genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19046450--19046514	30	2.2	30	83	5	78	50	1	7	40	1.40
19046900--19046924	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
19047020--19047086	29	2.4	27	78	7	73	55	0	8	35	1.32
19047115--19047173	3	19.7	3	96	0	109	67	1	0	30	1.00
19048273--19048343	20	3.5	21	69	16	69	9	4	43	42	1.57
19048368--19048417	20	2.5	20	100	0	100	34	18	26	22	1.96
19048959--19049096	44	3.1	44	72	8	154	28	26	22	22	1.99
19048972--19049109	43	3.2	43	71	8	143	26	26	21	25	2.00
19048915--19049146	88	2.6	88	89	2	358	26	24	23	25	2.00
19050076--19050191	42	2.7	42	85	1	151	29	28	12	30	1.92
19050274--19050322	6	7.8	6	78	17	55	0	18	0	81	0.69
19050273--19050319	13	3.7	13	88	2	69	0	19	0	80	0.70
19050272--19050322	19	2.7	19	83	16	70	0	17	0	82	0.67
19053812--19053850	20	2.0	20	85	10	53	33	41	10	15	1.81
19054994--19055071	24	3.2	24	80	3	77	26	2	12	57	1.48
19056682--19056752	20	3.5	21	69	16	69	9	4	43	42	1.57
19057185--19057800	306	2.0	306	100	0	1232	31	21	17	29	1.96
19062762--19062818	9	6.3	9	74	8	53	40	21	8	29	1.83
19062762--19062818	18	3.2	18	80	9	71	40	21	8	29	1.83
19066645--19066716	18	4.0	18	90	0	117	26	22	18	33	1.96
19066642--19066715	36	2.1	36	94	0	130	27	20	17	35	1.95
19071767--19071818	26	2.0	27	84	3	70	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19073840--19073878	15	2.3	18	87	12	57	64	7	7	20	1.45
19074831--19074882	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
19076802--19076853	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
19078274--19078332	21	2.9	21	75	12	68	55	0	10	33	1.33
19080117--19080145	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
19080073--19080164	47	2.0	46	80	8	105	67	5	4	22	1.30
19081693--19081827	46	3.0	46	96	1	245	5	11	39	43	1.65
19082361--19082883	44	12.2	43	70	9	182	26	22	19	31	1.98
19082349--19082510	87	1.9	87	84	2	218	25	23	20	30	1.99
19082448--19082773	87	3.8	87	72	12	296	27	21	20	30	1.98
19082579--19082855	83	3.3	83	71	14	278	27	20	19	31	1.97
19082482--19082857	170	2.2	170	96	0	698	27	21	19	31	1.98
19084000--19084046	21	2.2	21	84	0	58	27	38	8	25	1.85
19085040--19085069	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
19087689--19087737	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
19089590--19089618	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
19089546--19089637	47	2.0	46	80	8	105	67	5	4	22	1.30
19095539--19095651	56	2.0	56	91	3	183	37	23	6	32	1.80
19096798--19096839	18	2.5	16	88	7	57	42	0	4	52	1.22
19097129--19097167	16	2.4	16	87	8	53	15	2	2	79	0.95
19109927--19109986	17	3.4	17	75	13	59	36	1	1	60	1.17
19112246--19112283	18	2.1	18	90	5	58	73	2	0	23	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19112782--19112821	16	2.5	16	91	0	62	42	0	15	42	1.46
19112814--19112854	21	2.0	20	95	4	73	63	9	2	24	1.37
19112870--19112935	3	21.0	3	86	6	87	62	1	3	33	1.20
19113656--19113698	4	10.8	4	79	0	50	69	2	2	25	1.12
19116243--19116282	20	2.0	20	85	14	55	60	0	2	37	1.11
19128468--19128558	36	2.5	36	81	0	101	43	24	12	19	1.85
19131575--19131642	34	2.0	34	100	0	136	41	8	11	38	1.73
19137368--19137434	18	3.8	17	76	5	62	19	23	26	29	1.98
19143600--19143646	18	2.5	18	80	13	51	17	6	6	70	1.30
19143825--19144115	109	2.7	108	89	3	415	29	16	18	35	1.93
19148817--19148861	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
19150168--19150299	45	2.9	45	82	4	158	45	13	18	21	1.84
19151127--19151151	12	2.1	12	100	0	50	0	40	0	60	0.97
19151550--19151620	3	23.7	3	85	0	97	32	2	2	61	1.24
19151832--19151882	24	2.1	24	92	0	84	41	0	5	52	1.25
19152953--19153170	67	3.2	67	86	3	303	36	19	22	22	1.95
19155376--19155431	20	2.7	22	81	10	64	39	17	17	25	1.92
19169481--19169540	31	2.0	30	83	9	77	58	0	0	41	0.98
19173131--19173223	46	2.0	46	93	0	159	36	10	23	29	1.89
19180928--19181009	42	2.0	42	92	0	137	48	8	12	30	1.70
19188070--19188109	21	2.0	20	85	14	55	62	5	0	32	1.17
19197070--19197131	29	2.1	30	90	3	99	41	24	20	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19198270--19198342	36	2.0	36	97	0	137	46	8	9	35	1.66
19199349--19199387	19	2.0	20	85	14	55	76	0	10	12	1.01
19200185--19200549	44	8.4	44	69	10	250	27	21	20	31	1.98
19200175--19200345	85	2.0	85	91	0	279	28	19	23	28	1.98
19200230--19200516	129	2.2	131	85	1	366	27	20	20	31	1.98
19200398--19200562	89	1.9	89	87	2	242	28	20	18	33	1.96
19200924--19201067	45	3.2	45	74	16	131	27	25	17	29	1.97
19200902--19201086	88	2.1	88	85	4	248	26	24	20	28	1.99
19201213--19201272	22	2.7	22	78	2	66	38	5	18	38	1.73
19203212--19203249	18	2.1	18	95	0	67	57	7	15	18	1.62
19205123--19205169	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
19205611--19205644	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
19208734--19208758	9	2.8	9	100	0	50	92	8	0	0	0.40
19208854--19208997	36	3.9	36	79	12	166	68	0	31	0	0.95
19208871--19209012	42	3.5	42	81	11	188	69	0	30	0	0.94
19208913--19209019	23	4.5	24	72	14	69	69	0	30	0	0.89
19208947--19209026	31	2.6	31	77	14	78	71	0	28	0	0.87
19208871--19209017	41	3.6	41	80	14	151	69	0	29	0	0.94
19208867--19209026	78	2.1	78	89	4	243	70	0	28	0	0.92
19209553--19209582	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
19209905--19210446	162	3.4	157	70	12	449	50	7	11	30	1.65
19209871--19210542	319	2.1	324	92	2	1124	50	8	11	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19210513--19210566	24	2.2	24	93	0	90	50	12	0	37	1.41
19210065--19210554	160	3.1	156	69	18	452	50	8	11	30	1.67
19214737--19214888	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
19214805--19215073	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
19214848--19215067	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
19214805--19215073	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
19218100--19218144	18	2.5	18	85	0	63	17	46	6	28	1.73
19218871--19218923	26	2.0	26	96	0	97	41	7	11	39	1.69
19219055--19219083	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
19219314--19219387	27	2.7	27	87	8	98	14	29	29	25	1.95
19219447--19219509	24	2.5	25	84	10	83	49	0	6	44	1.28
19227084--19227131	23	2.1	23	84	7	62	45	2	0	52	1.12
19232942--19233202	130	2.0	130	93	0	450	28	23	14	33	1.94
19233460--19233513	27	2.0	27	96	0	99	38	18	27	14	1.90
19249550--19249588	11	3.5	11	79	6	51	53	0	0	46	1.00
19249555--19249618	25	2.7	23	83	7	83	56	0	3	40	1.15
19252769--19252811	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
19260042--19260085	18	2.4	18	88	7	63	65	0	9	25	1.21
19261759--19261802	23	1.9	23	81	9	54	36	15	4	43	1.68
19262860--19263116	69	3.8	69	78	2	275	32	23	21	22	1.98
19262860--19263116	35	7.5	35	68	9	161	32	23	21	22	1.98
19263127--19263170	20	2.2	20	91	0	70	38	25	0	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19263678--19263933	138	1.9	138	85	0	359	31	20	23	24	1.98
19263669--19263944	69	4.0	69	83	0	318	31	20	23	24	1.98
19263684--19263933	35	7.2	35	70	8	179	31	20	23	24	1.98
19263955--19263998	20	2.2	20	95	0	79	38	27	0	34	1.57
19264512--19264772	35	7.5	35	70	7	192	29	22	24	22	1.99
19262860--19265346	828	3.0	827	94	1	4163	36	18	12	32	1.88
19264505--19264772	69	3.9	69	87	0	365	29	22	25	22	1.99
19264779--19264846	20	3.4	20	91	4	111	41	26	0	32	1.56
19266238--19266643	85	4.7	85	74	7	329	31	20	20	27	1.97
19266238--19266686	44	10.4	44	73	6	308	31	20	20	27	1.97

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