879444--23879473	15	2.0	15	93	0	51	33	20	3	43	1.68
23885448--23885487	18	2.2	18	86	0	53	25	7	52	15	1.68
23888702--23888775	25	3.0	25	69	9	71	56	4	13	25	1.55
23891680--23891731	25	2.0	26	89	10	81	23	21	9	46	1.80
23891680--23891731	26	2.0	25	92	3	86	23	21	9	46	1.80
23894334--23894368	18	1.9	18	88	0	52	65	0	0	34	0.93
23894492--23894555	3	21.3	3	78	0	65	57	3	1	37	1.24
23902290--23902337	24	2.0	23	92	4	78	31	20	25	20	1.97
23904272--23904320	25	2.0	25	83	0	62	34	4	10	51	1.55
23907991--23908082	39	2.3	40	85	7	116	39	2	5	53	1.36
23912457--23912481	12	2.1	12	100	0	50	20	8	0	72	1.10
23916645--23916706	6	10.7	6	83	11	58	70	8	6	14	1.30
23919047--23919426	128	3.0	128	91	1	584	30	19	20	29	1.97
23919149--23919352	43	4.8	42	75	9	173	29	19	21	28	1.98
23919067--23919395	44	7.7	44	71	11	227	31	18	20	29	1.96
23919423--23919543	44	2.7	46	73	10	149	33	19	18	28	1.96
23919058--23919475	128	3.3	126	88	4	395	30	19	20	29	1.97
23919618--23919802	44	4.2	44	66	13	119	29	18	22	29	1.97
23919572--23919874	132	2.3	132	95	0	552	30	19	22	28	1.98
23920225--23920249	12	2.1	12	100	0	50	20	8	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23934531--23934561	14	2.1	15	94	5	55	61	6	0	32	1.21
23938837--23938996	84	1.9	83	83	7	207	38	7	15	38	1.76
23940153--23940195	18	2.4	18	80	0	50	32	32	6	27	1.84
23941850--23942103	138	1.9	135	81	4	312	24	29	14	31	1.94
23942991--23943023	17	2.0	17	88	5	50	27	0	3	69	1.03
23943957--23943991	7	5.0	7	92	0	61	28	31	0	40	1.57
23952550--23952633	42	2.0	41	86	2	114	40	20	19	19	1.91
23954531--23954576	19	2.4	19	85	7	58	23	4	0	71	1.03
23954535--23954577	18	2.3	18	81	14	52	25	4	0	69	1.07
23954801--23954826	7	3.7	7	100	0	52	76	11	0	11	1.01
23959061--23959124	13	5.0	13	79	12	71	45	10	20	23	1.82
23959043--23959127	12	7.0	11	75	18	64	43	10	18	27	1.83
23961488--23961533	24	1.9	24	82	8	58	43	23	13	19	1.86
23974112--23974146	17	2.2	15	90	10	52	57	14	0	28	1.38
23979406--23979432	13	2.1	13	100	0	54	40	0	14	44	1.46
23980696--23980749	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
23980685--23980756	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
23980696--23980772	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
23980877--23980993	58	2.0	58	94	0	207	56	5	23	14	1.58
23981836--23981932	48	2.0	48	95	0	176	30	16	24	27	1.96
23986886--23987433	89	6.2	88	73	8	371	28	16	25	28	1.97
23986886--23987438	44	12.5	44	75	7	368	28	17	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23987412--23987554	44	3.2	45	63	7	112	30	27	23	18	1.98
23986886--23987440	133	4.2	133	91	0	896	28	17	25	28	1.97
23988461--23988607	41	3.6	41	95	0	249	32	25	21	21	1.98
23996395--23996500	41	2.6	41	93	0	176	32	25	21	20	1.98
23998409--23998509	44	2.3	44	83	6	125	31	11	28	27	1.92
23998760--23998949	101	1.9	101	83	2	247	27	22	23	26	1.99
23999545--23999596	19	2.7	19	93	0	95	36	9	15	38	1.80
23999545--23999621	38	1.9	40	87	10	113	37	7	15	38	1.77
23999726--23999846	60	2.0	60	96	0	224	55	4	23	16	1.60
24016033--24016167	66	2.0	66	80	8	150	19	27	20	32	1.97
24018139--24018267	65	2.0	66	84	1	170	37	13	17	31	1.89
24020276--24020321	22	2.1	21	84	11	58	36	2	4	56	1.31
24021194--24021225	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
24024469--24024743	111	2.5	111	82	6	306	27	34	16	22	1.95
24032387--24032417	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
24037132--24037194	25	2.6	25	78	9	67	31	20	28	19	1.97
24037246--24037304	26	2.3	26	82	2	75	37	22	23	16	1.94
24037260--24037313	26	2.1	26	86	6	74	35	22	25	16	1.95
24041771--24041870	28	3.6	28	91	0	155	31	11	27	31	1.91
24048173--24048270	40	2.5	40	83	1	108	33	23	21	21	1.97
24048349--24048563	41	5.3	41	82	3	229	26	18	23	31	1.97
24048349--24048563	81	2.6	80	79	10	231	26	18	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24048543--24048652	40	2.8	40	76	5	105	30	16	20	31	1.95
24049123--24049815	275	2.4	289	83	8	862	29	2	24	43	1.66
24049586--24049637	14	3.6	14	74	5	50	26	0	30	42	1.56
24054288--24054511	43	5.3	43	83	3	213	28	16	28	27	1.97
24054318--24054503	85	2.2	86	82	2	214	28	17	28	25	1.98
24054829--24054895	34	1.9	35	87	3	100	32	10	13	43	1.78
24054845--24054883	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
24056240--24056309	27	2.6	27	80	8	79	50	21	2	25	1.63
24060572--24060602	6	5.2	6	92	0	53	70	16	12	0	1.16
24064191--24064253	30	2.1	30	93	0	108	19	6	12	61	1.51
24070623--24070686	31	2.1	31	100	0	128	20	21	21	35	1.96
24070798--24070861	32	2.0	32	93	6	112	35	14	9	40	1.78
24076096--24076314	42	5.2	42	77	2	199	39	18	17	24	1.92
24078759--24078915	43	3.7	43	73	10	144	29	26	18	25	1.98
24082094--24082203	55	2.0	55	96	0	202	40	9	20	30	1.83
24085201--24085342	71	2.0	71	97	2	268	53	2	7	36	1.43
24097943--24098006	25	2.6	25	89	0	92	46	4	3	45	1.39
24097960--24098009	25	2.0	25	100	0	100	44	4	0	52	1.20
24109395--24109420	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
24113333--24113392	31	1.9	31	83	6	77	48	10	8	33	1.67
24123765--24124118	185	1.9	184	87	2	514	24	29	14	31	1.94
24126259--24126634	125	3.0	126	85	4	539	30	15	21	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24129784--24129939	70	2.2	70	94	0	267	47	10	0	41	1.43
24129837--24130114	45	6.0	45	74	14	267	46	11	0	41	1.46
24129812--24130104	95	3.1	95	96	1	525	46	11	0	41	1.45
24129825--24130059	25	9.8	25	74	15	210	43	11	0	43	1.47
24130535--24130572	18	2.1	18	90	0	58	39	7	26	26	1.83
24132476--24132552	11	6.9	11	72	21	63	45	1	27	25	1.61
24132476--24132551	22	3.4	23	82	8	77	44	1	27	26	1.62
24136641--24136713	30	2.7	25	74	22	67	56	0	2	41	1.14
24137467--24137499	3	11.3	3	87	6	50	66	3	30	0	1.06
24139867--24139914	18	2.7	17	77	6	51	62	8	2	27	1.35
24142983--24143065	43	1.9	43	90	0	130	22	26	2	48	1.63
24146494--24146520	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
24148765--24148795	15	2.1	15	93	0	53	45	9	9	35	1.70
24156880--24156911	14	2.3	14	100	0	64	53	0	21	25	1.46
24157586--24157672	42	2.1	42	100	0	174	40	9	31	19	1.83
24162360--24162401	21	2.0	21	90	9	68	40	0	19	40	1.51
24162821--24162895	26	2.9	26	84	4	98	16	22	24	37	1.93
24166234--24166264	16	1.9	16	93	0	53	29	16	19	35	1.93
24170438--24170523	45	1.9	45	92	0	145	17	11	24	46	1.81
24172276--24172321	22	2.1	21	84	11	58	45	21	2	30	1.64
24172502--24172561	22	2.7	22	84	5	77	35	18	11	35	1.87
24183558--24183615	7	8.0	7	77	7	62	6	0	39	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24183556--24183599	21	2.0	22	91	4	72	6	0	40	52	1.28
24183714--24183958	97	2.5	96	84	4	307	41	2	17	39	1.62
24183970--24184309	126	2.8	123	86	7	451	33	17	20	28	1.95
24188998--24189065	11	6.3	10	82	14	66	42	0	30	26	1.56
24188996--24189058	33	1.9	33	87	12	94	41	0	30	28	1.56
24192014--24192096	40	2.1	40	93	0	139	33	24	16	25	1.96
24191062--24193048	992	2.0	992	93	0	3359	28	20	19	31	1.97
24198215--24198454	115	2.1	115	96	0	444	41	13	13	31	1.84
24199864--24199955	19	4.8	19	94	0	166	38	16	8	36	1.79
24199841--24199955	38	2.9	38	93	5	185	39	16	7	36	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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