genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723058--723182	60	2.1	60	93	0	214	48	4	4	42	1.45
726544--726719	46	3.8	46	76	12	198	21	19	28	30	1.98
726541--726711	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
732747--732849	50	2.1	50	96	0	188	39	14	10	34	1.81
733211--733999	49	16.3	49	90	3	1079	32	8	29	28	1.88
733574--733999	47	9.0	47	88	1	618	31	9	30	28	1.89
734118--734196	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
744990--745020	15	2.1	15	93	0	53	35	6	38	19	1.77
744940--745072	67	2.0	67	95	0	239	42	11	24	21	1.85
745740--745770	16	1.9	16	100	0	62	58	6	25	9	1.54
755586--755738	52	2.9	52	95	0	279	19	21	13	45	1.84
757916--758005	32	2.8	32	73	8	85	45	3	5	45	1.43
760431--760770	101	3.4	102	84	2	409	30	26	13	29	1.94
760431--760769	50	6.7	50	79	8	269	30	25	13	29	1.94
764684--764753	25	2.8	26	75	14	74	30	20	24	25	1.99
769894--769946	20	2.7	20	77	16	56	15	15	3	66	1.40
782506--783062	138	4.1	138	87	3	804	43	5	8	41	1.59
783038--783259	74	3.0	74	97	2	412	32	14	8	44	1.75
786499--786533	17	2.1	18	89	10	56	42	20	2	34	1.66
801713--801843	45	3.0	44	84	8	160	23	15	25	35	1.94
807162--807191	14	2.1	15	93	6	53	6	33	0	60	1.23
807500--807545	18	2.6	18	89	0	65	23	32	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807505--807567	21	3.1	21	84	6	78	28	34	4	31	1.78
811470--811520	25	2.0	25	96	0	93	37	3	13	45	1.63
814670--814932	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
822623--822885	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
829909--829942	14	2.4	14	95	0	59	55	14	0	29	1.40
835449--835482	18	1.9	18	88	5	52	11	23	8	55	1.63
835489--835526	14	2.7	14	84	12	51	0	18	0	81	0.69
837025--837093	36	1.9	36	93	0	120	10	28	18	42	1.83
837658--837693	9	3.9	9	92	3	54	8	5	0	86	0.72
837660--837694	17	2.0	17	88	5	52	8	5	0	85	0.73
849084--849155	3	24.0	3	76	16	69	63	2	4	29	1.27
850227--850295	35	2.0	35	97	2	131	43	2	30	23	1.68
852326--852394	34	2.0	34	100	0	138	23	31	11	33	1.90
858962--859032	1	71.0	1	77	0	70	88	9	1	0	0.57
858962--859025	25	2.6	24	90	7	101	89	10	0	0	0.50
858962--859032	11	6.5	11	82	9	83	88	9	1	0	0.57
858961--859034	19	4.1	18	88	10	107	86	12	1	0	0.63
859467--859512	13	3.5	13	82	14	51	78	4	17	0	0.91
862355--862576	107	2.1	107	95	0	399	28	19	18	32	1.96
868594--868628	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
868861--868899	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
868874--868930	16	3.6	16	90	0	78	33	35	0	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873099--873148	13	4.2	13	78	19	63	70	4	0	26	1.05
873097--873166	22	3.2	22	95	4	124	68	2	1	27	1.12
873632--873663	8	4.0	8	100	0	64	75	0	0	25	0.81
881376--881573	43	4.7	43	79	10	212	23	16	25	34	1.95
881376--881573	85	2.4	84	91	1	317	23	16	25	34	1.95
898816--898875	21	2.9	21	77	5	68	11	21	18	48	1.80
902263--902365	41	2.5	41	93	0	179	25	27	20	27	1.99
902261--902470	41	5.1	41	80	6	156	28	24	18	28	1.98
904158--904183	13	2.0	13	100	0	52	61	23	0	15	1.33
913228--913356	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
924232--924261	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
932191--932427	41	5.8	39	77	12	190	30	25	16	27	1.97
932190--932430	82	2.9	83	83	3	272	30	25	16	28	1.96
938616--938795	50	3.7	49	73	13	165	30	21	24	23	1.99
951877--951941	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
960889--960958	36	1.9	36	88	0	104	27	27	18	27	1.98
960938--961070	50	2.7	50	80	4	160	21	30	22	26	1.99
962436--962504	35	2.0	35	94	0	120	28	20	27	23	1.99
964771--964839	35	2.0	35	94	0	120	28	20	27	23	1.99
968941--968976	17	2.1	17	89	0	54	61	13	2	22	1.46
969573--969629	28	2.0	28	93	0	96	42	19	15	22	1.89
970794--970834	13	3.1	14	79	10	50	70	2	0	26	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
972089--972117	11	2.6	11	100	0	58	37	10	24	27	1.88
978138--978166	13	2.2	13	100	0	58	37	6	13	41	1.72
981243--981404	35	4.6	35	82	2	155	41	30	10	17	1.83
987967--988017	26	2.0	26	88	7	77	35	21	11	31	1.90
996870--997043	51	3.4	49	79	3	177	25	16	27	31	1.97
997046--997296	41	6.0	41	75	7	236	22	16	23	38	1.93
997047--997300	84	3.0	84	86	1	341	22	16	23	37	1.93
999353--999524	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
999300--999522	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
999380--999557	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
1005882--1006066	101	1.8	102	85	3	266	24	15	27	32	1.95
1005879--1006068	51	3.8	50	80	2	227	24	14	27	33	1.94
1006103--1006337	70	3.1	75	79	16	273	20	16	25	37	1.93
1006202--1006350	41	3.6	40	79	7	172	21	16	26	36	1.94
1006195--1006352	84	1.9	84	95	0	289	22	15	25	36	1.94
1007337--1007563	51	4.5	51	72	10	151	26	15	27	30	1.96
1007373--1007561	51	3.7	50	80	2	225	24	16	26	31	1.96
1007596--1007835	76	3.1	77	84	9	340	21	17	24	36	1.95
1007675--1007851	83	2.1	84	91	1	284	22	18	23	35	1.96
1007686--1007848	41	3.9	40	78	13	177	22	17	23	36	1.95
1013839--1013872	11	3.2	11	91	8	61	35	20	8	35	1.84
1019470--1019568	50	2.0	50	97	0	189	27	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1019926--1019955	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
1020416--1020481	33	2.0	33	82	8	82	25	22	18	33	1.97
1023003--1023225	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
1023003--1023225	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
1029389--1029431	18	2.4	18	84	7	52	18	32	0	48	1.48
1029404--1029435	7	4.4	7	96	4	55	18	28	0	53	1.45
1029730--1029882	73	2.1	73	95	1	270	24	18	10	45	1.81
1034305--1034366	26	2.3	27	88	8	90	45	8	0	46	1.32
1034443--1034509	27	2.5	27	90	0	107	28	29	25	16	1.97
1034552--1034689	4	34.0	4	75	17	101	70	0	28	0	0.93
1034583--1034755	44	4.1	43	80	14	191	70	0	28	0	0.92
1034583--1034752	82	2.0	83	86	9	240	70	0	28	0	0.92
1034553--1034755	16	12.2	16	71	22	120	69	0	29	0	0.94
1035539--1035988	159	2.8	160	72	16	403	50	8	12	29	1.69
1041282--1041327	3	15.3	3	100	0	92	67	32	0	0	0.91
1041403--1041441	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
1041592--1041649	27	2.1	27	81	6	64	15	25	29	29	1.96
1041710--1041778	27	2.6	27	86	6	97	44	0	10	44	1.37
1045498--1045556	21	2.9	21	80	9	70	20	23	15	40	1.90
1046773--1046844	20	3.8	19	71	25	64	20	38	0	40	1.53
1047076--1047118	18	2.4	19	80	11	54	39	9	0	51	1.34
1050071--1050197	60	2.1	60	82	2	157	40	12	7	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1050709--1050828	60	2.0	59	85	1	159	40	5	13	40	1.66
1053760--1053804	19	2.4	19	92	3	74	13	15	42	28	1.85
1054020--1054349	27	12.3	27	83	0	383	39	25	16	19	1.91
1055846--1055878	11	2.8	12	86	4	50	33	3	12	51	1.54
1056678--1056714	19	1.9	20	88	5	58	56	5	2	35	1.36
1061691--1061774	27	3.1	27	85	0	96	27	25	10	36	1.89
1070266--1070306	16	2.5	17	80	15	50	41	2	0	56	1.13
1070264--1070316	21	2.4	23	84	12	76	39	1	0	58	1.09
1070282--1070320	5	7.4	5	91	2	51	35	2	0	61	1.10
1077947--1077996	25	2.0	25	84	7	66	34	4	2	60	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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