genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25534072--25534129	21	2.8	21	71	5	55	20	27	24	27	1.99
25538507--25538597	6	14.3	6	78	11	83	78	6	1	14	1.01
25538507--25538597	19	4.7	19	77	17	98	78	6	1	14	1.01
25540261--25540324	33	1.9	33	83	3	83	26	25	26	21	2.00
25540776--25540923	55	2.8	53	82	2	188	21	15	20	42	1.89
25540733--25540919	27	6.9	27	81	4	180	22	16	18	43	1.88
25542627--25542679	27	2.0	26	88	3	79	69	1	5	22	1.19
25544019--25544100	41	2.0	40	95	2	146	17	26	34	20	1.94
25554662--25555223	281	2.0	281	98	0	1097	38	17	11	32	1.86
25558330--25558580	27	9.3	27	85	2	344	44	23	14	16	1.85
25558325--25558563	80	3.0	80	87	4	349	45	23	14	17	1.84
25558330--25558580	107	2.3	107	87	3	362	44	23	14	16	1.85
25560552--25560588	19	2.0	19	89	5	58	51	2	8	37	1.46
25560586--25560667	40	2.0	40	88	4	121	40	10	15	32	1.83
25562800--25562841	21	2.0	21	86	4	59	33	7	11	47	1.68
25577063--25577222	77	2.0	78	90	3	250	45	8	16	29	1.76
25580077--25580112	19	1.9	18	88	5	54	47	2	8	41	1.48
25580110--25580191	40	2.0	40	81	9	96	41	10	13	34	1.79
25586742--25586770	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
25605986--25606026	12	3.3	13	80	10	50	19	2	31	46	1.63
25606606--25606658	25	2.1	25	85	0	70	22	28	33	15	1.94
25611483--25611555	12	5.8	12	78	9	65	79	5	8	6	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25611490--25611530	21	2.0	21	95	0	73	78	7	7	7	1.11
25611494--25611574	30	2.8	26	80	14	90	80	4	8	6	1.02
25611515--25611562	6	7.8	6	86	4	69	83	2	12	2	0.83
25614119--25614175	29	1.9	30	82	3	71	19	31	29	19	1.96
25622581--25622636	27	2.1	27	96	0	103	50	19	17	12	1.78
25625369--25625458	37	2.5	37	85	7	116	35	25	10	28	1.88
25625671--25625764	41	2.3	41	92	0	152	23	28	19	28	1.98
25625983--25626023	17	2.5	17	88	7	59	43	14	2	39	1.59
25625976--25626023	17	2.6	18	77	12	53	43	16	2	37	1.60
25626218--25626539	162	2.0	162	98	0	617	34	18	13	34	1.89
25626608--25626893	143	2.0	143	98	0	554	34	20	8	36	1.82
25626965--25627213	125	2.0	125	97	0	471	48	18	9	22	1.77
25630569--25630642	34	2.2	34	82	4	87	28	21	22	27	1.99
25631102--25631242	27	5.2	27	84	8	180	19	18	20	41	1.91
25631076--25631242	54	3.1	53	78	16	157	20	18	20	40	1.92
25631091--25631242	81	1.9	81	84	5	209	21	17	21	40	1.92
25632309--25632368	22	2.7	22	82	10	77	38	11	26	23	1.89
25635921--25635957	17	2.2	18	90	9	60	48	27	0	24	1.51
25635976--25636018	16	2.6	17	85	3	52	44	18	2	34	1.63
25636906--25636971	33	2.0	33	88	5	98	24	1	51	22	1.57
25637150--25637254	51	2.1	51	94	0	183	27	10	27	34	1.90
25642771--25642865	47	2.0	47	100	0	190	33	16	12	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25642880--25643271	71	5.5	71	80	4	342	38	23	16	21	1.92
25642885--25643271	142	2.7	141	81	1	416	38	24	16	20	1.92
25646921--25646968	25	1.9	25	84	16	64	29	8	2	60	1.37
25652355--25652483	32	4.0	32	100	0	258	16	9	18	55	1.67
25652705--25652787	30	2.8	29	78	5	85	53	1	0	45	1.08
25657640--25657704	32	2.0	32	90	0	103	12	41	13	32	1.82
25659982--25660498	44	11.7	44	75	7	357	29	20	17	32	1.96
25659980--25660240	136	1.9	136	85	1	362	27	21	18	32	1.97
25663155--25663243	41	2.2	41	83	0	106	31	24	19	24	1.98
25671504--25671874	40	8.9	40	78	10	377	26	20	27	25	1.99
25671522--25671689	88	1.9	89	90	1	266	25	20	28	25	1.99
25671504--25671827	128	2.6	126	95	1	576	26	20	27	25	1.99
25671651--25671902	86	3.0	86	79	9	338	26	21	26	26	1.99
25685898--25686075	27	6.6	27	80	5	153	29	28	16	25	1.97
25687912--25687949	6	6.3	6	88	11	60	50	15	15	18	1.79
25687926--25688029	31	3.4	31	78	5	93	50	13	16	20	1.78
25688174--25688234	27	2.3	26	88	2	86	37	16	22	22	1.93
25688939--25689564	27	23.4	27	83	3	746	25	21	17	35	1.95
25689556--25689793	54	4.4	54	83	7	184	31	9	20	38	1.84
25689610--25690030	27	15.6	27	84	3	409	31	8	20	39	1.83
25690962--25691023	30	2.1	30	93	0	106	27	33	3	35	1.73
25692023--25692158	6	21.8	6	66	20	57	49	15	16	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25692046--25692150	31	3.4	30	93	2	165	50	16	15	18	1.78
25692295--25692389	27	3.5	26	80	5	73	36	18	22	22	1.95
25692321--25692396	27	2.9	27	82	5	75	36	22	21	19	1.95
25692555--25692619	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
25693050--25694665	54	29.9	54	90	2	2295	24	21	17	36	1.94
25694712--25695029	80	4.0	79	79	12	335	33	8	17	40	1.81
25694712--25695076	81	4.5	81	82	7	377	31	8	19	40	1.81
25694711--25695076	27	13.6	27	83	2	333	31	8	19	40	1.81
25696087--25696148	30	2.1	30	100	0	124	27	37	3	32	1.73
25697162--25697279	6	19.0	6	70	16	62	47	16	16	19	1.83
25697168--25697279	31	3.6	31	86	6	145	47	16	16	19	1.83
25697415--25697516	27	3.8	26	85	5	123	38	21	22	17	1.93
25697675--25697738	22	2.9	22	77	9	67	35	21	21	20	1.96
25698170--25698901	27	26.8	27	84	4	853	25	21	17	35	1.95
25698947--25699314	81	4.5	82	84	6	360	31	9	19	39	1.83
25698947--25699314	27	13.7	27	84	3	307	31	9	19	39	1.83
25705668--25705979	47	6.7	46	73	10	226	21	28	21	27	1.99
25705668--25705979	140	2.2	138	82	7	353	21	28	21	27	1.99
25705771--25705982	94	2.3	92	87	4	291	21	29	21	27	1.98
25706092--25706123	17	2.0	17	88	11	50	46	18	3	31	1.65
25709694--25709753	30	2.0	30	87	6	86	38	8	26	26	1.85
25713286--25713387	51	2.0	51	86	0	141	34	23	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25715420--25715452	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
25719738--25719853	37	3.1	37	94	0	196	25	32	18	22	1.97
25719972--25720147	94	1.9	94	83	2	228	27	30	9	32	1.88
25719972--25720126	47	3.3	47	89	0	229	27	30	9	32	1.88
25723497--25723675	40	4.5	39	82	6	182	25	27	22	25	2.00
25723497--25723679	80	2.3	81	81	5	212	25	27	22	24	2.00
25723989--25724067	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
25730036--25730300	27	9.8	27	80	9	299	26	20	10	43	1.83
25730029--25730295	54	4.9	54	87	2	369	27	20	9	42	1.83
25730036--25730300	81	3.3	81	83	5	347	26	20	10	43	1.83
25730305--25730519	27	8.0	27	85	2	254	35	18	19	26	1.95
25730726--25730808	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
25730896--25730954	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
25731119--25731192	27	2.8	27	83	6	80	18	24	20	36	1.95
25731310--25731411	6	16.8	6	74	17	86	19	17	13	49	1.80
25731310--25731411	30	3.4	30	85	6	143	19	17	13	49	1.80
25736894--25737008	50	2.4	49	84	5	146	26	22	14	35	1.93
25740558--25740723	40	4.2	40	94	2	264	22	23	26	27	2.00
25745261--25745310	13	3.7	14	78	7	59	6	30	0	64	1.18
25746970--25747033	6	11.2	6	81	6	53	14	7	1	76	1.07
25746970--25747027	17	3.4	17	76	6	55	13	6	1	77	1.05
25746970--25747033	11	5.6	11	75	18	60	14	7	1	76	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25746997--25747033	17	2.2	17	90	0	56	13	2	2	81	0.92
25751100--25751190	45	2.0	45	95	0	164	23	23	30	23	1.99
25753972--25754037	33	2.0	33	100	0	132	36	21	15	27	1.93
25761035--25761121	44	2.0	44	90	4	140	31	6	19	42	1.77
25762930--25763260	48	6.9	48	78	5	294	28	16	28	25	1.97
25762930--25763197	144	1.9	144	84	3	369	29	15	28	26	1.96
25762934--25763260	144	2.3	144	80	4	356	28	17	28	25	1.97
25764797--25764873	26	3.0	26	86	0	109	40	22	18	19	1.92
25765461--25765515	27	2.0	27	85	0	74	25	23	16	34	1.95
25772246--25772317	26	2.8	26	84	0	81	40	23	18	18	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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