genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28436535--28436931	129	3.1	128	88	1	580	32	21	19	25	1.97
28436912--28436951	20	2.0	20	100	0	80	60	20	20	0	1.37
28436784--28437077	149	2.0	149	90	1	464	35	22	19	23	1.96
28436955--28437413	85	5.3	85	71	8	275	31	21	20	27	1.98
28436933--28437454	129	4.0	129	92	0	812	31	21	20	26	1.98
28437084--28437515	85	5.1	84	72	10	302	30	21	20	27	1.98
28437383--28437515	41	3.2	40	75	18	137	26	21	21	30	1.99
28438352--28438376	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
28439009--28439108	3	33.7	3	78	2	103	31	3	3	63	1.25
28439463--28439539	29	2.7	28	84	6	100	32	6	1	59	1.31
28441131--28441168	20	1.9	20	84	10	51	39	34	7	18	1.80
28441688--28441765	28	2.8	28	79	11	88	57	5	33	3	1.39
28441769--28441800	6	5.3	6	100	0	64	50	0	34	15	1.45
28442297--28442350	28	1.9	28	81	7	65	44	33	3	18	1.67
28442901--28442996	28	3.4	28	85	5	140	69	4	22	3	1.20
28442916--28443003	19	5.0	17	69	24	58	69	3	22	4	1.22
28444125--28444185	28	2.2	28	87	0	86	65	6	24	3	1.32
28445365--28445448	28	3.0	28	87	0	123	59	7	29	3	1.41
28446334--28446417	28	3.0	27	86	6	123	61	4	29	3	1.33
28450004--28450106	28	3.7	28	78	0	107	65	9	23	1	1.33
28450058--28450101	13	3.2	13	78	12	52	63	9	27	0	1.24
28459679--28459860	40	4.6	39	85	5	222	34	18	29	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28459670--28459860	80	2.4	80	85	1	258	35	17	28	18	1.94
28460321--28460348	14	2.0	14	100	0	56	42	28	0	28	1.56
28463758--28463814	25	2.3	25	100	0	114	56	24	7	12	1.61
28469344--28469489	20	7.3	20	66	6	98	30	18	34	17	1.94
28469335--28469524	40	4.8	40	85	1	240	32	18	30	18	1.95
28476528--28476681	42	3.7	42	91	3	231	31	18	16	33	1.93
28482768--28482797	12	2.5	12	94	0	51	30	13	36	20	1.90
28490338--28490389	24	2.2	24	89	0	77	11	5	7	75	1.19
28490344--28490390	24	2.0	24	95	0	85	10	4	8	76	1.13
28490345--28490400	24	2.3	25	87	6	80	10	5	8	75	1.19
28495857--28495903	21	2.2	22	84	3	60	29	12	0	57	1.36
28512434--28512503	36	1.9	36	97	0	131	48	0	7	44	1.30
28512882--28512947	27	2.4	27	92	5	107	42	9	1	46	1.44
28512947--28512973	11	2.5	11	100	0	54	92	7	0	0	0.38
28513021--28513073	27	2.0	27	92	0	88	32	24	30	13	1.93
28513072--28513122	19	2.7	19	87	0	66	25	0	7	66	1.18
28513160--28513228	27	2.5	28	93	6	115	40	10	0	49	1.37
28513229--28513261	17	2.0	17	88	5	50	81	6	6	6	0.97
28513623--28513699	26	2.9	26	90	3	109	14	29	27	28	1.95
28513729--28513762	15	2.3	15	90	5	52	8	2	0	88	0.62
28513764--28513830	28	2.4	29	92	5	111	47	1	8	41	1.44
28513902--28513953	20	2.7	19	75	16	54	53	0	3	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28516718--28516771	27	2.0	27	100	0	108	29	11	7	51	1.64
28519274--28519323	11	4.6	11	75	9	50	4	16	10	70	1.30
28525259--28525447	27	7.1	27	76	7	172	20	17	19	41	1.90
28525246--28525440	79	2.5	80	79	5	218	22	16	20	41	1.90
28525406--28525488	42	2.0	41	90	2	130	12	18	31	38	1.87
28525448--28525519	26	2.7	27	89	4	110	12	16	29	41	1.85
28531744--28531792	15	3.3	15	91	5	73	73	6	0	20	1.04
28532687--28532725	11	3.6	11	89	3	53	10	7	0	82	0.86
28535757--28535906	36	4.2	36	81	3	194	40	29	12	18	1.87
28540656--28540688	17	1.9	17	88	11	50	51	9	0	39	1.34
28544056--28544100	17	2.6	17	75	0	54	40	4	15	40	1.67
28549326--28549366	21	2.0	21	85	0	55	29	2	19	48	1.61
28554070--28554157	40	2.2	40	87	0	122	42	18	28	11	1.85
28554070--28554131	20	3.1	20	69	0	52	43	16	29	11	1.82
28566623--28566672	19	2.6	19	90	0	73	38	16	10	36	1.82
28567020--28567752	44	16.8	43	68	14	232	28	23	19	28	1.98
28567027--28567827	217	3.7	217	87	0	1098	28	23	19	28	1.98
28567823--28568103	132	2.1	132	91	1	447	25	25	20	28	1.99
28575046--28575104	29	2.0	29	100	0	118	37	6	13	42	1.71
28575451--28575509	4	14.8	4	77	13	50	72	5	0	22	1.03
28576084--28576141	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
28576097--28576194	19	4.8	19	85	9	106	38	16	8	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28576131--28576193	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
28579990--28580014	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28582180--28582238	30	2.0	30	89	0	91	32	13	22	32	1.92
28591064--28591655	138	4.3	138	90	1	891	45	5	8	40	1.58
28591154--28591508	71	5.1	71	63	21	185	45	6	8	39	1.60
28597626--28597668	22	2.0	22	86	9	61	39	2	0	58	1.11
28597940--28598000	13	4.7	13	72	0	50	37	24	6	31	1.81
28624194--28624238	23	2.0	23	91	8	74	15	11	4	68	1.34
28624261--28624294	18	1.9	18	88	5	52	32	5	2	58	1.37
28626725--28626756	14	2.3	14	94	0	55	21	0	28	50	1.49
28628851--28628977	66	1.9	65	82	1	155	17	10	25	46	1.79
28629806--28629853	9	5.6	9	80	9	64	43	18	2	35	1.62
28629804--28629882	16	5.0	16	77	13	83	44	15	1	39	1.54
28629887--28629940	17	3.1	18	79	17	69	40	0	1	57	1.09
28630032--28630180	34	4.2	34	67	17	115	51	14	4	29	1.62
28629991--28630227	107	2.2	107	99	0	465	50	14	5	29	1.64
28630191--28630423	9	27.9	9	73	15	180	45	21	2	30	1.63
28630191--28630423	25	9.3	25	81	5	274	45	21	2	30	1.63
28630199--28630402	16	12.8	16	69	20	119	46	21	1	30	1.62
28633587--28633763	87	2.0	87	86	0	246	40	16	29	12	1.87
28633714--28633762	21	2.3	21	85	0	62	34	20	38	6	1.77
28634112--28634423	43	7.3	43	79	3	306	28	19	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28634517--28634560	22	2.0	22	86	0	61	43	27	20	9	1.82
28634998--28635030	14	2.2	15	89	10	50	54	0	0	45	0.99
28636175--28636543	41	9.0	40	84	3	407	20	20	28	30	1.98
28636174--28636543	82	4.5	82	84	1	474	20	20	29	30	1.98
28636174--28636543	123	3.0	121	86	3	481	20	20	29	30	1.98
28636525--28636562	19	2.0	19	100	0	76	26	31	26	15	1.96
28636936--28636985	14	3.5	14	76	15	57	20	0	36	44	1.52
28637276--28637309	14	2.4	14	90	0	50	23	0	44	32	1.54
28637772--28637799	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28637942--28638144	83	2.4	81	82	4	226	45	12	11	30	1.78
28640547--28640590	21	2.1	21	100	0	88	22	9	9	59	1.56
28642515--28642713	43	4.7	43	86	3	251	24	20	28	26	1.99
28642515--28642693	85	2.1	86	89	3	272	24	20	29	25	1.99
28643301--28643437	57	2.4	57	85	1	175	29	10	16	43	1.80
28645839--28646027	50	3.7	51	81	6	197	29	22	26	21	1.99
28645946--28646066	49	2.4	51	81	4	138	33	19	23	23	1.97
28645839--28646076	50	4.7	51	78	7	184	29	21	26	22	1.99
28648477--28648510	15	2.3	15	94	0	59	41	17	5	35	1.74
28651291--28651370	21	3.8	21	94	0	133	11	27	35	26	1.90
28651527--28651570	22	2.0	22	100	0	88	31	4	13	50	1.62
28655773--28655844	16	4.5	16	87	0	108	38	5	26	29	1.79
28656032--28656079	19	2.7	18	80	6	53	52	4	0	43	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28657627--28657670	20	2.2	20	84	8	54	68	2	22	6	1.25
28658649--28658686	15	2.5	15	83	8	51	39	2	0	57	1.12
28658973--28659006	17	2.0	17	88	11	52	38	2	5	52	1.41
28662461--28662513	21	2.5	21	90	0	88	26	7	35	30	1.84
28665211--28665282	36	2.0	36	97	0	135	41	6	13	37	1.72
28669634--28669686	22	2.4	22	84	6	63	32	1	7	58	1.37
28671340--28671403	21	3.0	21	88	4	94	40	20	4	34	1.73
28691818--28691925	29	3.8	28	67	8	83	33	16	25	25	1.96
28691762--28691924	57	2.9	57	84	0	209	33	16	25	23	1.96
28692846--28692909	26	2.4	26	92	2	101	29	4	15	50	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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