genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25794322--25794506	40	4.7	39	85	4	228	26	28	22	22	1.99
25794315--25794509	79	2.5	80	84	2	250	26	28	22	23	1.99
25799547--25799744	110	1.8	110	92	0	333	28	24	22	24	1.99
25800630--25800707	40	1.9	40	82	7	95	37	30	11	20	1.88
25804297--25804571	40	6.6	40	87	10	383	27	28	22	22	1.99
25804334--25804432	52	1.9	52	91	4	164	32	28	20	19	1.97
25804943--25805056	57	2.0	57	100	0	228	29	15	8	45	1.77
25811522--25811656	41	3.3	40	75	7	119	33	26	14	25	1.95
25811550--25811656	40	2.6	41	82	1	126	31	28	15	24	1.96
25813360--25813402	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
25813847--25814029	56	3.3	55	87	6	253	25	13	28	32	1.93
25813872--25814052	28	6.5	28	96	1	294	25	13	28	32	1.93
25823132--25823365	28	8.4	28	93	1	346	25	12	28	32	1.93
25827644--25827770	27	4.7	27	74	9	116	25	13	18	42	1.86
25831463--25831541	27	3.0	27	88	1	97	20	13	24	41	1.88
25840026--25840097	34	2.2	33	87	7	101	27	23	18	30	1.97
25845133--25845307	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
25855668--25855729	24	2.6	25	82	12	76	35	25	16	22	1.94
25855667--25855826	24	6.7	24	64	8	74	33	26	13	25	1.94
25861826--25861918	34	2.8	34	83	4	100	18	23	24	33	1.97
25866978--25867135	24	6.6	24	65	8	79	34	27	12	25	1.92
25870378--25870407	15	2.0	15	100	0	60	60	0	6	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25870845--25870937	41	2.2	42	81	5	100	24	15	27	32	1.95
25871912--25871942	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
25877435--25877528	39	2.5	38	84	3	109	47	9	4	38	1.56
25877468--25877531	20	3.3	20	65	14	53	48	7	3	40	1.48
25884511--25884946	40	10.9	40	96	1	775	22	20	30	26	1.98
25892891--25893002	29	4.0	27	73	13	91	25	32	13	28	1.94
25892900--25893012	58	2.0	57	83	11	142	26	31	12	29	1.93
25895305--25895354	7	7.3	7	73	13	50	42	0	14	44	1.44
25895579--25895650	5	14.4	5	74	0	54	36	5	18	40	1.74
25895579--25895644	25	2.6	25	87	0	87	34	6	18	40	1.75
25897204--25897236	15	2.2	15	100	0	66	0	27	0	72	0.85
25897415--25897441	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
25898052--25898102	27	1.9	26	84	11	68	33	1	1	62	1.17
25898812--25898848	18	2.1	18	89	0	56	48	10	10	29	1.72
25899954--25899982	15	1.9	15	100	0	58	34	44	6	13	1.71
25902182--25902218	19	2.0	19	89	5	58	5	8	62	24	1.44
25904676--25904712	19	2.0	19	89	5	58	5	8	62	24	1.44
25921246--25921380	60	2.2	61	87	5	186	38	5	8	48	1.55
25923319--25923368	25	2.0	25	92	0	82	48	12	20	20	1.80
25925668--25925759	28	3.4	28	82	10	120	35	15	22	26	1.94
25925783--25925981	51	3.9	51	92	0	335	31	15	25	27	1.95
25929542--25929593	26	2.0	26	100	0	104	23	23	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25930309--25930358	24	2.1	23	82	10	57	60	2	2	36	1.20
25932096--25932124	15	1.9	15	100	0	58	48	20	3	27	1.66
25935674--25935721	17	2.9	17	78	3	53	43	0	8	47	1.33
25935689--25935727	13	3.0	13	88	0	51	46	0	5	48	1.24
25935680--25935731	17	3.1	17	80	0	59	46	0	7	46	1.31
25947259--25947317	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
25947288--25947336	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
25949876--25949955	31	2.4	34	80	14	87	36	17	10	36	1.83
25951345--25951515	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
25951340--25951512	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
25951935--25951994	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
25958936--25959106	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
25958931--25959103	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
25959526--25959585	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
25960496--25960619	25	5.0	24	74	11	72	29	20	25	23	1.99
25960510--25960625	50	2.3	51	83	2	137	30	20	27	21	1.98
25960539--25960625	25	3.5	25	78	12	97	29	21	27	20	1.98
25969265--25969624	200	1.8	200	87	2	544	35	13	18	31	1.90
25970787--25970851	18	3.6	18	95	0	112	15	21	36	26	1.93
25971900--25971980	40	2.0	41	90	2	128	28	12	24	34	1.92
25974767--25974825	9	6.6	9	78	7	66	40	16	11	30	1.85
25974767--25974825	18	3.3	18	81	9	75	40	16	11	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25974767--25974825	27	2.2	27	87	0	82	40	16	11	30	1.85
25974910--25974934	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
25974911--25974948	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
25977123--25977399	46	5.9	47	74	10	201	27	19	30	23	1.98
25979720--25979843	43	2.9	43	86	5	155	22	28	20	28	1.99
25984583--25984616	17	2.1	17	88	5	52	44	8	29	17	1.79
25986372--25986415	21	2.1	21	95	0	79	27	15	25	31	1.96
25988648--25988699	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
26000398--26000575	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
26000399--26000554	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
26000395--26000575	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
26008315--26008359	20	2.2	20	88	0	63	37	11	2	48	1.51
26015806--26015868	31	2.0	31	93	0	108	38	22	4	34	1.75
26019694--26019812	46	2.6	44	85	11	161	22	28	19	29	1.98
26028003--26028100	39	2.5	40	81	6	103	44	23	4	27	1.71
26032760--26033061	55	5.6	54	78	5	324	20	23	18	37	1.94
26032760--26033050	108	2.7	108	95	0	501	21	24	18	36	1.95
26040369--26040575	53	3.8	54	77	4	211	21	23	16	38	1.93
26040382--26040575	55	3.6	54	76	6	180	21	23	17	38	1.93
26049517--26049709	82	2.3	83	88	3	273	43	9	15	32	1.79
26050169--26050233	31	2.1	31	100	0	130	49	13	12	24	1.77
26058455--26058524	6	10.8	6	73	14	59	20	1	2	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26058461--26058524	21	3.2	21	73	8	62	20	1	3	75	1.03
26066763--26066905	57	2.5	58	82	1	171	30	19	20	30	1.97
26068549--26068641	37	2.5	37	85	3	123	29	30	20	20	1.98
26068545--26068641	39	2.5	39	85	3	135	27	28	21	21	1.99
26069523--26069581	29	2.0	29	100	0	118	11	20	10	57	1.63
26072269--26072308	16	2.5	16	95	0	71	50	12	5	32	1.62
26083178--26083222	22	2.0	22	87	8	65	57	0	2	40	1.11
26086044--26086130	44	2.0	44	97	0	165	11	14	26	47	1.79
26086812--26087146	48	6.7	48	73	13	239	28	17	28	25	1.98
26086802--26087144	96	3.4	96	80	10	375	28	17	27	26	1.98
26086845--26087062	108	2.0	108	100	0	436	28	17	27	25	1.97
26096101--26096620	129	4.0	129	97	0	970	42	18	16	22	1.89
26097605--26097647	20	2.1	20	86	4	59	9	27	9	53	1.63
26099696--26099725	16	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
26120290--26120336	23	2.1	22	92	4	76	2	21	0	76	0.89
26122202--26122266	22	3.0	22	83	0	85	16	29	16	36	1.92
26122749--26122800	20	2.6	20	90	0	77	21	7	15	55	1.64
26122995--26123037	21	2.0	21	82	8	52	37	16	20	25	1.93
26123534--26123596	13	4.7	13	77	22	60	15	4	3	76	1.09
26123538--26123606	29	2.4	28	87	4	93	15	4	2	76	1.06
26123560--26123604	13	3.5	13	78	6	56	17	2	0	80	0.82
26123574--26123624	22	2.3	22	83	6	59	17	3	1	76	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26123619--26123666	19	2.3	21	86	10	64	27	2	2	68	1.11
26124645--26124722	40	2.0	40	92	0	129	10	44	3	41	1.56
26126061--26126159	34	2.9	35	77	7	114	29	23	26	21	1.99
26130629--26130704	38	2.0	38	89	5	118	25	28	19	26	1.99
26133157--26133187	16	1.9	16	93	0	53	54	16	19	9	1.68
26133861--26133956	34	2.8	34	82	7	124	28	21	27	22	1.99
26135791--26135825	18	1.9	18	100	0	70	45	11	22	20	1.82
26140882--26140996	43	2.7	41	82	9	124	28	13	23	33	1.93
26140935--26141031	43	2.3	43	81	0	104	28	17	22	30	1.97
26149938--26149981	13	3.3	13	84	15	63	52	0	0	47	1.00

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