genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21259199--21259240	19	2.2	19	83	8	50	45	4	9	40	1.58
21259425--21259593	85	2.0	85	98	0	329	38	12	11	37	1.80
21259864--21259922	19	3.4	16	78	17	57	38	6	8	45	1.61
21259866--21259905	19	2.2	18	90	4	62	45	2	7	45	1.45
21259908--21259960	19	2.7	19	77	11	63	35	15	13	35	1.86
21260002--21260038	19	2.0	19	89	5	58	51	2	8	37	1.46
21271770--21271944	70	2.5	69	85	2	217	29	14	22	33	1.93
21271948--21272293	148	2.3	147	83	7	441	31	14	19	34	1.92
21271962--21272298	76	4.5	74	85	5	423	31	14	20	32	1.93
21272708--21272904	73	2.7	72	88	4	279	31	17	18	31	1.94
21274158--21274209	5	11.0	5	80	12	65	61	0	38	0	0.96
21274749--21274807	19	3.4	16	78	17	57	38	6	8	45	1.61
21274751--21274790	19	2.2	18	90	4	62	45	2	7	45	1.45
21274793--21274845	19	2.7	19	77	11	63	35	15	13	35	1.86
21274764--21274884	55	2.2	55	81	10	138	36	9	11	42	1.75
21274881--21274922	19	2.2	19	83	8	50	45	4	9	40	1.58
21280496--21280581	36	2.3	35	80	7	91	56	3	5	33	1.40
21280579--21280632	25	2.0	27	82	10	67	53	5	3	37	1.42
21285633--21285725	47	2.0	46	95	0	159	26	24	22	24	1.99
21303247--21303301	26	2.0	27	82	6	67	38	1	1	58	1.20
21305753--21306013	130	2.0	130	96	0	486	30	26	14	29	1.95
21309126--21309225	45	2.2	46	82	12	127	75	5	11	9	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21310133--21310158	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
21311502--21311788	44	6.6	43	72	11	192	28	19	23	27	1.98
21311635--21311909	46	6.2	46	71	11	180	27	20	24	28	1.99
21311502--21311928	219	1.9	218	81	10	505	28	19	24	27	1.99
21311873--21312054	44	4.3	43	76	5	174	31	21	23	23	1.98
21311898--21312054	87	1.8	83	86	5	224	30	23	21	24	1.99
21311898--21312054	40	3.7	41	77	9	165	30	23	21	24	1.99
21315997--21316035	19	2.1	19	95	0	69	38	0	43	17	1.50
21317427--21317611	46	4.0	46	92	0	298	29	28	8	34	1.87
21318836--21318883	17	2.9	17	87	3	62	54	20	0	25	1.45
21320419--21320494	25	2.7	29	90	9	115	46	7	21	25	1.78
21321167--21321205	14	2.6	16	80	19	57	35	0	0	64	0.94
21323024--21323086	23	2.6	25	78	14	62	44	3	1	50	1.27
21323899--21323928	14	2.1	15	93	6	53	56	0	0	43	0.99
21330292--21330353	30	2.0	32	87	12	94	54	0	4	40	1.22
21338474--21338504	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
21338818--21338957	43	3.3	43	76	11	117	31	30	15	22	1.95
21339216--21339281	34	1.9	35	84	9	91	54	3	1	40	1.25
21341529--21341618	45	2.0	45	95	0	162	35	15	15	33	1.89
21344299--21344410	40	2.8	41	84	2	154	27	31	19	21	1.97
21344402--21344513	40	2.8	40	85	4	147	18	22	22	36	1.95
21353605--21353639	3	11.7	3	93	0	61	28	71	0	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21357530--21357555	13	2.0	13	100	0	52	61	15	7	15	1.55
21361693--21361729	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21366130--21366345	107	2.0	107	93	1	371	45	6	6	40	1.57
21374544--21374579	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
21379758--21379798	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
21381704--21381737	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
21387440--21387476	19	1.9	19	94	0	65	64	0	0	35	0.94
21388935--21388989	21	2.6	22	77	13	62	16	20	38	25	1.92
21390856--21390918	19	3.3	19	68	23	51	39	7	1	50	1.41
21394088--21394120	15	2.2	15	89	10	50	9	21	0	69	1.15
21394597--21394637	16	2.5	16	92	4	64	17	2	7	73	1.17
21396095--21396447	44	7.7	45	69	14	188	32	18	20	28	1.96
21396133--21396385	94	2.7	94	88	1	364	30	20	20	29	1.97
21396030--21396475	232	1.9	232	80	3	513	32	19	19	28	1.96
21396224--21396492	138	1.9	138	82	3	335	31	20	20	27	1.97
21399250--21399284	16	2.1	17	89	5	54	0	14	5	80	0.89
21401931--21402000	30	2.3	30	82	0	86	38	11	12	37	1.80
21402829--21402927	41	2.4	40	75	11	101	34	3	14	48	1.59
21402883--21402969	28	3.2	28	65	14	74	33	5	11	49	1.63
21402869--21402970	53	1.9	53	88	4	152	32	4	13	49	1.64
21402922--21403138	40	5.0	41	72	23	144	32	4	12	50	1.60
21402813--21403161	137	2.6	137	95	1	614	32	4	13	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21403020--21403106	28	3.2	28	65	14	74	33	5	11	49	1.63
21403005--21403107	53	1.9	53	88	3	154	32	4	13	49	1.63
21406046--21406283	77	3.2	77	87	5	328	40	10	11	37	1.75
21408320--21409076	154	5.0	152	80	9	846	30	10	7	51	1.63
21408315--21409076	303	2.5	305	92	4	1268	30	10	7	51	1.63
21409711--21409743	11	2.9	11	95	4	57	21	33	0	45	1.52
21409818--21409868	26	1.9	26	84	4	66	60	1	11	25	1.41
21410369--21410395	14	1.9	14	100	0	54	7	11	14	66	1.43
21410716--21410814	14	7.1	14	70	19	64	0	30	0	69	0.88
21410723--21410800	34	2.4	34	91	4	124	0	26	0	73	0.84
21410716--21410765	24	2.2	24	86	10	70	0	28	0	72	0.86
21411108--21411160	24	2.4	22	78	15	56	22	13	5	58	1.56
21416518--21416557	14	2.9	14	84	0	53	45	10	2	42	1.51
21416524--21416563	21	1.9	21	84	0	53	47	10	2	40	1.50
21416551--21416591	20	2.0	21	85	4	57	41	14	0	43	1.45
21416612--21416681	7	10.4	7	79	13	51	54	7	0	38	1.28
21416609--21416674	21	3.2	20	76	21	66	51	9	0	39	1.34
21416617--21416675	14	4.4	13	77	14	66	50	8	0	40	1.33
21416612--21416716	33	3.1	33	79	5	104	54	9	0	36	1.33
21417660--21417708	16	3.1	16	82	2	55	42	4	2	51	1.32
21427637--21427704	33	2.1	33	85	0	91	25	13	22	39	1.90
21433058--21433257	43	4.7	43	84	1	258	29	30	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21433064--21433256	85	2.3	85	83	0	242	29	30	17	23	1.97
21436956--21437273	41	7.8	41	83	4	401	30	32	19	18	1.96
21436972--21437273	82	3.7	82	92	1	464	31	31	19	17	1.95
21438260--21438309	3	16.7	3	100	0	100	66	0	34	0	0.92
21441830--21441862	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
21444096--21444191	49	2.0	49	97	0	183	45	15	12	26	1.81
21446412--21446922	255	2.0	255	98	0	995	40	19	13	25	1.89
21451807--21451846	3	13.7	3	84	5	55	60	0	5	35	1.19
21451896--21451945	20	2.5	21	83	9	68	48	2	0	50	1.12
21458965--21459007	22	1.9	23	85	4	61	4	4	27	62	1.35
21462327--21462374	24	2.0	24	95	0	87	47	4	2	45	1.33
21470980--21471004	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
21472474--21472512	20	2.0	20	85	10	53	41	12	17	28	1.87
21473360--21473400	8	5.4	8	80	19	52	24	51	12	12	1.73
21473354--21473400	22	2.1	22	84	7	60	23	53	10	12	1.70
21473360--21473398	14	2.6	14	92	8	60	25	51	12	10	1.71
21473562--21473596	17	2.1	17	94	0	61	22	5	17	54	1.64
21473571--21473665	37	2.6	37	94	0	172	18	6	14	60	1.56
21473588--21473653	20	3.5	20	66	19	59	15	6	15	63	1.49
21473817--21473851	17	2.1	17	88	0	52	22	8	17	51	1.72
21474024--21474057	16	2.1	16	88	0	50	47	5	2	44	1.42
21474691--21474739	24	2.0	24	84	7	64	30	0	8	61	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21475022--21475070	26	2.0	24	84	8	62	32	10	0	57	1.32
21475682--21475737	23	2.4	24	85	8	80	33	44	0	21	1.52
21475682--21475739	11	5.1	11	79	8	62	36	43	0	20	1.52
21475682--21475739	12	5.0	12	77	8	50	36	43	0	20	1.52
21477714--21477925	69	3.1	69	93	2	345	41	6	4	48	1.49
21480587--21480713	44	2.9	43	78	1	137	26	21	25	25	1.99
21482068--21482114	14	3.3	14	75	16	51	27	2	4	65	1.22
21483640--21483700	20	3.1	19	75	17	54	57	1	0	40	1.08
21484994--21485089	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
21487480--21487633	12	14.3	11	68	17	65	1	14	12	71	1.21

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